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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2026-06-07 |
Multi-omics integration identifies NK cell dysregulation and a five-gene diagnostic signature in major depressive disorder
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1700629
PMID:41601671
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研究论文 | 多组学整合分析揭示重度抑郁症患者中自然杀伤细胞功能失调及五个关键诊断基因 | 首次通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,结合机器学习方法,识别出NK细胞在MDD中的核心功能失调机制,并构建了基于五个关键基因的诊断模型 | 单细胞数据样本量较小(仅3例患者和3例对照),可能限制一般化;研究主要基于外周血样本,未涉及脑组织验证 | 揭示重度抑郁症中细胞类型特异性转录失调和免疫功能障碍的分子机制,识别诊断标志物和治疗靶点 | 重度抑郁症患者和健康对照的外周血单核细胞 | 机器学习 | 抑郁症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 机器学习(具体算法未明确指定) | 基因表达数据 | 3例MDD患者和3例健康对照的PBMCs(scRNA-seq);批量RNA-seq数据来自GSE39653数据集(具体样本数未说明) | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 602 | 2026-06-07 |
A multi-omics analysis of pancreatitis: bridging familial genetics and disease progression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1707821
PMID:41601670
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研究论文 | 通过多组学分析将家族性胰腺炎的遗传学与疾病进展联系起来 | 整合了罕见家族性慢性胰腺炎和外显子组测序与急性胰腺炎公共数据集的单细胞RNA测序及批量转录组学,发现共有分子和细胞病理学,并构建了基于人工智能的预测模型 | 未明确提及局限性,但可能包括样本量有限(仅2例儿科CP患者)以及依赖公共数据集 | 阐明慢性胰腺炎和急性胰腺炎的遗传和免疫细胞基础,并识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 两名儿科慢性胰腺炎患者及其家庭成员,以及一个包含119例急性胰腺炎患者的公共队列 | 机器学习 | 胰腺炎 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 加权基因共表达网络分析 | 人工智能驱动模型 | 基因序列, 转录组数据 | 2名儿科CP患者及其家庭成员进行WES,119例AP患者进行scRNA-seq和批量转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 603 | 2026-06-07 |
Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization identifies mitochondrial targets in immune cells for Major Depressive Disorder
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1700604
PMID:41601681
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研究论文 | 通过单细胞转录组孟德尔随机化分析,识别免疫细胞中线粒体在重度抑郁症中的靶点 | 首次整合多组学数据与机器学习,结合细胞类型特异性孟德尔随机化方法,鉴定出五种线粒体相关基因(HK2、NDUFS4、NEU1、SOD1和UCP2)在不同免疫细胞中的表达对重度抑郁症风险具有因果效应 | 未详细说明样本量大小、平台技术等具体实验细节,且验证仅在CUMS大鼠模型中进行,缺乏人类队列的直接验证 | 识别通过特定免疫细胞表达对重度抑郁症风险有因果影响的线粒体相关基因 | 重度抑郁症患者及CUMS大鼠模型 | 机器学习 | 重度抑郁症 | 孟德尔随机化、ssGSEA、CIBERSORT | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | NA |
| 604 | 2026-06-07 |
Single-cell transcriptional profiling revealed the protective effects of Buddleoside in sepsis-associated acute liver injury
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1713180
PMID:41601688
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析,揭示木犀草苷对脓毒症相关急性肝损伤的保护作用及其免疫调节机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术解析木犀草苷在脓毒症相关肝损伤中对多种肝细胞亚群的免疫调节作用,包括抑制内皮细胞激活、调控中性粒细胞和巨噬细胞的炎症表型 | 研究主要在动物模型中进行,尚未在人类样本中验证;木犀草苷的具体分子靶点尚未完全阐明 | 评估木犀草苷对脓毒症相关急性肝损伤的保护作用并探索其免疫调节机制 | 脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型 | 数字病理学 | 脓毒症相关急性肝损伤 | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 小鼠肝脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 605 | 2026-06-07 |
Multimodal analysis of TAAD pathogenesis: SHAP-enhanced interpretable models and single-cell sequencing analysis reveal immune microenvironment alterations
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1630404
PMID:41613150
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研究论文 | 通过整合转录组和单细胞转录组数据,结合SHAP增强的可解释机器学习模型,揭示Stanford A型主动脉夹层(TAAD)的免疫微环境改变及关键调控因子 | 首次利用SHAP分析量化机器学习模型中的特征贡献,并整合批量与单细胞转录组数据,鉴定出SIX4、SCNN1B和PCDH11X三个关键基因,其中SIX4被证实为血管平滑肌细胞可塑性和免疫信号动态的核心调节因子 | 研究主要基于公开数据库的二次分析,缺乏前瞻性临床验证;SIX4等基因在TAAD中的具体分子机制仍需进一步功能实验探索 | 阐明TAAD的分子机制并发现可靠生物标志物,以改善诊断并指导靶向干预 | Stanford A型主动脉夹层(TAAD)患者 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | LASSO、随机森林、SVM-RFE | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 整合4个批量转录组数据集和2个单细胞转录组数据集(具体样本量未在摘要中明确) | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 606 | 2026-06-07 |
LOXL2 labels inflammation-associated myofibroblasts predicting kidney allograft dysfunction and fibrosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1671117
PMID:41607781
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研究论文 | 该文章研究了LOXL2作为肾移植后移植物纤维化和功能障碍的生物标志物,通过单细胞测序和成像发现LOXL2标记的间质性肌成纤维细胞在纤维化进程中扮演关键角色 | 首次发现LOXL2标记的SMA阴性、CD68阳性的间质性肌成纤维细胞亚群,并证明其可作为早期纤维化的生物标志物 | 文章未提及具体局限性,但回顾性分析中样本量有限(118例活检),且细胞数量的动态变化及长期预测价值需进一步验证 | 探索LOXL2作为肾移植后移植物纤维化和功能障碍的预测生物标志物 | 肾移植患者的活检组织,包括移植肾和天然肾中LOXL2+肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 肾移植后纤维化与功能障碍 | 单细胞测序,成像技术 | NA | 单细胞测序数据,图像数据 | 118例肾移植活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞测序平台 |
| 607 | 2026-06-07 |
A ligand-centered framework for γδ T cell activation in colorectal cancer revealed by single-cell and transformer-based perturbation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1715827
PMID:41607803
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA-seq数据集和基于Transformer的扰动分析,构建了结直肠癌中γδ T细胞活化的配体中心框架 | 首次将Transformer模型用于配体推断和扰动分析,系统解析结直肠癌中γδ T细胞的活化机制 | 研究主要依赖计算预测,缺乏体外或体内实验验证 | 解析结直肠癌中γδ T细胞的活化机制 | 结直肠癌浸润γδ T细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, Transformer模型, 扰动分析 | Transformer | 基因表达数据 | 整合多个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 608 | 2026-06-07 |
SCTC: inference of developmental potential from single-cell transcriptional complexity
2024-06-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae340
PMID:38709881
|
论文 | 提出一种基于经济复杂性理论的新型指标SCTC,用于从单细胞转录组数据推断发育潜能和伪时间 | 首次将经济复杂性理论应用于单细胞转录组分析,提出比传统指标SCTD更准确的发育潜能度量标准 | 基于特定假设(基因表达在发育过程中非单调下降),可能不适用于所有生物系统 | 准确推断单细胞发育潜能和重建细胞发育伪时间路径 | 单细胞转录组数据中的细胞和基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督算法 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 609 | 2026-06-07 |
Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness
2024-06-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae313
PMID:38682582
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研究论文 | 研究人类胰腺β细胞衰老通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应 | 首次揭示人类胰腺β细胞衰老通过染色质重组激活功能成熟基因增强子,并提高干扰素反应能力,而不产生典型的衰老相关分泌表型 | 未明确说明,但基于摘要可能缺乏体内功能验证或大规模临床样本验证 | 探究人类胰腺β细胞衰老状态及其对胰岛素分泌和干扰素反应的影响机制 | 人类胰腺β细胞(包括p16阳性衰老细胞) | machine learning | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成人胰腺β细胞数据集(单细胞转录组) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 610 | 2026-06-07 |
ImmunoPET imaging of Trop2 expression in solid tumors with nanobody tracers
2024-01, European journal of nuclear medicine and molecular imaging
IF:8.6Q1
DOI:10.1007/s00259-023-06454-3
PMID:37792026
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研究论文 | 开发针对Trop2的纳米抗体免疫PET探针,并在胰腺癌和胃癌临床前模型中评估其诊断能力 | 首次构建两种靶向Trop2的纳米抗体免疫PET探针([68Ga]Ga-NOTA-RTD98和[68Ga]Ga-NOTA-RTD01),在临床前模型中展示出优于[18F]-FDG的诊断性能 | 仅限临床前模型验证,尚未在人体中进行评估 | 研究跨膜糖蛋白Trop2在实体瘤中的表达,并开发特异性免疫PET探针用于肿瘤诊断 | 胰腺癌和胃癌细胞系及患者来源模型 | 计算机视觉 | 胰腺癌, 胃癌 | 免疫PET成像, 单细胞测序, 免疫组化, 流式细胞术 | NA | 图像, 测序数据, 组织微阵列 | 胰腺癌组织微阵列及多种胰腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 611 | 2026-06-07 |
Infiltrating lipid-rich macrophage subpopulations identified as a regulator of increasing prostate size in human benign prostatic hyperplasia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1494476
PMID:39867899
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现,在良性前列腺增生中,富含脂质的巨噬细胞亚群(TREM2高表达和MARCO高表达)可调节前列腺体积增大 | 首次定义了两个新的良性前列腺增生免疫亚群(TREM2高表达和MARCO高表达巨噬细胞),并揭示了脂质丰富的巨噬细胞可能加剧大前列腺患者的下尿路症状 | 需要进一步研究评估靶向这些细胞在良性前列腺增生中的治疗益处 | 探究巨噬细胞表型转变及其代谢改变在良性前列腺增生导致前列腺体积增大中的作用 | 来自10个大前列腺(>90克)和10个小前列腺(<40克)的CD45+过渡区白细胞 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 20个前列腺组织样本(10个大前列腺和10个小前列腺) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 612 | 2026-06-07 |
Single-cell transcriptome analysis of medaka lymphocytes reveals absence of fully mature T cells in the thymus and the T-lineage commitment in the kidney
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1517467
PMID:39867910
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研究论文 | 通过对青鳉淋巴细胞进行单细胞转录组分析,揭示了胸腺中缺乏完全成熟的T细胞以及肾脏中T谱系定向分化的特征 | 首次利用scRNA-seq分析青鳉淋巴细胞发育,发现与斑马鱼不同的种属特异性特征,包括胸腺中缺乏成熟SP T细胞及肾脏中存在T谱系定向淋巴细胞前体 | 仅分析了胸腺和肾脏两个器官,未覆盖其他淋巴组织;研究基于单一突变体模型,可能无法完全反映正常发育过程 | 理解青鳉淋巴细胞发育的分子和细胞机制,并与斑马鱼进行比较以揭示硬骨鱼类的共性和种属特异性 | 青鳉淋巴细胞 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 包含突变体和野生型青鳉的胸腺和肾脏淋巴细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 613 | 2026-06-07 |
ScRNA-seq unveils the functional characteristics of glioma-associated macrophages and the regulatory effects of chlorogenic acid on the immune microenvironment-a study based on mouse models and clinical practice
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1494806
PMID:39867913
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示胶质瘤相关巨噬细胞的功能特性及绿原酸对免疫微环境的调控作用 | 首次通过单细胞转录组学解析绿原酸对骨髓来源单核巨噬细胞和小胶质细胞分化轨迹及功能的调控机制,并验证其与STAT1的高亲和力 | 仅基于小鼠模型和单例临床患者数据,缺乏大规模临床验证 | 揭示胶质瘤相关巨噬细胞亚群与功能特征,探索绿原酸对免疫微环境的调控作用及临床应用潜力 | 胶质瘤模型小鼠、一例胶质瘤患者 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, PPI蛋白互作网络, 分子对接 | NA | 单细胞转录组数据 | 胶质瘤模型小鼠及1例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 614 | 2026-06-07 |
Identification and validation of BATF as a prognostic biomarker and regulator of immune cell infiltration in acute myeloid leukemia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1429855
PMID:39872530
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研究论文 | 鉴定并验证BATF在急性髓系白血病中作为预后生物标志物和免疫细胞浸润调节因子的作用 | 首次系统研究BATF在AML中的表达与预后关联、免疫调节作用及药物敏感性影响,结合生物信息学分析与实验验证 | 未提及具体局限性,可能包括样本量有限或机制研究深度不足 | 探索BATF在急性髓系白血病中的表达、预后价值及免疫调节机制 | 急性髓系白血病患者和细胞系(C1498小鼠模型) | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, 流式细胞术, 单细胞测序, EdU试验, 集落形成试验, CCK-8试验 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞数据 | 来自TCGA和GEO数据库的AML患者数据,以及C1498小鼠模型 | NA | 单细胞测序, RNA-seq | NA | NA |
| 615 | 2026-06-07 |
Single-cell RNA-seq reveals immune cell heterogeneity and increased Th17 cells in human fibrotic skin diseases
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522076
PMID:39872534
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研究论文 | 本研究利用荧光激活细胞分选富集CD45+免疫细胞并进行单细胞RNA测序,构建了纤维化皮肤病的免疫细胞图谱,发现Th17细胞在瘢痕疙瘩中显著增加并促进成纤维细胞增殖、迁移和胶原表达 | 首次通过富集免疫细胞进行单细胞RNA测序,揭示了纤维化皮肤病中免疫细胞的精细图谱,并发现Th17细胞通过IL-17A促进成纤维细胞功能的广泛机制 | 未提及研究的具体局限性 | 探究纤维化皮肤病(以瘢痕疙瘩为代表)中免疫细胞的复杂细胞图谱及其在疾病发展中的作用 | 纤维化皮肤病(瘢痕疙瘩、增生性瘢痕和硬皮病)中的免疫细胞和成纤维细胞 | 机器学习和数字病理学 | 纤维化皮肤病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 616 | 2026-06-07 |
The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305
PMID:39872537
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研究论文 | 该研究利用流式细胞术、单细胞RNA测序及染色质可及性分析,揭示了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型与功能多样性,并探讨了孕前肥胖对胎儿免疫及神经发育的影响 | 首次在足月期对胎盘绒毛免疫细胞进行深度表型分析,并整合转录组与染色质可及性数据,同时探索孕前肥胖对绒毛髓系细胞及胎儿小胶质细胞的影响 | 样本量可能有限,且研究仅聚焦于无并发症的足月妊娠,未涉及病理妊娠状态 | 阐明足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的组成、功能状态及其随妊娠期的变化,并评估孕前肥胖对免疫适应及胎儿神经发育的影响 | 足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞(包括胎儿Hofbauer细胞和母体来源的巨噬细胞)及体外模型中的脐血源性小胶质细胞 | 机器学习和生物信息学 | 无特定疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CITE-seq、单核ATAC测序(snATAC-seq)、流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据、染色质可及性数据 | 人类足月妊娠胎盘绒毛组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于scRNA-seq和CITE-seq;10x Chromium用于snATAC-seq |
| 617 | 2026-06-07 |
Transcriptomic landscape reveals germline potential of porcine skin-derived multipotent dermal fibroblast progenitors
2023-Jul-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04869-7
PMID:37480481
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示猪皮肤来源的多能真皮成纤维细胞祖细胞具有向原始生殖细胞样细胞分化的潜能,并探讨其转录调控机制 | 首次通过单细胞转录组分析确认猪皮肤干细胞主要来源于多能真皮成纤维祖细胞,并揭示其在体外分化成原始生殖细胞样细胞过程中受组蛋白修饰和MAPK信号通路调控,且与人类原始生殖细胞谱系具有保守性 | 研究主要基于体外实验,体内分化效果和临床转化潜力尚未验证;样本为猪模型,与人类直接相关性仍需进一步确认 | 阐明皮肤来源干细胞分化为原始生殖细胞样细胞的细胞起源及其转录组动态变化,为不孕症治疗提供新思路 | 猪皮肤来源的多能真皮成纤维祖细胞及其分化的原始生殖细胞样细胞 | 数字病理学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 猪皮肤细胞样本,具体数量未在标题和摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2026-06-07 |
Longitudinal Single-Cell Transcriptomics Reveals a Role for Serpina3n-Mediated Resolution of Inflammation in a Mouse Colitis Model
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.004
PMID:33862275
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研究论文 | 利用单细胞转录组学阐明小鼠结肠炎模型中炎症消退的动态机制,发现Serpina3n在基质细胞中特异性表达并促进炎症消退 | 首次通过单细胞转录组学揭示基质细胞在结肠炎症消退中的关键作用,并发现Serpina3n作为丝氨酸蛋白酶抑制剂能通过靶向弹性蛋白酶促进炎症消退,提供了新的治疗靶点 | 研究基于化学诱导小鼠模型,可能无法完全代表人类炎症性肠病的复杂性;仅验证了Serpina3n的短期作用,长期效果尚需进一步研究 | 阐明结肠炎症过程中不同细胞类型及其相互作用的动态变化,探索炎症消退的潜在机制 | 化学诱导结肠炎小鼠模型的结肠组织细胞(包括基质细胞、免疫细胞等) | 生物信息学, 单细胞基因组学 | 炎症性肠病(结肠炎) | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA表达数据 | 小鼠结肠炎模型样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 619 | 2026-06-07 |
Jointly Embedding Multiple Single-Cell Omics Measurements
2019-Sep-03, Algorithms in bioinformatics : ... International Workshop, WABI ..., proceedings. WABI (Workshop)
DOI:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.10
PMID:34632462
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研究论文 | 提出一种无监督流形对齐算法MMD-MA,用于整合不同单细胞测序技术测量的多个数据集 | MMD-MA无需任何数据模态间的对应信息,即可对齐不同单细胞测量数据,并允许整合异质性数据类型如基因表达、DNA可及性、染色质组织、甲基化和成像数据 | 未提供具体局限性信息 | 开发一种整合不同单细胞测量数据的方法,实现跨模态单细胞分析 | 单细胞基因表达和甲基化数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 无监督流形对齐算法 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 620 | 2026-06-06 |
T cell populations are negatively correlated with natural killer and macrophage cell populations in aspirate samples of peripheral lymphadenopathies
2026-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2026.2624191
PMID:41606824
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序对结核病患者肉芽肿性淋巴结进行细胞和通讯网络分析 | 首次通过细针抽吸物的单细胞RNA测序描述结核肉芽肿性淋巴结的细胞组成和通讯网络,并发现T细胞与NK细胞及巨噬细胞/树突状细胞群呈负相关关系,且可检测到结核分枝杆菌RNA并识别单个感染细胞 | NA | 描述结核病患者肉芽肿性淋巴结的细胞类型和通讯网络特征 | 结核病患者的外周淋巴结细针抽吸样本 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 19名结核病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |