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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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601 | 2025-10-05 |
Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417843
PMID:40586758
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和代谢组学分析,揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点 | 首次结合非靶向代谢组学和单细胞RNA测序技术,发现MYC通过调控糖酵解促进效应T细胞异常反应的新机制 | 研究样本量有限,主要基于实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型,需要更多临床验证 | 探索贝赫切特葡萄膜炎的疾病特异性代谢改变及其治疗靶点 | 贝赫切特葡萄膜炎患者、健康对照者和实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠 | 生物信息学 | 自身免疫性疾病 | 非靶向代谢组学,单细胞RNA测序 | NA | 代谢组数据,单细胞转录组数据 | 贝赫切特葡萄膜炎患者和健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序,代谢组学 | NA | NA |
602 | 2025-10-05 |
Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415984
PMID:40605604
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研究论文 | 本研究揭示创伤性脑损伤后脉络丛中ILC2细胞的积累及其通过调节免疫微环境和促进海马神经发生改善神经功能的机制 | 首次发现脉络丛成纤维细胞与ILC2形成的生态位在创伤性脑损伤后促进海马神经发生的作用机制 | NA | 探究创伤性脑损伤后脉络丛结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经修复的影响 | 创伤性脑损伤小鼠模型中的脉络丛组织和海马组织 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
603 | 2025-10-05 |
Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues
2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000961
PMID:40626838
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综述 | 本文概述了空间转录组学在HIV组织研究中的应用路线图,包括平台选择、工作流程和生物信息学分析 | 提出了HIV组织持久性研究的空间转录组学路线图,整合了多种空间分析技术 | 目标RNA捕获中目标数量增加会降低灵敏度,分析需要确保严谨性并验证发现 | 探索HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息 | HIV感染细胞及其周围组织微环境 | 空间转录组学 | HIV感染 | 空间转录组学, ATAC-seq, T细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
604 | 2025-10-05 |
The Evolutionary Trajectory and Prognostic Value of GITR+ Tregs Reprogramed by Tumor-Intrinsic PD-1/c-MET Signaling in Pancreatic Cancer
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500806
PMID:40673866
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺癌中肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路通过驱动GITR⁺ Tregs的积累促进免疫逃逸的机制 | 首次发现MET信号通路选择性驱动具有强免疫抑制功能的GITR⁺ Tregs亚群积累,并阐明MET-IL-23-STAT4轴在其中的关键作用 | 研究主要基于胰腺导管腺癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 探究肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路的免疫调节作用及其在胰腺癌免疫逃逸中的机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中的免疫细胞,特别是GITR⁺调节性T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,原位肿瘤模型 | NA | 基因表达数据,免疫组化数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
605 | 2025-10-05 |
Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413998
PMID:40720723
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研究论文 | 本研究通过多组学分析开发了增强牛肌源性祖细胞分化的培养基,优化了培养肉的2D和3D肌肉模型 | 首次通过多组学方法系统表征牛肌源性祖细胞分化分子图谱,并开发出能同时促进肌细胞分化和维持祖细胞特性的增强培养基 | 研究主要聚焦于体外模型,需要进一步验证在规模化培养肉生产中的适用性 | 优化培养肉生产技术,提高肌肉细胞分化效率 | 牛肌源性祖细胞(MPCs) | 组织工程 | NA | 多组学分析、单细胞转录组学、蛋白质组学 | 2D培养模型、3D骨骼肌构建体 | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq、蛋白质组学 | NA | NA |
606 | 2025-10-05 |
Neuro-immuno-stromal context in colorectal cancer: An enteric glial cell-driven prognostic model via machine learning predicts survival, recurrence, and therapy response
2025-Sep-01, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733
PMID:40914542
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研究论文 | 基于肠胶质细胞相关基因构建机器学习预后模型,用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应 | 首次整合肠胶质细胞和结直肠癌相关基因表达,通过机器学习构建预后模型,揭示神经-免疫-基质微环境在结直肠癌中的作用 | 需要进一步验证模型的临床适用性 | 开发并验证结直肠癌预后预测模型 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA测序 | RSF随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
607 | 2025-10-05 |
Role of Tunneling Nanotubes in Arachidonic Acid Transfer and Macrophage Function Reprogramming in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500148
PMID:40552574
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研究论文 | 本研究揭示隧道纳米管通过转移花生四烯酸重编程肿瘤相关巨噬细胞功能促进肝内胆管癌进展的机制 | 首次发现隧道纳米管是肿瘤源性脂肪酸转移的主要途径,并阐明花生四烯酸通过PI3K-AKT通路驱动巨噬细胞表型重编程 | 研究主要基于异种移植模型,需要在人类原代样本中进一步验证 | 探究隧道纳米管在肿瘤微环境中巨噬细胞功能重编程中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞和肝内胆管癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 脂质组学, 代谢组学, 转录组分析 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据, 脂质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
608 | 2025-10-05 |
Maximizing Efficacy of Cancer Nanovaccines and Immune Cells Landscape in Responders and Non-Responders to Immunotherapy
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416756
PMID:40574416
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研究论文 | 本研究通过优化癌症纳米疫苗尺寸并分析免疫细胞图谱,开发出能治愈大多数荷瘤小鼠的癌症疫苗 | 确定了纳米/微米疫苗的最佳尺寸(≤400 nm和2.5 µm),并首次系统描绘了免疫治疗应答者与非应答者的免疫细胞图谱 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 最大化癌症疫苗疗效并揭示免疫治疗应答机制 | 荷瘤小鼠(黑色素瘤、肺癌、胰腺癌、黑色素瘤肺转移模型)及癌症患者 | 免疫治疗 | 黑色素瘤、肺癌、胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 21个样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
609 | 2025-10-05 |
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveals Immune Microenvironment Remodelling in Lymph Node Metastasis of Lung Adenocarcinoma
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70859
PMID:40988131
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了肺腺癌淋巴结转移中的免疫微环境重塑 | 整合单细胞测序与多组学特征开发了LNRScore风险预测模型,并鉴定HMGA1作为核心基因在转移进展中的作用 | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 探究肺腺癌淋巴结转移对肿瘤微环境的影响并开发风险预测模型 | 转移性和非转移性淋巴结组织 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 集成机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据,多组学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
610 | 2025-10-05 |
Integrative Multi-Omics Features Stratify Metabolic and Immune Subtypes in Glioma
2025-Sep, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-24-00928
PMID:41004701
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和MRI影像组学特征,对胶质瘤的代谢和免疫亚型进行分层分类 | 首次开发了基于代谢-免疫特征的胶质瘤分类器,并结合单细胞RNA测序和空间转录组验证亚型特征 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证模型的泛化能力 | 改进胶质瘤分类方法,实现更精准的个性化治疗策略 | 胶质瘤患者 | 数字病理 | 胶质瘤 | 转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组测序,MRI影像组学 | 机器学习算法 | 基因组数据,影像数据,转录组数据 | 1,720例胶质瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,转录组测序 | NA | NA |
611 | 2025-10-05 |
DeCoST: unveiling cell type heterogeneity in spatial transcriptomics based on inter-domain alignment and Gaussian kernel conditional autoregressive
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf490
PMID:40991330
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研究论文 | 提出一种基于跨域对齐和高斯核条件自回归的空间转录组学细胞类型解卷积新方法DeCoST | 整合高斯核条件自回归模型利用空间上下文信息,并采用域适应技术解决单细胞与空间转录组数据间的平台效应 | 未明确说明方法对特定组织类型或数据质量的依赖性 | 开发空间转录组数据解卷积方法以解析细胞类型异质性和空间组织 | 人类胰腺导管腺癌、小鼠嗅球和小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 高斯核条件自回归模型,域适应 | 空间转录组数据,单细胞数据 | 模拟数据集和真实案例研究(具体样本数未提供) | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
612 | 2025-10-05 |
Assessing tissue-specific gene expression of essential genes from human and mouse
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf487
PMID:40991328
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研究论文 | 开发了一种名为scEssentials的统计方法,用于评估人类和小鼠必需基因在组织特异性中的表达模式 | 首次利用大规模单细胞RNA测序图谱系统研究必需基因在不同细胞类型中的表达稳健性和特异性 | 方法主要基于表达数据,未直接验证基因功能必需性 | 研究必需基因在组织特异性表达中的模式和特征 | 人类和小鼠的必需基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 超过60种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
613 | 2025-10-05 |
Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity
2025-Aug-12, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018
PMID:40808259
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研究论文 | 开发基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的T细胞单核苷酸变异精准校正平台 | 首次建立基于HDR的T细胞SNV校正平台,实现高达80%的校正效率且未检测到基因组/转录组/蛋白质组异常 | 不适用于晚期疾病、炎症或急性感染患者 | 开发治疗先天性免疫缺陷病的自体T细胞基因校正疗法 | STAT1功能获得性突变、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良等IEI模型 | 基因编辑 | 先天性免疫缺陷病 | CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
614 | 2025-10-05 |
Transcriptomic profiling of mink spleen infected by Aleutian mink disease virus: Insight into immune response
2025-Aug-12, Research in veterinary science
IF:2.2Q1
DOI:10.1016/j.rvsc.2025.105842
PMID:41005216
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研究论文 | 本研究通过转录组分析探究水貂感染阿留申水貂病毒后脾脏的免疫反应机制 | 首次系统揭示阿留申水貂病毒感染后脾脏转录组动态变化,识别出8个直接参与免疫反应的关键差异表达基因 | 仅研究脾脏组织,未涵盖其他靶器官;未使用单细胞RNA测序技术 | 识别与宿主对阿留申病毒感染反应相关的基因和通路 | 阿留申病毒感染的黑色雄性水貂脾脏组织 | 转录组学 | 病毒性疾病 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 12只无AMDV黑色雄性水貂(4组全同胞,每组3只) | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina TruSeq RNA kit, HiScanSQ | Illumina TruSeq RNA建库试剂盒,HiScanSQ测序仪,101 bp双端测序 |
615 | 2025-10-05 |
Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis
2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004
PMID:40340245
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研究论文 | 本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌肝转移中SPP1+成纤维细胞在代谢异质性和转移生长中的关键作用 | 首次在结直肠癌肝转移中识别出富含SPP1成纤维细胞的空间区域,该区域具有代谢重编程能力和免疫抑制特性 | 样本量相对有限(仅2例未治疗患者提供新鲜手术样本),需要更大规模研究验证 | 探究结直肠癌肝转移中关键微观区域及其在肿瘤进展中的作用机制 | 结直肠癌肝转移患者的手术样本和冷冻组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌肝转移 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, 免疫荧光, RT-qPCR, 非靶向代谢组学 | NA | 空间转录组数据, 代谢组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 12个新鲜手术样本(来自2例患者)+ 92个冷冻组织样本(来自40例患者) | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
616 | 2025-10-05 |
Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway
2025-Aug, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13394
PMID:40007244
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研究论文 | 本研究探讨Toll样受体7在牙周炎中的作用及其通过NF-κB信号通路促进牙周炎症和牙槽骨吸收的机制 | 首次揭示TLR7在牙周炎中的新作用,并阐明TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键通路 | NA | 研究TLR7在牙周炎中的作用及其潜在机制 | 人牙龈组织、牙周炎小鼠模型、小鼠骨髓来源巨噬细胞 | 分子生物学 | 牙周炎 | 单细胞测序、基因敲低、信号通路抑制 | NA | 基因表达数据、组织样本、细胞实验数据 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈样本、牙周炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
617 | 2025-10-05 |
scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq
2025-Aug, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.70213
PMID:40772737
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研究论文 | 提出一个混合效应框架scCOSMiX,用于单细胞RNA测序数据中的差异共表达和转录相互作用建模 | 首次在单细胞RNA-seq数据分析中考虑多主体层次设计,通过基于copula的方法处理来自同一个体的细胞间相关性 | 方法性能依赖于模拟分析验证,在真实数据中的应用仍需进一步验证 | 开发能够系统研究单细胞水平基因-基因相互作用的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型,copula模型 | 基因表达数据 | 两个数据集GSE266919和GSE108989 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴和板式单细胞RNA测序实验方案 |
618 | 2025-10-05 |
Spatial Transcriptomics Brings New Challenges and Opportunities for Trajectory Inference
2025-08, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
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综述 | 探讨空间转录组学为轨迹推断带来的挑战与机遇 | 系统分析空间转录组数据中空间批次效应、测量粒度和切片偏差对轨迹推断的独特影响 | 作为综述文章,不包含原始实验数据或方法验证 | 评估空间转录组学背景下轨迹推断方法面临的挑战和解决方案 | 空间转录组数据和轨迹推断方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
619 | 2025-10-05 |
MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661992
PMID:40631143
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研究论文 | 提出MORPH框架用于预测单细胞水平上遗传扰动的响应结果 | 结合差异变分自编码器和注意力机制,能够预测未见过的扰动、扰动组合及新细胞环境中的扰动响应 | NA | 开发能够跨条件和数据模态预测遗传扰动单细胞结果的计算模型 | 单细胞对遗传扰动的响应 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学,成像技术 | 变分自编码器,注意力机制 | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
620 | 2025-10-05 |
α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61167-5
PMID:40593693
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研究论文 | 本研究阐明了烟碱型乙酰胆碱受体在人类皮质发育过程中对放射状胶质细胞命运的调控机制 | 首次发现人类特异性CHRFAM7A亚基在放射状胶质细胞末端富集,并揭示YAP1作为nAChR信号通路下游关键效应分子 | 研究主要基于体外培养模型,需要进一步在体验证 | 探究产前尼古丁暴露影响人类皮质发育的细胞分子机制 | 人类皮质发育过程中的放射状胶质细胞和神经前体细胞 | 发育神经生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,器官型切片培养,分散细胞培养,基因敲降 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |