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当前共找到 40610 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2026-06-13 |
Single-cell RNA Sequencing for Profiling Ganglionic and Aganglionic Colonic Segments from Patients with Hirschsprung Disease
2026-May-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69825
PMID:42258412
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术分析先天性巨结肠症患者有神经节和无神经节结肠段的转录图谱 | 建立了标准化的单细胞RNA测序工作流程，首次在单细胞水平上解析了HSCR患者有神经节和无神经节结肠段的细胞异质性 | 未明确指出局限性 | 表征先天性巨结肠症患者有神经节和无神经节结肠段的转录景观 | 先天性巨结肠症患者的结肠组织样本 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于构建单细胞转录组文库 |
| 602 | 2026-06-13 |
TDP-43 Acetylation at the Neuroimmune Interface: A Hypothesis-Driven Framework for Peripheral Inflammatory Stratotypes in ALS
2026-May-22, Neurochemical research
IF:3.7Q2
DOI:10.1007/s11064-026-04770-2
PMID:42171861
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综述 | 该论文提出一个假设驱动框架，探讨TDP-43乙酰化在肌萎缩侧索硬化症（ALS）中神经免疫界面上的作用，并识别与外周炎症特征相关的内型 | 将TDP-43从神经病理标志重新定位为免疫活性哨兵，提出基于乙酰化状态的外周炎症分层方法，推动从描述性分类向分层免疫治疗的转变 | 未提供具体实验数据验证框架，依赖现有数据集整合，临床可操作性需进一步验证 | 探索TDP-43位点特异性乙酰化是否与ALS免疫病理学中的外周炎症特征相关，并提出临床可操作的分子靶点 | TDP-43乙酰化状态、单核细胞表型、细胞因子模块、血脑屏障功能障碍 | 神经科学、免疫学、机器学习 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞转录组学、蛋白质组学免疫分析、临床炎症表型分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 603 | 2026-06-13 |
Self-reinforcing IL-1β signaling accelerates the development and recurrence of TCF3::HLF-positive B-ALL
2026-May-21, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025031521
PMID:41774513
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研究论文 | 研究发现TCF3::HLF阳性B细胞急性淋巴细胞白血病中，自身强化的IL-1β信号网络加速疾病进展和复发 | 首次在小鼠模型中揭示TCF3::HLF融合蛋白通过直接结合IL1B基因内含子调控元件，驱动自身强化的IL-1β信号网络，从而促进白血病进展和骨质破坏 | 未提及具体局限性 | 探索TCF3::HLF阳性B-ALL的疾病进展机制及潜在治疗策略 | TCF3::HLF阳性B细胞急性淋巴细胞白血病 | 机器学习 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 患者样本（诊断 vs 复发） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序平台进行患者样本分析 |
| 604 | 2026-06-13 |
Spatial Transcriptomics Reveals Location-Specific Tumor Cell Subtypes and Signaling within Multifocal Small Intestinal Neuroendocrine Tumors
2026-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2854
PMID:41779010
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示多灶性小肠神经内分泌肿瘤在不同解剖部位的特异性肿瘤细胞亚型和信号网络 | 首次通过空间转录组学分析多灶性SI-NET不同解剖位置的肿瘤细胞亚型，发现基于位置的四种亚型及其独特的配体-受体相互作用，为理解肿瘤内异质性和微环境驱动的肿瘤发生提供新见解 | 需要进一步验证，样本量较小（4名患者共72个组织微阵列芯） | 表征多灶性小肠神经内分泌肿瘤在不同解剖部位的肿瘤细胞群体表型，并识别影响肿瘤发生的局部微环境因素 | 多灶性小肠神经内分泌肿瘤患者的不同解剖层（小肠黏膜、肠系膜、淋巴、深层）及区域转移位点的肿瘤和非肿瘤组织 | digital pathology | 小肠神经内分泌肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 来自4名多灶性小肠神经内分泌肿瘤患者的72个组织微阵列芯 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 605 | 2026-06-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals that host Glutamine Metabolism Inhibition Enhances Macrophage Phagocytosis of Mycobacterium tuberculosis
2026-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725218
PMID:42182385
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研究论文 | 单细胞RNA测序揭示宿主谷氨酰胺代谢抑制增强巨噬细胞吞噬结核分枝杆菌的能力 | 首次通过单细胞RNA测序和代谢组学揭示JHU083介导的谷氨酰胺代谢抑制对巨噬细胞的代谢重编程及其增强抗结核活性的机制 | 未明确说明 | 研究谷氨酰胺代谢抑制对巨噬细胞抗结核功能的影响及其机制 | 小鼠结核模型中的巨噬细胞 | 机器学习 | 结核病 | 单细胞RNA测序, LS-MS/MS代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | 小鼠结核模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 606 | 2026-06-13 |
Endocrine therapy-specific lineage and partial epithelial-mesenchymal reprogramming defines divergent resistant cell-states in ER+ breast cancer
2026-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.11.724242
PMID:42182314
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research paper | 系统比较了ER+乳腺癌中内分泌治疗耐药的不同机制，发现他莫昔芬和氟维司群耐药通过不同的谱系和染色质重塑途径，导致独特的细胞状态 | 首次揭示选择性雌激素受体调节剂（SERMs）诱导的部分基底谱系激活和部分上皮-间质转化（pEMT）程序是耐药的关键表观遗传模块，并发现这与MHC I类抗原呈递的协同丧失相关 | NA | 阐明内分泌治疗耐药中不同药物特异性模式如何影响谱系特性和上皮-间质状态 | ER+乳腺癌细胞模型（他莫昔芬耐药，TamR；氟维司群耐药，FulR；ESR1突变模型） | machine learning | breast cancer | RNA-seq, single-cell RNA-seq, Hi-C, cistrome profiling | NA | transcriptome, chromatin architecture, cistrome | 未明确提及具体样本数量 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, Hi-C | NA | NA |
| 607 | 2026-06-13 |
WATER reveals heterochrony of molecular programs underlies developmental failure caused by minor spliceosome inhibition
2026-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.08.723603
PMID:42182497
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研究论文 | 开发了WATER框架，揭示次要剪接体抑制导致分子程序异时性部署和发育失败 | 提出WATER框架，独立重构每个条件下的时间基因表达轨迹，直接比较野生型与扰动系统之间的时间程序架构 | 未明确说明局限性 | 研究次要剪接体抑制如何通过时间程序重分布导致发育失败 | U11敲除小鼠前肢发育及Eed敲除干细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠前肢样本和干细胞样本（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 608 | 2026-06-13 |
GatorDuo: Global-Consistency Dual-Graph Refinement With Pseudo-Label Agreement for Spatial Transcriptomics
2026-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.10.724039
PMID:42182473
|
研究论文 | 提出GatorDuo框架，通过全局一致性的双图细化和伪标签一致性掩码，提升空间转录组学数据的空间域识别性能 | 引入基于全局一致性的图细化技术，利用伪标签一致性掩码抑制跨域短路边，并采用上下文赌博机强化学习策略自适应选择聚类粒度，最后通过混合路由专家混合模块整合嵌入 | 未明确提及，但可能依赖于伪标签的初始质量，以及强化学习策略在极端稀疏数据下的泛化性 | 开发鲁棒的空间域识别方法，克服空间转录组学数据中静态图构建不可靠和聚类边界模糊的问题 | 空间转录组学数据，涵盖测序和成像两种技术，包括斑点分辨率和单细胞分辨率 | 计算生物学，生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络，专家混合模型，上下文赌博机强化学习 | 基因表达数据和空间坐标 | 八个公开基准数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 609 | 2026-06-13 |
Dogcatcher2: Improved statistical detection of transcriptional readthrough and repetitive element analysis across sequencing platforms
2026-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.07.723642
PMID:42182342
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研究论文 | Dogcatcher2通过改进的统计方法检测转录通读事件，并在多种测序平台中分析重复序列的富集情况 | 采用基因体归一化覆盖图谱的改进统计检测方法，在低测序深度下仍保持高精度；支持伪批量单细胞RNA-seq和单核RNA-seq数据；首次揭示转录通读区域中Alu元件（特别是倒置Alu对）的富集与双链RNA生成及先天免疫信号的联系 | 依赖于长读长测序数据作为金标准，可能对某些实验条件或物种的适用性有限 | 开发更准确的转录通读事件检测工具并分析其与重复序列的关系 | 人类细胞中的转录通读区域及Alu元件、转座因子等重复序列 | 机器学习和生物信息学 | 癌症和神经退行性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 多个数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 610 | 2026-06-13 |
A single-cell solution to a transplant mystery
2026-05-08, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2026.101079
PMID:42105743
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评论 | 本文介绍了一个通过定制单细胞测序解决年轻女性异基因造血干细胞移植后出现骨髓增生异常肿瘤的诊断谜团的案例，常规诊断无法确定突变克隆的来源，而结合转录组分析与靶向U2AF1富集最终明确了克隆起源并指导第二次移植，达到缓解 | 利用单细胞测序结合靶向基因富集解决传统方法无法区分的克隆来源问题，展示了单细胞技术在移植后诊断中的创新应用 | 本文为Backstory形式，未详细讨论该方法是否适用于所有类似病例或存在潜在局限性 | 解决移植后骨髓增生异常肿瘤的克隆来源诊断问题 | 一名异基因造血干细胞移植后出现骨髓增生异常肿瘤的年轻女性患者 | 医疗诊断 | 骨髓增生异常肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 1名患者（个案） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 结合转录组分析与靶向U2AF1富集的单细胞测序方法 |
| 611 | 2026-06-13 |
scHILL: deciphering individual-level immune cell heterogeneity with single-cell RNA sequencing data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag286
PMID:42248580
|
研究论文 | 提出了scHILL框架，结合掩码自编码器与多层感知机，利用单细胞RNA测序数据解析个体水平的免疫细胞异质性 | 首次整合掩码自编码器与多层感知机，通过数据增强实现自监督特征学习，克服样本量限制，量化个体水平细胞和基因的功能重要性 | 未提及具体局限性 | 开发通用框架以解析单细胞RNA测序数据中的个体水平免疫细胞异质性，推动个性化医疗 | 来自感染性疾病、自身免疫性疾病和癌症的多个数据集中的个体免疫细胞 | 机器学习 | 感染性疾病, 自身免疫性疾病, 癌症 | 单细胞RNA测序 | 掩码自编码器, 多层感知机 | 单细胞基因表达数据 | 多个数据集，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 612 | 2026-06-13 |
mosna Reveals Different Types of Cellular Interactions Predictive of Response to Immunotherapies and Survival in Cancer
2026-May, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2026.101536
PMID:41759628
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research paper | 开发了一个Python包mosna，用于分析空间组学数据并与临床或生物学数据整合，以揭示细胞相互作用模式或组织架构 | mosna包与所有空间组学技术兼容，提供了一个分析流程，其中每一步计算的特征可以与临床数据整合，同时能够训练机器学习模型并识别最具预测能力的变量 | 仅适用于二元条件如生物治疗或患者反应状态，以及生存数据 | 使对空间组学数据的理性分析（包括多种算法并整合不同条件如临床数据）更加容易访问 | 空间解析的蛋白质组学数据集和空间转录组学数据集，包含对免疫治疗的二元反应或生存数据 | digital pathology | cancer | spatial omics, MERFISH, seqFISH, Xenium, CODEX, MIBI-TOF, 10x Visium, Slide-seq, Stereo-seq | machine learning models | image, text | 两个空间解析的蛋白质组学数据集和一个包含对免疫治疗反应或生存数据的空间转录组学数据集 | 10x Genomics | spatial transcriptomics, proteomics | 10x Visium | NA |
| 613 | 2026-06-13 |
Fatty acid binding protein 4 (FABP4): a key player in neuroinflammation and neuropathic pain
2026-May, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序，发现脂肪酸结合蛋白4通过驱动巨噬细胞介导的神经炎症，在神经病理性疼痛中发挥关键作用 | 首次揭示FABP4通过NF-κB通路促进巨噬细胞促炎极化，驱动神经炎症和神经病理性疼痛的新机制，并验证了药物抑制FABP4的镇痛潜力 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证；FABP4抑制剂的长期疗效和安全性需进一步评估 | 阐明FABP4在神经病理性疼痛中的作用及其分子机制 | 野生型和FABP4基因敲除小鼠，坐骨神经挤压伤模型 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序、组织学分析 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 涉及野生型和基因敲除小鼠的坐骨神经损伤模型，具体样本数未在摘要中提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2026-06-13 |
Unraveling pancreatic ductal adenocarcinoma at single-cell resolution with spatial insights: From mechanisms to clinical translation
2026-May-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218391
PMID:41771343
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综述 | 系统总结了基于单细胞RNA测序技术揭示胰腺导管腺癌在细胞异质性、肿瘤微环境、免疫逃逸、转移进展和治疗耐药等方面的最新研究进展 | 整合单细胞和空间多组学方法构建胰腺导管腺癌肿瘤微环境图谱，从单细胞和空间维度理解胰腺导管腺癌生物学机制 | 该综述主要基于现有文献总结，可能受限于现有单细胞RNA测序技术的分辨率、样本量和数据整合方法的局限性 | 系统梳理单细胞RNA测序技术在胰腺导管腺癌研究中的应用，探讨其从机制到临床转化的潜力 | 胰腺导管腺癌的细胞组成、肿瘤微环境、免疫逃逸、转移进展和治疗耐药机制 | 机器学习和数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序、空间多组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 综述性文章，无具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 615 | 2026-06-13 |
Spatial transcriptomics characterisation of radionecrotic changes in glioblastoma patients
2026-May-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag026
PMID:41783996
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研究论文 | 利用空间转录组学表征胶质母细胞瘤患者的放射性坏死变化 | 首次利用Xenium平台生成进行性胶质母细胞瘤和伴有放射性坏死变化的脑组织的综合空间单细胞转录组图谱，揭示了放射性坏死组织中肿瘤细胞下调EGFR表达且不显示增殖标志物，并发现边界相关巨噬细胞浸润并可能促进胶质增生 | NA | 区分胶质母细胞瘤进展与放射性坏死变化，揭示其空间转录组学差异 | 9名胶质母细胞瘤患者（10个样本），接受标准治疗后需要进行第二次手术切除的组织 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间单细胞转录组数据 | 10个样本（来自9名患者） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium平台 | Xenium空间单细胞转录组平台 |
| 616 | 2026-06-13 |
Intra- and inter-organ communications in aging and cancer: Local and global spatial perspectives
2026-May, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2026.103672
PMID:41794017
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综述 | 综述了衰老和癌症中细胞内及器官间通信的局部和全局空间视角，重点探讨了配体-受体相互作用和空间转录组学在该领域的应用 | 首次系统性地从空间视角整合了衰老与癌症转移中细胞内和器官间通信的配体-受体相互作用，并评估了相关的计算推断工具 | 未详细讨论验证特定配体-受体相互作用的实验方法，且对新兴空间组学技术（如多模态成像）的覆盖可能不全面 | 揭示衰老和癌症中细胞间通信失调如何重塑组织微环境，并探索靶向配体-受体相互作用的潜在治疗策略 | 衰老和癌症转移中的细胞间通信，包括局部肿瘤微环境和远端器官相互作用 | 数字病理学 | 癌症，老年病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 文本，图像 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 617 | 2026-06-13 |
DyGFormer:Transformer With Resistance-Distance Bias for Semi-Supervised Cell-Type Identification
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3676606
PMID:41870934
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研究论文 | 提出了一种名为DyGFormer的半监督模型，通过结合阻力距离偏差的Transformer结构，用于单细胞空间转录组学中的细胞类型鉴定 | 首次将基于阻力距离的相对位置偏差引入Transformer，并结合邻居交互历史编码器和三元组度量的监督信号，实现输入依赖的细胞间连接权重学习 | 未明确说明局限性，但可能包括对空间先验的依赖以及跨平台泛化能力的进一步验证需求 | 开发一种半监督细胞类型鉴定方法，以应对单细胞空间转录组学中的测序噪声、跨平台异质性和有限标注预算等挑战 | 单细胞空间转录组学数据集（如NanoString/CosMx和MERFISH）中的细胞类型 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞空间转录组学 | Transformer | 空间表达数据 | 多个跨组织和平台的数据集 | NanoString | 单细胞空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager, MERFISH | NA |
| 618 | 2026-06-13 |
Single-Cell Analysis Identified a Recurrent Malignant-Associated Transcriptional State in Colorectal Cancer
2026-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70335
PMID:41770629
|
研究论文 | 通过对四名日本结直肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织进行单细胞RNA测序，鉴定出一个常见的恶性相关转录状态，其特征为长非编码RNA KCNQ1OT1高表达和RASSF6低表达 | 首次在单细胞水平上鉴定出日本结直肠癌患者中一个复发性恶性相关转录状态，并揭示该状态中KCNQ1OT1高表达和RASSF6低表达的特征，这在传统批量分析中难以发现 | 样本量较小（仅四名患者），可能无法完全代表日本人群的异质性；RASSF6的临床意义在东西方队列中存在差异，需进一步验证 | 利用单细胞转录组学技术解析结直肠癌的分子异质性，并鉴定与恶性相关的细胞状态 | 四名日本结直肠癌患者的肿瘤组织和邻近正常组织中的细胞群体 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 4名患者的肿瘤组织和邻近正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 619 | 2026-06-13 |
TRAP5 Inhibition Targeting Scar-Associated Macrophages Ameliorates Acute Kidney Injury to Chronic Kidney Disease Transition
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519855
PMID:41773735
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research paper | 使用小鼠模型结合单细胞RNA测序，研究TRAP5阳性瘢痕相关巨噬细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的作用，并验证TRAP5抑制的治疗潜力 | 首次发现并鉴定TRAP5阳性瘢痕相关巨噬细胞是急性肾损伤向慢性肾病转变的关键致病效应细胞，并证明靶向TRAP5可有效阻止该转变 | 主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；具体分子机制尚需进一步阐明 | 阐明急性肾损伤向慢性肾病转变的细胞机制并探索新的治疗靶点 | 小鼠肾脏巨噬细胞，人类慢性肾病活检组织 | machine learning | chronic kidney disease | single-cell RNA sequencing, immunofluorescence | NA | single-cell transcriptome | 3组小鼠（对照组、急性期、重塑期）共39,345个细胞，涵盖18个细胞簇；多种小鼠模型和人类活检样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' sequencing |
| 620 | 2026-06-13 |
ZBP1 Drives CD8+ T cell-mediated anti-tumor immunity in head and neck squamous cell carcinoma
2026-May, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1012107
PMID:42189863
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研究论文 | 本研究鉴定ZBP1为头颈鳞状细胞癌中重编程免疫抑制微环境的关键免疫调节因子，能驱动CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫 | 首次发现ZBP1通过重塑趋化因子信号网络和效应T细胞区室，将免疫“冷”肿瘤转化为免疫活性微环境，并作为双功能调节因子同步协调淋巴细胞募集和髓系抑制 | 研究主要基于体外模型和临床样本分析，缺乏体内多模型验证及基于人类HNSCC的泛癌验证，且ZBP1调控免疫微环境的具体分子机制尚需进一步阐明 | 探究ZBP1在头颈鳞状细胞癌免疫抑制微环境重编程中的作用及其分子机制 | 头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤组织样本、SCC-7/MOC2小鼠肿瘤模型 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | RNA-seq、多标免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组测序 | 多模型综合分析 | 转录组数据、空间蛋白数据、单细胞数据 | 92例头颈鳞状细胞癌标本 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |