单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 6181 - 6200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6181 | 2024-11-26 |
Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing
2024-Nov-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111250
PMID:39569377
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研究论文 | 本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重化方法 | 本文提出了一种样本多重化方法，通过使用胆固醇修饰的寡核苷酸对每个样本进行唯一序列条形码标记，从而在生物信息学上解析样本来源 | 本文未详细讨论该方法在其他细胞类型或物种中的适用性 | 研究目的是开发一种能够在单细胞RNA测序中解析样本来源的方法 | 研究对象是视网膜神经节细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 小鼠视网膜样本 |
| 6182 | 2024-11-26 |
Actin Dysregulation Induces Neuroendocrine Plasticity and Immune Evasion: A Vulnerability of Small Cell Lung Cancer
2024-Nov-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528365
PMID:36824957
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研究论文 | 研究了CRACD在小细胞肺癌中的作用及其对肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的影响 | 首次揭示了CRACD通过调节肌动蛋白聚合和EZH2介导的H3K27甲基化，影响小细胞肺癌的肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸 | 研究主要集中在CRACD和EZH2的作用，未全面探讨其他潜在的调控机制 | 探讨小细胞肺癌中肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的机制 | 小细胞肺癌细胞及其相关基因和蛋白质 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 涉及小细胞肺癌患者肿瘤样本 |
| 6183 | 2024-11-26 |
Cross-tissue organization of myeloid cells in scleroderma and related fibrotic diseases
2024-Nov-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000001047
PMID:39171604
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综述 | 本文综述了硬皮病及相关纤维化疾病中髓系细胞在不同组织中的分布情况 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，提出了一种统一的髓系细胞命名法，并发现了一种新的树突状细胞亚群DC3 | scRNA-Seq研究在髓系细胞类型的命名上存在不一致性 | 探讨硬皮病及相关纤维化疾病中髓系细胞的组织分布和命名统一 | 硬皮病、特发性肺纤维化、COVID-19肺纤维化、骨髓纤维化及肝、肾、心脏纤维化中的髓系细胞 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及多种纤维化疾病的多个组织样本 |
| 6184 | 2024-11-26 |
Mapping intratumoral myeloid-T cell interactomes at single-cell resolution reveals targets for overcoming checkpoint inhibitor resistance
2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.28.620093
PMID:39554094
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研究论文 | 本文开发了一种计算方法，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）衍生的单细胞分辨率细胞间相互作用图谱，并应用于研究CD40激动剂（CD40ag）如何改变免疫细胞间的对话，特别是在肿瘤模型中与免疫检查点阻断（ICB）联合使用时 | 本文创新性地开发了一种计算方法，能够有效分析单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用，并揭示了CD40ag在改善ICB反应中的作用 | 本文未详细讨论该计算方法在其他类型肿瘤或不同数据集上的适用性和泛化能力 | 研究如何通过分析单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用，揭示CD40ag在克服免疫检查点抑制剂耐药性中的作用 | 研究对象包括肿瘤微环境中的髓系细胞和T细胞，以及它们在CD40ag和ICB治疗下的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 6185 | 2024-11-26 |
Cell2Sentence: Teaching Large Language Models the Language of Biology
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.11.557287
PMID:39554079
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研究论文 | 介绍了一种名为Cell2Sentence的新方法，将大型语言模型直接适应于生物学背景，特别是单细胞转录组学 | 通过将基因表达数据转化为“细胞句子”，Cell2Sentence方法填补了自然语言处理与生物学之间的空白 | NA | 探索如何将大型语言模型应用于生物学领域，特别是单细胞转录组学 | 单细胞转录组学数据和大型语言模型 | 自然语言处理 | NA | NA | GPT-2 | 基因表达数据 | NA |
| 6186 | 2024-11-26 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619910
PMID:39554174
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研究论文 | 研究探讨了一种细胞因子混合物对人类巨噬细胞进行阿尔茨海默病相关分子和细胞表型的体外重编程能力 | 首次使用细胞因子混合物成功诱导人类巨噬细胞向阿尔茨海默病相关表型转变 | 研究仅限于体外实验，尚未在体内验证其效果 | 研究细胞因子对人类巨噬细胞重编程的能力，以模拟阿尔茨海默病相关表型 | 人类THP-1巨噬细胞 | 细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了细胞因子混合物处理的THP-1巨噬细胞样本 |
| 6187 | 2024-11-26 |
Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619653
PMID:39463935
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研究论文 | 研究揭示了新兴真菌病原体白色念珠菌在皮肤组织中的细胞特异性抗真菌免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃避策略 | 首次通过单细胞转录组学揭示了白色念珠菌在皮肤感染中的细胞特异性免疫反应和免疫逃避机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类免疫反应存在差异 | 探讨白色念珠菌在皮肤感染中的免疫反应和免疫逃避机制 | 白色念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞和非免疫细胞 | 数字病理学 | 真菌感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤组织样本 |
| 6188 | 2024-11-26 |
Prognostic value and potential mechanism of cellular senescence and tumor microenvironment in hepatocellular carcinoma: Insights from bulk transcriptomics and single-cell sequencing analysis
2024-May, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24121
PMID:38189188
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研究论文 | 研究了细胞衰老和肿瘤微环境在肝细胞癌中的预后价值和潜在机制 | 开发了CellAge和TME评分，作为肝细胞癌的独立预后因素和免疫治疗预测因子 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨细胞衰老和肿瘤微环境在肝细胞癌中的预后价值和机制 | 肝细胞癌患者的细胞衰老和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 368个肝细胞癌样本和64个GSE116174数据集样本，以及18个GSE149614数据集中的肿瘤样本 |
| 6189 | 2024-11-26 |
Sample multiplexing for retinal single-cell RNA-sequencing
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.23.589797
PMID:38712294
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研究论文 | 本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重化方法 | 提出了使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重化的方法，以提高单细胞RNA测序分析的精度 | NA | 研究视网膜神经节细胞的细胞类型分布和转录组变异 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠视网膜样本 |
| 6190 | 2024-11-26 |
Extracellular cancer‑associated fibroblasts: A novel subgroup in the cervical cancer microenvironment that exhibits tumor‑promoting roles and prognosis biomarker functions
2024-Apr, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2024.14300
PMID:38449793
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析宫颈癌微环境中CAF的异质性，并发现了一种新的亚群ecCAFs，具有促肿瘤作用和预后生物标志物功能 | 首次通过单细胞RNA测序将宫颈癌微环境中的CAF分为myCAFs和ecCAFs，并发现ecCAFs具有更强的促肿瘤作用 | 研究样本量较小，仅基于五个宫颈癌样本进行分析 | 评估宫颈癌微环境中CAF的异质性，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 宫颈癌微环境中的CAF及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个宫颈癌样本 |
| 6191 | 2024-11-26 |
Exploring the tumor microenvironment: Chemokine-related genes and immunotherapy/chemotherapy response in clear-cell renal cell carcinoma
2024-Mar-15, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24190
PMID:38488671
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研究论文 | 研究探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中与免疫治疗和化疗反应相关的趋化因子相关基因，并构建了预后模型 | 首次基于ccRCC患者的综合转录组图谱构建了趋化因子相关基因的预后模型，并揭示了肿瘤微环境对ccRCC生物学和免疫治疗反应的重要影响 | NA | 识别与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）预后相关的趋化因子相关基因，并构建预后模型 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者及细胞系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 531个样本的bulk转录组数据和GSE159115单细胞RNA测序数据 |
| 6192 | 2024-11-26 |
A comprehensive single cell transcriptional landscape of human hematopoietic progenitors
2019-06-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10291-0
PMID:31160568
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了人类造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期细胞命运决策的关键分支点 | 本文提供了一个更广泛的骨髓系阴性造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期成人造血结构中的关键缺失分支点，并发现了CD164作为早期HSPC分化的可靠标记 | NA | 揭示人类造血祖细胞的早期细胞命运决策机制 | 人类骨髓CD34+细胞和系阴性造血祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6193 | 2024-11-25 |
The impact of cathepsins on liver hepatocellular carcinoma: Insights from genetic and functional analyses
2025-Jan-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.149064
PMID:39486661
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研究论文 | 研究探讨了组织蛋白酶E在肝细胞癌中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 首次系统研究了组织蛋白酶E在肝细胞癌中的作用，并揭示了其在细胞增殖和信号传导中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和现有数据库分析，缺乏临床试验验证 | 探讨组织蛋白酶E在肝细胞癌中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌及其相关组织蛋白酶E的表达和功能 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、免疫组化分析、siRNA技术 | NA | RNA | 包括HepG2和Huh7细胞系在内的多个样本 |
| 6194 | 2024-11-25 |
Integrative analysis of anoikis-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of CDKN3 as a key oncogene in lung adenocarcinoma
2024-Dec-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113282
PMID:39383787
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研究论文 | 研究分析了与失巢凋亡相关的基因在肺腺癌中的表达模式和预后意义，并鉴定了CDKN3作为关键的致癌基因 | 构建了基于失巢凋亡相关基因的风险评分模型，并验证了其在免疫治疗和临床应用中的有效性 | NA | 研究失巢凋亡相关基因在肺腺癌中的预后价值及其与免疫治疗的关系 | 肺腺癌患者的失巢凋亡相关基因表达及其预后意义 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归 | 基因表达数据 | 使用了TCGA-LUAD数据库和GEO数据集，以及临床样本 |
| 6195 | 2024-11-25 |
OSCC-derived EVs educate fibroblasts and remodel collagen landscape
2024-Dec, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.matbio.2024.10.004
PMID:39393503
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研究论文 | 研究探讨了口腔鳞状细胞癌（OSCC）来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过调节癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）和相关胶原蛋白来重塑肿瘤微环境 | 首次揭示了OSCC来源的EVs在调控纤维母细胞向mCAFs分化以及特定胶原蛋白类型富集中的重要作用 | NA | 探讨OSCC来源的EVs在肿瘤微环境重塑中的作用机制 | OSCC来源的EVs、纤维母细胞、mCAFs、胶原蛋白 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序、免疫荧光染色、蛋白质组分析 | NA | 单细胞测序数据、免疫荧光图像、蛋白质组数据 | OSCC组织样本 |
| 6196 | 2024-11-25 |
MCGAE: unraveling tumor invasion through integrated multimodal spatial transcriptomics
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae608
PMID:39576225
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MCGAE的多视角对比图自编码器，用于整合多模态空间转录组数据，以揭示肿瘤侵袭区域 | MCGAE通过创建多视角表示和整合基因表达、空间邻接矩阵及形态学图像特征，显著提升了多模态数据处理能力 | NA | 开发一种先进的深度计算框架，用于复杂的空间转录组数据分析 | 空间转录组数据，特别是结直肠癌肝转移中的肿瘤侵袭区域 | 生物医学研究 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | 多视角对比图自编码器 | 基因表达数据、空间坐标数据、形态学信息 | 模拟数据集和真实空间转录组数据集 |
| 6197 | 2024-11-25 |
Roles of cathepsin S expression levels on the prognosis and tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma
2024-Nov-21, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01547-3
PMID:39570472
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研究论文 | 研究了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达水平及其对预后和肿瘤微环境的影响 | 首次探讨了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的潜在作用及其分子功能，并发现其作为预后生物标志物和免疫相关治疗靶点的潜力 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据分析，体外实验验证较少 | 探讨组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对预后和肿瘤微环境的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者的组织样本和相关数据 | 数字病理学 | 肾癌 | qRT-PCR, IHC | NA | 基因表达数据, 免疫细胞浸润数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个透明细胞肾细胞癌样本 |
| 6198 | 2024-11-25 |
Peripheral nerve-derived CSF1 induces BMP2 expression in macrophages to promote nerve regeneration and wound healing
2024-Nov-21, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-024-00379-7
PMID:39572537
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研究论文 | 研究揭示了周围神经来源的CSF1通过诱导巨噬细胞中BMP2表达促进神经再生和伤口愈合的机制 | 首次验证了神经与巨噬细胞之间的相互作用在去神经伤口愈合中的关键作用，并揭示了CSF1诱导BMP2表达的神经免疫调节途径 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其有效性和安全性 | 探讨炎症和修复性巨噬细胞的调控机制及其在伤口愈合中的作用 | 巨噬细胞、神经元、伤口愈合过程 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 小鼠早期和晚期皮肤伤口样本 |
| 6199 | 2024-11-25 |
Single-cell sequencing of full-length transcripts and T-cell receptors with automated high-throughput Smart-seq3
2024-Nov-21, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-11036-0
PMID:39574011
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研究论文 | 开发了一种自动化高通量Smart-seq3工作流程，用于单细胞全长转录本和T细胞受体的测序 | 提出了自动化高通量Smart-seq3工作流程，显著提高了细胞捕获效率、基因检测灵敏度和T细胞受体重建的准确性 | NA | 开发和优化单细胞测序技术，以提高数据质量和细胞异质性解析能力 | 人类初级CD4+ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录本 | 人类初级CD4+ T细胞 |
| 6200 | 2024-11-25 |
High content of nuclei-free low-quality cells in reference single-cell atlases: a call for more stringent quality control using nuclear fraction
2024-Nov-21, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-11015-5
PMID:39574015
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研究论文 | 本文探讨了现有单细胞RNA测序数据集中存在的低质量细胞污染问题，并呼吁采用更严格的质控标准 | 提出了将细胞内含子分数或MALAT1表达纳入质控标准，以提高细胞图谱数据的可靠性 | 未详细描述具体实施这些质控标准的步骤和方法 | 揭示现有单细胞RNA测序数据集中的低质量细胞污染问题，并提出改进建议 | 人类细胞图谱、Tabula Sapiens和Tabula Muris等大型单细胞RNA测序数据集 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及多个组织和器官的数据集 |