单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6181	2025-01-27	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-Jan-25, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	本文介绍了HemaScope，一个专门用于分析造血细胞单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据的生物信息学工具包	HemaScope工具包结合了scRNA-seq和ST技术的优势，提供了模块化设计，能够处理造血细胞的特异性特征，如谱系归属评估、细胞周期预测和标记基因收集	未明确提及具体限制	开发一个用户友好的工具包，用于分析造血细胞的单细胞和空间转录组学数据	造血细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	案例研究中使用了人类骨髓细胞图谱、小鼠急性髓性白血病细胞、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤的微环境
6182	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞
6183	2025-01-27	Invasive growth of brain metastases is linked to CHI3L1 release from pSTAT3-positive astrocytes 2024-06-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae013 PMID:38271182	研究论文	本文探讨了pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞（RAs）对脑转移瘤（BrM）侵袭模式的影响，并评估了STAT3抑制或RA特异性STAT3基因消融对BrM生长的影响	揭示了pSTAT3阳性RAs通过分泌CHI3L1驱动BrM侵袭性生长，并提出了STAT3和CHI3L1作为治疗高度侵袭性BrM的潜在靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床环境中验证其治疗效果	研究pSTAT3阳性RAs对脑转移瘤侵袭模式的影响，并探索其作为STAT3抑制治疗预测生物标志物的潜力	人类和患者来源的异种移植（PDX）脑转移瘤、同源和转基因小鼠模型	数字病理学	脑转移瘤	免疫组织化学、单细胞RNA测序、脑切片-肿瘤共培养实验	PDX模型、同源小鼠模型、转基因小鼠模型	图像、RNA测序数据	人类和PDX脑转移瘤样本、小鼠模型
6184	2025-01-26	Epigenomics-guided precision oncology: Chromatin variants in prostate tumor evolution 2025-Jan-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35327 PMID:39853587	review	本文探讨了表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，特别是染色质变异如何促进肿瘤进化和治疗抵抗	提出了染色质变异作为表观基因组异质性的基本单位，并探讨了其在指导精准肿瘤学新时代中的潜力	主要基于现有研究的综述，缺乏新的实验数据支持	探索表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，以改善患者治疗效果	前列腺癌细胞中的染色质变异	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序和液体活检表观基因组分析	NA	表观基因组数据	NA
6185	2025-01-26	The role of MRO as an M2 macrophage-associated gene in non-small cell lung cancer: insights into immune infiltration, prognostic significance, and therapeutic implications 2025-Jan-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01817-8 PMID:39838218	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞相关基因MRO在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用，重点关注免疫浸润、预后意义和治疗潜力	首次系统性地研究了MRO基因在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞的关联，并评估了其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA数据库的样本，缺乏外部验证队列，且未进行实验验证	探讨MRO基因在非小细胞肺癌中的免疫浸润、预后意义和治疗潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）样本，包括肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	CIBERSORT算法、单细胞RNA测序、ESTIMATE算法、TIDE和Submap分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的NSCLC样本
6186	2025-01-26	Exploring the utility of snRNA-seq in profiling human bladder tissue: A comprehensive comparison with scRNA-seq 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111628 PMID:39850354	研究论文	本文探讨了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析人类膀胱组织中的效用，并与单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行了全面比较	比较了snRNA-seq和scRNA-seq在表征下泌尿道（LUT）细胞类型中的优势和局限性，特别是在人类膀胱组织中的应用	不同组织中的比较研究结果不一致，snRNA-seq在细胞类型识别方面存在挑战	确定snRNA-seq和scRNA-seq在表征下泌尿道细胞类型中的优势和局限性	人类膀胱组织	生物信息学	NA	snRNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
6187	2025-01-26	Novel Integration of Spatial and Single-Cell Omics Data Sets Enables Deeper Insights into IPF Pathogenesis 2025-Jan-13, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13010003 PMID:39846634	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，深入研究了特发性肺纤维化（IPF）的发病机制，并识别了与疾病相关的细胞类型和潜在治疗靶点	创新性地整合了空间转录组学、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，提供了对IPF发病机制的更深入理解，并验证了方法的通用性	研究主要基于已发表的数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	研究目标是识别与IPF发病机制相关的细胞类型和潜在治疗靶点	研究对象为特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微切割质谱	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	基于已发表的数据集，具体样本数量未明确
6188	2025-01-26	A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1186 PMID:39675380	研究论文	本研究评估了九种商业化的单细胞RNA测序（scRNA-seq）试剂盒，并引入了一个新的度量标准——读取利用率，以区分不同试剂盒的性能	引入了读取利用率这一新度量标准，用于评估scRNA-seq试剂盒将测序读取转化为可用计数的效率	研究仅使用了来自单一供体的外周血单核细胞（PBMCs），可能限制了结果的普适性	评估和比较商业化的单细胞RNA测序技术，以促进单细胞研究的有效实施	九种商业化的单细胞RNA测序试剂盒	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	169,262个细胞
6189	2025-01-26	Mesenchymal Traits as an Intrinsic Feature of Undifferentiated Cells 2024-Dec-24, Journal of developmental biology IF:2.2Q3 DOI:10.3390/jdb13010001 PMID:39846630	研究论文	本文通过分析早期胚胎阶段和成人组织的单细胞转录组数据集，探讨了间充质表型在未分化细胞中的内在特征	挑战了传统观点，提出间充质表型和混合间充质/上皮状态可能标志着具有干细胞特性的癌细胞，并将这一概念扩展到病理背景之外	研究主要依赖于公开的单细胞转录组数据集，可能缺乏实验验证	探讨间充质表型在未分化细胞中的内在特征及其在胚胎发育和成人器官中的表达	早期胚胎阶段和成人组织的单细胞转录组数据	生物信息学	癌症	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	公开的单细胞转录组数据集
6190	2025-01-26	Dynamic cell fate plasticity and tissue integration drive functional synovial joint regeneration 2024-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.12.628180 PMID:39713398	研究论文	本文通过开发成年斑马鱼的单侧全关节切除模型，研究了如何刺激原生滑膜关节组织的再生	揭示了成年骨骼中潜在的分子和细胞程序，这些程序被用于再生具有润滑关节软骨的复杂关节	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	研究成年哺乳动物滑膜关节的再生能力及其机制	成年斑马鱼的滑膜关节	生物医学工程	关节疾病	microCT、组织学、活体成像、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	图像、RNA测序数据	成年斑马鱼的全关节切除模型
6191	2025-01-26	TRIM44, a Novel Prognostic Marker, Supports the Survival of Proteasome-Resistant Multiple Myeloma Cells 2024-08-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171431 PMID:39273003	研究论文	本文探讨了TRIM44在多发性骨髓瘤（MM）中的预后影响和治疗潜力，发现其过表达与不良预后相关，并在疾病进展中起关键作用	首次揭示了TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后价值及其在蛋白酶体抑制剂耐药性中的关键作用	研究主要基于回顾性队列分析，缺乏前瞻性临床试验验证	探讨TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后影响和治疗潜力	多发性骨髓瘤患者	癌症研究	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	858名多发性骨髓瘤患者
6192	2025-01-26	3D-Bioprinted Co-Cultures of Glioblastoma Multiforme and Mesenchymal Stromal Cells Indicate a Role for Perivascular Niche Cells in Shaping Glioma Chemokine Microenvironment 2024-08-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171404 PMID:39272976	研究论文	本文利用3D生物打印技术研究胶质母细胞瘤（GBM）与间充质基质细胞的共培养，探讨了血管周围微环境细胞在塑造胶质瘤趋化因子微环境中的作用	通过3D生物打印技术恢复了GBM细胞在单层培养中失去的趋化因子多样性，并揭示了血管周围微环境细胞在GBM肿瘤趋化因子微环境中的重要作用	研究仅使用了两种GBM细胞系，可能无法完全代表所有GBM肿瘤的异质性	研究胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤微环境中的趋化因子分泌及其与血管周围微环境细胞的相互作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞系U-251和DK-MG，以及间充质基质细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	3D生物打印，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两种GBM细胞系（U-251和DK-MG）及间充质基质细胞
6193	2025-01-26	Genome Restructuring around Innate Immune Genes in Monocytes in Alcohol-associated Hepatitis 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.07.607014 PMID:39211112	研究论文	本文研究了酒精性肝炎（AH）患者单核细胞中基因组结构的变化及其对先天免疫基因表达的影响	首次使用Hi-C技术结合scRNA-seq数据，揭示了AH患者单核细胞中染色质结构的变化及其对炎症基因表达的影响	样本量较小，仅包括4名AH患者和4名健康对照	探讨酒精性肝炎患者单核细胞中基因组结构的变化及其对炎症基因表达的调控机制	酒精性肝炎患者的单核细胞	基因组学	酒精性肝炎	Hi-C技术, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	4名AH患者和4名健康对照的单核细胞
6194	2025-01-26	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	本研究通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	首次结合代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学和多重成像技术，对术前肝脏活检进行多参数分析，以预测胰腺癌患者的转移结果	样本量相对较小（49例胰腺癌患者和19例对照患者），需要更大规模的研究验证结果	预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	49例局部胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	代谢组数据、转录组数据、成像数据	49例胰腺癌患者和19例对照患者
6195	2025-01-26	Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae170 PMID:39659592	研究论文	本研究提出了一种通过负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗体-抗原结合预测的准确性	利用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行去噪，改进了抗原结合预测的准确性	样本间数据大小和噪声结构的差异可能影响模型的普适性	提高LIBRA-seq数据中抗体-抗原特异性预测的准确性	单细胞B细胞受体测序数据	生物信息学	NA	LIBRA-seq	负二项混合模型	单细胞测序数据	9个供体的LIBRA-seq实验数据
6196	2025-01-26	Single-cell RNA sequencing elucidates cellular plasticity in esophageal small cell carcinoma following chemotherapy treatment 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1477705 PMID:39850495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食管小细胞癌患者在化疗前后的细胞可塑性及肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上揭示了食管小细胞癌化疗后的细胞可塑性变化及肿瘤微环境的动态交互	研究仅基于单一患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨化疗对食管小细胞癌细胞可塑性及肿瘤微环境的影响	食管小细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的化疗前后样本
6197	2025-01-26	Correlation between circulating innate lymphoid cell precursors and thymic function 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103732 PMID:35118353	研究论文	本文探讨了胸腺在固有淋巴细胞（ILC）前体细胞分化中的作用及其在不同外周组织中的补充作用	研究发现胸腺在不同外周组织中补充ILC池的作用，并揭示了年龄对ILC前体细胞丰度的影响	研究未明确胸腺在组织ILC池稳态中的具体贡献机制	研究胸腺在固有淋巴细胞前体细胞分化中的作用及其与年龄相关的免疫功能差异	固有淋巴细胞前体细胞及胸腺功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和无胸腺裸鼠的血液样本
6198	2025-01-25	Zinc ions facilitate metabolic bioenergetic recovery post spinal cord injury by activating microglial mitophagy through the STAT3-FOXO3a-SOD2 pathway 2025-Feb-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.11.045 PMID:39613048	研究论文	本研究探讨了锌离子通过激活小胶质细胞线粒体自噬，促进脊髓损伤后代谢能量恢复的机制	揭示了锌离子通过STAT3-FOXO3a-SOD2轴调控线粒体基因表达，改善小胶质细胞能量稳态的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索锌离子在脊髓损伤后小胶质细胞代谢恢复中的作用	脊髓损伤后的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6199	2025-01-25	Single-cell analysis of human peripheral blood reveals high immune response activity in successful ageing individuals 2025-Feb, Mechanisms of ageing and development IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.mad.2024.112011 PMID:39622417	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）外周血的免疫系统动态调控及其分子机制	揭示了成功老龄化个体中CD8效应记忆T细胞和终末分化B细胞的富集，以及CD56 NK细胞中Fc-γ受体信号通路的激活，这些发现可能作为健康老龄化的生物标志物	样本量相对较小，仅包括7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照	研究老龄化过程中免疫系统的动态调控及其分子机制	成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）的外周血单核细胞	生物信息学	老年病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	87,215个外周血单核细胞，来自7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照
6200	2025-01-25	Cellular heterogeneity and cytokine signatures in acute myeloid leukemia: A novel prognostic model 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102194 PMID:39689517	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞RNA测序技术，解析了急性髓性白血病（AML）的复杂细胞景观，并构建了一个基于七种关键细胞因子相关基因的预后风险评分模型	通过单细胞RNA测序揭示了AML的细胞异质性，并首次构建了一个基于细胞因子相关基因的预后风险评分模型，该模型在多个独立AML患者队列中验证了其强大的预后能力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	解析AML的细胞异质性并开发一个临床适用的预后风险评分模型	AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	预后风险评分模型	RNA测序数据	多个独立AML患者队列