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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6181 | 2025-10-06 |
Transcriptome Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in Human PDAC
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415196
PMID:40019403
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序全面绘制人类胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的转录组图谱 | 识别了9种不同的CAF亚型,包括新发现的CDCP1FTL CAFs、tCAFs、ISG myCAFs和pCAFs,揭示了CAF亚型间的分化可塑性和动态转换机制 | NA | 探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性和功能特性 | 人类胰腺导管腺癌组织中的癌症相关成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6182 | 2025-10-06 |
Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401145
PMID:40059456
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研究论文 | 开发了一种基于定性参考的空间细胞类型反卷积方法QR-SIDE,用于处理空间转录组数据 | 提出自适应调整每个标记基因贡献的稳健反卷积方法,并统一细胞类型反卷积与空间聚类 | 未明确说明方法在极端批次效应下的表现限制 | 开发稳健的空间细胞类型反卷积方法以解决参考数据集不可靠时的偏差问题 | 空间转录组数据中的细胞类型组成和基因表达水平 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Potts模型 | 空间转录组数据,基因表达数据 | 三个真实空间转录组数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Visium, ST平台 | 10x Visium空间转录组平台 |
6183 | 2025-10-06 |
PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413432
PMID:40162859
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现胰腺癌细胞分泌的PPY蛋白是诱导炎症性癌症相关成纤维细胞(iCAFs)的关键因子,并揭示其通过EGFR激活非经典NF-κB通路机制 | 首次发现胃肠道激素PPY作为iCAFs的新型诱导剂,相比已知诱导剂可能具有更小的全身性副作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探索胰腺癌免疫抑制微环境的形成机制并寻找改善免疫治疗效果的策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的炎症性癌症相关成纤维细胞(iCAFs) | 单细胞测序分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学(mIHC), mRNA测序, 免疫沉淀-质谱联用, 分子对接, PET-CT成像 | KPC(Kras; Trp53; Pdx1-Cre)小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织图像数据, 蛋白质相互作用数据 | 人类PDAC组织芯片, 小鼠原位移植瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6184 | 2025-10-06 |
CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis
2025-May, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00442-4
PMID:40185975
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脓毒症中CD47-淀粉样蛋白β-CD74信号通路诱导适应性免疫抑制的新机制 | 首次发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β产生,与B细胞上的CD74相互作用导致B细胞抑制,从而引发适应性免疫抑制的新信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明脓毒症中宿主反应失调导致免疫抑制的分子机制 | 脓毒症患者和小鼠模型的免疫细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 常规RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
6185 | 2025-10-06 |
From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411752
PMID:40190183
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示子宫腺肌症中子宫内膜异位浸润的分子机制 | 首次绘制了子宫腺肌症从内陷部位到深部病变的空间转录组图谱,并建立了首个子宫腺肌症转录组学网络资源 | NA | 阐明子宫腺肌症内陷结构的分子机制 | 子宫腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变 | 数字病理学 | 子宫腺肌症 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序解卷积, 组织学技术, 体外实验 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
6186 | 2025-10-06 |
Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407671
PMID:40271711
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定肝母细胞瘤中的恶性肝母细胞样细胞亚群及其通过IGF2依赖的胆固醇积累维持干细胞特性的机制 | 首次在肝母细胞瘤中鉴定出恶性肝母细胞样细胞亚群,揭示其通过IGF2/SREBF2通路促进胆固醇异常积累维持干细胞特性的新机制 | 研究主要基于单细胞转录组数据分析,需要进一步的实验验证机制 | 探索肝母细胞瘤的发病机制和潜在治疗靶点 | 肝母细胞瘤患者样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6187 | 2025-10-06 |
Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses
2025-May-01, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002
PMID:40273915
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研究论文 | 开发了一种内源性蛋白质标记方法,用于系统研究蛋白质组动态和未折叠蛋白质响应 | 建立了结合高通量成像和单细胞RNA测序的方法,首次实现了对空间限制性蛋白质错误折叠响应的无偏映射 | NA | 系统研究蛋白质组组织、调控和功能,特别是蛋白质质量控制响应机制 | 内源性HaloTag标记的蛋白质库 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 高通量成像, 原位条形码测序 | NA | 图像数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6188 | 2025-10-06 |
Mas Signaling Potentiates Neutrophil Extracellular Traps Formation Induced by Endothelial Cells Derived S1P in Mice with Acute Liver Failure
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411428
PMID:40285622
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研究论文 | 本研究探讨Mas信号通路在急性肝衰竭中通过FXR-S1P轴促进中性粒细胞胞外诱捕网形成的作用机制 | 首次揭示Mas信号通过调控肠道菌群代谢产物DCA激活肝脏FXR-S1P轴,进而促进内皮细胞介导的NETs形成 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体验证;机制研究主要基于基因敲除和代谢组学分析 | 阐明Mas信号在急性肝衰竭中调控中性粒细胞胞外诱捕网形成的分子机制 | Mas1基因敲除小鼠和野生型小鼠(6-8周龄雄性) | 分子生物学 | 急性肝衰竭 | 单细胞测序、代谢组学分析、基因敲除技术 | NA | 基因表达数据、代谢组数据、单细胞测序数据 | Mas1基因敲除和野生型小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6189 | 2025-10-06 |
MEA-seqX: High-Resolution Profiling of Large-Scale Electrophysiological and Transcriptional Network Dynamics
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412373
PMID:40304297
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研究论文 | 介绍MEA-seqX平台用于同时记录和分析分子与电生理网络活动 | 首次整合高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像和先进计算策略,实现分子和电生理网络活动的同步记录 | 仅在小鼠海马体经验依赖性可塑性模型中验证 | 解码分子事件与神经元活动之间的相互影响关系 | 小鼠海马体神经元网络 | 神经科学,计算生物学 | NA | 空间转录组学,光学成像,电生理记录 | 机器学习算法,图论分析 | 电生理信号,基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | MEA-seqX | 整合高密度微电极阵列、空间转录组学和光学成像的多模态平台 |
6190 | 2025-10-06 |
Lactylation-Driven NUPR1 Promotes Immunosuppression of Tumor-Infiltrating Macrophages in Hepatocellular Carcinoma
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413095
PMID:40305758
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研究论文 | 本研究揭示NUPR1通过乳酸化修饰在肝细胞癌肿瘤浸润巨噬细胞中驱动免疫抑制的新机制 | 首次发现肿瘤来源的乳酸通过组蛋白乳酸化上调巨噬细胞中NUPR1表达,形成促进免疫抑制的正反馈循环 | 临床前模型研究,需要进一步临床验证 | 探究NUPR1在肝细胞癌肿瘤微环境免疫抑制中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,功能验证实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
6191 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of the Primary Visual Cortex in Mice With Optic Nerve Injury
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.31
PMID:40408096
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究视神经损伤后小鼠初级视皮层的损伤变化及胶质细胞异质性 | 首次在单细胞水平揭示视神经损伤后初级视皮层中星形胶质细胞和小胶质细胞的异质性及伪时间轨迹 | 研究仅针对小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究视神经损伤后初级视皮层的损伤机制及胶质细胞异质性 | 小鼠初级视皮层组织 | 单细胞测序分析 | 视神经损伤 | 单细胞RNA测序, qPCR, Western blot, 免疫荧光 | Seurat, cellchat, CytoTRACE | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠初级视皮层组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6192 | 2025-10-06 |
STExplore: An Integrated Online Platform for Comprehensive Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomics Data
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401272
PMID:40045664
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研究论文 | 开发了一个集成在线平台STExplore,用于空间转录组数据的全面分析和可视化 | 支持多种空间转录组技术,整合单细胞RNA测序数据,提供完整分析流程和交互式可视化功能 | 未在摘要中明确说明平台的具体限制 | 解决现有空间转录组分析平台在技术兼容性、多组学数据整合和分析流程完整性方面的挑战 | 空间转录组数据,包括胚胎大脑发育、阿尔茨海默病和脑组织结构的案例研究 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | STExplore平台 | 支持测序基和图像基方法的在线分析平台,包含预处理、数据整合、聚类分析、基因水平分析和细胞间通讯研究 |
6193 | 2025-10-06 |
Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma
2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050666
PMID:40430484
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研究论文 | 本研究建立了自然杀伤细胞活化相关预后标志物,并确定CCNB1/CDK1复合物作为克服黑色素瘤中NK细胞功能障碍和肿瘤侵袭性的可药物靶点 | 首次发现CCNB1/CDK1复合物通过磷酸化STAT3激活IL-6/STAT3正反馈环路,同时通过TGF-β-SMAD2/3信号诱导EMT,揭示了其在免疫逃逸和肿瘤侵袭中的双重作用 | 研究主要基于体外共培养系统和动物模型,需要进一步临床验证 | 建立NK细胞活化相关预后标志物并识别可药物靶点以克服NK细胞功能障碍 | 黑色素瘤细胞、NK-92MI细胞、TCGA-SKCM队列数据 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、蛋白质数据 | TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6194 | 2025-10-06 |
Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning
2025-Apr-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051060
PMID:40426888
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研究论文 | 基于机器学习构建脓毒症中调节性T细胞相关基因的诊断模型 | 结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法筛选Treg相关诊断基因,并通过实验验证 | NA | 识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞基因并构建诊断模型 | 脓毒症患者和对照组的转录数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,qPCR实验 | 多种机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6195 | 2025-10-06 |
Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease
2025-Apr-27, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050496
PMID:40428318
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研究论文 | 开发并验证了基于机器学习的双硫死亡相关铁死亡生物标志物在炎症性肠病中的应用 | 首次将双硫死亡与铁死亡基因结合作为IBD诊断标志物,并采用机器学习方法筛选核心基因 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 鉴定双硫死亡相关铁死亡基因作为IBD诊断指标并阐明其机制 | 炎症性肠病患者和DSS诱导的小鼠结肠炎模型 | 机器学习 | 炎症性肠病 | RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序 | LASSO, 随机森林(RF) | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 四个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
6196 | 2025-10-06 |
Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer
2025-Apr-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051051
PMID:40426879
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研究论文 | 本研究探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用 | 首次通过双向孟德尔随机化分析证实GSTP与前列腺癌风险的因果关系,并结合单细胞RNA测序揭示细胞类型特异性表达模式 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探究谷胱甘肽代谢关键酶与前列腺癌的因果关系及分子机制 | 前列腺癌组织与正常组织 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, LASSO回归, 免疫浸润分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的前列腺癌转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
6197 | 2025-10-06 |
Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach
2025-Apr-24, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051035
PMID:40426863
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研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞方法鉴定结肠腺癌的潜在预后生物标志物 | 结合多组学分析和单细胞RNA测序技术系统筛选结肠腺癌关键枢纽基因 | 需要进一步的实验验证才能将发现转化为精准医疗应用 | 识别结肠腺癌的潜在生物标志物以推动个性化治疗策略 | 结肠腺癌(COAD)患者基因表达数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,DNA甲基化分析,miRNA分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 生物信息学分析流程 | 基因表达数据,表观遗传数据,单细胞测序数据 | 基于多个结肠腺癌基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,表观遗传分析 | NA | NA |
6198 | 2025-10-06 |
Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets
2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050618
PMID:40430440
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研究论文 | 通过多维数据分析策略探索痹祺胶囊治疗痛风的关键药物靶点及其治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和分子对接等多维方法系统揭示痹祺胶囊抗痛风的多靶点作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探索痹祺胶囊治疗痛风的潜在药物靶点和作用机制 | 痛风相关基因和痹祺胶囊作用靶点 | 生物信息学 | 痛风 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 基因集富集分析, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 药物靶点数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6199 | 2025-10-06 |
Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology
2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14050501
PMID:40427384
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综述 | 本文系统探讨了活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控机制及其在精准肿瘤治疗中的应用前景 | 首次系统整合了活性氧、微RNA和外泌体在肿瘤微环境中的三方互作机制,并探讨了天然产物通过调控这一轴线的治疗潜力 | NA | 阐明活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控网络及其治疗应用 | 肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞及外泌体介导的细胞间通讯 | 精准肿瘤学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞分析 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
6200 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-Apr-09, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01157-5
PMID:40204970
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研究论文 | 开发了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法 | 将真核生物MATQ-seq方法成功应用于细菌单细胞转录组分析,细胞保留率高达95%,显著优于现有方法 | NA | 建立高效可靠的细菌单细胞转录组测序方法 | 细菌单细胞,以鼠伤寒沙门氏菌为模型生物 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,rRNA去除,随机引物法 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | MATQ-seq | 整合流式细胞分选、随机引物和rRNA去除的细菌单细胞转录组测序平台 |