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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6201 | 2025-10-06 |
STExplore: An Integrated Online Platform for Comprehensive Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomics Data
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401272
PMID:40045664
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研究论文 | 开发了一个集成在线平台STExplore,用于空间转录组数据的全面分析和可视化 | 支持多种空间转录组技术,整合单细胞RNA测序数据,提供完整分析流程和交互式可视化功能 | 未在摘要中明确说明平台的具体限制 | 解决现有空间转录组分析平台在技术兼容性、多组学数据整合和分析流程完整性方面的挑战 | 空间转录组数据,包括胚胎大脑发育、阿尔茨海默病和脑组织结构的案例研究 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | STExplore平台 | 支持测序基和图像基方法的在线分析平台,包含预处理、数据整合、聚类分析、基因水平分析和细胞间通讯研究 |
6202 | 2025-10-06 |
Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma
2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050666
PMID:40430484
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研究论文 | 本研究建立了自然杀伤细胞活化相关预后标志物,并确定CCNB1/CDK1复合物作为克服黑色素瘤中NK细胞功能障碍和肿瘤侵袭性的可药物靶点 | 首次发现CCNB1/CDK1复合物通过磷酸化STAT3激活IL-6/STAT3正反馈环路,同时通过TGF-β-SMAD2/3信号诱导EMT,揭示了其在免疫逃逸和肿瘤侵袭中的双重作用 | 研究主要基于体外共培养系统和动物模型,需要进一步临床验证 | 建立NK细胞活化相关预后标志物并识别可药物靶点以克服NK细胞功能障碍 | 黑色素瘤细胞、NK-92MI细胞、TCGA-SKCM队列数据 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、蛋白质数据 | TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6203 | 2025-10-06 |
Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning
2025-Apr-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051060
PMID:40426888
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研究论文 | 基于机器学习构建脓毒症中调节性T细胞相关基因的诊断模型 | 结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法筛选Treg相关诊断基因,并通过实验验证 | NA | 识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞基因并构建诊断模型 | 脓毒症患者和对照组的转录数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,qPCR实验 | 多种机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6204 | 2025-10-06 |
Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease
2025-Apr-27, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050496
PMID:40428318
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研究论文 | 开发并验证了基于机器学习的双硫死亡相关铁死亡生物标志物在炎症性肠病中的应用 | 首次将双硫死亡与铁死亡基因结合作为IBD诊断标志物,并采用机器学习方法筛选核心基因 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 鉴定双硫死亡相关铁死亡基因作为IBD诊断指标并阐明其机制 | 炎症性肠病患者和DSS诱导的小鼠结肠炎模型 | 机器学习 | 炎症性肠病 | RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序 | LASSO, 随机森林(RF) | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 四个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
6205 | 2025-10-06 |
Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer
2025-Apr-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051051
PMID:40426879
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研究论文 | 本研究探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用 | 首次通过双向孟德尔随机化分析证实GSTP与前列腺癌风险的因果关系,并结合单细胞RNA测序揭示细胞类型特异性表达模式 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探究谷胱甘肽代谢关键酶与前列腺癌的因果关系及分子机制 | 前列腺癌组织与正常组织 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, LASSO回归, 免疫浸润分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的前列腺癌转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
6206 | 2025-10-06 |
Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach
2025-Apr-24, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051035
PMID:40426863
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研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞方法鉴定结肠腺癌的潜在预后生物标志物 | 结合多组学分析和单细胞RNA测序技术系统筛选结肠腺癌关键枢纽基因 | 需要进一步的实验验证才能将发现转化为精准医疗应用 | 识别结肠腺癌的潜在生物标志物以推动个性化治疗策略 | 结肠腺癌(COAD)患者基因表达数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,DNA甲基化分析,miRNA分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 生物信息学分析流程 | 基因表达数据,表观遗传数据,单细胞测序数据 | 基于多个结肠腺癌基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,表观遗传分析 | NA | NA |
6207 | 2025-10-06 |
Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets
2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050618
PMID:40430440
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研究论文 | 通过多维数据分析策略探索痹祺胶囊治疗痛风的关键药物靶点及其治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和分子对接等多维方法系统揭示痹祺胶囊抗痛风的多靶点作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探索痹祺胶囊治疗痛风的潜在药物靶点和作用机制 | 痛风相关基因和痹祺胶囊作用靶点 | 生物信息学 | 痛风 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 基因集富集分析, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 药物靶点数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6208 | 2025-10-06 |
Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology
2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14050501
PMID:40427384
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综述 | 本文系统探讨了活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控机制及其在精准肿瘤治疗中的应用前景 | 首次系统整合了活性氧、微RNA和外泌体在肿瘤微环境中的三方互作机制,并探讨了天然产物通过调控这一轴线的治疗潜力 | NA | 阐明活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控网络及其治疗应用 | 肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞及外泌体介导的细胞间通讯 | 精准肿瘤学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞分析 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
6209 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-Apr-09, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01157-5
PMID:40204970
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研究论文 | 开发了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法 | 将真核生物MATQ-seq方法成功应用于细菌单细胞转录组分析,细胞保留率高达95%,显著优于现有方法 | NA | 建立高效可靠的细菌单细胞转录组测序方法 | 细菌单细胞,以鼠伤寒沙门氏菌为模型生物 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,rRNA去除,随机引物法 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | MATQ-seq | 整合流式细胞分选、随机引物和rRNA去除的细菌单细胞转录组测序平台 |
6210 | 2025-10-06 |
Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease
2025-Apr-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58321-4
PMID:40169559
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研究论文 | 本研究报道了针对镰状细胞病患者使用慢病毒载体DREPAGLOBE进行基因治疗的I/II期临床试验结果 | 首次通过单细胞转录组分析揭示HSCs中炎症特征与移植效果不佳的关联 | 样本量有限,随访时间相对较短(18-36个月) | 评估基于DREPAGLOBE的基因治疗在镰状细胞病患者中的安全性和有效性 | 镰状细胞病患者 | 基因治疗 | 镰状细胞病 | 慢病毒载体基因治疗,单细胞转录组分析 | NA | 临床数据,单细胞转录组数据 | I/II期临床试验患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6211 | 2025-10-06 |
LINC02363: a potential biomarker for early diagnosis and treatment of sepsis
2025-Mar-15, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00702-x
PMID:40089725
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定LINC02363作为脓毒症早期诊断和治疗的潜在生物标志物 | 首次发现LINC02363在脓毒症中显著上调,并通过多组学分析验证其作为新型生物标志物的潜力 | 样本来源单一,需要更大规模的多中心研究验证 | 识别在脓毒症中起关键作用的lncRNAs,为脓毒症诊断和治疗提供潜在生物标志物 | 脓毒症患者转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞测序, qPCR, WGCNA, GSEA | NA | 基因表达数据 | 从中国国家基因库获取的脓毒症患者转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
6212 | 2025-10-06 |
Integrating Metabolic RNA Labeling-Based Time-Resolved Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics for Spatiotemporal Transcriptomic Analysis
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401297
PMID:39390840
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研究论文 | 本研究通过整合代谢RNA标记的时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学,实现了胶质母细胞瘤的时空转录组分析 | 首次将时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学整合,提出时空分析新范式,揭示了胶质母细胞瘤中EZH2介导间质转化的新机制 | 技术整合复杂度较高,可能受限于两种技术的分辨率和灵敏度差异 | 开发时空转录组分析方法,解析胶质母细胞瘤中基因调控网络和细胞间通讯机制 | 胶质母细胞瘤细胞和肿瘤微环境中的细胞群体 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 代谢RNA标记时间分辨单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | Well-TEMP-seq | 代谢RNA标记时间分辨Well-TEMP-seq |
6213 | 2025-10-06 |
Chronic intermittent fasting impairs β cell maturation and function in adolescent mice
2025-02-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115225
PMID:39827461
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研究论文 | 本研究探讨了间歇性禁食对不同年龄小鼠β细胞功能的影响,发现长期禁食会损害年轻小鼠的β细胞成熟与功能 | 首次通过单细胞RNA测序揭示长期间歇性禁食对年轻个体β细胞成熟和功能的不利影响,并发现与1型糖尿病的相似模式 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据有限,需要更多临床研究验证 | 探究间歇性禁食对不同年龄个体代谢和β细胞功能的影响 | 老年、中年和年轻小鼠,以及人类胰岛 | 代谢研究 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多年龄段小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6214 | 2025-10-06 |
Early precursor-derived pituitary gland tissue-resident macrophages play a pivotal role in modulating hormonal balance
2025-02-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115227
PMID:39841599
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研究论文 | 通过单细胞转录组学等技术揭示了垂体驻留巨噬细胞的异质性及其通过细胞外ATP介导的信号调节激素平衡的机制 | 首次系统表征垂体驻留巨噬细胞的异质性和空间特异性,发现其全部起源于早期卵黄囊祖细胞并通过自我更新维持 | 未明确巨噬细胞调节激素平衡的具体分子通路细节 | 探究垂体驻留巨噬细胞的特征及其在调节激素平衡中的作用 | 小鼠垂体驻留巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 内分泌系统疾病 | 单细胞转录组学, 命运图谱, 成像技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6215 | 2025-10-06 |
The spatial landscape of cancer hallmarks reveals patterns of tumor ecological dynamics and drug sensitivity
2025-02-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115229
PMID:39864059
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析63个原发未治疗肿瘤,揭示了癌症标志物在肿瘤生态系统中的空间分布模式及其与治疗敏感性的关系 | 首次系统性地描绘了癌症标志物在肿瘤空间中的分布格局,发现了肿瘤亚克隆间基因组距离与标志物活性的相关性,以及克隆-标志物特化现象 | 样本量相对有限(63个肿瘤),仅涵盖10种癌症类型,空间分辨率可能受技术限制 | 探索肿瘤生态系统中癌症标志物的空间分布规律及其与治疗敏感性的关联 | 63个原发未治疗肿瘤样本(来自10种癌症类型)和33名膀胱癌患者(来自DUTRENEO试验) | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 63个原发肿瘤样本(10种癌症类型)+33名膀胱癌患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6216 | 2025-10-06 |
A single-cell and spatial wheat root atlas with cross-species annotations delineates conserved tissue-specific marker genes and regulators
2025-02-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115240
PMID:39893633
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研究论文 | 本研究构建了小麦根尖分生组织的单细胞和空间转录组图谱,通过跨物种注释方法识别了保守的组织特异性标记基因和调控因子 | 开发了基于同源性的跨物种注释方法,结合单细胞RNA测序和空间转录组学验证,解决了非模式植物物种细胞类型注释的难题 | 主要依赖公开数据集进行跨物种注释,可能受到物种间基因表达差异的影响 | 建立小麦根尖分生组织的细胞类型注释系统,识别保守的组织特异性标记基因和调控网络 | 土壤生长的小麦根系,以及小麦、水稻、玉米和拟南芥的公开数据集 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
6217 | 2025-10-06 |
Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue
2025-Feb-11, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-09970-y
PMID:39934436
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Cxcl9是调控衰老相关微血管代谢和血管生成功能障碍的关键因子 | 首次揭示Cxcl9通过抑制G蛋白偶联受体信号通路导致衰老内皮细胞能量代谢受损和血管生成减少的机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究衰老对微血管内皮细胞的影响及其分子机制 | 小鼠皮下脂肪组织中的微血管内皮细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 光片免疫荧光显微镜, 代谢通量平衡分析 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 老年小鼠皮下脂肪组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6218 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC
2025-Feb-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86950-8
PMID:39894886
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示胰腺导管腺癌肿瘤微环境的动态变化并建立预后模型 | 定义了新的Treg和耗竭T细胞标志基因TNFRSF4,建立了基于14个基因的预后模型,并鉴定了三种潜在治疗药物 | 使用已发表数据集,样本量相对有限(31个样本) | 阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤微环境中的细胞 | 单细胞分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后风险模型 | 单细胞转录组数据 | 31个PDAC样本(8个I期,9个II期,6个III期,8个IV期) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6219 | 2025-10-06 |
Exploring the level of metabolic reprogramming and the role of prognostic factor SF3A3 in hepatocellular carcinoma through integrated single-cell landscape analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0323559
PMID:40424306
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研究论文 | 通过整合单细胞景观分析探索肝细胞癌中代谢重编程水平及预后因子SF3A3的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示HCC代谢重编程异质性,发现SF3A3作为新型诊断和独立预后生物标志物 | 使用公共数据库数据,缺乏实验验证样本 | 研究肝细胞癌代谢重编程异质性并识别新的治疗靶点 | 肝细胞癌细胞及肿瘤微环境中的单核吞噬细胞、上皮细胞、内皮细胞、NK/T细胞、B细胞等 | 单细胞分析 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,拷贝数变异分析,基因本体富集分析,伪时序分析 | 诊断模型 | 单细胞RNA测序数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6220 | 2025-10-06 |
Identification of biomarkers associated with inflammatory response in Parkinson's disease by bioinformatics and machine learning
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0320257
PMID:40435035
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研究论文 | 通过生物信息学和机器学习方法筛选与帕金森病炎症反应相关的生物标志物基因 | 结合LASSO、SVM-RFE和随机森林三种机器学习算法筛选生物标志物,并进行了单细胞转录组数据分析 | NA | 筛选与帕金森病炎症反应相关的生物标志物基因 | 帕金森病患者相关基因表达数据 | 机器学习 | 帕金森病 | 生物信息学分析,机器学习 | LASSO, SVM-RFE, Random Forest | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |