单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-06-10	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（包括小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1混合培养系统，可稳定共培养多种多能干细胞状态	研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证	探索GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观基因组数据	多种小鼠干细胞系
602	2025-06-10	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	research paper	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增的CD8克隆的响应特征，能够区分响应者与非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涉及6种癌症类型，样本量虽大但可能不足以覆盖所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, T cell receptor sequencing	NA	RNA-seq data	767,606个T细胞，460个样本，6种癌症类型
603	2025-06-10	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	research paper	该研究通过构建首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的优势和局限性	首次构建猕猴免疫参考图谱（RIRA），并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	无监督聚类在功能不同的T细胞和NK细胞亚群中可能导致系统性混合，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记基因	准确解读单细胞RNA测序数据，理解其与免疫细胞功能和谱系定义的差异和限制	猕猴免疫细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织猕猴样本（具体数量未提及）
604	2025-06-10	Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653038 PMID:40463045	research paper	提出了一种名为scCellFie的计算框架，用于从人和小鼠的转录组数据中推断单细胞和空间分辨率的代谢活动	开发了scCellFie框架，能够从转录组数据中推断代谢活动，填补了直接测量单细胞和空间分辨率代谢活动的技术空白	依赖于转录组数据推断代谢活动，可能无法完全反映实际的代谢状态	开发一种计算工具，用于从转录组数据中推断代谢活动，以研究细胞功能和通讯	人和小鼠的细胞	computational biology	endometriosis, endometrial carcinoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	scCellFie	transcriptomic data	约3000万个细胞图谱
605	2025-06-10	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652873 PMID:40463189	research paper	该研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤的转录组学特征，揭示了细胞亚群的变化可能影响修复机制	研究仅关注了中老年小鼠，未涵盖更老龄的动物模型	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠群体
606	2025-06-10	Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653730 PMID:40463227	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体	结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并发现了两种不同的衰老途径	研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物	区分化疗后细胞的静止和衰老状态，并研究其转录组特征	化疗处理后的细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序, 时间推移成像	伪时间轨迹分析	转录组数据, 图像数据	NA
607	2025-06-10	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-05-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	research paper	研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并揭示了重编程过程中的基因调控网络	开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了影响重编程效率的关键转录因子和信号通路	重编程过程的随机性限制了其效率，且研究仅针对特定转录因子和信号通路	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
608	2025-06-10	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究甘蔗花叶病毒（SCMV）早期系统性感染玉米时，病毒积累与细胞内基因表达变化的共变模式	首次在单细胞水平上揭示了SCMV早期系统性感染玉米时的基因表达变化与病毒积累的关系，并鉴定了多个潜在的抗病毒或促病毒因子	研究仅关注早期系统性感染阶段（症状出现前），未涉及感染后期或症状表现阶段	探究植物病原体早期系统性感染过程中，病毒积累与宿主基因表达变化的关联	玉米叶片细胞与甘蔗花叶病毒（SCMV）	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	SCMV感染的玉米叶片细胞（具体数量未提及）
609	2025-06-10	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-May-07, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推算单细胞基因表达轨迹的方法	通过降维、转移概率矩阵计算、样条插值和解卷积四个计算步骤，推算单细胞基因表达轨迹	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能无法完全捕捉细胞间的动态变化	研究单细胞基因表达轨迹的推算方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
610	2025-06-10	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证	探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究
611	2025-06-10	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	NA	探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元及脑组织	神经科学	脑缺血	共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验	氧糖剥夺模型(OGD/R)	实验数据	小鼠神经元及脑组织
612	2025-06-10	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用图神经网络的消息传递层分层框架，支持跨多种单细胞和空间组学数据集的细胞注释	未明确提及具体局限性，但暗示现有高质量scRNA-seq参考和标记集的稀缺性可能影响性能	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，解决现有工具在scATAC-seq和空间转录组数据中表现不佳的问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间组学	图神经网络	单细胞测序数据、空间组学数据	包含329种细胞类型、2497个基因标记、28种组织类型的人类和植物数据集
613	2025-06-10	Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.18.649575 PMID:40488132	研究论文	通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关	首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制	研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本	生物信息学	泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病）	RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过80,000个RNA测序样本
614	2025-06-10	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制	建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪性肝病	转录组分析	LASSO回归	转录组数据	六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集
615	2025-06-10	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用	挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性	未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨	探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致	癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据	肿瘤生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
616	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA
617	2025-06-10	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	提出了一种基于患者数据库中的scRNA-seq数据检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的方案	利用单细胞测序数据评估肿瘤免疫微环境、肿瘤纯度及异常信号传导和代谢途径	未提及具体样本量或数据集的局限性	评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路	肿瘤组织	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
618	2025-06-10	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	介绍了一种结合DRaqL和Smart-seq2的高质量单细胞RNA测序协议，适用于酒精固定的小鼠卵巢切片	提出了DRaqL-Smart-seq2协议，能够从酒精固定的组织切片中获取高质量的单细胞RNA测序数据，并提供了适用于福尔马林固定切片的可选方案	协议主要针对小鼠卵巢切片，未涉及其他组织或物种的验证	开发一种高质量的单细胞RNA测序方法，适用于不同类型的固定组织切片	酒精固定和福尔马林固定的小鼠卵巢切片	单细胞测序	NA	scRNA-seq, LCM, Smart-seq2	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提到使用小鼠卵巢切片
619	2025-06-10	Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986 PMID:38555590	研究论文	本文提出了一种用于小鼠骨骼和多组织肌肉骨骼福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的空间转录组学制备协议	详细描述了从组织采集到测序数据分析的完整流程，特别针对矿化组织的脱钙步骤进行了优化	整个流程耗时较长（约18天），其中超过50%的时间用于矿化组织的脱钙	开发适用于FFPE样本的空间转录组学分析流程	小鼠股骨及相邻肌肉组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	测序数据	小鼠股骨及相邻肌肉组织
620	2025-06-10	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的新协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞以及从短读长测序数据重建剪接信号的困难	需要参考Cortés-López等人的详细协议来执行该技术	开发一种能够准确分析RNA剪接因子突变的多组学分析方法	人类细胞中的基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接	基因组学	NA	长读长测序、单细胞转录组分析、细胞表面蛋白质组分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA