单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-05-02	Protocol for the isolation of silk glands from silkworms for snRNA-seq and spatial transcriptomics 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103581 PMID:39804771	研究论文	本文提出了一种从蚕中分离丝腺细胞核并进行空间转录组学分析的实验方案	开发了一种能够以单细胞分辨率探索丝腺细胞空间分布的新实验方法	未提及该方法在其他昆虫或组织中的适用性	建立蚕丝腺细胞分离和空间转录组学分析的标准实验流程	蚕的丝腺组织	空间转录组学	NA	snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量
602	2025-05-02	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过群体动力学建模揭示髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖偏倚	研究发现髓系偏倚不仅由造血干细胞分化偏倚引起，还包括早期髓系祖细胞的增殖增加，这一发现在不同髓系偏倚模型中具有保守性	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中验证	探究髓系偏倚的潜在机制及其在不同条件下的表现	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	计算生物学	髓系肿瘤	scRNA-seq, 微分方程模型	微分方程模型	单细胞RNA测序数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者的HSPCs
603	2025-05-02	Study on DNA Damage Gene in Spermatogonial Stem Cells from Idiopathic Nonobstructive Azoospermia: A Bioinformatics Investigation Based on scRNA-seq Data 2025-Mar-18, Cytogenetic and genome research IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000545275 PMID:40101697	研究论文	基于scRNA-seq数据，研究特发性非梗阻性无精子症中精原干细胞DNA损伤基因的生物信息学分析	揭示了PTN信号通路在精原干细胞发育中的重要性，并通过LASSO回归和Cytoscape中的MNC计算算法确定了ATRX、DOT1L和RUVBL2作为关键诊断基因	需要进一步研究以确认预测的潜在机制、通路和治疗靶点	探究DNA损伤与男性不育的详细关系及其在精原干细胞中的机制	特发性非梗阻性无精子症（NOA）和正常睾丸的精原干细胞	生物信息学	男性不育	scRNA-seq, WGCNA分析, LASSO回归, MNC计算算法	NA	单细胞RNA测序数据	特发性非梗阻性无精子症和正常睾丸的scRNA-seq数据集
604	2025-05-02	Developing and experimental validating a T cell senescence-related gene signature to predict prognosis and immunotherapeutic sensitivity in non-small cell lung cancer 2025-Mar-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149233 PMID:39800199	研究论文	开发并实验验证了一个与T细胞衰老相关的基因特征，用于预测非小细胞肺癌的预后和免疫治疗敏感性	首次整合了SLC2A1、TNS4和GGTLC1基因构建风险模型，用于预测NSCLC的预后和免疫治疗反应	研究样本量有限，且仅针对NSCLC患者	预测非小细胞肺癌的预后和免疫治疗敏感性	非小细胞肺癌患者及其T细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq、机器学习算法、多变量Cox回归	风险模型	基因表达数据	TCGA-NSCLC数据集用于训练，8个独立NSCLC队列用于验证，10对癌旁和NSCLC组织用于实验验证
605	2025-05-02	Comparative Single-Cell Transcriptomics of Human Neuroblastoma and Preclinical Models Reveals Conservation of an Adrenergic Cell State 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1507 PMID:39808065	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序比较人类神经母细胞瘤与临床前模型的转录组，揭示了肾上腺素能细胞状态的保守性	首次通过单细胞RNA测序验证了转基因小鼠和体外肿瘤模型在重现神经母细胞瘤细胞特性方面的准确性，并提出了将交感母细胞推向嗜铬细胞样状态的治疗策略	研究主要基于TH-MYCN小鼠模型，可能无法完全代表人类神经母细胞瘤的所有亚型	验证临床前模型在重现神经母细胞瘤细胞特性方面的准确性，并探索潜在治疗策略	人类神经母细胞瘤患者样本、TH-MYCN转基因小鼠肿瘤、体外培养的肿瘤球	癌症研究	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	TH-MYCN转基因小鼠模型、体外肿瘤球模型	转录组数据	人类神经母细胞瘤患者样本和TH-MYCN小鼠肿瘤样本
606	2025-05-02	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	研究揭示了DNA核苷酸转移酶（DNTT）在B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中对伊珠单抗奥佐米星（InO）耐药性的关键作用	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是InO耐药的主要驱动因素，并揭示了DNTT在调节DNA损伤反应和细胞凋亡中的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需进一步验证	探索B-ALL患者对InO治疗反应差异的遗传基础	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞	癌症生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序、患者来源异种移植模型	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自儿童肿瘤学组AALL1621试验的B-ALL患者样本及患者来源异种移植模型
607	2025-05-02	Identification of Pathogenic PD-1+CD8+ T Cells for Effective Chimeric Antigen Receptor Therapy in a Murine Model of Sjögren Disease 2025-Mar-03, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43144 PMID:40026078	research paper	该研究通过识别Sjögren病中的致病性PD-1+CD8+ T细胞，并开发靶向治疗策略，展示了PD-1靶向CAR-T细胞疗法在小鼠模型中的疗效	首次将PD-1识别为Sjögren病中致病性CD8+ T细胞的全面标记物，并验证了PD-1靶向CAR-T细胞疗法的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床试验	开发针对Sjögren病的靶向治疗策略	Sjögren病患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞	免疫疗法	Sjögren病	单细胞RNA测序、流式细胞术、共享T细胞受体分析	CAR-T细胞疗法	基因表达数据、流式细胞数据	Sjögren病患者和小鼠模型的样本
608	2025-05-02	Novel biallelic MCMDC2 variants were associated with meiotic arrest and nonobstructive azoospermia 2025-Mar-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202495 PMID:39789727	研究论文	本研究通过全外显子测序在768名非梗阻性无精子症患者中发现了与减数分裂停滞相关的MCMDC2基因双等位基因变异	首次发现MCMDC2基因的四种有害变异与非梗阻性无精子症相关，并证实这些变异导致减数分裂停滞	样本量相对有限(768例)，且仅针对MCMDC2基因进行了研究	探索非梗阻性无精子症的遗传病因	768名非梗阻性无精子症患者	生殖遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、苏木精-伊红染色(H&E)、免疫荧光染色(IF)、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、组织学图像、单细胞转录组数据	768名NOA患者
609	2025-05-02	A creatine efflux transporter in oligodendrocytes 2025-Mar, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17382 PMID:39792585	research paper	该研究揭示了转运蛋白SLC22A15在少突胶质细胞中控制肌酸释放的关键作用	首次确定SLC22A15是少突胶质细胞中肌酸释放的关键转运蛋白，填补了大脑肌酸代谢理解的关键空白	研究主要基于体外细胞实验和RNA测序数据，需要进一步体内实验验证	探究大脑中肌酸从产生细胞释放的机制	转运蛋白SLC22A15及其在少突胶质细胞中的功能	神经科学	神经发育障碍	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据，质谱数据	人类和大鼠的293细胞，人类和小鼠的mRNA数据
610	2025-05-02	Exosome-Mediated Lectin Pathway and Resistin-MIF-AA Metabolism Axis Drive Immune Dysfunction in Immune Thrombocytopenia 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412378 PMID:39792656	研究论文	本研究探讨了外泌体介导的凝集素途径和resistin-MIF-AA代谢轴在免疫性血小板减少症(ITP)中的免疫功能障碍作用	揭示了外泌体介导的凝集素补体途径在ITP发病机制中的作用，并发现resistin和MIF是糖皮质激素治疗抵抗的潜在因素	研究样本量未明确说明，且ITP的确切病因仍未被完全阐明	阐明ITP的发病机制并寻找潜在治疗靶点	免疫性血小板减少症(ITP)患者	免疫学	免疫性血小板减少症	流式细胞术(FCM)、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	NA
611	2025-05-02	Cell-Type Specific miRNA Regulatory Network Responses to ABA Stress Revealed by Time Series Transcriptional Atlases in Arabidopsis 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415083 PMID:39792694	研究论文	通过拟南芥ABA诱导的单细胞RNA测序，揭示了细胞类型特异的miRNA调控网络对ABA胁迫的响应	首次在单细胞水平上构建了ABA胁迫下miRNA的动态和细胞类型特异性响应图谱，并鉴定了miRNA-TF-mRNA调控模块	研究仅针对拟南芥，结果是否适用于其他植物尚需验证	探究miRNA在植物发育和胁迫响应中的动态及细胞类型特异性作用	拟南芥在ABA胁迫下的单细胞转录组	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	不同时间点(早期、中期和晚期)的拟南芥ABA诱导单细胞RNA-seq数据
612	2025-05-02	The molecular structure of SHISA5 protein and its novel role in primary biliary cholangitis: From single-cell RNA sequencing to biomarkers 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139775 PMID:39800023	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了原发性胆汁性胆管炎(PBC)患者和健康对照者的肝组织样本，揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征及其可能的生物学功能	首次揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征及其与疾病活动性的正相关性，预测了SHISA5蛋白的分子结构并分析了其可能的生物学功能	研究样本量未明确说明，功能分析主要基于生物信息学预测，需要进一步实验验证	探究SHISA5蛋白在原发性胆汁性胆管炎(PBC)中的分子结构特征及其病理作用	PBC患者和健康对照者的肝组织样本	数字病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	PBC患者和健康对照者的肝组织样本(具体数量未说明)
613	2025-05-02	Dectin-2 depletion alleviates osteoclast-induced bone loss in periodontitis via Syk/NOX2/ROS signaling 2025-Mar-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.01.011 PMID:39800085	research paper	研究发现Dectin-2通过Syk/NOX2/ROS信号通路调控破骨细胞介导的骨吸收，可能成为牙周炎等骨疾病的治疗靶点	首次揭示Dectin-2在破骨细胞分化中的关键调控作用及其分子机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未进行人体试验验证	探究Dectin-2在破骨细胞介导的骨吸收中的作用机制	RAW264.7细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)和Dectin-2敲除小鼠	分子生物学	牙周炎	单细胞测序、转录组分析	NA	基因表达数据	细胞系和小鼠模型
614	2025-05-02	Scale-Up of Human Amniotic Epithelial Cells Through Regulation of Epithelial-Mesenchymal Plasticity Under Defined Conditions 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408581 PMID:39804851	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人羊膜上皮细胞（hAECs）在体外培养过程中的增殖机制，并优化了其体外培养系统	首次发现hAECs的增殖与上皮-间质可塑性（EMP）相关，并通过添加SB431542和微载体筛选实现了hAECs的有效3D扩增	研究未涉及hAECs在体内环境中的行为及其长期安全性评估	探究hAECs的增殖机制并优化其体外培养系统	人羊膜上皮细胞（hAECs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	不同孕龄和传代次数的hAECs
615	2025-05-02	Single-cell transcriptomics reveals intratumor heterogeneity and the potential roles of cancer stem cells and myCAFs in colorectal cancer liver metastasis and recurrence 2025-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217452 PMID:39805388	研究论文	通过单细胞转录组学揭示结直肠癌肝转移和复发中的肿瘤内异质性以及癌症干细胞和肌成纤维细胞样CAFs的潜在作用	首次在单细胞分辨率下揭示结直肠癌肝转移中的癌症干细胞样细胞群与肌成纤维细胞样CAFs之间的新型细胞互作机制	未明确验证FN1-CD44和GDF15-TGFBR2配体-受体对在肝转移过程中的具体功能机制	探究结直肠癌肝转移和复发的分子机制	结直肠癌原发灶和肝转移灶的肿瘤细胞及肿瘤微环境	单细胞组学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（原发性和转移性结直肠癌组织样本）
616	2025-05-02	Mannose Promotes β-Amyloid Pathology by Regulating BACE1 Glycosylation in Alzheimer's Disease 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409105 PMID:39807036	research paper	该研究探讨了甘露糖通过调节BACE1糖基化促进阿尔茨海默病β-淀粉样蛋白病理的作用	揭示了甘露糖通过影响BACE1和Nicastrin的N-糖基化增强其蛋白稳定性，从而促进Aβ产生的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究甘露糖在阿尔茨海默病病理进展中的作用机制	AD小鼠模型和AD患者血清样本	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、代谢组学分析	小鼠疾病模型	分子生物学数据、行为学数据	AD小鼠和AD患者血清样本（具体数量未明确说明）
617	2025-05-02	New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease 2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society IF:7.4Q1 DOI:10.1002/mds.30097 PMID:39812497	研究论文	本文探讨了帕金森病中细胞多样性和神经元易感性的多组学研究	利用多组学方法（包括空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学）研究帕金森病，揭示了致病机制的新见解	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究帕金森病的致病机制和开发新型治疗方法	帕金森病患者和啮齿动物模型中的神经元和胶质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观基因组学、蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
618	2025-05-02	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Feb-27, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤(SCI)后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的机制	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的关键作用及其对神经元存活的保护机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤后神经元保护中的作用机制	星形胶质细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
619	2025-05-02	transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder 2025-Feb-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936 PMID:39798891	研究论文	本文提出了一种基于迁移学习和卷积自编码器的算法transCAE，用于提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性	transCAE结合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效减轻批次效应	算法性能仍依赖于源数据的质量，且未提及对特定细胞类型的处理能力	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	卷积自编码器(CAE)与迁移学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
620	2025-05-02	Anxiety-like behavior and altered hippocampal activity in a transgenic mouse model of Fabry disease 2025-Feb, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106797 PMID:39788162	research paper	该研究通过转基因法布里病小鼠模型，探讨了法布里病与焦虑样行为及海马功能异常之间的关系	首次结合行为学、转录组学、功能和形态学评估，揭示了法布里病小鼠海马区神经元和非神经元细胞群的转录和功能改变与焦虑样行为的关联	研究仅使用雄性小鼠，未探讨性别差异；结果主要基于小鼠模型，人类患者中的直接应用需进一步验证	探究法布里病神经精神症状的病理机制，特别是焦虑样行为与海马功能异常的关系	转基因法布里病小鼠模型	神经科学	法布里病	行为学测试（开放场地测试、Barnes迷宫）、单细胞测序、电生理记录	转基因小鼠模型	行为数据、转录组数据、电生理数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多组学分析