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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-11-29 |
Single-cell and spatial transcriptomics implicate a prognostic function of tertiary lymphoid structures in gastric cancer
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65421-8
PMID:41290589
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析揭示三级淋巴结构在胃癌中的预后功能 | 首次整合单细胞和空间转录组学分析不同空间定位模式的三级淋巴结构,发现iTLS富集肿瘤中特定免疫细胞亚群,并揭示HEV通过VCAM1/ICAM1-CXCL13-ACKR1通路促进TLS形成的新机制 | 样本量相对有限(30例胃癌标本),需要在更大队列中验证发现 | 探究三级淋巴结构在胃癌中的预后功能和免疫治疗预测价值 | 30例按TLS空间定位模式分层的胃癌标本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 30例胃癌标本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 602 | 2025-11-29 |
Machine learning driven multiomics analysis identifies disulfidptosis associated molecular subtypes in ovarian cancer
2025-Nov-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26157-z
PMID:41290867
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研究论文 | 本研究通过机器学习驱动的多组学分析,在卵巢癌中鉴定出与双硫死亡相关的分子亚型 | 首次将双硫死亡机制纳入卵巢癌分类系统,并构建了10基因预测模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 建立卵巢癌双硫死亡相关分子亚型分类系统 | 卵巢癌患者样本 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞测序,空间转录组学,免疫组化 | CNN+GRU, LASSO回归,随机森林 | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 603 | 2025-11-29 |
Immune cell-resolved transcriptomics provides insights into the basis for variations of fish genetic resistance to viral disease
2025-Nov-25, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02452-z
PMID:41291655
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研究论文 | 通过整合批量组织RNA-seq和单细胞RNA-seq技术,揭示虹鳟鱼对病毒性出血性败血症病毒遗传抗性的免疫细胞特异性转录组基础 | 首次在鱼类中结合批量组织和单细胞分辨率转录组学,解析不同遗传抗性品系免疫细胞对病毒感染的异质性响应 | 研究仅针对两个极端抗性品系,可能无法完全代表自然种群中的遗传多样性 | 探究鱼类对病毒感染的遗传抗性机制 | 虹鳟鱼(抗性和易感性等基因系) | 转录组学 | 病毒性出血性败血症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 两个虹鳟鱼等基因系的前肾组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 604 | 2025-11-29 |
Identification and validation of PANoptosis-related biomarkers in Alzheimer's disease via single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Nov-25, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03335-3
PMID:41291841
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别并验证了阿尔茨海默病中与PANoptosis相关的生物标志物 | 首次在阿尔茨海默病中系统研究PANoptosis相关基因,并整合单细胞测序与多种机器学习算法识别生物标志物 | BACH2基因的转录组学发现未能通过qRT-PCR验证,样本来源和数量可能存在限制 | 探索PANoptosis在阿尔茨海默病发病机制中的作用并识别相关生物标志物 | 阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据及临床样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,机器学习 | LASSO,支持向量机,随机森林 | 基因表达数据 | 多个数据集(GSE181279,GSE85426,GSE48350)和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 605 | 2025-11-29 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveal the reorganization of cerebellar microglia with aging
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116624
PMID:41307999
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学揭示了小脑小胶质细胞随衰老的重组过程 | 首次发现小脑小胶质细胞具有神经保护特征表达升高和脂滴积累特征表达降低的年龄相关变化,并识别出神经元相关小胶质细胞特征 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚需进一步研究 | 探究小脑在衰老过程中的转录组变化和小胶质细胞重组机制 | 小鼠小脑组织和小胶质细胞 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病,衰老相关疾病 | 单核RNA测序,批量小胶质细胞RNA测序,MERFISH空间转录组学 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 十五个小鼠脑区域 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 606 | 2025-11-29 |
Biomechanical and Inflammatory Pathways Underlying the Genetic Architecture of Keratoconus: A Genomic SEM Study
2025-Nov-25, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110770
PMID:41308946
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研究论文 | 通过基因组结构方程模型解析圆锥角膜的双通路遗传架构,识别关键候选基因并进行功能验证 | 首次应用基因组SEM方法量化解析圆锥角膜的生物力学和炎症双重遗传通路,结合多组学数据验证候选基因功能 | 研究主要基于欧洲人群GWAS数据,需要在其他人群中验证普适性 | 阐明圆锥角膜的遗传架构和发病机制 | 圆锥角膜患者群体 | 基因组学 | 圆锥角膜 | 基因组结构方程建模,GWAS,单细胞RNA-seq,蛋白质组学分析 | 基因组SEM | 基因组汇总统计数据,转录组数据,蛋白质表达数据 | 大规模GWAS汇总统计数据,两个独立患者转录组队列 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 607 | 2025-11-29 |
M2 macrophages and tumor cells engage in a metabolic feedback loop to drive HCC progression
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25673-2
PMID:41286064
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肝细胞癌中肿瘤细胞与M2巨噬细胞之间的代谢反馈环路 | 发现了肝细胞癌中OXPHOS-核糖体-M2极化轴这一新的代谢-免疫轴,揭示了肿瘤细胞与M2巨噬细胞之间的代谢耦合机制 | 对肿瘤微环境中TAM重编程的具体分子机制理解仍不充分 | 探索肝细胞癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与M2巨噬细胞的代谢相互作用机制 | 肝细胞癌肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, TCGA数据库 | 多个队列的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 608 | 2025-11-29 |
Discovery and validation of proliferative exhausted T cells as a favorable prognostic biomarker in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25535-x
PMID:41286177
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现并验证了增殖性耗竭T细胞作为食管鳞癌预后生物标志物的重要价值 | 首次在食管鳞癌中发现增殖性耗竭T细胞亚群,并证明其高浸润与患者生存改善显著相关 | NA | 探索T细胞耗竭异质性在食管鳞癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 食管鳞癌患者样本中的T细胞亚群 | 生物信息学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序,TCR测序,微阵列,批量RNA测序,qRT-PCR | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个发现和验证队列的食管鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 609 | 2025-11-29 |
Single-cell transcriptomic analysis of HPV-related multiphenotypic sinonasal carcinoma uncovers MYB-HPV association
2025-Nov-24, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01164-5
PMID:41286405
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中MYB与HPV的关联 | 首次在单细胞水平证明HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中HPV阳性细胞与MYB表达的相关性,并发现与预后相关的基因特征 | 样本量较小,仅分析单个HMSC肿瘤,需要进一步验证 | 探究HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌的分子特征及其与MYB的关联 | HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌肿瘤样本 | 单细胞组学 | 鼻腔鼻窦癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1个HMSC肿瘤样本,与已发表的ACC和OPSCC数据集比较 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 610 | 2025-11-29 |
scKGBERT: a knowledge-enhanced foundation model for single-cell transcriptomics
2025-Nov-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03862-6
PMID:41286991
|
研究论文 | 开发了一种整合单细胞转录组数据和蛋白质相互作用知识的基础模型scKGBERT | 首次将4100万单细胞RNA-seq图谱与890万蛋白质相互作用数据整合,采用高斯注意力机制强调关键基因 | NA | 提高单细胞转录组数据的生物解释性和预测性能 | 单细胞转录组数据和蛋白质相互作用网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BERT, 基础模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 4100万单细胞RNA-seq图谱, 890万蛋白质相互作用 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 611 | 2025-11-29 |
Integrative transcriptomic profiling and machine learning reveal hypoxia-associated molecular signatures for precision diagnosis in thyroid eye disease
2025-Nov-24, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00860-4
PMID:41287009
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和机器学习方法,开发了一种基于缺氧相关分子标志物的甲状腺眼病精准诊断模型 | 首次将缺氧相关基因特征与机器学习算法结合,构建甲状腺眼病诊断模型,并在单细胞水平验证关键基因的表达模式 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发甲状腺眼病的早期精准诊断方法和探索潜在治疗靶点 | 甲状腺眼病患者、无眼部受累的Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 甲状腺眼病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 随机森林, 逻辑回归 | RNA测序数据 | 甲状腺眼病患者、Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 612 | 2025-11-29 |
HMGA2 links morphological evolution and microenvironment dynamics to systemic therapy response in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012568
PMID:41290257
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研究论文 | 本研究探讨HMGA2在透明细胞肾细胞癌形态演变和肿瘤微环境动态中的作用及其对系统治疗反应的影响 | 首次通过空间转录组学揭示HMGA2表达与ccRCC形态演变的关联,并发现HMGA2高表达肿瘤对免疫检查点抑制剂联合治疗更敏感 | 需要额外的实验研究来验证这些机制 | 研究HMGA2在ccRCC形态演变、肿瘤微环境动态和系统治疗反应中的作用 | 透明细胞肾细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学,bulk RNA测序 | NA | 转录组数据,图像数据 | 原发性ccRCC样本和转移性ccRCC队列 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 613 | 2025-11-29 |
Integrated multi-omics analyses identified the H3K18la-based spatiotemporal characteristics and risk-stratified treatment strategy in lung adenocarcinoma
2025-Nov-20, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.218158
PMID:41274397
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了肺腺癌中H3K18乳酸化修饰的时空特征,并开发了基于机器学习的预后模型和风险分层治疗策略 | 首次系统揭示H3K18乳酸化在肺腺癌代谢异质性和免疫逃逸中的作用,开发了Kla.Sig预后模型并提出了PLK1靶向治疗策略 | 研究主要基于计算分析和体外验证,需要进一步的实验和临床验证 | 探索肺腺癌代谢异质性并开发风险分层治疗策略 | 肺腺癌患者和肿瘤组织 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,H3K18la ChIP-seq,CRISPR,批量转录组学 | 机器学习模型 | 多组学数据 | 多个队列的肺腺癌患者样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,ChIP-seq,CRISPR,批量转录组学 | NA | NA |
| 614 | 2025-11-29 |
Chemically Defined, Efficient Megakaryocyte Production from Human Pluripotent Stem Cells
2025-Nov-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14221835
PMID:41294888
|
研究论文 | 开发了一种化学限定、无饲养层的人类多能干细胞高效生成巨核细胞的方法 | 使用小分子MPL激动剂Butyzamide替代重组TPO,结合M-CSF和3D悬浮培养,实现高效、可重复的巨核细胞生产 | NA | 建立标准化、供体独立的巨核细胞生产平台,用于研究和治疗开发 | 人类多能干细胞(hPSCs)及其衍生的巨核细胞(PSC-MKs) | 干细胞与再生医学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序,三维悬浮培养 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2025-11-29 |
Genetic Evidence Prioritizes Neurocognitive Decline as a Causal Driver of Sleep Disturbances: A Multi-Omics Analysis Identifying Causal Genes and Therapeutic Targets
2025-Nov-20, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47110967
PMID:41296471
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研究论文 | 通过多阶段遗传学和多组学分析,揭示了神经认知衰退是睡眠障碍的因果驱动因素,并识别了相关因果基因和治疗靶点 | 首次通过大规模双向孟德尔随机化分析确定了神经认知衰退与睡眠障碍之间的不对称因果关系模式,并结合多组学分析识别了细胞类型特异性的基因调控机制 | 研究主要基于遗传数据,需要进一步的实验验证来确认分子机制 | 阐明睡眠障碍与神经退行性疾病之间的因果关系并识别治疗靶点 | 阿尔茨海默病和睡眠障碍的遗传关联 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析,多组学分析,机器学习,分子对接 | 机器学习模型 | 遗传数据,转录组数据 | 大规模遗传样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞转录组学 | NA | NA |
| 616 | 2025-11-29 |
Dysregulated ITGA3/FAK/YAP axis mediates impaired alveolar type II epithelial cells function in COPD
2025-Nov-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.033
PMID:41270956
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞基因组学、临床前模型和功能类器官研究,阐明了ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在慢性阻塞性肺疾病中肺泡II型上皮细胞更新功能障碍的核心调控作用 | 首次揭示ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在COPD肺泡再生缺陷中的核心调控机制,并证明ROS/ITGA3可作为COPD再生治疗的新靶点 | 研究主要基于动物模型和类器官实验,需要在人体组织中进一步验证 | 阐明COPD中肺泡II型上皮细胞功能受损的分子机制和再生缺陷 | 肺泡II型上皮细胞、慢性香烟烟雾暴露小鼠模型、肺泡类器官 | 单细胞基因组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、类器官培养、遗传操作、药理学干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、图像数据 | 患者和香烟烟雾暴露小鼠来源的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 617 | 2025-11-29 |
Cathepsin B overexpression and lysosomal leakage in inflammatory microglia promote neuroinflammation in olfactory dysfunction by triggering mitochondrial dysfunction and pyroptosis
2025-Nov-19, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.106188
PMID:41271184
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示组织蛋白酶B在炎症小胶质细胞中通过诱导线粒体功能障碍和细胞焦亡促进嗅觉功能障碍神经炎症的机制 | 首次在嗅觉功能障碍模型中鉴定出三种不同的小胶质细胞状态,并发现组织蛋白酶B是调控炎症小胶质细胞活性的关键因子 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究嗅觉功能障碍中小胶质细胞的动态变化及其在神经炎症中的作用机制 | 小鼠嗅球组织、BV2细胞系和原代小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅球在损伤后0、7和30天的时间点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2025-11-29 |
Chaihu shugan powder ameliorated chronic pancreatitis by reprogramming SMS2-mediated sphingolipid metabolism in M1 macrophages
2025-Nov-17, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157565
PMID:41308384
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研究论文 | 本研究揭示柴胡疏肝散通过调节SMS2介导的鞘脂代谢改善慢性胰腺炎的机制 | 首次发现柴胡疏肝散中的橙皮素通过靶向SMS2抑制M1巨噬细胞极化来改善慢性胰腺炎 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床转化价值需进一步验证 | 阐明柴胡疏肝散治疗慢性胰腺炎的作用机制及有效成分 | 慢性胰腺炎小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞、原代胰腺星状细胞 | 分子药理学 | 慢性胰腺炎 | 靶向鞘脂分析、单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲低、分子对接 | NA | 代谢组数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 619 | 2025-11-29 |
Facial Clefts and the Trigeminal Nerve: A Narrative Review of the Literature and Clinical Considerations in the Era of Personalized Medicine
2025-Nov-15, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm15110556
PMID:41295258
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综述 | 探讨三叉神经发育与面部裂畸形之间的关联,为个性化医疗时代提供神经发育视角的临床考量 | 提出三叉神经发育障碍在面部裂畸形发病机制中的关键作用,并建立基于神经支配区域的新型分类框架 | 叙述性综述方法存在文献选择性覆盖和缺乏定量综合的局限性 | 探索三叉神经发育对面部裂畸形的影响及其在个性化医疗中的应用 | 面部裂畸形患者、畸形胎儿和正常人类胚胎的组织学数据 | 医学胚胎学 | 面部裂畸形 | 组织学分析、单细胞转录组学、类器官模型、胎儿MRI纤维束成像 | NA | 胚胎学、解剖学和临床数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 620 | 2025-11-29 |
Renal tubular-derived retinoic acid drives renal fibrosis via a RAI14-TRIOBP-YAP mechanotransduction axis
2025-Nov-14, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112246
PMID:41242366
|
研究论文 | 本研究揭示了肾小管来源的视黄酸通过RAI14-TRIOBP-YAP机械转导轴驱动肾纤维化的机制 | 首次发现肾小管损伤通过ALDH1A2介导的视黄酸合成激活间质成纤维细胞的RAI14-TRIOBP-YAP信号轴,阐明了上皮-间质通讯的新机制 | 研究主要聚焦于肾纤维化模型,其他器官纤维化中的普适性需进一步验证 | 探究视黄酸在肾纤维化中的作用机制及上皮-间质通讯的分子基础 | 肾小管上皮细胞和间质成纤维细胞 | 分子生物学 | 肾纤维化疾病 | 空间代谢组学、单细胞转录组学、基因敲除 | NA | 代谢组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |