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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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6201 | 2024-12-02 |
CardioAtlas: deciphering the single-cell transcriptome landscape in cardiovascular tissues and diseases
2024-Nov-28, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00696-5
PMID:39609860
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研究论文 | 构建了一个名为CardioAtlas的资源,提供了心血管组织和疾病中单细胞转录组数据的全面分析结果 | 首次构建了一个全面且精心制作的心血管系统和疾病参考图谱,详细描述了大量人类和小鼠中先前未被识别的细胞群体 | NA | 揭示心血管组织和疾病中的单细胞转录组景观 | 心血管系统和疾病中的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 27个人类数据集中的1,929,000个细胞和39个小鼠数据集中的1,088,000个细胞 |
6202 | 2024-12-02 |
Genetic and therapeutic heterogeneity shape the baseline and longitudinal immune ecosystem of ovarian clear cell carcinoma
2024-Nov-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010069
PMID:39608974
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研究论文 | 研究卵巢透明细胞癌的免疫生态系统及其在基因和治疗压力下的动态变化 | 揭示了ARID1A突变与卵巢透明细胞癌基线免疫激活的关联,并探讨了VEGF抑制剂在重塑肿瘤基质和增强免疫治疗效果中的作用 | 研究样本量有限,且主要集中在特定基因突变和治疗策略上,可能无法全面反映所有卵巢透明细胞癌的免疫生态系统 | 探讨卵巢透明细胞癌的免疫反应异质性及其潜在的联合治疗策略 | 卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和血清肿瘤标志物 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞mRNA测序、TCR测序、免疫组化、空间转录组学、RNA测序 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 13名卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和31份石蜡包埋样本 |
6203 | 2024-12-02 |
Germ cell progression through zebrafish spermatogenesis declines with age
2024-Nov-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204319
PMID:39470160
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研究论文 | 研究了斑马鱼随着年龄增长精子发生过程中的细胞和分子变化 | 首次使用单细胞RNA测序生成斑马鱼衰老睾丸的发育图谱,揭示了精子发生随年龄下降的分子机制 | 研究仅限于斑马鱼,可能不适用于其他物种 | 探讨斑马鱼精子发生随年龄下降的分子和细胞机制 | 斑马鱼睾丸中的生殖细胞和免疫细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个年龄段的斑马鱼睾丸样本 |
6204 | 2024-12-02 |
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-Nov-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202171
PMID:39552366
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研究论文 | 研究了在小鼠胚胎干细胞(ESCs)形成的gastruloids中,前后轴(AP轴)自主模式的早期动态 | 通过单细胞RNA测序,识别了支持AP极化的T+和T-群体的关键细胞状态转变和分子特征 | 对细胞命运的空间限制和伴随的转录变化的理解仍然有限 | 探讨小鼠gastruloids中AP轴建立的动态过程,特别是在外部Wnt刺激之前 | 小鼠胚胎干细胞形成的gastruloids | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个小鼠gastruloids样本 |
6205 | 2024-12-02 |
Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621958
PMID:39574665
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Beaver的单细胞分辨率转录组装工具,用于短读长单细胞RNA测序数据 | Beaver通过实现转录片段图和高效的动态规划算法,结合随机森林模型,显著提高了单细胞转录组装的精度和准确性 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下准确重建全长转录本的工具 | 单细胞RNA测序数据中的转录组装 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 随机森林模型 | 转录组数据 | 实验使用了真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据 |
6206 | 2024-12-02 |
Integrative single-cell and bulk transcriptome analyses identify a distinct pro-tumor macrophage signature that has a major prognostic impact on glioblastomas
2024-Aug-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01454-5
PMID:39136841
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量转录组数据,识别出与胶质母细胞瘤预后相关的独特促肿瘤巨噬细胞特征 | 本研究首次识别出一种新的促肿瘤巨噬细胞亚群,标记为S100A9,可能通过与内皮细胞相互作用促进肿瘤进展 | NA | 解析胶质母细胞瘤的分子景观及异质性巨噬细胞群在胶质母细胞瘤进展中的作用 | 胶质母细胞瘤及其相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
6207 | 2024-12-02 |
Single-cell sequencing reveals novel proliferative cell type: a key player in renal cell carcinoma prognosis and therapeutic response
2024-Jul-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01424-x
PMID:39052149
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肾细胞癌中一种新型增殖细胞类型,并探讨了其在肾细胞癌预后和治疗反应中的关键作用 | 发现了一种名为“Prol”的高度增殖细胞亚群,并开发了一种基于人工智能网络的Prol特征,能够预测肾细胞癌的预后和治疗反应 | NA | 探讨肾细胞癌的分子异质性,并开发新的预后预测特征和治疗靶点 | 肾细胞癌中的新型增殖细胞类型及其在预后和治疗反应中的作用 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 人工智能网络(包括传统回归、机器学习和深度学习算法) | RNA | NA |
6208 | 2024-12-02 |
Discovering mechanisms of human genetic variation and controlling cell states at scale
2024-Jul, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.03.010
PMID:38658256
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研究论文 | 本文讨论了单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制方面的潜力,并探讨了如何利用这些技术来控制细胞状态 | 本文提出了将遗传变异机制的发现与细胞状态工程相结合的概念,以推动基因组医学的发展 | NA | 探讨单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制和控制细胞状态方面的应用 | 人类遗传变异和细胞状态 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
6209 | 2024-12-02 |
Identification of lipid metabolism-related gene signature in the bone marrow microenvironment of multiple myelomas through deep analysis of transcriptomic data
2024-Jun-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01398-w
PMID:38916672
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研究论文 | 通过深度分析转录组数据,识别多发性骨髓瘤骨髓微环境中与脂质代谢相关的基因特征 | 本研究通过分析多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据,识别出与脂质代谢相关的基因,并构建了预测模型,揭示了脂质代谢相关基因在骨髓微环境中的作用及其对患者生存状态、免疫状态和免疫治疗反应的影响 | 研究主要基于测序数据,未涉及临床试验验证,且样本量相对较小 | 探讨脂质代谢相关基因在多发性骨髓瘤骨髓微环境中的作用机制及其对患者预后的影响 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓微环境及脂质代谢相关基因 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 涉及多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据,具体样本数量未明确提及 |
6210 | 2024-12-02 |
Revolutionary multi-omics analysis revealing prognostic signature of thyroid cancer and subsequent in vitro validation of SNAI1 in mediating thyroid cancer progression through EMT
2024-Jun-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01387-z
PMID:38869635
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了甲状腺癌的预后特征,并在体外验证了SNAI1通过EMT介导甲状腺癌进展的作用 | 开发了一种基于多组学数据的共识机器学习驱动的预后模型(CMLS),并验证了其在甲状腺癌患者预后预测中的优越性 | NA | 开发一种基于多组学数据的预后模型,以准确预测甲状腺癌患者的预后 | 甲状腺癌患者的预后特征及SNAI1在甲状腺癌进展中的作用 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、甲基化芯片数据、基因突变数据 | 机器学习模型 | 基因表达数据、lncRNA表达数据、miRNA表达数据、甲基化数据、基因突变数据、临床数据 | 2种未分化甲状腺癌细胞系、1种乳头状甲状腺癌细胞系 |
6211 | 2024-12-02 |
The prognostic genes model of breast cancer drug resistance based on single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis
2024-May-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01372-6
PMID:38795164
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研究论文 | 本文通过转录组数据分析和单细胞测序,识别并验证了与乳腺癌药物抗性相关的预后基因,并构建了一个基于这些基因的预后模型 | 本文创新性地结合了转录组分析和单细胞测序数据,识别出与乳腺癌药物抗性相关的预后基因,并构建了一个新的预后模型 | 本文的局限性在于仅在细胞系中验证了部分基因,未来需要在更多临床样本中进一步验证 | 研究目的是识别与乳腺癌药物抗性相关的预后基因,并构建一个预测乳腺癌预后的模型 | 研究对象是乳腺癌及其药物抗性相关的预后基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 细胞系和乳腺癌样本 |
6212 | 2024-12-02 |
Fibroblast expression of neurotransmitter receptor HTR2A associates with inflammation in rheumatoid arthritis joint
2024-Apr-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01352-w
PMID:38662111
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研究论文 | 研究神经递质受体HTR2A在类风湿性关节炎(RA)中的表达及其与炎症的关系 | 首次探讨了HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系,并发现miRNAs在调节HTR2A表达中的作用 | 研究主要基于scRNA-seq数据和免疫组化验证,样本量有限,需要进一步的大规模验证 | 探讨神经递质受体HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系,寻找潜在的治疗策略 | 类风湿性关节炎(RA)和骨关节炎(OA)患者的滑膜组织和滑液中的细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化染色、qPCR | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化图像 | RA和OA患者的滑膜组织样本,以及RA患者滑液中的外泌体样本 |
6213 | 2024-12-02 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Crucial Genes Influencing the Polarization of Tumor-Associated Macrophages in Liver Cancer
2024, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/2024/7263358
PMID:38938448
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,识别了影响肝癌中肿瘤相关巨噬细胞极化的关键基因 | 首次通过单细胞转录组学技术,揭示了PRDM1基因在肝癌肿瘤微环境中调控M2巨噬细胞极化的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的数据,缺乏体内实验验证 | 探讨肝癌中肿瘤相关巨噬细胞的功能转变及其关键调控基因 | 肝癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其极化过程 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 74,742个细胞和23,110个基因 |
6214 | 2024-12-02 |
Deterministic evolution and stringent selection during preneoplasia
2023-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06102-8
PMID:37258665
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研究论文 | 本文通过双等位基因失活TP53模拟胃癌前病变,研究了早期肿瘤发生过程中的确定性进化和严格选择 | 本文首次在胃器官模型中模拟了TP53失活后的实验进化过程,揭示了早期肿瘤发生中的选择压力和表型收敛现象 | 研究仅限于胃器官模型,可能无法完全代表人体内的复杂情况 | 研究早期肿瘤发生过程中的进化机制和选择压力 | TP53失活的胃器官模型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 多个克隆来源的胃器官培养物,历时2年 |
6215 | 2024-12-01 |
Cancer-cell derived S100A11 promotes macrophage recruitment in ER+ breast cancer
2024-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2024.2429186
PMID:39587886
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研究论文 | 研究揭示了S100A11在ER+乳腺癌中促进巨噬细胞招募的作用 | 首次发现S100A11在巨噬细胞与癌细胞相互作用中的作用,并证明其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据,缺乏体内实验验证 | 探讨ER+乳腺癌中巨噬细胞与癌细胞的相互作用 | ER+乳腺癌中的巨噬细胞和癌细胞 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 25个ER+乳腺癌样本 |
6216 | 2024-12-01 |
Single-cell atlases reveal leaf cell-type-specific regulation of metal transporters in the hyperaccumulator Sedum alfredii under cadmium stress
2024-Dec-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136185
PMID:39418904
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研究论文 | 研究了镉胁迫下超积累植物Sedum alfredii叶片细胞类型的金属转运蛋白特异性调控 | 首次生成了Sedum alfredii的全长转录组,并构建了其叶片的首个单细胞图谱 | 对镉超积累的细胞类型特异性转录调控机制的理解仍有限 | 探讨镉胁迫下Sedum alfredii叶片细胞类型的特异性转录调控 | Sedum alfredii叶片在镉胁迫下的金属转运蛋白调控 | NA | NA | PacBio Iso-Seq技术,单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12,616个高质量单细胞样本 |
6217 | 2024-12-01 |
Diethylhexyl phthalate induces immune dysregulation and is an environmental immune disruptor
2024-Dec-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136244
PMID:39442302
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研究论文 | 研究探讨了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)对免疫系统的干扰作用 | 首次全面评估了DEHP对小鼠免疫系统的单细胞RNA测序影响,并建立了小鼠盲肠结扎和穿刺模型来研究DEHP对败血症诱导的免疫抑制和器官损伤的影响 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证DEHP的影响 | 探讨DEHP对免疫系统的干扰作用及其对急性感染和器官损伤的影响 | 小鼠的脾脏组织和免疫细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠脾脏组织样本 |
6218 | 2024-12-01 |
Pulmonary surfactant biogenesis blockage mediated polyhexamethylene guanidine disinfectant induced pulmonary fibrosis
2024-Dec-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136307
PMID:39488979
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研究论文 | 研究了聚六亚甲基胍(PHMG)消毒剂吸入暴露对肺纤维化的影响及其机制 | 揭示了PHMG通过破坏自噬流和阻断肺表面活性物质生物合成导致肺纤维化的机制 | NA | 探讨PHMG消毒剂吸入暴露引起的肺纤维化机制 | 肺纤维化及其相关机制 | NA | 肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
6219 | 2024-12-01 |
NOVEL ACTIVE PROTEINS FOR SEPSIS PROGNOSIS REVEALED THROUGH ScRNA-seq AND QUANTITATIVE PROTEOMICS
2024-Dec-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002408
PMID:38888471
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研究论文 | 通过多组学分析揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白 | 本研究通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学技术,揭示了与脓毒症预后相关的四种关键蛋白,为靶向治疗策略提供了新的见解 | 样本量相对较小,可能影响结果的普适性 | 揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白 | 脓毒症患者的外周血样本 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序和定量蛋白质组学 | NA | 基因表达数据和蛋白质表达数据 | 脓毒症患者53例,对照组16例 |
6220 | 2024-12-01 |
Huaier-induced suppression of cancer-associated fibroblasts confers immunotherapeutic sensitivity in triple-negative breast cancer
2024-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.156051
PMID:39299097
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研究论文 | 研究探讨了中药华蟾素在三阴性乳腺癌中的治疗作用及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次使用单细胞RNA测序系统分析华蟾素对三阴性乳腺癌微环境的影响,并揭示了华蟾素通过抑制癌症相关成纤维细胞向肌成纤维细胞的转变来增强免疫治疗效果 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证华蟾素的效果 | 探讨华蟾素在三阴性乳腺癌患者肿瘤免疫微环境中的治疗作用 | 三阴性乳腺癌及其肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |