单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39582 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2026-05-15 |
Why are iron chelators not as effective as artemisinin in killing malaria parasites?
2026-May-13, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07373-6
PMID:42129917
|
research paper | 研究为何铁螯合剂在杀死疟原虫方面不如青蒿素有效，通过单细胞RNA测序和功能实验揭示机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较青蒿素衍生物与铁螯合剂对疟原虫的基因表达影响，揭示青蒿素在消化液泡中积累并破坏血红素/铁稳态的关键作用 | 仅使用单一疟原虫株（3D7）和特定铁螯合剂（地拉罗司），未涵盖所有耐药株 | 阐明青蒿素与铁螯合剂抗疟效果差异的分子机制，为优化青蒿素联合疗法提供依据 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum 3D7）和约氏疟原虫（P. yoelii） | machine learning | 疟疾 | 单细胞RNA测序、透射电子显微镜、体外/体内感染实验 | NA | RNA测序数据、显微镜图像 | 恶性疟原虫3D7株的多个发育阶段，约氏疟原虫感染的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序用于分析处理后3、9、24小时的基因表达变化 |
| 602 | 2026-05-15 |
From tarsal anatomy to tear-film homeostasis: A history-informed review of the meibomian gland in ocular surface biology
2026-May-12, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2026.111052
PMID:42119841
|
综述 | 回顾睑板腺从解剖发现到成为眼表疾病核心因素的转变过程 | 提出‘认知激活’这一分析性术语，从历史演进的视角系统解析睑板腺从解剖结构到疾病因果关联的四个转变阶段，并结合当代多组学、细胞与计算研究展望未来分类方向 | 未明确讨论该历史分析框架在其他解剖结构或疾病中的应用限制 | 阐述睑板腺在眼表生物学中从解剖认识到疾病核心概念的演化历程 | 睑板腺及相关眼表结构 | NA | 干眼症 | 单细胞转录组学、空间转录组学、脂质组学、人工智能图像分析 | 类器官模型 | 文本、图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 603 | 2026-05-15 |
HOXD11-NMDAR signaling drives neuroendocrine prostate cancer and enables potential therapeutic intervention as a target of memantine
2026-May-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117330
PMID:42126948
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了HOXD11-NMDAR信号通路驱动神经内分泌前列腺癌的机制，并发现美金刚作为候选治疗策略的潜力 | 首次发现HOXD11作为神经内分泌转化的关键驱动因子，并验证其通过激活FOXA2和NMDAR亚基促进NEPC进展，同时提出美金刚的潜在治疗价值 | 初步临床观察仅涉及一例可评估患者，需更大样本验证；机制研究基于TRAMP小鼠模型，与人类NEPC的完全一致性有待确认 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的分子机制及潜在治疗靶点 | TRAMP小鼠（跨病理阶段从早期腺癌到晚期NEPC）及一例化疗失败NEPC患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同病理阶段的TRAMP小鼠及1例人类NEPC患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 604 | 2026-05-15 |
Multi-omics precision diagnosis of brucellosis: Advances in biomarker discovery and clinical application
2026-May-12, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2026.121074
PMID:42128325
|
综述 | 本文综述了布鲁氏菌病诊断从病原体检测向多组学精准诊断的范式转变，涵盖核酸扩增技术、免疫蛋白质组学、宿主反应生物标志物及人工智能整合 | 首次系统整合核酸扩增技术（从qPCR到ddPCR及CRISPR-Cas生物传感）、免疫蛋白质组学发现的新型血清优势抗原及多表位融合蛋白，以及基于转录组、代谢组和单细胞RNA测序的宿主反应生物标志物，并探讨人工智能整合多维度数据构建预测诊断模型 | 未明确提及具体局限性 | 推动布鲁氏菌病精准医学发展，弥合生物标志物发现与临床即时检验之间的差距 | 布鲁氏菌病及其诊断方法 | 机器学习 | 布鲁氏菌病 | 核酸扩增技术, 免疫蛋白质组学, 转录组学, 代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 605 | 2026-05-15 |
Tumor-immune-neural circuit disrupts energy homeostasis in cancer cachexia
2026-May-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.01.014
PMID:41687610
|
研究论文 | 本文揭示了一种由肿瘤-免疫-神经回路驱动的癌症恶病质和厌食症的机制，核心因子为生长分化因子15（GDF15） | 首次发现肿瘤、巨噬细胞和神经通路之间的非细胞自主性前馈回路导致能量稳态失衡，并验证了靶向GDF15、CSF1R或RET的治疗潜力 | 未明确GDF15在中枢神经系统的具体受体及下游β-肾上腺素信号放大恶病质的确切分子路径 | 阐明癌症恶病质和厌食症的潜在机制，并探索新的治疗靶点 | 小鼠胰腺癌、肺癌和皮肤癌模型中的肿瘤-免疫-神经相互作用 | 机器学习 | 癌症恶病质 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 采用基因工程小鼠模型，涉及胰腺癌、肺癌和皮肤癌模型，具体样本量未详述 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 606 | 2026-05-15 |
Endocrine therapy reprogramming of breast cancer facilitates metastatic escape via upregulation of P-Rex1/Rac1 signalling
2026-05-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70683-x
PMID:42115169
|
研究论文 | 本研究揭示内分泌治疗通过上调P-Rex1/Rac1信号通路促进乳腺癌转移逃逸的机制 | 首次发现内分泌治疗可重编程乳腺癌细胞，通过上调P-Rex1/Rac1信号轴促进晚期复发转移，并提出该通路作为潜在治疗靶点 | NA | 探究内分泌治疗后乳腺癌晚期复发的分子机制 | 雌激素受体阳性乳腺癌细胞及患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、活体成像 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 临床队列样本及患者来源异种移植模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 转录组测序 |
| 607 | 2026-05-15 |
A transcriptionally distinct population of human adipocytes with end-of-trajectory signature (hEOS) emerges during obesity to drive maladaptive inflammation
2026-May-08, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.108240
PMID:42107509
|
研究论文 | 通过整合单核RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据，确定了一个在肥胖中出现的具有终末轨迹特征的脂肪细胞群体hEOS，该群体与巨噬细胞形成空间单元，通过HIF1A-LAMA4-ITGB1-NF-κB轴驱动炎症 | 首次鉴定出肥胖相关的疾病特异性脂肪细胞群体hEOS，并揭示其与巨噬细胞共同形成的适应不良空间免疫代谢单元，以及LAMA4-整合素-NF-κB轴作为潜在治疗靶点 | 未提及明显局限性 | 研究肥胖相关脂肪组织微环境中脂肪细胞与免疫细胞的相互作用机制，寻找新的治疗靶点 | 人类白色脂肪组织中的脂肪细胞和巨噬细胞 | 自然语言处理 | 肥胖相关代谢疾病 | 单核RNA测序， 空间转录组学， 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据， 空间转录数据 | 489名个体的247,406个细胞核 | NA | 单核RNA-seq， 空间转录组学， 批量RNA-seq | NA | NA |
| 608 | 2026-05-15 |
A D-dimer and ADAMTS8 based multi-marker score for the diagnosis of acute aortic dissection
2026-05-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-51121-w
PMID:42098242
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学筛选和血浆蛋白验证，开发了一种基于D-二聚体和ADAMTS8的多标志物评分，用于急性主动脉夹层的诊断 | 首次利用空间转录组学技术筛选急性主动脉夹层相关基因，并构建了整合D-二聚体、ADAMTS8、身高、收缩压和年龄的多标志物诊断评分，实现了高灵敏度和特异性 | 样本量相对有限，独立验证集的代表性可能不足，评分在真实临床环境中的普适性需进一步验证 | 探索用于优化急性主动脉夹层诊断的生物标志物 | 急性主动脉夹层患者及对照人群的血浆样本和主动脉组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、血浆蛋白水平数据 | 302名参与者（173例急性主动脉夹层病例，129例对照） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 609 | 2026-05-15 |
Dynamic responses of cancer-associated fibroblasts to therapy in primary liver cancer
2026-May-05, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218566
PMID:42097494
|
综述 | 该综述全面总结了原发性肝癌中肿瘤相关成纤维细胞（CAF）的异质性、功能多样性及治疗反应中的动态变化 | 从空间分布和治疗响应角度系统整合CAF亚型在肝细胞癌和肝内胆管癌中的标记物与功能，并动态描绘化疗和免疫治疗下CAF亚型的变化及其对预后的影响 | CAF亚型鉴定缺乏统一标记物，且治疗诱导的可塑性机制尚不明确 | 概述原发性肝癌中CAF亚型在治疗（化疗、免疫治疗）中的动态响应及其对治疗结局的影响 | 原发性肝癌（肝细胞癌和肝内胆管癌）中的肿瘤相关成纤维细胞（CAF） | 生物信息学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间多组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics， Illumina | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | 10x Chromium， Illumina NovaSeq | 10x Chromium 单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 610 | 2026-05-15 |
Nested co-expression network analysis identifies compact gene clusters in a black box
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag167
PMID:41934621
|
研究论文 | 提出Nested-WGCNA算法，用于识别粗粒度和细粒度基因模块，并在免疫治疗响应数据中揭示预测和预后生物标志物 | 通过两阶段无监督网络分析算法，首次实现了在转录组数据中同时识别广域和嵌套的基因模块，能够捕捉到传统方法遗漏的、对应于特化细胞类型亚过程的紧凑基因集 | NA | 开发一种能够同时识别广域和嵌套基因模块的数字分析方法，以揭示生物系统中的功能异质性 | 基因共表达网络及免疫治疗响应数据集 | 机器学习 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | Nested-WGCNA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |
| 611 | 2026-05-15 |
Belimumab modulates type I interferon signalling in the treatment of systemic lupus erythematosus
2026-05, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/03t59o
PMID:41328601
|
研究论文 | 贝利木单抗通过调节I型干扰素信号通路治疗系统性红斑狼疮的免疫图谱变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示贝利木单抗对SLE患者免疫图谱的调控机制，特别是对IFN刺激基因活性和特定免疫细胞亚群的抑制作用 | 样本量较小（仅6名患者），且对照组仅接受常规治疗，可能存在混杂因素影响结果解释 | 研究贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者免疫细胞图谱的影响及其作用机制 | 6名活动性系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学， 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6名患者（3名接受贝利木单抗联合常规治疗，3名仅接受常规治疗） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 612 | 2026-05-15 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2026-May, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202600006
PMID:41947710
|
research paper | 提出一种名为GatorST的对比元学习框架，用于空间转录组数据分析，通过整合局部邻域和全局组织上下文生成空间信息表示 | 将图建模与元学习策略相结合，通过双跳子图捕捉细粒度空间上下文，并利用聚类产生伪标签进行弱监督学习，采用情景训练方法增强模型泛化能力 | 未提及具体局限性，但从方法描述看可能依赖邻域图构建的准确性，且伪标签质量可能影响弱监督学习效果 | 开发一种能够有效整合局部和全局空间信息，稳健生成空间转录组数据表示的通用框架 | 空间转录组数据中的基因表达谱及其空间背景信息 | machine learning | NA | 空间转录组学 | 对比学习，元学习，图神经网络 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 613 | 2026-05-15 |
A single-cell atlas of Toxoplasma sexual development in the feline intestinal tract
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02294-7
PMID:42020723
|
研究论文 | 对弓形虫在猫肠道内进行有性发育的单细胞图谱分析 | 首次通过单细胞转录组学解析弓形虫在猫肠道中的有性发育基因调控网络，并鉴定出AP2X6为大配子体发育的调控因子 | 数据主要来源于猫肠道样本，可能无法完全反映体外培养条件下的发育过程 | 探究弓形虫在猫肠道中的有性发育基因调控网络 | 从猫肠道中分离的弓形虫细胞 | 数字病理学 | 弓形虫病 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9 Perturb-seq | NA | 基因表达数据 | 2次实验中采集15,068个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2026-05-15 |
Unravelling bacterial complexity at high resolution with single-cell transcriptomics
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02333-3
PMID:42067624
|
综述 | 综述细菌单细胞转录组学的高分辨率研究方法及其在理解细菌异质性、生理、代谢、抗生素耐药、致病性和微生物群落相互作用中的应用 | 系统梳理了细菌单细胞RNA测序的最新进展，包括开发的方法和从应用中获得的见解，强调该领域如何革新对细菌生理学、感染生物学和微生物群落相互作用的认知 | 讨论了技术上和计算上的挑战、标准化的必要性及实现方式 | 总结细菌单细胞RNA测序的最新进展和应用，展望未来发展 | 细菌单细胞转录组学研究 | 机器学习 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2026-05-15 |
PEDF Prevents Corneal Endothelial Dysfunction of Fuchs Endothelial Corneal Dystrophy
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.2
PMID:42080792
|
研究论文 | 探索色素上皮衍生因子对Fuchs内皮角膜营养不良角膜内皮的保护作用 | 首次发现PEDF能通过抑制p53、TGF-β和Hippo信号通路预防FECD角膜内皮功能障碍 | 仅限于小鼠模型和体外细胞实验，缺乏人体临床试验数据 | 研究PEDF对FECD角膜内皮的保护机制 | FECD患者房水、人角膜内皮细胞、UVA诱导的FECD小鼠模型 | 机器学习 | Fuchs内皮角膜营养不良 | 酶联免疫吸附测定、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、RNA测序、定量PCR、自动化简单Western分析 | NA | 图像、文本、数值 | FECD患者房水样本、培养的人角膜内皮细胞、UVA诱导的FECD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | NA |
| 616 | 2026-05-15 |
Suboptimal Responses to Anti-VEGF in Retinal Neurovascular Diseases: Linking Aging and Alternative Angioinflammatory Pathways
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.4
PMID:42080790
|
研究论文 | 采用系统生物学框架揭示视网膜神经血管疾病中抗VEGF治疗反应不佳的机制，关注衰老与替代性血管生成炎症通路 | 整合多组学数据集、网络机器学习与疾病特异性通路映射，识别了EGFR、HSP90AA1、SIRT1和STAT3作为中心耐药枢纽，并发现21条保守核心信号级联 | 结果需在疾病相关模型中进行验证 | 阐明抗VEGF治疗失败和疾病进展的共同机制 | 糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性、视网膜色素变性、青光眼及衰老相关的眼部疾病 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序 | 网络机器学习 | 多组学数据 | 14个核心基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | AMD-RPE簇单细胞RNA测序 |
| 617 | 2026-05-15 |
MXRA5 is identified and validated as a key gene related to epithelial-mesenchymal transition in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2026-05, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/dt5mf6
PMID:41105461
|
研究论文 | 通过单细胞分析及机器学习方法识别并验证MXRA5为类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞中与上皮-间质转化相关的关键基因 | 首次结合单细胞分析及五种机器学习算法（XGBoost、Boruta、随机森林、LASSO、SVM-RFE）筛选出RA滑膜细胞中与EMT相关的关键基因MXRA5，并通过功能实验验证其作用 | 未提及具体局限性信息 | 利用单细胞分析及机器学习方法识别RA滑膜细胞中与EMT相关的重要基因并进行功能验证 | 类风湿关节炎患者的滑膜细胞，特别是成纤维样滑膜细胞 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | XGBoost，Boruta，随机森林，LASSO，SVM-RFE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2026-05-12 |
Exceptional Longevity Modifying Allele APOE2 Promotes DNA Signaling Pathways Resisting Cellular Senescence in Human Neurons
2026-05, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70494
PMID:42103698
|
研究论文 | 研究发现长寿相关APOE2等位基因通过促进DNA修复和抑制细胞衰老途径，增强人类神经元的抗衰老能力 | 首次揭示APOE2通过促进DNA修复和信号通路而非单纯脂质代谢来抵抗神经元衰老，并在两种神经元亚型中验证了该机制 | 未提供 | 探究APOE2等位基因如何促进神经元长寿并提供神经保护 | 人类诱导多能干细胞（iPSC）来源的GABA能神经元和谷氨酸能神经元，以及APOE靶向替换小鼠 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类iPSC来源的GABA能神经元和谷氨酸能神经元，以及APOE靶向替换小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 619 | 2026-05-15 |
Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus infection of the male reproductive tract induces pathology and inflammation
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02298-3
PMID:41882300
|
研究论文 | 研究发现严重发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）感染雄性生殖道，导致病理变化和炎症反应 | 首次揭示SFTSV对雄性生殖器官的广泛趋向性，发现病毒引起睾丸间质细胞凋亡、焦亡和炎症，破坏睾酮生成，并鉴定出CCR2和SPP1巨噬细胞表达的S100A4蛋白是附睾过度炎症和纤维化的关键驱动因子 | 未提及具体局限性 | 探究SFTSV是否感染雄性生殖道及其对生殖健康的影响 | 小鼠模型及感染患者（男性） | 数字病理学 | 发热伴血小板减少综合征 | single-cell RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠和感染患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chrome单细胞基因表达分析 |
| 620 | 2026-05-15 |
Transcriptional regulators predicted to drive macrophage dysregulation during impaired wound healing in diabetic mice
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.719960
PMID:42079057
|
研究论文 | 通过时间序列单细胞RNA测序数据，识别驱动糖尿病小鼠伤口愈合过程中巨噬细胞失调的转录调控因子 | 将Lamian框架与伪时间图扩散新方法结合，使用BITFAM模型和CellOracle进行计算机扰动，系统预测调控不同细胞状态转换的转录因子群 | 研究发现主要基于计算机预测，虽然部分结果经实验数据验证，但尚缺乏全面的实验功能验证 | 揭示糖尿病伤口愈合中巨噬细胞失调的转录调控机制 | 非糖尿病和糖尿病小鼠伤口部位的巨噬细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型、图扩散模型 | 基因表达数据 | 非糖尿病和糖尿病小鼠的伤口巨噬细胞时间序列单细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |