单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-04-24	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	该研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制	首次发现CTC-血小板聚集通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证明靶向该通路可恢复免疫监视功能	研究主要聚焦于肝癌患者样本，对其他癌症类型的普适性需要进一步验证	探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制	循环肿瘤细胞（CTCs）与血小板的相互作用	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/体内功能实验	NA	基因表达数据、临床生存数据	多种癌症类型的血液样本（含肝癌患者队列）
602	2025-04-24	Bidirectional epigenetic editing reveals hierarchies in gene regulation 2025-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02213-3 PMID:38760566	研究论文	开发了一种名为CRISPRai的双向表观遗传编辑系统，用于研究非编码元件和遗传互作	CRISPRai系统首次实现了在同一细胞中同时对两个位点进行激活和抑制扰动，结合单细胞RNA测序技术，能够研究混合单细胞群体中的扰动效应	NA	研究基因调控层次结构和非编码疾病相关变异的机制	造血谱系转录因子SPI1和GATA1的遗传互作，以及IL2基因在Jurkat T细胞、原代T细胞和CAR T细胞中的调控机制	基因编辑	NA	CRISPRa/CRISPRi, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Jurkat T细胞、原代T细胞和CAR T细胞
603	2025-04-24	Integrative analysis of the bladder cancer from a cell cycle NCAM1 perspective at both single cell and bulk resolution 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24260 PMID:38581187	research paper	该研究通过单细胞和批量分辨率分析膀胱癌（BLCA）的细胞周期相关基因，特别是NCAM1，以探索其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次从细胞周期NCAM1的角度整合分析膀胱癌，并发现NCAM1在BLCA细胞增殖中的抑制作用	临床预后评估有限，且研究主要基于转录组和scRNA-seq数据，缺乏更广泛的临床验证	探索膀胱癌的细胞周期相关基因作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	膀胱癌（BLCA）患者和细胞系	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq, RT-qPCR, CCK-8细胞活力测定	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	来自TCGA-BLCA和GSE190888队列的数据，具体样本数量未明确说明
604	2025-04-24	Kurarinone regulates Th17/Treg balance and ameliorates autoimmune uveitis via Rac1 inhibition 2025-Mar, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.03.013 PMID:38522752	研究论文	研究苦参酮通过抑制Rac1调节Th17/Treg平衡并改善自身免疫性葡萄膜炎的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术构建苦参酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高分辨率免疫调控图谱，并揭示其通过抑制Rac1和Id2/Pim1轴调节Th17/Treg平衡的新机制	研究主要基于动物模型，人体临床试验数据有限	探究苦参酮对自身免疫性葡萄膜炎的治疗作用及其免疫调节机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型和葡萄膜炎患者外周血单个核细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，siRNA干扰，选择性抑制剂	实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)动物模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确说明具体样本量，涉及EAU小鼠模型和人类PBMCs
605	2025-04-24	Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma 2025-Mar, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12399 PMID:38477441	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序比较了皮下患者来源异种移植(sPDX)、颅内患者来源异种移植(iPDX)和基因工程小鼠模型(GEMM)在单细胞水平上对髓母细胞瘤(MB)的再现能力	首次在单细胞水平比较MB实验模型，为不同研究目的提供模型选择依据	样本量较小(6例患者)，仅针对SHH和G3亚型MB	比较不同MB模型在单细胞水平再现原发肿瘤的能力	髓母细胞瘤患者样本(sPDX/iPDX/GEMM模型)	数字病理学	髓母细胞瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq反卷积分析	sPDX/iPDX/GEMM	RNA测序数据	6例患者样本(各建2种PDX模型)+3个GEMM模型
606	2025-04-24	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-02-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	研究论文	介绍了一个名为TcEVdb的数据库，用于从单细胞转录组数据中探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	首次构建了一个全面的TcEV数据库，整合了来自多个项目和样本的单细胞RNA测序数据，提供了TcEV的分泌活动指数、聚类可视化、差异表达基因和通路富集分析等功能	数据库的构建依赖于现有的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和覆盖范围的限制	探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的异质性及其在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	多种疾病（包括弥漫性大B细胞淋巴瘤等23种疾病条件）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SEVtras方法	单细胞转录组数据	来自21个项目的221个样本中的277,265个EV液滴，涵盖51种T细胞类型、9种组织来源和23种疾病条件
607	2025-04-24	Instrumental variable estimation for compositional treatments 2025-02-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89204-9 PMID:39934389	研究论文	本文提出了一种在工具变量设置下处理成分数据的因果估计方法	首次在工具变量框架下考虑成分数据的因果解释，并开发了考虑成分样本空间特殊结构的多元方法	在合成和真实微生物组数据上的比较分析显示了该方法的优势和局限性	为成分数据提供有效的因果效应估计框架	成分数据(如生态学中的物种丰度、单细胞测序数据中的细胞类型组成、微生物组研究中的扩增子丰度数据)	统计学	NA	统计数据分析与回归技术	NA	成分数据	合成数据和真实微生物组数据
608	2025-04-24	Bioinformatics analysis of coronary microvascular dysfunction in rats based on single-cell RNA sequencing 2025-02-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85318-2 PMID:39934189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了大鼠冠状动脉微血管功能障碍的单细胞基因表达谱，特别是内皮细胞基因表达特征的深入分析	首次在大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型中应用单细胞RNA测序技术，发现了内皮细胞和成纤维细胞的显著变化，以及免疫细胞增加、炎症反应增强和氧化应激增加的现象	研究仅基于大鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探索冠状动脉微血管功能障碍的发病机制，寻找潜在治疗靶点	大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	55,419个细胞
609	2025-04-24	Identification of metabolism-related subtypes and feature genes of pre-eclampsia 2025-02-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89140-8 PMID:39930027	research paper	该研究通过代谢相关基因分析，识别了先兆子痫的三种代谢相关亚型，并确定了五个与疾病进展密切相关的特征基因	首次基于代谢特征对先兆子痫进行亚型分类，并利用机器学习算法筛选出五个关键特征基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	探索先兆子痫的代谢相关分子机制并寻找潜在生物标志物	先兆子痫患者样本	生物信息学	先兆子痫	scRNA-seq, qRT-PCR, WGCNA	机器学习算法	基因表达数据	公共数据库中的先兆子痫数据集
610	2025-04-24	Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000971 PMID:39047085	research paper	本研究探讨了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中T细胞的表型和T细胞受体多样性	首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化	未明确驱动T细胞激活和克隆扩增的具体抗原靶点	解析MASH中T细胞在肝脏积累的原因及其在疾病中的功能	人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠模型中的肝脏驻留T细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	5'单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞测序数据和流式细胞数据	人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠的肝脏T细胞样本
611	2025-04-24	Gene Regulation of Neutrophils Mediated Liver and Lung Injury through NETosis in Acute Pancreatitis 2025-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02071-w PMID:38884700	研究论文	本研究通过挖掘公共数据库中的SAP数据并结合实验验证，揭示了SAP介导的多器官损伤的关键分子机制	鉴定了参与SAP多器官损伤的关键基因FPR1、ITGAM和C5AR1，并证明抑制NETs形成可减轻SAP的严重程度及肝肺组织炎症水平	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明重症急性胰腺炎(SAP)介导多器官损伤的分子机制	小鼠胰腺组织（AP）、肝肺组织（SAP）及外周血样本	生物信息学与分子生物学	急性胰腺炎	转录组测序、RT-PCR、免疫组化、ELISA、免疫荧光	小鼠疾病模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（来自GEO数据库的小鼠和人类数据集）
612	2025-04-24	Starfysh integrates spatial transcriptomic and histologic data to reveal heterogeneous tumor-immune hubs 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02173-8 PMID:38514799	research paper	介绍了一种名为Starfysh的计算工具箱，用于整合空间转录组学和组织学数据，以揭示肿瘤-免疫异质性中心	Starfysh无需单细胞RNA测序数据作为参考，利用深度生成模型和原型分析，结合已知细胞类型标记，表征已知或新的组织特异性细胞状态	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合空间转录组学和组织学数据的计算工具，以更好地理解复杂组织中的空间动态和细胞间相互作用	原发性雌激素受体阳性乳腺癌、三阴性乳腺癌和化生性乳腺癌组织	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing	deep generative model	spatial transcriptomic data, histology images	未明确提及具体样本数量
613	2025-04-24	Meteorin-like protein/METRNL/Interleukin-41 ameliorates atopic dermatitis-like inflammation 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16150 PMID:38727640	研究论文	本研究探讨了Meteorin样蛋白（METRNL）/白细胞介素-41（IL-41）在特应性皮炎（AD）中的功能和调控机制	首次揭示了METRNL通过结合KIT受体并调节WNT通路分子β-Catenin的活性来缓解AD炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明METRNL在特应性皮炎中的功能和调控机制	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	多重免疫染色、单细胞RNA-seq、RNA-seq	小鼠AD模型	血清和皮肤样本	AD患者和小鼠模型
614	2025-04-24	The analysis of transcriptomic signature of TNBC-searching for the potential RNA-based predictive biomarkers to determine the chemotherapy sensitivity 2025-Feb, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00876-x PMID:38722458	research paper	该研究通过RNA-seq分析三阴性乳腺癌（TNBC）患者的转录组特征，寻找预测化疗敏感性的RNA生物标志物	首次鉴定出24个在TNBC恶性细胞中特异性表达的基因，这些基因可能作为预测新辅助化疗反应的转录组特征	样本量较小（46例FFPE样本），需要在更大样本中验证这些标志物的预测价值	寻找能够预测TNBC患者新辅助化疗疗效的RNA生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和乳腺癌细胞系	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	PLSR	转录组数据	46例FFPE TNBC样本（26例pCR，20例pPR）和63个乳腺癌细胞系
615	2025-04-24	The potential molecular markers of inflammatory response in KOA with AD based on single-cell transcriptome sequencing analysis and identification of ligands by virtual screening 2025-Feb, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-10854-4 PMID:38622351	research paper	本研究通过单细胞转录组测序分析和虚拟筛选技术，探索了KOA患者中慢性无菌性炎症可能导致AD的分子机制，并筛选了潜在的分子标志物和药物	首次结合单细胞转录组测序和虚拟筛选技术，识别了KOA与AD关联的潜在分子标志物TXNIP、MMP3和MMP13，并发现了针对这些标志物的潜在药物	研究尚未通过实验验证筛选出的药物在实际治疗中的效果	探索KOA影响AD发展的分子机制，并筛选预测、诊断和预后AD的分子标志物和药物	KOA患者与AD之间的分子关联	digital pathology	geriatric disease	single-cell transcriptome sequencing, virtual screening, molecular dynamics simulation	NA	transcriptome data	NA
616	2025-04-24	Unraveling the metastatic niche in breast cancer bone metastasis through single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03594-2 PMID:39066875	研究论文	通过单细胞RNA测序和TCGA数据分析，研究乳腺癌骨转移中的转移微环境	识别了乳腺癌骨转移中的转移微环境特征，包括癌症相关成纤维细胞的增加和免疫细胞的减少，并发现了一种与不良预后相关的特定亚型（State 1）	未提及样本量的具体限制，可能需要在更大样本中验证结果	研究乳腺癌骨转移的转移微环境，为靶向治疗提供新视角	乳腺癌原发肿瘤、淋巴结转移和骨转移样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、TCGA数据分析	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本量
617	2025-04-24	Ferroptosis-Related Gene Signatures in Epilepsy: Diagnostic and Immune Insights 2025-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04385-0 PMID:39052183	研究论文	该研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在癫痫中的作用及其与免疫反应的关联	首次揭示了7个关键基因（TFRC、POR、PTGS2、RELA、PGD、TRIM21和QSOX1）在癫痫样本中的重要作用，并构建了具有高诊断效能的模型	研究样本量相对较小（91例患者），且机制研究仍需进一步深入	探究铁死亡相关基因在癫痫发病机制中的作用及其诊断潜力	癫痫患者和小鼠癫痫脑组织	生物医学	癫痫	qRT-PCR、CIBERSORT、MCP-counter、WGCNA、scRNA-seq	诊断模型	基因表达数据	91例癫痫患者和小鼠癫痫脑组织
618	2025-04-24	Distinct immunometabolic signatures in circulating immune cells define disease outcome in acute-on-chronic liver failure 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000907 PMID:38761406	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了急性慢性肝衰竭（ACLF）患者循环免疫细胞的免疫代谢特征及其与疾病结果的关系	首次在ACLF患者中识别出两种不同的经典单核细胞状态，并发现这些状态与疾病恢复或非恢复相关	研究样本量有限，且未探讨这些免疫代谢特征是否在其他肝病中普遍存在	探究ACLF患者循环免疫细胞的免疫代谢特征与疾病结果的关系	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞	免疫代谢	肝衰竭	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞样本
619	2025-04-24	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	research paper	该论文提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输度量从单细胞RNA测序数据中推断基因轨迹而非细胞轨迹	创新性地提出了基于基因分布而非细胞轨迹的基因动态推断方法，解决了现有细胞伪时序方法在并发基因过程分析中的局限性	未明确说明方法在复杂生物系统或大规模数据集中的计算效率问题	开发新的计算方法以更准确地解析生物过程中基因的动态变化规律	单细胞RNA测序数据中的基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	最优传输(optimal transport)模型	基因表达数据	涉及小鼠皮肤毛囊真皮凝聚细胞分化等生物过程的单细胞数据
620	2025-04-24	The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02193-4 PMID:38565973	研究论文	本文提出了一种名为COVET的表示方法，用于捕捉细胞邻域或生态位中的多变量相互作用，并开发了ENVI模型，用于联合嵌入空间和单细胞RNA测序数据	引入了COVET表示方法，利用基因-基因协变结构捕捉细胞生态位的多变量相互作用，并开发了ENVI模型，能够将空间和单细胞RNA测序数据联合嵌入潜在空间	未明确提及具体限制，可能需要进一步验证在大规模数据集上的性能	解决高分辨率空间分析技术中细胞邻域特征的表示问题	细胞邻域或生态位	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（ENVI）	空间和单细胞RNA测序数据	数百万细胞