本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-10-05 |
VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition
2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024
PMID:39116349
|
研究论文 | 本研究揭示了VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中介导近端肾小管与免疫细胞相互作用导致修复失败的机制 | 首次证实VCAM-1通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞的相互作用,促进AKI向CKD转变 | 主要基于体外细胞实验和动物模型,临床验证仍需进一步研究 | 探究VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中促进修复失败的作用机制 | 近端肾小管细胞、免疫细胞、小鼠模型、人类AKI和CKD患者样本 | 肾脏病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析、细胞培养 | NA | 转录组数据、蛋白质数据、细胞实验数据 | AKI和CKD患者样本、小鼠模型、原代培养肾细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 602 | 2025-10-05 |
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-Oct, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2024.102104
PMID:39128812
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析常温离体肝脏灌注对肝脏组织驻留记忆T细胞的影响 | 首次在大鼠肝脏中创建了经历NEVLP的肝脏TRM T细胞图谱,并在单细胞基因表达水平证明了NEVLP对肝脏TRM T细胞的影响 | 研究仅针对大鼠肝脏,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究NEVLP对肝脏组织驻留免疫细胞表型的影响,评估抗炎细胞因子减少TRM活化的能力 | 大鼠肝脏和肝脏组织驻留记忆T细胞 | 单细胞组学 | 肝脏移植 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 大鼠肝脏样本(包括NEVLP处理组、抗炎细胞因子处理组和对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 603 | 2025-10-05 |
Imaging macular carotenoids and their related proteins in the human retina with confocal resonance Raman and fluorescence microscopy
2024-Oct, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.110043
PMID:39151780
|
研究论文 | 利用共聚焦共振拉曼和荧光显微镜研究人视网膜黄斑区类胡萝卜素及其相关蛋白的分布 | 首次结合共振拉曼显微镜的荧光和拉曼模式,系统研究12种已知黄斑类胡萝卜素相关蛋白在人视网膜黄斑区的空间分布 | 蛋白质具体作用机制尚未完全阐明,样本量有限 | 探究黄斑类胡萝卜素相关蛋白在黄斑形成中的作用 | 人视网膜黄斑区及视网膜色素上皮细胞 | 生物医学成像 | 眼科疾病 | 共聚焦共振拉曼显微镜,荧光显微镜,Western blot,单细胞RNA测序 | NA | 图像,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 未明确样本数量的人视网膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 604 | 2025-10-05 |
CCKBR+ cancer cells contribute to the intratumor heterogeneity of gastric cancer and confer sensitivity to FOXO inhibition
2024-Oct, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01360-z
PMID:39164456
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了胃癌中CCKBR+干细胞样癌细胞的存在及其与不良预后的关联,并发现FOXO-sialyltransferase轴在维持这些细胞稳态中的关键作用 | 首次鉴定CCKBR+干细胞样癌细胞在胃癌异质性中的作用,揭示FOXO-sialyltransferase轴调控机制,为靶向治疗提供新视角 | 样本量相对有限(5例患者进行单细胞测序),需要更大规模研究验证 | 探究胃癌肿瘤异质性机制及CCKBR+癌细胞的生物学特性 | 胃腺癌患者肿瘤组织中的恶性上皮细胞 | 单细胞生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), CUT&Tag测序, Lectin pulldown | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 5例胃腺癌患者进行单细胞测序,40个样本进行靶向分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 605 | 2025-10-05 |
Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice
2024-10, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究探讨了平滑肌细胞中赖氨酰氧化酶失活对高脂血症小鼠动脉粥样硬化负担和斑块钙化的影响 | 首次在平滑肌细胞特异性敲除Lox基因模型中揭示LOX通过FAK/β-连环蛋白信号轴调控动脉粥样硬化斑块钙化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 研究LOX在控制动脉粥样硬化发生和血管平滑肌细胞成骨分化中的作用机制 | 高脂血症条件性基因敲除小鼠和野生型小鼠的原代主动脉平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,基因敲除技术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质水平数据,组织学数据 | Loxf/fMyh11-CreERT2ApoE-/-条件敲除小鼠和Loxwt/wtMyh11-CreERT2ApoE/-对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 606 | 2025-10-05 |
FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02415-2
PMID:39266749
|
研究论文 | 提出一种名为FICTURE的无分割空间因子分析方法,用于分析亚微米分辨率空间转录组数据 | 开发了首个可扩展至全转录组分析的无分割空间因子推断方法,能够处理数十亿个亚微米分辨率空间坐标数据 | 未提及具体的数据验证范围或与其他方法的全面比较 | 解决高分辨率空间转录组数据分析中的细胞分割难题 | 空间转录组数据,特别是血管、纤维化、肌肉和脂质富集区域的组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 多层狄利克雷模型的随机变分推断 | 空间坐标数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 兼容测序基和成像基空间转录组数据 |
| 607 | 2025-10-05 |
Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye
2024-Oct, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003
PMID:39306240
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序评估干眼症对结膜免疫细胞特别是单核吞噬细胞的影响 | 首次在干燥应激诱导的干眼模型中系统分析结膜单核吞噬细胞的转录谱和调控机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 研究干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响 | C57BL/6小鼠结膜免疫细胞 | 单细胞组学 | 干眼症 | 单细胞RNA测序, scATAC-seq, Monocle 3轨迹分析, IPA通路分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确样本数量的小鼠结膜免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 608 | 2025-10-05 |
No Evidence for Persistent Enteroviral B Infection of Pancreatic Islets in Patients With Type 1 Diabetes and Prediabetes From RNA Sequencing Data
2024-Oct-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0076
PMID:39083653
|
研究论文 | 通过分析RNA测序数据评估1型糖尿病和糖尿病前期患者胰腺中是否存在持续性肠道病毒B感染 | 首次利用大规模bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统评估肠道病毒B在1型糖尿病胰腺中的存在情况 | 无法排除极低水平持续性肠道病毒B感染的可能性 | 验证持续性肠道病毒B感染是否与1型糖尿病病因相关 | 1型糖尿病和糖尿病前期患者的胰腺细胞 | 生物信息学 | 糖尿病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | Kraken2, STAR aligner | RNA测序数据 | 243个bulk RNA文库和79个单细胞RNA文库 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 609 | 2025-10-05 |
Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241281896
PMID:39340425
|
研究论文 | 本研究定位层粘连蛋白β2在血脑屏障的位置,并探讨其破坏与血管通透性增加的关系 | 首次明确层粘连蛋白β2在血脑屏障微血管的定位,并发现其在病理条件下的表达变化规律 | 研究主要基于组织化学和转录组分析,缺乏功能性验证实验 | 探究层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其与血管通透性的关系 | 正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管系统 | 神经科学 | 脑胶质瘤 | 组织化学、单细胞RNA测序、磁共振成像 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 610 | 2025-10-05 |
Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241287267
PMID:39360911
|
研究论文 | 本研究揭示了原钙粘蛋白在肠道簇细胞中的富集现象及其在微绒毛结构中的潜在作用 | 首次发现CDHR2和CDHR5等原钙粘蛋白在人和小鼠肠道簇细胞中特异性富集,揭示了这些蛋白在簇细胞微绒毛组织中的新功能 | 未完全阐明原钙粘蛋白在簇细胞中的具体分子机制和功能意义 | 探究肠道簇细胞中微绒毛间粘附复合体(IMACs)的组成和分布特征 | 小鼠和人类肠道组织中的肠道簇细胞 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | 小鼠肠道组织、人类肠道组织单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 611 | 2025-10-05 |
Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations
2024-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588294
PMID:38645202
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析揭示儿童低级别胶质瘤肿瘤微环境的异质性特征 | 首次采用多组学方法系统分析pLGG肿瘤微环境,发现BRAF基因改变与特定肿瘤免疫表型的关联 | 需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制 | 深入了解儿童低级别胶质瘤生物学特性以开发更有效的治疗方法 | 儿童低级别胶质瘤(pLGG)样本,包括毛细胞星形细胞瘤(PA)和神经节胶质瘤(GG) | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 细胞因子分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 612 | 2025-10-05 |
Atypical B cells consist of subsets with distinct functional profiles
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108496
PMID:38098745
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术识别了非典型B细胞中三个功能各异的亚群 | 首次在慢性疟疾暴露人群中鉴定出三个具有不同转录和功能特征的非典型B细胞新亚群 | 研究聚焦于疟疾慢性感染人群,结果可能不适用于其他免疫激活状态 | 阐明非典型B细胞在人类适应性免疫应答中的具体作用 | 慢性疟疾寄生虫暴露个体的非典型B细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 转录组、细胞表面标志物、B细胞受体 | 慢性疟疾暴露个体(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 613 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing of a novel model of neonatal bile duct ligation in mice identifies macrophage heterogeneity in obstructive cholestasis
2023-08-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41207-0
PMID:37644108
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型新生小鼠胆道梗阻模型,并通过单细胞测序揭示了梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞的异质性 | 创建了死亡率低的新生儿胆道结扎模型,首次通过单细胞RNA测序比较不同病因胆汁淤积中巨噬细胞功能的特异性差异 | 研究仅限于小鼠模型,需要进一步与人类数据进行比较验证 | 阐明梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞亚群的特异性功能和作用机制 | 新生BALB/c小鼠胆道结扎模型和轮状病毒诱导的胆道闭锁模型 | 单细胞生物学 | 梗阻性胆汁淤积 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学染色 | 动物模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,组织学图像数据 | 新生BALB/c小鼠胆道结扎模型和对照组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2025-10-05 |
A mineralizing pool of Gli1-expressing progenitors builds the tendon enthesis and demonstrates therapeutic potential
2022-12-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2022.11.007
PMID:36459968
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠肌腱附着点发育过程中的细胞类型和转录调控机制,并验证了Gli1表达祖细胞的治疗潜力 | 首次在单细胞分辨率下定义了小鼠肌腱附着点的发育转录组,识别了六种驻留细胞类型及其转录调控网络,并证实Gli1谱系细胞具有克隆性和多能性 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探索肌腱附着点的发育机制并开发促进其再生的治疗方法 | 小鼠肌腱附着点发育过程中的细胞类型和Gli1谱系细胞 | 单细胞生物学 | 肌腱附着点损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠产后发育阶段的肌腱附着点组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2025-10-05 |
Integration of Single-Cell RNA- and CAGE-seq Reveals Tooth-Enriched Genes
2022-05, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345211049785
PMID:34806461
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和CAGE测序技术识别牙齿特异性表达基因 | 首次结合scRNA-seq和CAGE-seq技术鉴定牙齿发育关键基因,开发新型生物信息学分析方法 | 仅使用出生后第1天小鼠磨牙数据,未验证其他发育阶段 | 鉴定牙齿发育过程中的重要功能基因 | 小鼠牙齿胚和磨牙细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, CAGE测序 | NA | 基因表达数据 | 12,212个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, CAGE-seq | NA | NA |
| 616 | 2025-10-05 |
Bioinformatics Analysis of Transcriptomic Data (Bulk and scRNA-Seq) for Immuno-Oncology
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4734-9_18
PMID:41028272
|
综述 | 本章提供了免疫学研究中生物信息学工具和技术的全面指南 | 整合了转录组数据分析(包括bulk和单细胞RNA测序)在免疫肿瘤学中的多种生物信息学方法 | NA | 促进免疫学研究中有效的数据分析和解读 | 免疫系统动态、免疫细胞异质性、基因表达模式和免疫受体库 | 生物信息学 | 肿瘤 | 下一代测序(NGS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 质谱流式细胞术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学整合 | NA | NA |
| 617 | 2025-10-05 |
CAR T cell engineering impacts antigen-independent activation and co-inhibition
2025-Dec-11, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2025.101586
PMID:41020262
|
研究论文 | 比较慢病毒载体和睡美人转座子系统在CAR-T细胞工程中的差异及其对T细胞特性的影响 | 首次系统比较病毒和非病毒CAR-T细胞工程技术对T细胞抗原非依赖性激活和共抑制状态的影响 | 样本量有限,主要基于健康供者和CLL患者的T细胞研究 | 评估不同CAR-T细胞工程技术对T细胞功能特性的影响 | 健康供者和慢性淋巴细胞白血病患者来源的T细胞 | 免疫工程 | 白血病 | 流式细胞术, 单细胞测序 | NA | 流式细胞数据, 单细胞测序数据 | 健康供者和CLL患者来源的T细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 618 | 2025-10-05 |
Illuminating lymphoid tissue HIV reservoirs: advanced assays and their relevance to achieving an HIV cure
2025-Nov-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000974
PMID:40891589
|
综述 | 本综述探讨了用于可视化和表征淋巴组织中HIV病毒库的先进检测方法及其在实现HIV治愈中的意义 | 整合了活体显微镜、空间转录组学、新一代测序和多重单细胞分析等创新技术,揭示病毒库的异质性和病毒持久性机制 | NA | 评估当前和新兴检测方法在表征淋巴组织HIV病毒库中的应用价值 | 淋巴组织中的HIV病毒库 | NA | HIV/艾滋病 | 活体显微镜、空间转录组学、新一代测序、单细胞分析 | NA | 图像、序列数据、单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 619 | 2025-10-05 |
Integrated Analysis of Single-cell and Bulk RNA-Sequencing Identifies a Signature Based on Cancer-related Fibroblast Marker Genes to Predict Prognosis and Therapy Response in Lung Adenocarcinoma
2025 Nov-Dec 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000577
PMID:40831319
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,基于癌症相关成纤维细胞标志基因构建了一个预测肺腺癌预后和治疗反应的签名 | 首次基于癌症相关成纤维细胞标志基因构建肺腺癌预后签名,整合单细胞和bulk RNA测序数据进行综合分析 | 研究样本量相对有限,需要更多独立队列验证签名的普适性 | 分析肺腺癌中癌症相关成纤维细胞标志基因表达并构建预后预测模型 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,qRT-PCR | 预后签名模型,列线图 | 基因表达数据 | 716例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 620 | 2025-10-05 |
Single-cell multiomics reveals multiple adipogenic pathways and diverse multilineage specializations during embryonic fat tail morphogenesis
2025-Oct-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113496
PMID:41019374
|
研究论文 | 通过单细胞多组学技术揭示胚胎期脂肪尾形态发生过程中的多种脂肪生成途径和多样化的多谱系特化 | 首次在脂肪尾绵羊胚胎发育过程中应用单细胞多组学测序,揭示了脂肪沉积的三种主要细胞来源和关键增强子驱动的基因调控网络 | 研究受限于胚胎组织的时间敏感性、有限的组织体积和伦理考量 | 探究哺乳动物胚胎期脂肪生成的细胞起源和分子调控机制 | 脂肪尾绵羊胚胎发育过程中的脂肪组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞多组学测序, scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 胚胎期E50至E80所有脂肪生成阶段的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |