单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-08-10	Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML 2025-Jul-16, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009 PMID:40781032	研究论文	该研究通过整合scATAC-seq和mtDNA突变分析，揭示了急性髓系白血病(AML)中疾病驱动的调控异常	开发了线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq)方法，结合单细胞RNA-seq，全面表征AML细胞，并发现WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调相关	NA	理解AML的进展机制并识别预后生物标志物以改善治疗结果	急性髓系白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓系白血病	mtscATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模	机器学习模型	单细胞测序数据	NA
602	2025-08-10	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	research paper	通过多组学分析研究巴雷特食管向腺癌发展的多尺度变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了巴雷特食管向腺癌发展过程中的共享和患者特异性特征	样本量相对较小（107个样本来自26名患者），且仅基于两个独立队列	研究巴雷特食管向食管腺癌发展的多尺度变化机制	巴雷特食管患者样本（从鳞状上皮到化生、不典型增生至腺癌的进展路径）	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-cell transcriptomics, extracellular matrix proteomics, spatial proteomics	NA	multi-omics data	107个样本来自26名患者
603	2025-08-10	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Jul, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	研究论文	本研究探讨了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）免疫抑制微环境中的作用及其机制	揭示了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进效应调节性T细胞（eTregs）分化，从而导致免疫逃逸和抗PD-1治疗抵抗的新机制	研究主要基于HGSOC样本，结果在其他类型癌症中的普适性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植小鼠模型	组织样本、流式数据、测序数据	304个HGSOC样本（274个构成两个独立队列，30个用于建立PDTOs）
604	2025-08-10	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-Jul, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的变革性影响，重点介绍了其在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式的应用	空间转录组学方法用于识别新的细胞群体和细胞信号通路，调控发育和疾病	NA	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	空间转录组学方法（10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	29篇已发表的论文涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
605	2025-08-10	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别与基质硬度相关的HCC分子亚型	构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并通过多种机器学习算法验证了PPARG在HCC中的关键作用	研究依赖于公开的多组学数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）中的分子机制及其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	肝癌	多组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	多种机器学习算法组合	多组学数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的LIHC数据集
606	2025-08-10	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了近视中视网膜神经节细胞的凋亡信号激活及视觉皮层突触重塑	首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡，诱导顺行性跨突触变性并加重突触重塑	未明确说明样本量及具体实验模型	探究跨突触变性在近视发病机制中的作用	视网膜神经节细胞(RGCs)和视觉皮层	digital pathology	myopia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	NA
607	2025-08-10	Bile acids engage the SIPR-STAT3 signaling axis to modulate regulatory T cell responses in fibrosing cholangiopathies 2025-Jun-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.05.032 PMID:40545044	研究论文	该研究探讨了胆汁酸如何通过SIPR-STAT3信号轴调节调节性T细胞（Tregs）在纤维化胆管病中的反应	揭示了胆汁酸通过促进Th17样表型抑制Tregs的调节功能，并提出了恢复Treg功能和amphiregulin表达作为新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类临床试验中验证	研究胆汁酸在纤维化胆管病中对调节性T细胞反应的影响及其潜在治疗策略	调节性T细胞（Tregs）、胆汁酸、纤维化胆管病（如胆道闭锁和原发性硬化性胆管炎）	免疫学	胆管疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq、功能验证实验	小鼠模型（Abcb4-/-等）	基因表达数据、转录组数据	130名胆道闭锁婴儿的肝组织样本及多个小鼠模型
608	2025-08-10	Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658085 PMID:40501690	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性	提供了果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞转录组相似性的新证据	无法确定这些相似性是源于共同的进化同源性还是由于组织功能相似而独立衍生的特征	探索果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺之间的转录组保守性	果蝇前列腺样附腺和哺乳动物前列腺的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据
609	2025-08-10	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate Through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4在肝纤维化中的作用机制，发现其通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞的活化和凋亡抵抗	首次揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的具体机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	阐明MFAP4在肝纤维化发生发展中的分子机制	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化小鼠模型	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞RNA测序、双免疫荧光、流式细胞术、Transwell共培养系统、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠，LX-2细胞系
610	2025-08-10	miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656688 PMID:40501908	研究论文	本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中起关键调控作用	首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来建立神经母细胞极性	研究仅限于果蝇胚胎神经母细胞，未在哺乳动物系统中验证	探究神经母细胞不对称分裂的分子调控机制	果蝇胚胎神经母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	NA
611	2025-08-10	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.638196 PMID:40027653	研究论文	研究探讨了Yap和Taz缺失对Schwann细胞和嗅觉鞘细胞（OECs）发育的不同影响，以及对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OEC和Schwann细胞发育中的不同作用，以及Hippo通路在OEC发育中的重要性	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究Yap和Taz在神经嵴衍生细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、Schwann细胞、GnRH-1神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠胚胎鼻组织
612	2025-08-10	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	比较CD30L和OX40L在特应性皮炎治疗中的潜力，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点	首次提出CD30-CD30L轴作为特应性皮炎的治疗靶点，并与已知的OX40-OX40L轴进行比较	研究主要基于小鼠模型，人类临床效果尚需进一步验证	探索CD30L作为特应性皮炎新治疗靶点的潜力	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型
613	2025-08-10	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2025-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55611-1 PMID:39755698	研究论文	通过整合全基因组关联研究的基因组见解与成人人类大脑的单细胞转录组图谱，优先考虑了与精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症以及智力、教育和神经质显著相关的特定神经元集群	将单细胞转录组学与功能MRI连接性相结合，揭示了精神分裂症遗传风险的全脑影响，并确认了中央和外侧杏仁核、海马体和前额叶皮层在区分精神分裂症病例与对照中的重要性	NA	识别精神疾病和大脑特征的关键细胞类型和脑区，以促进有针对性的神经生物学研究	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症以及智力、教育和神经质	神经科学	精神疾病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞转录组学、功能MRI	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA
614	2025-08-10	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2025-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55725-6 PMID:39755735	研究论文	研究发现胰岛素信号通过调控R2反转录转座子表达来维持跨世代的rDNA拷贝数	首次揭示胰岛素受体(InR)作为R2表达的主要抑制因子，并阐明其通过饮食调控影响rDNA拷贝数扩展的机制	研究主要基于果蝇模型，在哺乳动物中的普适性有待验证	探究生殖细胞中rDNA拷贝数维持的调控机制	果蝇(Drosophila melanogaster)雄性生殖干细胞(GSCs)	分子遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
615	2025-08-10	Comprehensive analysis of pyroptosis-related genes in psoriasis and targeted gene editing of CASP1 and CASP5 using lipid nanoparticles to alleviate skin inflammation 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1639869 PMID:40771724	研究论文	本文通过系统分析银屑病中与细胞焦亡相关基因的表达，构建了基于机器学习算法的风险评分模型，并利用CRISPR-Cas9技术通过脂质纳米颗粒靶向编辑CASP1和CASP5基因，以减轻皮肤炎症	首次系统研究了细胞焦亡在银屑病中的作用，并提出了基于CRISPR-Cas9基因编辑的新型治疗策略	研究主要基于公开数据集和动物模型，尚未进行临床验证	探究细胞焦亡相关基因在银屑病中的作用并开发新型治疗策略	银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病小鼠模型	数字病理学	银屑病	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析	机器学习算法	基因表达数据	公开数据集和IMQ诱导的银屑病小鼠模型
616	2025-08-10	WISP1 drives esophageal squamous cell carcinoma progression via modulation of cancer-associated fibroblasts and immune microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586790 PMID:40771797	研究论文	本研究探讨了WISP1在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的表达及其对肿瘤微环境、免疫抑制和耐药性的影响	首次深入研究了WISP1在ESCC中的作用机制，特别是在癌症相关成纤维细胞(CAFs)中的功能及其对肿瘤微环境的影响	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明WISP1在ESCC发病机制中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	食管鳞状细胞癌(ESCC)及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析、体外实验	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据库中的ESCC样本数据
617	2025-08-10	Autonomic nervous system development-related signature as a novel predictive biomarker for immunotherapy in pan-cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1611890 PMID:40771813	研究论文	该研究开发了一种基于自主神经系统发育相关特征的预测模型，用于预测泛癌免疫治疗的疗效	首次提出自主神经系统发育相关特征(ANSDR.Sig)作为免疫治疗的新型预测生物标志物，并构建了基于随机森林算法的预测模型	研究结果需要在大规模临床试验中进一步验证	开发新的预测和预后生物标志物，提高免疫治疗的准确性和适用范围	泛癌患者	生物信息学	泛癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、批量RNA测序、RT-PCR、免疫组化(IHC)	随机森林(五种机器学习方法比较)	RNA测序数据	34个scRNA-Seq数据集和8个批量RNA-Seq数据集
618	2025-08-10	Machine learning analysis of ARVC informed by sodium channel protein-based interactome networks 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1611342 PMID:40771922	研究论文	本研究通过机器学习模型分析ARVC大鼠的scRNA-seq数据及其蛋白质相互作用网络，预测并验证了Kaempferol作为治疗ARVC的潜在化合物	整合机器学习建模与类器官验证，发现Kaempferol作为治疗ARVC的潜在先导化合物	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	识别治疗致心律失常性右室心肌病(ARVC)的新型化合物	ARVC大鼠模型及其蛋白质相互作用网络	机器学习	心血管疾病	scRNA-seq, 蛋白质相互作用网络分析, Western blotting, ELISA, MEA, Masson染色	机器学习模型	scRNA-seq数据, 蛋白质相互作用数据	ARVC大鼠模型
619	2025-08-10	Deciphering the tumor ecosystem dynamics undergoing immunochemotherapy therapy across multiple cancer types unveils the immunosuppressive role of S100A4 in fibroblasts by promoting PD-L1 expression in tumor cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1613296 PMID:40772225	研究论文	该研究通过跨癌症单细胞测序数据解析了免疫化疗期间肿瘤生态系统的动态变化，揭示了成纤维细胞中S100A4通过促进肿瘤细胞PD-L1表达发挥免疫抑制作用的机制	首次构建跨癌症类型的单细胞图谱，系统表征新辅助治疗后肿瘤细胞和微环境细胞的动态变化，发现CAFs分泌的S100A4是介导PD-L1上调的保守机制	需要在更大队列和机制研究中进一步验证	解析新辅助治疗期间肿瘤生态系统动态变化，揭示免疫抑制和治疗抵抗的关键介质	五种实体肿瘤（食管鳞癌、食管胃结合部癌、结直肠癌、宫颈癌和三阴性乳腺癌）	数字病理	多癌种	scRNA-seq, IHC, Western blot	非负矩阵分解(Meta-Programs分析)	单细胞转录组数据	五种癌症类型的scRNA-seq数据集
620	2025-08-10	Unraveling plant-microbe symbioses using single-cell and spatial transcriptomics 2024-12, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.06.008 PMID:38991926	综述	本文探讨了单细胞和空间转录组学在植物-微生物共生研究中的应用及其优势	介绍了单细胞和空间转录组学技术在揭示植物-微生物共生关系中的创新应用	当前技术在同时捕获同一细胞内植物和微生物转录本方面仍存在局限	研究植物-微生物共生的分子机制	植物与微生物的共生关系	基因组学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA