单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39345 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2026-05-06 |
Induction alectinib or crizotinib for stage III NSCLC harboring ALK fusion: A study with 4-year follow-up
2026-May-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003798
PMID:41139663
|
研究论文 | 评估阿来替尼或克唑替尼诱导治疗ALK融合阳性III期非小细胞肺癌的短期和长期疗效，并伴有4年随访数据 | 首次系统性评估ALK-TKI诱导治疗在局部晚期NSCLC中的疗效，结合纵向单细胞RNA测序分析肿瘤微环境变化 | 样本量较小（40例），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚 | 验证ALK靶向诱导治疗在III期肺癌中的疗效和安全性 | ALK融合阳性的IIIA-IIIB期非小细胞肺癌患者 | 医学影像分析 | 肺癌 | ALK-TKI诱导治疗、单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、纵向单细胞RNA测序数据 | 40例III期NSCLC患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 602 | 2026-05-06 |
Patient-derived surgical samples reveal the cellular and molecular signatures of glioblastoma infiltration in distinct radiological zones
2026-May-05, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70106
PMID:42083511
|
研究论文 | 研究揭示胶质母细胞瘤在不同放射学区域浸润的细胞和分子特征 | 首次结合MRI分区与多区域活检，系统描述GBM周边区域的细胞景观与临床关联 | 基于MRI的nCE区域分类低估了水肿区域内的肿瘤浸润 | 定义GBM外周区域的细胞景观及其临床意义 | 45例胶质母细胞瘤患者的161份活检样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫组化、单细胞RNA测序转录组分析 | NA | 图像、转录本数据 | 45例患者，161份活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 603 | 2026-05-06 |
Constitutive interferon epsilon expression shapes antiviral epithelial states in the female reproductive tract and intestine
2026-May-05, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00340-26
PMID:42084361
|
研究论文 | 研究干扰素ε在雌性生殖道和肠道中组成型表达对抗病毒上皮状态的调控作用 | 首次揭示IFNε在雌性生殖道外（尤其是肠道）的功能，证明其作为组成型、空间限制性干扰素协调黏膜抗病毒防御的独特机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本仅限于原代细胞，缺乏体内功能验证；肠道中IFNε的具体调控机制尚未完全阐明 | 探究干扰素ε在不同黏膜表面（雌性生殖道和肠道）的细胞来源、表达规律及抗病毒功能 | 小鼠和人类原代雌性生殖道细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠（包括不同肠段和发情周期样本）及人类原代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 604 | 2026-05-06 |
Advances in sex-specific single-cell transcriptomic profiling in Parkinson's disease
2026-May-05, Journal of Parkinson's disease
DOI:10.1177/1877718X261436548
PMID:42084601
|
综述 | 综述单细胞转录组学在帕金森病研究中的应用进展，重点关注性别特异性分子改变 | 系统总结了单细胞RNA测序技术揭示帕金森病中细胞异质性和性别特异性分子变化的创新发现 | 主要基于现有文献总结，未涵盖所有潜在性别差异研究，且技术方法仍在快速发展中 | 探讨单细胞转录组学如何深化对帕金森病病理机制的理解，并强调性别意识研究设计的重要性 | 帕金森病相关细胞类型，包括多巴胺能神经元、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 605 | 2026-05-06 |
Extracellular vimentin promotes neutrophil-dominant granulomatous inflammation in progressive pulmonary sarcoidosis
2026-May-05, Clinical science (London, England : 1979)
DOI:10.1042/CS20250651
PMID:42084847
|
研究论文 | 该研究揭示了细胞外波形蛋白在进展性肺结节病中促进中性粒细胞主导的肉芽肿性炎症的作用 | 首次通过体内外实验证实细胞外波形蛋白可直接触发中性粒细胞驱动的炎症通路，并发现中性粒细胞胞外陷阱在疾病进展中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和转录组分析，缺乏大规模临床队列验证，且波形蛋白诱导的中性粒细胞活化机制尚未完全阐明 | 阐明中性粒细胞及其效应分子在进展性肺结节病中的作用机制 | 进展性肺结节病患者肉芽肿组织中的中性粒细胞基因特征，以及波形蛋白诱导的小鼠模型 | 机器学习， 数字病理学 | 肺结节病 | 单细胞RNA测序， 流式细胞术， 免疫染色 | CNN | 基因表达数据， 图像数据 | 使用公共数据库和实验室生成的鼠类样本，具体数量未在摘要中明确指出 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 606 | 2026-05-06 |
Syrah: a pipeline to maximize spatial transcriptomics data output
2026-May-04, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag107
PMID:42081452
|
研究论文 | Syrah是一个用于最大化空间转录组学数据输出的分析流程，通过识别和纠正Slide-seqV2和Curio Seeker数据集中的条形码错误来显著提高可用读数 | 提出基于生化模型和条形码序列数据的错误校正方法，无需额外数据集或复杂计算，相比传统精确匹配方法可多恢复35%的读数 | 未提及 | 开发一种能够最大化空间转录组学数据输出的分析流程 | Slide-seqV2和Curio Seeker空间转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Slide-seqV2, Curio Seeker | Slide-seqV2和Curio Seeker空间转录组平台 |
| 607 | 2026-05-06 |
Cell-o1: Training LLMs to Solve Single-Cell Reasoning Puzzles with Reinforcement Learning
2026-May-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag208
PMID:42082388
|
研究论文 | 本文提出一个名为CellPuzzles的基准测试，将单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释重塑为批量级推理任务，并训练了7B参数的大语言模型Cell-o1，通过监督微调和强化学习实现最先进的批量级细胞类型注释性能 | 创新性地提出了批量级推理的细胞类型注释范式CellPuzzles，以及通过监督微调蒸馏推理轨迹和强化学习训练的Cell-o1模型，实现了跨多种组织、疾病和供体条件的高性能推理注释 | 未明确提及限制，但从上下文推断可能包括：模型依赖高质量推理轨迹数据、在极端复杂或少见细胞类型时的泛化能力可能受限、批量级精度提升但推理开销增加 | 提高大语言模型在单细胞RNA测序数据中批量级细胞类型注释的推理能力和准确性 | 来自不同组织、疾病和供体条件的单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释任务 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 文本 | CellPuzzles基准测试涵盖多种组织、疾病和供体条件，具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 608 | 2026-05-06 |
REACTOR: REgulon Activity analysis and Comparison Tool for single-cell transcriptOmics Research
2026-May-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag203
PMID:42082398
|
研究论文 | 介绍了一种名为REACTOR的计算工具，用于分析单细胞RNA测序数据中转录调控因子及其靶基因的差异调控活性 | 引入稳健统计检验来检测多重复条件下（如疾病与对照）的差异调控活性，从而识别关键条件和细胞类型特异性调控子 | 未明确提及局限性 | 开发一种能够检测单细胞转录组数据中转录调控因子差异活性的工具 | 单细胞RNA测序数据中的转录调控子活性 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 609 | 2026-05-06 |
Multi-omics reveals CXCR4 drives immune escape in colorectal cancer via metabolic reprogramming and immune microenvironment remodeling
2026-May-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08795-x
PMID:42082463
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和代谢组学分析，揭示CXCR4通过谷氨酰胺代谢重编程和免疫微环境重塑驱动结直肠癌免疫逃逸的新机制 | 首次发现CXCR4通过PI3K-Akt-SMAD4通路介导代谢重编程，并双向调控“谷氨酰胺代谢-免疫微环境”轴，驱动肿瘤相关巨噬细胞极化和CD8 T细胞耗竭，为克服免疫检查点阻断疗法耐药提供了新靶点 | 研究主要基于结直肠癌小鼠模型和体外实验，结果需要在临床样本中进一步验证；CXCR4的具体下游分子机制仍有待深入探究 | 揭示CXCR4在结直肠癌免疫抑制微环境和谷氨酰胺代谢重编程中的关键作用，以及其对免疫检查点阻断疗法的影响 | 结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、CD8 T细胞、结直肠癌荷瘤小鼠 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学、代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据、代谢组数据、体外共培养实验数据 | 体外实验使用结直肠癌细胞系；体内实验使用结直肠癌荷瘤小鼠 | NA | 单细胞RNA测序、代谢组学 | NA | NA |
| 610 | 2026-05-06 |
Single-cell transcriptome sequencing (ScRNA-seq) uncovers the regulatory role of lodicule cells in rice floret opening (FO)
2026-May-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10191-2
PMID:42082742
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示水稻浆片细胞在颖花开放中的调控作用 | 首次在单细胞水平解析浆片细胞调控水稻颖花开放的分子机制，发现了韧皮部与浆片细胞间的通信涉及钙离子、可溶性糖和水分的运输，并揭示了细胞壁重塑相关基因的异质性激活 | 未明确提及实验局限性，但样本仅涉及开花前后两个时间点，可能未覆盖整个发育过程的动态变化 | 探究水稻浆片细胞调控颖花开放的潜在分子机制 | 水稻小穗的开花前后样本 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 开花前和开花后两个时间点的小穗样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 611 | 2026-05-06 |
IgG2a-formatted 4-1BB agonism combined with S100A9 inhibition enhances T cell activation and tumor control in a preclinical model of multiple myeloma
2026-May-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-026-03716-4
PMID:42082972
|
研究论文 | 本研究探讨了IgG2a形式4-1BB激动剂联合S100A9抑制剂在多发性骨髓瘤小鼠模型中增强T细胞活化和肿瘤控制的效果 | 首次验证了4-1BB激动剂的亚型特异性抗肿瘤效应，并建立了联合S100A9抑制剂的协同治疗策略 | 仅基于小鼠模型和有限的患者样本，缺乏临床试验验证 | 评估4-1BB刺激联合S100A9抑制在多发性骨髓瘤免疫治疗中的潜力 | 多发性骨髓瘤小鼠模型（5TGM1荷瘤小鼠）和新诊断多发性骨髓瘤患者骨髓样本 | 免疫治疗 | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，免疫细胞表型数据 | 小鼠模型（具体数量未明确）和多名新诊断多发性骨髓瘤患者骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 612 | 2026-05-06 |
CD34+ cell-Derived Endothelial Cells Orchestrate Vascular and Immune Remodeling in the Transplanted Liver
2026-May-02, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2026.04.028
PMID:42082110
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究移植肝中CD34+细胞来源内皮细胞在血管和免疫重塑中的作用 | 首次绘制移植肝内皮细胞功能图谱，揭示受体CD34+细胞来源内皮细胞通过CXCL12-CXCR4轴招募并激活T细胞，并开发基于血小板的靶向递送策略减轻排斥反应 | 未提及 | 阐明移植后内皮细胞起源、特征及细胞间相互作用机制，并开发内皮细胞靶向策略减轻肝移植排斥反应 | 人类和鼠类肝移植物的内皮细胞以及受体CD34+细胞来源的内皮细胞 | 机器学习和单细胞组学 | 肝移植排斥反应 | 单细胞RNA测序、多重免疫组化、体外共培养模型 | 细胞间通讯分析工具（CellChat） | 单细胞转录组数据 | 13个人类和4个鼠类肝移植物（肝移植后样本） | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序文库构建和测序 |
| 613 | 2026-05-06 |
The CXCL12-CXCR4 Axis Mediates Lymphocyte Immune Overactivation in IgG4-Related Chronic Rhinosinusitis
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70124
PMID:41144786
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示IgG4相关慢性鼻窦炎中CXCL12-CXCR4轴介导的淋巴细胞免疫过度活化机制 | 首次在单细胞水平解析IgG4相关慢性鼻窦炎的转录组变化，并阐明CXCL12-CXCR4轴在疾病发病机制中的核心作用 | 样本量较小（仅5例患者），且控制组数据来源于已发表数据，可能引入批次效应 | 揭示IgG4相关慢性鼻窦炎的发病机制 | IgG4相关慢性鼻窦炎患者的鼻黏膜组织 | 数字病理学 | IgG4相关慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 多色免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 组织图像 | 5例患者样本和3例已发表控制样本，共49063个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2026-05-06 |
Epithelial-Associated CD207+ DCs Link Allergen Sensing and IL-25-Driven Th2 Inflammation in Asthma
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70244
PMID:41623094
|
研究论文 | 本研究揭示CD207+树突状细胞作为上皮相关抗原递呈细胞，在哮喘中连接IL-25信号与Th2型免疫应答的机制 | 首次鉴定CD207+树突状细胞作为上皮源性细胞因子IL-25的下游效应细胞，阐明其将过敏原感知与Th2炎症相联系的分子机制 | 尚未在人体哮喘模型中直接验证CD207缺失的治疗效果，且IL-25-CD207轴的上游调控网络仍需进一步解析 | 探究CD207+树突状细胞是否响应上皮源性细胞因子并参与哮喘Th2免疫应答 | 健康人肺组织单细胞RNA-seq数据、Cd207-/-小鼠尘螨诱导哮喘模型及U-BIOPRED队列哮喘患者气道样本 | 免疫学 | 哮喘（T2-high型） | 单细胞RNA测序、流式细胞术、DC-T细胞共培养、Transwell气液界面共培养 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、共培养实验数据 | 人肺样本、Cd207-/-小鼠模型、U-BIOPRED队列哮喘患者气道样本 | 未知 | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2026-05-06 |
Single cell transcriptomic atlas reveals macrophage polarization dynamics and intercellular communication networks in gingival tissue of periodontitis patients undergoing orthodontic treatment
2026-May, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2026.100402
PMID:41722860
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示牙周炎正畸治疗患者牙龈组织中巨噬细胞的极化动态与细胞间通讯网络 | 首次在牙周炎正畸治疗背景下绘制巨噬细胞亚型异质性和极化动态的单细胞转录组图谱，发现中间过渡状态，揭示巨噬细胞与多种细胞的通讯网络及机械转导与炎症反应的整合机制 | 未提供具体局限性信息 | 研究牙周炎正畸治疗患者牙龈组织中巨噬细胞亚型的异质性及其极化动态 | 牙周炎患者接受正畸治疗后的牙龈组织样本 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 616 | 2026-05-06 |
Transcriptomic profiling of insulinomas reveals a new "low-endocrine" subtype with low YY1 expressions
2026-May, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.]
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.pan.2026.02.006
PMID:41748371
|
研究论文 | 对胰岛素瘤进行转录组分析，发现一种新的“低内分泌”亚型，其YY1表达水平较低 | 首次通过转录组分析识别出胰岛素瘤的低内分泌亚型，并揭示YY1表达水平与胰岛素合成途径的相关性 | 未详细说明样本量大小或临床数据的差异，以及YY1突变率与表达水平不一致的机制 | 探究胰岛素瘤的转录组异质性以及转录因子YY1的调控作用 | 胰岛素瘤肿瘤样本 | 数字病理学 | 胰岛素瘤 | bulk RNA-seq, 全外显子测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium HD平台 |
| 617 | 2026-05-06 |
Guidelines for evaluating endothelial function in vascular tissue
2026-May-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00656.2025
PMID:41801061
|
指南 | 本文提供了评估血管组织中内皮功能的指南，整合了传统功能测定与现代分子方法 | 将传统功能测定（如导线和压力肌电图）与现代分子方法（如批量及单细胞转录组学、蛋白质组学和先进成像）相结合，形成统一的评估指南 | 未明确提及具体局限性 | 建立评估内皮功能的最佳实践，提高研究的严谨性、可重复性和理解力 | 内皮细胞及其在血管组织中的功能 | NA | 心血管疾病 | 批量转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、先进成像 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、成像数据 | NA | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2026-05-06 |
Integrative transcriptomic profiling reveals molecular signatures of disease progression from gastroesophageal reflux disease to Barrett's esophagus: A foundation for single-cell resolution studies
2026-May, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2026.100412
PMID:41839318
|
research paper | 通过整合性转录组分析揭示了从胃食管反流病到巴雷特食管进展的分子特征，为单细胞分辨率研究奠定基础 | 首次系统性地在胃食管反流病和巴雷特食管之间进行大规模转录组比较，识别出1247个差异表达基因及相关信号通路，并揭示了疾病进展的分子标志物 | 缺少单细胞分辨率数据支撑，研究队列样本量较小（N=40），部分临床分子关联分析存在重叠分布 | 阐明胃食管反流病向巴雷特食管转变过程中的分子机制，建立单细胞转录组研究的框架基础 | 胃食管反流病和巴雷特食管患者的食管组织样本 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 40名患者（20名胃食管反流病，20名巴雷特食管） | Illumina | 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 高通量RNA测序平台，使用HISAT2比对和StringTie定量分析 |
| 619 | 2026-05-06 |
Activated microglia contribute to paraquat neurotoxicity through neuroinflammation and regulation of phenotypic polarization of astrocytes
2026-May, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120120
PMID:41966020
|
研究论文 | 本研究探讨了活化的小胶质细胞通过神经炎症和星形胶质细胞表型极化调控参与百草枯神经毒性的机制 | 首次利用单细胞RNA测序揭示PI3K/AKT通路在百草枯诱导的星形胶质细胞表型转化中的调控作用，并阐明小胶质细胞-星形胶质细胞互作在神经免疫毒性中的关键角色 | 未明确提及研究局限性 | 探究百草枯暴露下小胶质细胞调控星形胶质细胞表型极化及神经炎症的分子机制 | 小胶质细胞、星形胶质细胞、多巴胺能神经元 | 机器学习 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 620 | 2026-05-06 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals novel lncRNA macromolecules associated with PARP11, LMF1, and RRM2 regulatory axes in non-small cell lung cancer
2026-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.151932
PMID:41997320
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示非小细胞肺癌中与PARP11、LMF1和RRM2调控轴相关的新型lncRNA大分子 | 识别了三种新型lncRNA大分子（AC005842.1、AC009041.2、AC007240.1）并建立了与关键癌症通路的联系，开发了开源的lncScape Shiny应用，引入lncRNA动力学评分和转录因子-lncRNA动力学评分两种新策略 | 未详细说明样本量和验证数据集范围 | 揭示非小细胞肺癌中lncRNA大分子的调控作用及其与肿瘤微环境异质性的关系 | 非小细胞肺癌细胞系和单细胞RNA测序数据中的肿瘤及免疫细胞群体 | 单细胞转录组学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序，定量实时PCR | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |