单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 6181 - 6200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6181 | 2025-10-06 |
Long Non-Coding RNAs and RNA-Binding Proteins in Pancreatic Cancer Development and Progression
2025-May-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101601
PMID:40427100
|
综述 | 本文综述了长链非编码RNA和RNA结合蛋白在胰腺癌发展与进展中的作用机制及潜在治疗策略 | 系统探讨lncRNAs和RBPs作为非基因组生物标志物在胰腺癌中的调控功能，提出针对这些分子的干预策略 | NA | 探讨lncRNAs和RBPs在胰腺癌发病机制中的作用及作为治疗靶点的潜力 | 胰腺导管腺癌(PDAC) | NA | 胰腺癌 | 基因表达分析，单细胞转录组分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6182 | 2025-10-06 |
The Key Role and Mechanism of Oxidative Stress in Hypertrophic Cardiomyopathy: A Systematic Exploration Based on Multi-Omics Analysis and Experimental Validation
2025-May-07, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14050557
PMID:40427439
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证系统探索了氧化应激在肥厚型心肌病中的关键作用机制 | 首次结合多组学分析和实验验证系统识别了四个氧化应激相关特征基因，并通过单细胞RNA测序揭示了其细胞类型特异性表达 | 研究样本量有限，需要更大规模的临床验证 | 探索氧化应激在肥厚型心肌病发病机制中的关键作用和分子机制 | 肥厚型心肌病患者的转录组数据和心肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 分子对接, 体外实验 | LASSO回归, SVM-RFE, 随机森林, WGCNA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 6183 | 2025-10-06 |
TissueViewer: a web-based multiplexed image viewer
2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246
PMID:40279289
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研究论文 | 开发了一个基于网络的多重图像查看器TissueViewer，用于快速浏览和共享空间生物学数据集 | 开发了首个易于设置和使用的基于网络的多重图像查看器，能够在低带宽要求下高速传输高分辨率图像 | 用户上传数据限制为50GB，可能需要进一步扩展存储容量 | 解决空间生物学大型数据集浏览和共享的技术挑战 | 多重免疫荧光染色和空间转录组学产生的组织切片图像数据 | 数字病理学 | NA | 多重免疫荧光染色，空间转录组学分析 | NA | 多重图像数据 | NA | MIBI, CODEX, Orion, Nanostring, Vizgen | 空间转录组学，多重免疫荧光成像 | MIBI, CODEX, Orion, Nanostring CosMX SMI, Vizgen | 能够同时获取1-1000种不同标记信号的商业平台 |
| 6184 | 2025-10-06 |
scACCorDiON: a clustering approach for explainable patient level cell-cell communication graph analysis
2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf288
PMID:40327499
|
研究论文 | 提出一种基于最优传输的聚类方法scACCorDiON，用于分析患者水平的细胞-细胞通信图 | 使用马尔可夫链上的节点距离作为有向加权图之间的基础度量，能够比使用无向图的方法更好地按疾病状态对样本进行聚类 | NA | 开发能够分析大型患者队列中样本特异性细胞-细胞通信事件的计算方法 | 胰腺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 最优传输算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6185 | 2025-10-06 |
Leveraging Spatial Transcriptomics to Decode Craniofacial Development
2025-May-03, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050557
PMID:40428379
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在解码颅面发育过程中的应用 | 利用空间转录组学技术首次在组织原位分析颅面发育过程中基因表达的空间分布 | 这是一项进行中的工作，尚未形成完整的研究结论 | 揭示颅面组织（如腭部和牙齿）发育过程中的细胞和分子事件 | 腭部和牙齿发育过程中的细胞和组织 | 空间转录组学 | 腭裂和牙齿发育不全 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6186 | 2025-10-06 |
Spatially Aware Domain Adaptation Enables Cell Type Deconvolution from Multi-Modal Spatially Resolved Transcriptomics
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401163
PMID:39623794
|
研究论文 | 开发了一种名为SpaDA的空间感知域适应方法，用于从多模态空间分辨转录组数据中准确估计细胞类型的空间分布 | 首次提出同时建模多模态特征的空间感知域适应方法，整合转录组、组织学图像和空间位置数据 | NA | 解决空间分辨转录组数据中细胞类型反卷积的挑战 | 空间分辨转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨转录组技术，单细胞RNA测序 | 自表达变分自编码器，深度空间分布对齐 | 转录组数据，组织学图像，空间位置数据 | NA | NA | 空间分辨转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6187 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401107
PMID:39760243
|
综述 | 本文综述空间转录组学技术的进展、计算工具及其在神经科学中的关键应用 | 系统梳理了从早期图像技术到现代测序方法的空间转录组学技术演变，并重点阐述其在神经科学领域的突破性应用 | 面临测序技术提升和稳健计算工具开发等挑战 | 阐明空间转录组学技术进展、计算工具及其在神经科学中的应用 | 空间转录组学技术、计算分析工具、神经科学研究 | 空间转录组学 | 脑肿瘤、阿尔茨海默病、精神分裂症等神经疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6188 | 2025-10-06 |
Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401451
PMID:39905872
|
研究论文 | 提出一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征 | 首个能够利用样本生理/病理状态特征，在多异质空间切片中有效表征表型相关特征的深度学习框架 | NA | 开发计算工具以识别空间转录组学中与表型相关的空间特征 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习，图嵌入 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6189 | 2025-10-06 |
CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401192
PMID:39930931
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了CDK16+管腔祖细胞样肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用导致乳腺癌化疗耐药 | 首次系统性地识别了CDK16+管腔祖细胞样肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的空间互作网络在化疗耐药中的关键作用 | 研究样本量相对有限，需要更大规模的临床验证 | 探索乳腺癌新辅助化疗耐药的细胞机制和潜在治疗靶点 | 乳腺癌患者和小鼠模型的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 175,825个单细胞，来自新辅助化疗前后活检样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 6190 | 2025-10-06 |
Transcriptome Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in Human PDAC
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415196
PMID:40019403
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序全面绘制人类胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的转录组图谱 | 识别了9种不同的CAF亚型，包括新发现的CDCP1FTL CAFs、tCAFs、ISG myCAFs和pCAFs，揭示了CAF亚型间的分化可塑性和动态转换机制 | NA | 探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性和功能特性 | 人类胰腺导管腺癌组织中的癌症相关成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6191 | 2025-10-06 |
Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401145
PMID:40059456
|
研究论文 | 开发了一种基于定性参考的空间细胞类型反卷积方法QR-SIDE，用于处理空间转录组数据 | 提出自适应调整每个标记基因贡献的稳健反卷积方法，并统一细胞类型反卷积与空间聚类 | 未明确说明方法在极端批次效应下的表现限制 | 开发稳健的空间细胞类型反卷积方法以解决参考数据集不可靠时的偏差问题 | 空间转录组数据中的细胞类型组成和基因表达水平 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Potts模型 | 空间转录组数据，基因表达数据 | 三个真实空间转录组数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium, ST平台 | 10x Visium空间转录组平台 |
| 6192 | 2025-10-06 |
PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413432
PMID:40162859
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现胰腺癌细胞分泌的PPY蛋白是诱导炎症性癌症相关成纤维细胞(iCAFs)的关键因子，并揭示其通过EGFR激活非经典NF-κB通路机制 | 首次发现胃肠道激素PPY作为iCAFs的新型诱导剂，相比已知诱导剂可能具有更小的全身性副作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 探索胰腺癌免疫抑制微环境的形成机制并寻找改善免疫治疗效果的策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的炎症性癌症相关成纤维细胞(iCAFs) | 单细胞测序分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学(mIHC), mRNA测序, 免疫沉淀-质谱联用, 分子对接, PET-CT成像 | KPC(Kras; Trp53; Pdx1-Cre)小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织图像数据, 蛋白质相互作用数据 | 人类PDAC组织芯片, 小鼠原位移植瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6193 | 2025-10-06 |
CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis
2025-May, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00442-4
PMID:40185975
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脓毒症中CD47-淀粉样蛋白β-CD74信号通路诱导适应性免疫抑制的新机制 | 首次发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β产生，与B细胞上的CD74相互作用导致B细胞抑制，从而引发适应性免疫抑制的新信号通路 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 阐明脓毒症中宿主反应失调导致免疫抑制的分子机制 | 脓毒症患者和小鼠模型的免疫细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 常规RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6194 | 2025-10-06 |
From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411752
PMID:40190183
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示子宫腺肌症中子宫内膜异位浸润的分子机制 | 首次绘制了子宫腺肌症从内陷部位到深部病变的空间转录组图谱，并建立了首个子宫腺肌症转录组学网络资源 | NA | 阐明子宫腺肌症内陷结构的分子机制 | 子宫腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变 | 数字病理学 | 子宫腺肌症 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序解卷积, 组织学技术, 体外实验 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6195 | 2025-10-06 |
Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407671
PMID:40271711
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定肝母细胞瘤中的恶性肝母细胞样细胞亚群及其通过IGF2依赖的胆固醇积累维持干细胞特性的机制 | 首次在肝母细胞瘤中鉴定出恶性肝母细胞样细胞亚群，揭示其通过IGF2/SREBF2通路促进胆固醇异常积累维持干细胞特性的新机制 | 研究主要基于单细胞转录组数据分析，需要进一步的实验验证机制 | 探索肝母细胞瘤的发病机制和潜在治疗靶点 | 肝母细胞瘤患者样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6196 | 2025-10-06 |
Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses
2025-May-01, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002
PMID:40273915
|
研究论文 | 开发了一种内源性蛋白质标记方法，用于系统研究蛋白质组动态和未折叠蛋白质响应 | 建立了结合高通量成像和单细胞RNA测序的方法，首次实现了对空间限制性蛋白质错误折叠响应的无偏映射 | NA | 系统研究蛋白质组组织、调控和功能，特别是蛋白质质量控制响应机制 | 内源性HaloTag标记的蛋白质库 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 高通量成像, 原位条形码测序 | NA | 图像数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6197 | 2025-10-06 |
Mas Signaling Potentiates Neutrophil Extracellular Traps Formation Induced by Endothelial Cells Derived S1P in Mice with Acute Liver Failure
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411428
PMID:40285622
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研究论文 | 本研究探讨Mas信号通路在急性肝衰竭中通过FXR-S1P轴促进中性粒细胞胞外诱捕网形成的作用机制 | 首次揭示Mas信号通过调控肠道菌群代谢产物DCA激活肝脏FXR-S1P轴，进而促进内皮细胞介导的NETs形成 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人体验证；机制研究主要基于基因敲除和代谢组学分析 | 阐明Mas信号在急性肝衰竭中调控中性粒细胞胞外诱捕网形成的分子机制 | Mas1基因敲除小鼠和野生型小鼠（6-8周龄雄性） | 分子生物学 | 急性肝衰竭 | 单细胞测序、代谢组学分析、基因敲除技术 | NA | 基因表达数据、代谢组数据、单细胞测序数据 | Mas1基因敲除和野生型小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6198 | 2025-10-06 |
MEA-seqX: High-Resolution Profiling of Large-Scale Electrophysiological and Transcriptional Network Dynamics
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412373
PMID:40304297
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研究论文 | 介绍MEA-seqX平台用于同时记录和分析分子与电生理网络活动 | 首次整合高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像和先进计算策略，实现分子和电生理网络活动的同步记录 | 仅在小鼠海马体经验依赖性可塑性模型中验证 | 解码分子事件与神经元活动之间的相互影响关系 | 小鼠海马体神经元网络 | 神经科学,计算生物学 | NA | 空间转录组学,光学成像,电生理记录 | 机器学习算法,图论分析 | 电生理信号,基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | MEA-seqX | 整合高密度微电极阵列、空间转录组学和光学成像的多模态平台 |
| 6199 | 2025-10-06 |
Lactylation-Driven NUPR1 Promotes Immunosuppression of Tumor-Infiltrating Macrophages in Hepatocellular Carcinoma
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413095
PMID:40305758
|
研究论文 | 本研究揭示NUPR1通过乳酸化修饰在肝细胞癌肿瘤浸润巨噬细胞中驱动免疫抑制的新机制 | 首次发现肿瘤来源的乳酸通过组蛋白乳酸化上调巨噬细胞中NUPR1表达，形成促进免疫抑制的正反馈循环 | 临床前模型研究，需要进一步临床验证 | 探究NUPR1在肝细胞癌肿瘤微环境免疫抑制中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，功能验证实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6200 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of the Primary Visual Cortex in Mice With Optic Nerve Injury
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.31
PMID:40408096
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究视神经损伤后小鼠初级视皮层的损伤变化及胶质细胞异质性 | 首次在单细胞水平揭示视神经损伤后初级视皮层中星形胶质细胞和小胶质细胞的异质性及伪时间轨迹 | 研究仅针对小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究视神经损伤后初级视皮层的损伤机制及胶质细胞异质性 | 小鼠初级视皮层组织 | 单细胞测序分析 | 视神经损伤 | 单细胞RNA测序, qPCR, Western blot, 免疫荧光 | Seurat, cellchat, CytoTRACE | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠初级视皮层组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |