单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27574 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-05-01 |
LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence
2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02162-7
PMID:40289085
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research paper | 该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，鉴定了与肝细胞癌预后不良相关的CD90 eCAFs亚型，并揭示了其通过LAMA4诱导CD8+ T细胞衰老的机制 | 首次鉴定了LAMA4+ CD90+ eCAFs亚型，揭示了其通过ITGA6受体介导的DNA损伤信号通路诱导CD8+ T细胞衰老的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证不足 | 探究肝细胞癌中肿瘤微环境与免疫系统的相互作用机制 | 肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组、siRNA转染、Western blot、流式细胞术 | 自发小鼠肝细胞癌模型(DEN+CCL4诱导) | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、流式细胞数据 | 未明确说明样本数量，包含人类肝细胞癌样本和小鼠模型 |
| 602 | 2025-05-01 |
Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon
2025-Apr-28, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02196-w
PMID:40289111
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research paper | 本研究通过单核测序和空间转录组学技术，描述了健康大西洋鲑鱼组织中及伤口愈合过程中间充质基质细胞的转录组特征 | 首次绘制了伤口愈合过程中潜在分化间充质基质细胞亚群的转录组活性，揭示了不同亚群的空间生态位 | 研究仅针对大西洋鲑鱼，结果可能不适用于其他物种 | 探究大西洋鲑鱼皮肤伤口愈合过程中细胞转录组的变化 | 大西洋鲑鱼的间充质基质细胞（成纤维细胞样成体干细胞） | 转录组学 | NA | 单核测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 603 | 2025-05-01 |
NAE1 protein: a prognostic, immunomodulatory, and therapeutic biomarker associated with neddylation in hepatocellular carcinoma
2025-Apr-28, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143539
PMID:40300298
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research paper | 本研究探讨了NAE1蛋白作为肝细胞癌（HCC）预后、免疫调节和治疗生物标志物的潜力 | 首次将NAE1确定为影响HCC患者预后的最重要neddylation相关基因，并揭示了其在免疫细胞浸润和药物敏感性中的作用 | 当前HCC的预测生物标志物不够可靠，NAE1作为预测生物标志物的潜力尚未完全明确 | 探索NAE1蛋白在HCC中的预后、免疫调节和治疗潜力 | 肝细胞癌（HCC）患者和HCC细胞 | 生物医学 | 肝细胞癌 | 加权基因共表达网络（WGCNA）、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接 | Cox回归模型、nomogram | 基因表达数据、临床数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 604 | 2025-05-01 |
E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5
2025-Apr-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662
PMID:40300357
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研究论文 | 本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减少肝脏炎症的机制 | 揭示了TRIM38通过与HSPA5相互作用并促进K63依赖性泛素化来稳定HSPA5，从而促进M2巨噬细胞标记物的表达，改善肝脏脂肪变性 | TRIM38在肝脏发病机制中的具体作用机制仍需进一步研究 | 研究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用，以确定控制炎症的关键靶点 | 巨噬细胞TRIM38和HSPA5 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | MASLD患者的肝脏巨噬细胞 |
| 605 | 2025-05-01 |
Advances in CRISPR/Cas13a-based biosensors for non-coding RNA detection
2025-Apr-25, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2025.128223
PMID:40300474
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综述 | 本文综述了基于CRISPR/Cas13a的生物传感器在非编码RNA检测中的进展 | 整合了多种信号转导系统（如荧光、电化学、比色法、表面增强拉曼光谱等）的CRISPR/Cas13a生物传感器，为实时诊断应用提供了新方法 | 当前技术仍面临临床诊断和个性化医疗中的挑战，如工作流程复杂、处理时间长和技术难度高 | 探讨CRISPR/Cas13a生物传感器在非编码RNA检测中的应用及其在临床诊断和个性化医疗中的潜力 | 非编码RNA | 生物传感器 | NA | CRISPR/Cas13a, PCR, NGS, ELISA, smFISH, nanopore sequencing, scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 606 | 2025-05-01 |
Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development
2025-Apr-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003
PMID:40300602
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research paper | 该研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序，揭示了大脑发育过程中区域差异的代谢机制如何影响大脑生长 | 发现了FAM210B作为关键调控因子，通过调节线粒体功能和乳酸产生，促进祖细胞自我复制分裂，从而影响大脑区域生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证 | 探究大脑发育过程中区域扩张的发育机制 | 小鼠大脑的祖细胞和神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠大脑单细胞数据 |
| 607 | 2025-05-01 |
InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape
2025-Apr-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03554-1
PMID:40275395
|
research paper | 介绍了一个名为InSituCor的工具包，用于发现空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因模块 | InSituCor能够识别不受已知因素（如细胞类型分布）影响的空间相关基因，从而揭示更有意义的生物学关系 | 未明确提及具体的技术限制或数据适用范围 | 探索空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 608 | 2025-05-01 |
Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer
2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010365
PMID:40280564
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research paper | 该研究探讨了肿瘤内微生物群在三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应预测中的作用 | 首次证实肿瘤内微生物群可作为预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的生物标志物 | 样本量相对较小(89例患者)，且仅针对早期三阴性乳腺癌患者 | 探索肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应中的作用 | 89例早期三阴性乳腺癌女性患者 | digital pathology | triple-negative breast cancer | 16S rDNA sequencing, scRNA-seq | machine-learning models | genomic sequencing data, transcriptome data | 89例早期三阴性乳腺癌女性患者 |
| 609 | 2025-05-01 |
Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain
2025-Apr-24, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746
PMID:40287118
|
研究论文 | 研究探讨了Neuroprotectin D1 (NPD1)和GPR37在化疗引起的周围神经病变(CIPN)及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用 | 揭示了GPR37在感觉神经元中的表达及其在CIPN疼痛慢性化中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖的方式保护感觉神经元免受化疗药物损伤的机制 | 研究主要基于动物模型，人类DRG样本的数据有限 | 探究NPD1和GPR37在化疗引起的周围神经病变和疼痛慢性化中的作用 | 小鼠背根神经节(DRG)神经元、巨噬细胞和人类DRG样本 | 神经科学 | 周围神经病变 | 空间转录组学分析 | Gpr37基因敲除小鼠模型 | mRNA表达数据、行为学数据 | 小鼠DRG神经元和巨噬细胞、人类DRG样本 |
| 610 | 2025-05-01 |
Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing
2025-Apr-24, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907
PMID:40300424
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物 | 首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别出6个具有诊断意义的枢纽基因，并验证了其在ICM中的表达 | 研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证 | 探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路 | 缺血性心肌病患者组织和ICM大鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序(包括批量RNA测序和单细胞RNA测序)，RT-qPCR | WGCNA, PPI网络分析 | 基因表达数据 | 使用了GSE46224和GSE116250两个数据集，以及ICM大鼠模型 |
| 611 | 2025-05-01 |
3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639192
PMID:40060607
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研究论文 | 利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织 | 首次全面绘制了嗅球的分子结构图，揭示了其分子结构如何由上皮基因表达程序指导 | 研究仅限于小鼠嗅球，未涉及其他脑区或其他物种 | 探索脊椎动物大脑对称性的分子和结构基础 | 小鼠嗅球中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞 | 神经科学 | NA | 3D空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 近一千个分子上不同的肾小球 |
| 612 | 2025-05-01 |
Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2423677122
PMID:40244673
|
研究论文 | 本文研究了Semaphorin 6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化依赖的乳酸积累在病理性血管生成中的作用 | 揭示了SEMA6A通过相分离机制招募RHOA和P300，促进P300磷酸化和组蛋白乳酸化循环的新机制 | 研究主要聚焦于视网膜缺血性疾病中的血管生成，可能不适用于其他类型的血管疾病 | 探究病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制 | 内皮细胞(ECs)和视网膜病理性血管生成 | 分子生物学 | 视网膜缺血性疾病 | CUT&Tag, scRNA-seq | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA |
| 613 | 2025-05-01 |
St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426187122
PMID:40244680
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研究论文 | 本研究揭示了St3gal5介导的中性粒细胞CD177糖基化在限制中枢神经系统损伤后神经炎症中的作用 | 首次发现CD177中性粒细胞作为抗炎亚群在中枢神经系统损伤后的作用，并鉴定St3gal5作为调控CD177糖基化的关键酶 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探索中性粒细胞CD177糖基化在中枢神经系统损伤后神经炎症中的调控机制 | 人类和小鼠的中性粒细胞 | 免疫学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序、糖蛋白组学 | 基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据、蛋白质组学数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及人类和小鼠样本 |
| 614 | 2025-05-01 |
Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development
2025-Apr-16, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.155981
PMID:40300524
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研究论文 | 通过免疫基因组学分析揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节特征 | 揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发病机制中的关键作用，并识别了其特征性亚群及其功能通路 | 研究主要基于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证 | 探索免疫细胞亚群与癌症发展之间的因果关系 | 612种免疫细胞特征和91种癌症类型，以及黑色素瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | Mendelian Randomization分析、单细胞RNA测序、计算去卷积分析 | NA | 基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据 | 612种免疫细胞特征和91种癌症类型的基因组关联研究数据，以及黑色素瘤样本的单细胞RNA测序数据 |
| 615 | 2025-05-01 |
Cross-Species Multi-Omics Analysis Reveals Myeloid-Driven Endothelial Oxidative Stress in Ischemic Stroke
2025-Apr-16, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL37429
PMID:40302336
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研究论文 | 通过跨物种多组学分析揭示缺血性中风中的髓系细胞驱动的内皮氧化应激 | 整合了bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学和流式细胞术数据，揭示了髓系细胞在中风后如何通过炎症和代谢机制影响血脑屏障的破坏 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限 | 探索缺血性中风中外周和中枢免疫反应的相互作用及其对血脑屏障的影响 | 人类和小鼠模型中的缺血性中风 | 生物医学研究 | 缺血性中风 | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、流式细胞术 | 小鼠tMCAO模型 | RNA-seq数据、流式细胞数据、空间转录组数据 | 人类和小鼠模型中的缺血性中风样本 |
| 616 | 2025-05-01 |
Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882
PMID:39762147
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research paper | 通过多组学分析揭示神经母细胞瘤的分子特征，预测风险分层和肿瘤微环境差异 | 构建了一个新的恶性亚群1相关特征（MSRS），作为独立的预后因素，并优于其他临床特征和已发表的特征 | 未提及具体样本量，可能限制了结果的普遍性 | 探索神经母细胞瘤的分子标志物，以指导临床分类和个体化治疗 | 神经母细胞瘤（NB）患者 | digital pathology | neuroblastoma | multiomics profiling, single-cell transcriptome sequencing | MSRS | multiomics data, single-cell transcriptome data | NA |
| 617 | 2025-05-01 |
Impaired megakaryopoiesis due to aberrant macrophage polarization via BTK/Rap1/NF-κB pathway in sepsis-induced thrombocytopenia
2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.048
PMID:39741411
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research paper | 本研究揭示了脓毒症诱导的血小板减少症（SIT）中巨噬细胞通过BTK/Rap1/NF-κB通路影响巨核细胞生成的机制 | 首次发现BTK抑制剂BGB-3111通过调节巨噬细胞极化和Rap1/NF-κB信号通路改善SIT | 研究主要基于小鼠模型，人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究脓毒症诱导血小板减少症的发病机制及潜在治疗靶点 | 脓毒症患者和小鼠模型中的巨噬细胞与巨核细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据 | SIT患者和小鼠模型 |
| 618 | 2025-05-01 |
Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood
2025-Apr-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0445
PMID:39774774
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research paper | 该研究探讨了人类外周血中识别ALK和NPM1::ALK融合蛋白的内源性CD4+ T细胞的扩展情况 | 首次在人类外周血中检测到ALK特异性CD4+ T细胞，并鉴定了NPM1::ALK融合新抗原特异性T细胞受体 | 样本量较小，仅包括10名ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和6名健康供者 | 研究ALK特异性CD4+ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在作用 | ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和健康供者的外周血CD4+ T细胞 | 免疫学 | 间变性大细胞淋巴瘤 | TCRαβ单细胞测序 | NA | 细胞反应数据 | 10名患者和6名健康供者 |
| 619 | 2025-05-01 |
Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution
2025-Apr-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605
PMID:39774838
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research paper | 通过整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态 | 揭示了与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关的两种独立进化轨迹，并发现肿瘤-基质界面是肿瘤生态的一个独特状态 | NA | 研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态 | 胃腺癌 | digital pathology | gastric adenocarcinoma | spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing | NA | spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data | multiple gastric cancers |
| 620 | 2025-05-01 |
Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway
2025-Apr, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06341-y
PMID:39694915
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖的机制 | 首次发现内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖，为糖尿病治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路 | 小鼠胰腺β细胞 | digital pathology | diabetes | scRNA-seq, RNA-seq | NA | RNA sequencing data | 43,724个内分泌和非内分泌细胞（其中15,569个β细胞） |