单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-05-14	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据，揭示了近端小管细胞在肾单位薄壁降支形成中的作用，并发现转录因子Hnf4a对此过程的关键调控	首次证实近端小管细胞可发育为薄壁降支细胞，并揭示Hnf4a转录因子在调控这一过程中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究肾单位薄壁降支细胞的发育起源及其调控机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和薄壁降支细胞	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
602	2025-05-14	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强阿尔茨海默病相关表型的差异基因表达分析结果	首次整合空间转录组学(ST)和单核RNA测序(snRNA-seq)数据，提升空间信息差异基因表达(DGE)分析能力	空间转录组学数据样本量较小可能影响分析结果	增强阿尔茨海默病(AD)相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病(AD)相关表型(β-淀粉样蛋白、神经纤维缠结密度和认知衰退)	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织的约150万个细胞
603	2025-05-14	Huoxue Tongluo tablet enhances atherosclerosis efferocytosis by promoting the differentiation of Trem2+ macrophages via PPARγ signaling pathway 2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156579 PMID:40068297	研究论文	本研究探讨了活血通络片通过PPARγ信号通路促进Trem2+巨噬细胞分化，从而增强动脉粥样硬化中巨噬细胞的胞葬作用	首次揭示了活血通络片对巨噬细胞亚群的调控作用及其促进胞葬活性的机制	研究主要基于动物模型，未涉及人体临床试验	评估活血通络片在单细胞水平上治疗动脉粥样硬化的效果和机制	ApoE⁻/⁻小鼠和巨噬细胞	心血管疾病	动脉粥样硬化	UPLC-MS/MS，单细胞测序，免疫组化，qPCR，流式细胞术，免疫荧光染色，Western blotting	动物模型	转录组数据，蛋白质表达数据	ApoE⁻/⁻小鼠（具体数量未提及）
604	2025-05-14	Irreversible electroporation combined with PD-L1/IL-6 dual blockade promotes anti-tumor immunity via cDC2/CD4+T cell axis in MHC-I deficient pancreatic cancer 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217620 PMID:40068706	research paper	研究探讨了不可逆电穿孔（IRE）联合PD-L1/IL-6双阻断如何通过cDC2/CD4+T细胞轴在MHC-I缺陷型胰腺癌中促进抗肿瘤免疫	揭示了IRE疗法后PD-L1阻断激活cDC2-CD4T细胞轴的机制，并提出PD-L1/IL-6双阻断联合消融治疗作为MHC-I缺陷型肿瘤的新治疗策略	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究MHC-I缺陷型胰腺癌中CD4T细胞的补偿性免疫反应机制及增强抗肿瘤免疫的新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据, 流式细胞数据	临床样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
605	2025-05-14	UBE2C mediates follicular thyroid carcinoma invasion and metastasis via K29-Specific vimentin ubiquitination 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217624 PMID:40074069	研究论文	本研究揭示了UBE2C通过K29特异性波形蛋白泛素化在滤泡性甲状腺癌(FTC)侵袭和转移中的双重功能	首次阐明UBE2C在FTC中通过K29特异性波形蛋白泛素化调控肿瘤进展的分子机制，并发现其在不同肿瘤微环境中的双相作用	动物模型中UBE2C敲除导致的转移促进效应需要进一步机制研究	探究UBE2C在滤泡性甲状腺癌进展中的具体作用机制	滤泡性甲状腺癌细胞及动物模型	肿瘤分子生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序，泛素化分析	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
606	2025-05-14	Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415 PMID:40127797	研究论文	本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs对胶质母细胞瘤免疫抑制和抗PD-1免疫治疗的影响	首次证明VSIG4S100A10TAM是胶质母细胞瘤预后不良的独立指标，并在抗PD-1免疫治疗无反应患者中显著积累	研究样本量较小（16例患者样本），可能影响结果的普遍性	探索巨噬细胞对胶质母细胞瘤免疫治疗疗效的影响	胶质母细胞瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	16例患者样本
607	2025-05-14	Pitaya stem polysaccharide promotes wound healing by modulating macrophage polarization via single-cell RNA sequencing evidence 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142653 PMID:40158567	研究论文	研究火龙果茎多糖（PSP）通过调节巨噬细胞极化促进伤口愈合的作用	首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术分析PSP对巨噬细胞极化的影响，揭示了PSP诱导M2巨噬细胞极化的独特转录特征	未提及样本量大小及具体实验设计细节	探究PSP通过调控巨噬细胞M2/M1极化促进伤口愈合的机制	巨噬细胞极化及皮肤伤口愈合过程	生物医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
608	2025-05-14	Inborn errors of immunity underlie clonal T cell expansions in large granular lymphocyte leukemia 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184431 PMID:40309770	research paper	该研究探讨了先天性免疫缺陷（IEI）在T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）中的作用，揭示了免疫缺陷特征与克隆性T细胞扩增之间的关联	首次在T-LGLL患者中发现高比例的先天性免疫缺陷基因变异，揭示了免疫缺陷与克隆性T细胞扩增之间的潜在机制	样本量相对有限（92例患者），且未对所有发现的基因变异进行功能验证	研究T-LGLL中克隆性T细胞扩增的潜在免疫缺陷基础	92例T-LGLL患者及其临床实验室数据	血液肿瘤学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	全外显子测序、单细胞RNA测序、TCR测序	NA	基因组数据、转录组数据	92例患者（来自271例的队列）
609	2025-05-14	An overview of computational methods in single-cell transcriptomic cell type annotation 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf207 PMID:40347979	综述	本文系统综述了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释计算方法	全面比较和分类了多种细胞类型注释方法，并探讨了深度学习技术在开放世界框架中识别新细胞类型的潜力	主要关注数据不平衡导致的罕见细胞类型长尾分布问题	系统评估单细胞转录组数据中的细胞类型注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督学习, 深度学习	基因表达谱	NA
610	2025-05-14	Comprehensive pan-cancer single-cell analysis reveals glycolysis-related signatures as predictive biomarkers for immunotherapy response and their role in bladder cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114381 PMID:40058104	研究论文	本研究通过全面的泛癌单细胞分析，揭示了糖酵解相关特征作为免疫治疗反应的预测生物标志物及其在膀胱癌中的作用	发现了一个与免疫治疗反应强烈相关的Glycolysis.Sig，并在预后和免疫反应中表现出优异的预测性能	研究结果主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究糖酵解在泛癌中的作用，特别是在膀胱癌中的角色	34个单细胞RNA测序队列、8个接受ICI治疗的批量RNA测序队列和TCGA批量泛癌RNA测序队列	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	34个scRNA-seq队列、8个ICI治疗的bulk RNA-seq队列和TCGA泛癌RNA-seq队列
611	2025-05-14	Multi-transcriptomics reveals niche-specific expression programs and endothelial cells in glioblastoma 2025-Apr-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06185-z PMID:40234880	研究论文	该研究通过多转录组学方法揭示了胶质母细胞瘤中特定微环境的表达程序及内皮细胞的特征	发现了胶质母细胞瘤中坏死周围假栅栏细胞（PAN）和微血管增生（MVP）区域的特定分子表达和细胞组织差异，并识别了两种不同的内皮细胞表型	研究未完全阐明这些特定组织病理学特征的分子和细胞组分的空间组织	探究胶质母细胞瘤中坏死周围假栅栏细胞和微血管增生区域的分子表达和细胞组织差异	胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胶质母细胞瘤患者的样本
612	2025-05-14	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	研究论文	提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序中的过度聚类问题	通过控制重复使用相同数据进行差异表达分析的影响，防止过度聚类，适用于多种聚类算法	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序中的聚类分析，避免过度聚类导致的误导性结果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	真实和模拟数据
613	2025-05-14	Central FGF19 signaling enhances energy homeostasis and adipose tissue thermogenesis through sympathetic activation in obese mice 2025-Apr-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00488.2024 PMID:40059865	research paper	该研究探讨了中枢FGF19信号通过激活交感神经促进肥胖小鼠能量稳态和脂肪组织产热的作用机制	揭示了FGF19不仅通过减少摄食，还通过激活交感神经促进白色和棕色脂肪组织产热的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	阐明中枢FGF19信号改善肥胖小鼠能量代谢的作用机制	饮食诱导肥胖(DIO)小鼠	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序	小鼠肥胖模型	RNA测序数据、生理指标数据	未明确说明数量的饮食诱导肥胖小鼠
614	2025-05-14	Genome-Scale Metabolic Modeling of Human Pancreas with Focus on Type 2 Diabetes 2025-Apr, Omics : a journal of integrative biology IF:2.2Q3 DOI:10.1089/omi.2024.0211 PMID:40068171	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和通用Human1模型，生成了非糖尿病和2型糖尿病状态下α、β、δ和PP细胞的基因组尺度代谢模型，并通过通量平衡分析研究了代谢活动的变化	首次在单细胞分辨率下生成胰腺细胞的基因组尺度代谢模型，并揭示了2型糖尿病中不同胰岛细胞代谢活动的变化	研究主要基于计算模型，需要进一步实验验证	深入理解2型糖尿病的病理生理学并发现新的分子靶点	人类胰腺中的α、β、δ和PP细胞	计算生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序, 通量平衡分析	基因组尺度代谢模型	RNA测序数据	NA
615	2025-05-14	Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface 2025-Apr, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002 PMID:40068377	研究论文	研究母胎界面共刺激分子TIM-3/Galectin-9的表达及其在维持免疫耐受微环境中的作用	首次系统研究了Galectin-9和TIM-3在母胎界面的分布和功能，揭示了它们与妊娠维持的潜在关联	研究主要基于体外实验和转录组学数据，缺乏体内功能验证	探究母胎界面免疫耐受微环境的分子机制	母体蜕膜组织和胎盘来源细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、免疫组化数据	未明确说明样本数量
616	2025-05-14	Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382 PMID:40056413	研究论文	研究神经丝轻链（NfL）在神经元损伤后如何激活髓系细胞并引发神经炎症	揭示了NfL通过激活小胶质细胞在神经退行性疾病中的作用，并提出了NfL作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	探究NfL在神经退行性疾病中的释放机制及其对髓系细胞的激活作用	神经元、小胶质细胞和髓系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序	SOD1小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型中的神经元和小胶质细胞
617	2025-05-14	Transcriptional signatures of hippocampal tau pathology in primary age-related tauopathy and Alzheimer's disease 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115422 PMID:40085647	研究论文	本研究通过GeoMx空间转录组学技术，量化了原发性年龄相关tau蛋白病（PART）和阿尔茨海默病（AD）海马神经元中tau病理存在与否的mRNA表达，揭示了两种疾病中与神经元内tau蛋白相关的转录特征	首次在PART和AD中发现了与神经元内tau蛋白相关的相似转录变化，提示可能存在共同的机制关系	研究仅针对海马区域的tau病理，未涉及其他脑区	探究PART和AD中tau病理的转录相似性及基因表达变化	PART和AD患者的海马神经元	神经科学	阿尔茨海默病	GeoMx空间转录组学	NA	转录组数据	NA
618	2025-05-14	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	研究论文	本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成中的作用	首次发现近端小管细胞可以贡献于Henle环薄降支的形成，并揭示了转录因子Hnf4a在调控这一过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育过程中的起源	发育中的小鼠肾脏细胞	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	单细胞转录组数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
619	2025-05-14	Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687 PMID:40067823	研究论文	本文介绍了一种从膀胱尤文肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案	提出了一种结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究膀胱尤文肉瘤的新方法	未提及具体样本量或实验结果的验证数据	开发研究膀胱尤文肉瘤细胞异质性和空间基因表达模式的实验方法	膀胱尤文肉瘤组织	数字病理学	膀胱尤文肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间位置数据	NA
620	2025-05-14	Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691 PMID:40073021	研究论文	本文提出了一种从粉虱中分离单个细菌细胞的方案，用于单细胞RNA-seq分析	提供了一种方便高效的单个细菌细胞分离和单细胞测序方案，可应用于其他昆虫细胞	NA	开发一种从粉虱中分离单个细菌细胞并进行单细胞RNA-seq分析的方案	粉虱中的细菌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA