单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-06-13	Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657070 PMID:40502055	research paper	介绍了一个名为Synthbar的轻量级工具，用于在测序读取中添加合成条形码	填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码（CB）的空白，支持用户自定义CB并修改读取结构	未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果	开发一个工具，使得基于微孔板的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法能够兼容需要细胞条形码的计算工具	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	NA
602	2025-06-13	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中白质退化的免疫机制	小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
603	2025-06-13	Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma 2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586 PMID:40412102	研究论文	本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例	首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例	仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证	评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效	EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和单细胞测序数据	1例患者
604	2025-06-13	scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656649 PMID:40501593	research paper	介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析	scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，能够本地运行或轻松部署在服务器上，提供广泛的绘图定制选项，支持多模式数据处理，无需编程经验即可进行全面的数据分析	虽然scExploreR为非程序员提供了强大的分析工具，但对于高度复杂的分析任务，可能仍需要一定的编程知识	开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学家与计算科学家之间的沟通鸿沟	多模式单细胞数据	生物信息学	NA	单细胞测序	R Shiny	单细胞数据	NA
605	2025-06-13	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析工具的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以推断外显子覆盖和转录本异构体，并支持批次校正	NA	开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
606	2025-06-13	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞	SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上	NA	开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理	小鼠小肠	空间转录组学	NA	Visium HD	SMURF	空间转录组数据	NA
607	2025-06-13	Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656371 PMID:40501538	research paper	该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用	研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制	小鼠骨折模型中的成骨细胞	骨生物学	骨折	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	多组转基因小鼠
608	2025-06-13	Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain 2025-May-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1 PMID:40502768	research paper	该研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并探讨了其在关节炎和疼痛中的作用	首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并揭示淋巴功能障碍如何驱动TMJ关节炎和疼痛	研究主要基于小鼠模型和人类组织，临床应用的直接证据尚需进一步研究	探讨TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能	颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统	生物医学研究	关节炎	遗传报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq	小鼠模型	组织样本、基因表达数据	遗传报告小鼠和人类组织样本
609	2025-06-13	Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656712 PMID:40501607	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制	开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块	NA	阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制	造血干细胞和前体细胞(HSPCs)	生物医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	HemaScribe, HemaScape	基因表达数据	NA
610	2025-06-13	sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.28.635153 PMID:40501921	研究论文	本文介绍了一种名为sciLaMA的新型表示学习框架，旨在通过整合多模态大型语言模型的静态基因嵌入与单细胞RNA测序数据，提升单细胞数据分析的效果	提出了一种结合大型语言模型基因嵌入与单细胞RNA测序数据的表示学习框架，解决了现有方法在整合外部生物知识方面的不足	未明确提及具体局限性，但暗示了计算成本和表格基因表达数据适用性可能是潜在挑战	开发一个计算高效、统一的框架，用于全面的单细胞数据分析和生物学可解释的基因模块发现	单细胞RNA测序数据和基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分自编码器(VAE)与大型语言模型(LLM)结合	基因表达数据	NA
611	2025-06-13	Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.24.655962 PMID:40501545	研究论文	该研究通过时空单细胞分析揭示了人类移植物抗宿主病（GVHD）中T细胞克隆动力学和表型可塑性	开发了名为DecompTCR的新型计算工具用于纵向TCR分析，并揭示了与GVHD严重程度相关的克隆扩增程序及TCR特征	研究样本量相对较小（27例alloHCT受者），可能限制结果的普遍性	解析alloHCT后GVHD中复杂的T细胞介导的病理机制	27例alloHCT受者的T细胞	免疫学	移植物抗宿主病	混合淋巴细胞反应克隆'指纹识别'、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学	DecompTCR（新型计算工具）	单细胞RNA测序数据、TCR序列数据、空间转录组数据	27例alloHCT受者的血液和肠道样本
612	2025-06-13	Spatiotemporal transcriptomic analysis during cold ischemic injury to the murine kidney reveals compartment-specific changes 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.25.654911 PMID:40501673	research paper	利用空间转录组学技术对小鼠肾脏冷缺血损伤进行时空转录组分析，揭示特定区域的变化	首次使用空间转录组学技术全面表征冷缺血损伤的分子机制，并开发了一个计算工作流程来识别时空转录组变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	揭示冷缺血损伤对肾脏移植结果的负面影响及其分子机制	小鼠肾脏	digital pathology	renal disease	spatial transcriptomics	murine model	transcriptomic data	小鼠肾脏样本（冷缺血损伤0-48小时）
613	2025-06-13	Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.21.655347 PMID:40501697	研究论文	通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征	使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术全面分析酒精使用障碍（AUD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了淋巴细胞和单核细胞比例失调及性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征变化	研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型	更好地表征AUD中的免疫失调	酒精使用障碍（AUD）患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	酒精使用障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AUD患者和健康对照者的PBMCs样本
614	2025-06-13	Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus 2025-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008 PMID:40419016	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征	首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集	研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病	探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用	天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织	digital pathology	pemphigus	single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing	NA	RNA-seq data	天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本
615	2025-06-13	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响	首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况	阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	digital pathology	asthma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染）
616	2025-06-13	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-May-22, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	介绍了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	提出了一种无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	开发一种解析复杂空间转录组数据的协议	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
617	2025-06-13	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未明确提及具体局限性	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	human endothelial cell atlas
618	2025-06-13	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-May-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了TARGET-seq+协议，该协议结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度	优化了TARGET-seq，开发出TARGET-seq+，结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度	未提及具体局限性	研究预恶性和癌性组织中体细胞突变的后果	单细胞	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据、基因分型数据	NA
619	2025-06-13	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学，对儿童高级别胶质瘤（pHGG）的免疫景观进行了全面转录组分析	揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化	研究样本可能有限，未明确提及样本数量	理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境变化及其对治疗反应的影响	儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	数字病理学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
620	2025-06-13	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用	首次发现骨髓基质细胞中的牛磺酸生物合成是白血病干细胞生长的关键依赖，并揭示了TAUT抑制与venetoclax联合治疗急性髓系白血病（AML）的协同效应	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生中的作用机制	白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据、患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型