单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-07-20	sc-SPLASH provides ultra-efficient reference-free discovery in barcoded single-cell sequencing 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630263 PMID:39763839	研究论文	介绍了一种名为sc-SPLASH的高效、无需参考基因组的单细胞RNA测序分析流程	sc-SPLASH扩展了SPLASH框架，支持条形码单细胞RNA测序和空间转录组学，能够发现参考基因组中缺失的序列变异	未明确提及具体限制	开发一种无需参考基因组的单细胞RNA测序分析方法，以发现转录组多样性	人类、海鞘和海绵的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 10x Chromium, 10x Visium	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	涉及人类、海鞘和海绵的数据，具体样本量未明确
602	2025-07-20	Chondroitin sulfate proteoglycan 4 increases invasion of recessive dystrophic epidermolysis bullosa-associated cutaneous squamous cell carcinoma by modifying transforming growth factor-β signalling 2024-Dec-23, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae295 PMID:39018437	研究论文	该研究探讨了硫酸软骨素蛋白聚糖4（CSPG4）在隐性营养不良性大疱性表皮松解症（RDEB）相关皮肤鳞状细胞癌（cSCC）中的作用及其通过改变转化生长因子-β（TGF-β）信号传导促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了CSPG4通过调节TGF-β信号通路中的SMAD3磷酸化增强RDEB cSCC的侵袭性，并证实CSPG4可能成为RDEB cSCC的治疗靶点	研究主要基于体外细胞系和有限的组织样本，未进行大规模临床验证	评估CSPG4在RDEB cSCC中的表达和功能	RDEB cSCC细胞系、RDEB cSCC肿瘤组织及非RDEB cSCC肿瘤组织	癌症生物学	皮肤鳞状细胞癌	免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	体外全层肿瘤模型	基因表达数据、组织病理学数据	多个RDEB cSCC细胞系及已发表的scRNA-Seq数据集
603	2025-07-20	CFTR represses a PDX1 axis to govern pancreatic ductal cell fate 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111393 PMID:39687022	研究论文	该研究揭示了CFTR蛋白通过调控PDX1表达影响胰腺导管细胞命运的机制	发现了CFTR蛋白水平（而非其通道功能）调控PDX1表达的新机制，解释了CF突变如何影响胰腺外分泌/内分泌重塑	研究主要基于CF雪貂模型，人类临床相关性需进一步验证	探究CFTR蛋白缺失对胰腺导管细胞命运及胰岛功能的影响机制	CF雪貂模型的胰腺导管细胞	分子生物学	囊性纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, ATAC-seq	NA	转录组数据、表观遗传数据	CF雪貂模型（具体数量未明确说明）
604	2025-07-20	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	研究论文	本文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高效的多重标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行标记，显著提高了标记密度和稳定性，解决了现有DNA标记方法在异质细胞群体中稳定性和标记范围有限的问题	NA	开发一种高效、稳定的多重标记方法，以降低单细胞RNA测序的成本并减少批次效应	培养细胞系和组织消化液中的异质细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化液和肥胖啮齿动物脂肪组织中的异质细胞
605	2025-07-20	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了DYRK1A抑制剂单独或与GLP-1或LY联合使用时对人类胰腺胰岛中α细胞的影响，揭示了循环α细胞可能作为β细胞前体细胞的机制	首次发现循环α细胞对DYRK1A抑制最为敏感，并可能通过转分化成为β细胞前体细胞	研究未明确DYRK1A抑制剂促使α细胞转分化的具体分子机制	探索恢复糖尿病患者β细胞数量的潜在治疗方法	人类胰腺胰岛中的α细胞和β细胞	再生医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类胰腺胰岛样本（具体数量未提及）
606	2025-07-20	Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model 2024-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313113 PMID:39684829	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌雄小鼠乳腺癌模型中性别特异的免疫和激素特征差异	首次在雌雄ER+乳腺癌转基因小鼠模型中系统揭示性别依赖的肿瘤免疫微环境差异	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明乳腺癌中性别特异的免疫特征差异	MMTV-PyMT转基因雌雄小鼠的ER+乳腺癌模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-Seq, 全片免疫组化, 流式细胞术	MMTV-PyMT转基因小鼠模型	基因表达数据, 图像数据, 细胞计数数据	未明确说明数量的雌雄转基因小鼠样本
607	2025-07-20	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-12-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了多样化NKT细胞在心脏骤停和复苏后早期炎症及神经学结果中的调节作用	首次发现磺酸脂特异性多样化NKT细胞与良好神经学结果相关，并在小鼠模型中证实其神经保护作用	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制及潜在治疗靶点	院外心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据和临床数据	大规模OHCA患者队列和实验小鼠
608	2025-07-20	Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00313-z PMID:39567827	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术，探讨了2型糖尿病和非糖尿病供体胰岛细胞的性别特异性调控差异	揭示了2型糖尿病胰岛细胞在性染色体和常染色体基因上的性别差异，并提出了线粒体功能在女性向2型糖尿病转变中的作用	样本量相对较小（52名供体），且仅针对胰岛细胞进行研究	探究2型糖尿病胰岛细胞性别差异的分子机制	人类胰岛细胞（来自52名2型糖尿病和非糖尿病供体）	基因组学	2型糖尿病	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	基因组数据	52名供体的胰岛细胞
609	2025-07-20	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	research paper	研究机械张力如何通过细胞培养基底刚度影响衰老细胞标志物和分泌表型	揭示了机械力如何塑造细胞衰老及其分泌表型，特别是在高刚度条件下	研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内复杂环境	探索物理刺激对细胞衰老和SASP的影响	人原代肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	人原代肺成纤维细胞在不同刚度基底上的培养
610	2025-07-20	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	research paper	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重标记方法，以提高稀有细胞群体的表征效率	开发了一种使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重标记的scRNA-seq流程，能够解析样本来源并与表型数据结合	方法主要应用于小鼠视网膜神经节细胞，尚未在其他细胞类型或物种中验证	解决稀有细胞群体在单细胞RNA测序中的表征挑战	小鼠视网膜神经节细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq, 样本多重标记技术	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个视网膜样本
611	2025-07-20	Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae645 PMID:39460943	research paper	介绍了一个名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网络应用，用于展示可折叠的层次结构	提出了一个能够同时展示细胞状态和基因表达的交互式层次图，克服了t-SNE和UMAP需要分开展示的局限性	未提及具体的技术限制或性能瓶颈	开发一个直观的数据可视化工具，用于展示层次树结构	单细胞转录组学数据	数据可视化	NA	JavaScript框架	NA	基因表达数据	NA
612	2025-07-20	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52990-3 PMID:39379371	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，研究Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）的组织特异性反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体（TCR）测序技术，全面解析SJS/TEN患者的免疫病理机制	样本量较小（15名患者），且为罕见疾病，可能限制结果的普遍性	揭示SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并识别潜在的治疗靶点	15名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	单细胞测序	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞多组学数据	15名患者的109,888个细胞
613	2025-07-20	Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia 2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200 PMID:39099209	research paper	该研究探讨了CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变（PanIN）中的免疫预防作用	首次证明CD73抑制剂AB-680可增强免疫监视，减少PanIN进展，并改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成	研究仅在KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中进行，尚未在人体试验验证	探索CD73抑制作为胰腺导管腺癌（PDAC）免疫预防新策略的潜力	KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中的胰腺上皮内瘤变（PanIN）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	KrasG12D; PdxCre1（KC）基因工程小鼠模型	基因表达数据	KC小鼠模型（具体数量未明确说明）
614	2025-07-20	Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation 2024-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01932-8 PMID:39169233	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌基因工程小鼠模型中肿瘤编辑对先天和适应性抗肿瘤免疫的抑制作用，并发现抑制DNA甲基化可以逆转这种效应	首次在全基因组范围内研究了早期肿瘤发生过程中的基因编辑，并发现低剂量地西他滨可以逆转免疫基因的抑制，恢复免疫控制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探究肿瘤编辑对免疫逃逸的影响及DNA甲基化抑制剂的潜在治疗作用	乳腺癌基因工程小鼠模型及植入的乳腺癌和黑色素瘤肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	GEMM（基因工程小鼠模型）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEMM和植入肿瘤模型
615	2025-07-20	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类队列数据仍需进一步验证	评估MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列	单细胞转录组学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	NA
616	2025-07-20	Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients 2024-Sep-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02126-4 PMID:39350165	研究论文	本文通过整合分析乳腺癌样本的转录组数据，揭示了LGALS2在三级淋巴结构（TLSs）相关树突状细胞激活中的关键作用及其免疫治疗潜力	首次发现LGALS2作为TLSs中的关键标志物，并揭示了其在乳腺癌免疫微环境中的复杂作用及其与患者生存期的关联	研究主要基于计算分析和实验验证，但未涉及LGALS2在临床治疗中的实际应用效果	探索LGALS2在乳腺癌免疫微环境中的作用及其免疫治疗潜力	乳腺癌患者样本	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、体内验证分析	机器学习（ML）	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	超过6000个乳腺癌样本
617	2025-07-20	Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness 2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03215-3 PMID:39272155	研究论文	本研究探讨了氯菊酯暴露如何通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，从而在模拟海湾战争疾病的小鼠模型中诱导抑郁样行为	首次揭示了氯菊酯暴露可通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，并与心理压力协同作用导致抑郁样行为	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类中进一步验证	评估氯菊酯暴露是否会导致神经炎症应激反应并引发与海湾战争疾病相关的精神症状	海湾战争疾病小鼠模型	神经科学	海湾战争疾病	单细胞RNA测序分析	DREADD受体技术	基因表达数据	21,566个来自小鼠海马区的单细胞核
618	2025-07-20	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	介绍了一种名为SCIntRuler的新型统计指标，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合	提出了SCIntRuler这一新型统计指标，帮助研究人员决定是否需要数据整合以及选择合适的整合方法	未明确提及具体局限性	解决多个单细胞RNA测序数据集整合中的挑战，提高分析稳健性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
619	2024-08-07	Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02326-2 PMID:38977827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
620	2025-07-20	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了一种鸡特有的肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并阐明了鸡肺中单向气流的形成机制	研究仅聚焦于鸡肺发育，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本