单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-06-27	Kininogen enhances seizure susceptibility in mice possibly through bradykinin-induced modulation of calcium transients in glutamatergic and GABAergic neurons 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1509837 PMID:40556759	研究论文	本研究探讨了kininogen在癫痫发生中的功能作用及其通过缓激肽调节谷氨酸能和GABA能神经元钙瞬变的潜在机制	首次揭示了kininogen在癫痫发作中的病理作用及其通过缓激肽调节神经元活动的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究kininogen对癫痫易感性的影响及其作用机制	小鼠脑组织及神经元	神经科学	癫痫	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫印迹, 双光子钙成像	小鼠癫痫模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 钙成像数据	未明确说明小鼠数量
602	2025-06-27	Single-Cell RNA Transcriptomics and Multi-omics Analyses Reveal the Clinical Effects of Acupuncture on Methadone Reduction 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0741 PMID:40556944	研究论文	通过单细胞RNA转录组学和多组学分析，研究针灸对美沙酮减量的临床效果及其生物学机制	首次整合临床试验数据与多组学分析（包括单细胞测序、转录组学、代谢组学和宏基因组学），揭示针灸通过调节胆汁酸代谢和免疫细胞功能减轻美沙酮使用的不良反应	样本量较小（48名参与者），且仅针对美沙酮维持治疗患者，结果可能不适用于其他阿片类药物使用障碍患者	评估针灸在美沙酮维持治疗患者中的效果，并探索其生物学机制	48名美沙酮维持治疗患者	多组学分析	阿片类药物使用障碍	单细胞测序、转录组学、代谢组学、宏基因组学	NA	外周血单核细胞、血浆、粪便样本	48名美沙酮维持治疗患者（针灸组25人，假针灸组23人）
603	2025-06-27	Single-cell ligand-receptor profiling reveals an immunotherapy-responsive subtype and prognostic signature in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590951 PMID:40557143	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TNBC中配体-受体（LR）相互作用的分子细节及其作为预后或预测标志物的潜力	首次在TNBC中系统分析LR相互作用的分子细节，并构建了一个基于LR的预后评分系统（LR.score），同时验证了CXCL9/CXCR3轴在免疫细胞招募和抗肿瘤反应中的关键作用	研究样本量相对有限（METABRIC队列n=298，GSE58812队列n=107），且仅在MDA-MB-231细胞系中验证了CXCL9/CXCR3轴的功能	探索TNBC中LR相互作用的分子机制及其在预后和免疫治疗响应中的潜在应用	TNBC患者样本（单细胞RNA测序数据）和MDA-MB-231细胞系	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、siRNA介导的基因敲低	Lasso回归和逐步多变量分析	RNA测序数据	METABRIC队列298例，GSE58812队列107例
604	2025-06-27	Construction of a novel inflammatory-related prognostic signature of acute myelocytic leukemia based on conjoint analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565954 PMID:40557150	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序的联合分析，构建了一个与炎症相关的急性髓性白血病预后特征模型	首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建急性髓性白血病的炎症相关预后模型	模型验证仅依赖于外部数据集，缺乏前瞻性临床验证	优化急性髓性白血病患者的精准治疗策略并改善预后	急性髓性白血病患者	数字病理学	急性髓性白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, LASSO分析	预后风险模型	RNA测序数据	使用GSE114868数据集中的AML患者和对照样本
605	2025-06-27	Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325799 PMID:40560886	研究论文	本研究通过综合分析铜死亡和周围免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用，揭示了与铜死亡相关的关键基因及其在免疫细胞中的表达变化	首次通过机器学习模型筛选出与铜死亡相关的五个hub基因，并探索了这些基因在免疫细胞中的表达变化及其潜在的分子机制	研究主要基于GEO数据库的基因表达数据，缺乏实验验证的广泛性	探讨铜死亡相关基因在阿尔茨海默病中的具体作用及其与免疫浸润的关系	阿尔茨海默病患者的外周血细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	基因表达分析、机器学习模型、分子对接分析、单细胞RNA测序、实时定量PCR	机器学习模型	基因表达数据	GEO数据库中的基因表达数据和单细胞RNA测序数据集
606	2025-06-27	Optimization of clustering parameters for single-cell RNA analysis using intrinsic goodness metrics 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1562410 PMID:40567596	研究论文	本研究通过利用内在优良性指标，旨在预测单细胞RNA测序中不同参数变化对聚类方法准确性的影响	利用内在优良性指标预测聚类准确性，并提出UMAP方法和分辨率参数对聚类准确性的积极影响	研究仅使用了三个数据集和两种聚类方法，可能限制了结果的普遍适用性	优化单细胞RNA测序中的聚类参数，以提高细胞亚群划分的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	ElasticNet回归模型	RNA测序数据	三个数据集，每个数据集来自不同的解剖区域并具有真实细胞注释
607	2025-06-27	Stemness-driven clusters in ovarian cancer: immune characteristics and prognostic implications 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1577283 PMID:40567611	研究论文	该研究通过识别卵巢癌中的干细胞相关基因，定义了三个不同的干细胞相关亚组，并构建了一个预后模型，同时验证了AKAP12在卵巢癌进展中的作用	首次在卵巢癌中定义了干细胞相关亚组，并发现AKAP12作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探索卵巢癌中干细胞相关亚型的特征及其治疗意义	卵巢癌患者和SKOV3细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归	预后模型	转录组数据	卵巢癌患者样本和SKOV3细胞
608	2025-06-27	Hemoglobin-associated CALR in proximal tubule cells can be used as a biomarker for idiopathic membranous nephropathy 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1574852 PMID:40568201	研究论文	本研究通过RNA测序技术识别尿液细胞中的潜在生物标志物，探讨特发性膜性肾病的疾病机制	发现CALR基因与特发性膜性肾病的发病和进展显著相关，并揭示了其在免疫反应和生理过程中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有特发性膜性肾病患者群体，且需要进一步验证CALR作为生物标志物的临床应用价值	识别特发性膜性肾病的尿液生物标志物并研究其疾病机制	特发性膜性肾病患者的尿液细胞和肾脏组织	数字病理学	肾病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包括首次和二次晨尿样本及健康肾脏组织
609	2025-06-27	Multi-omics analysis untangles the crosstalk between intratumor microbiome, lactic acid metabolism and immune status in lung squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1603822 PMID:40568577	研究论文	通过多组学分析探讨肺鳞状细胞癌中肿瘤内微生物组、乳酸代谢与免疫状态之间的相互作用	发现了两种基于乳酸代谢的亚型，具有不同的临床结果和生物学特性，并开发了基于组织病理学图像的深度学习模型来预测这些亚型	研究结果需要进一步验证，特别是在其他癌症类型中的适用性	探讨乳酸代谢模式与肺鳞状细胞癌肿瘤生物学的关系及其潜在的临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	多组学分析（转录组、基因组、微生物组、数字病理学）	深度学习模型、机器学习算法	转录组数据、基因组数据、微生物组数据、组织病理学图像	多个数据集（具体样本数量未提及）
610	2025-06-27	Dual function of Gasdermin E: pyroptosis-mediated pan-cancer suppression versus HCC-specific oncogenic activity 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626311 PMID:40568597	research paper	该研究探讨了Gasdermin E（GSDME）在肿瘤发生中的双重作用，既作为肿瘤抑制因子又作为肿瘤促进因子	揭示了GSDME在肝细胞癌（HCC）中的异常过表达模式及其通过非焦亡机制促进免疫抑制和抗PD-1治疗抵抗的作用	当前研究面临三大挑战：阐明HCC中GSDME过表达的机制、澄清非焦亡促肿瘤途径的分子枢纽以及开发控制GSDME功能转换的精准策略	研究GSDME在肿瘤发生中的双重作用及其在HCC中的特异性致癌活性	Gasdermin E（GSDME）及其在多种癌症（包括胃癌、结直肠癌、乳腺癌和肝细胞癌）中的作用	肿瘤学	肝细胞癌（HCC）	单细胞多组学和空间转录组学	NA	NA	NA
611	2025-06-27	FABP5+ macrophages contribute to lipid metabolism dysregulation in type A aortic dissection 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113438 PMID:39447410	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了FABP5+巨噬细胞在A型主动脉夹层脂质代谢紊乱中的作用	首次系统评估了非免疫细胞与免疫细胞在主动脉夹层中的相互作用及其对代谢的影响，并发现了FABP5+巨噬细胞的新作用	研究结果需要在更大规模的临床样本中进一步验证	阐明A型主动脉夹层中脂质代谢紊乱的机制	A型主动脉夹层患者和小鼠模型	代谢组学	心血管疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质代谢组学	NA	RNA测序数据, 代谢组数据	TAAD患者和小鼠模型（具体数量未说明）
612	2025-06-27	Spatial Proteomics towards cellular Resolution 2024-Dec-25, Expert review of proteomics IF:3.8Q1 DOI:10.1080/14789450.2024.2445809 PMID:39710940	review	本文综述了基于非靶向质谱的空间蛋白质组学工作流程及其在细胞分辨率方向上的最新进展	强调了组织解剖、样本处理、生物信息学和液相色谱-质谱技术在推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展中的最新进展	需要进一步发展数据分析和自动化智能组织解剖技术，以及高通量LC-MS分析	推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展，以更深入地理解组织微环境的分子水平空间组织	组织微环境中的基因表达、遗传变异、蛋白质表达和代谢物/脂质分布	空间生物学	NA	非靶向质谱（MS）、液相色谱-质谱（LC-MS）	NA	蛋白质组数据	NA
613	2025-06-27	Prostate luminal cell plasticity and cancer 2024-Dec-25, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217430 PMID:39730086	综述	本文综述了前列腺癌中细胞可塑性的研究进展及其在治疗抵抗中的作用	总结了利用免疫活性基因工程小鼠模型研究前列腺癌进展中细胞可塑性和克隆动态变化的最新成果	未明确阐述表观遗传改变如何影响肿瘤免疫原性的具体机制	探讨前列腺癌细胞可塑性在疾病发展和治疗抵抗中的作用	前列腺癌细胞可塑性及其与肿瘤微环境和表观遗传调控的关系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪	基因工程小鼠模型	NA	NA
614	2025-06-27	Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma 2024-Oct-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14111394 PMID:39595571	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，将DNMT3B和PFKFB4的转录谱与肝母细胞瘤的转移特性联系起来	发现DNMT3B和PFKFB4的双重过表达与肝母细胞瘤患者的转移风险相关，并开发了一个代谢评分作为独立的转移预测指标	研究样本可能有限，且未在独立队列中进行验证	探索肝母细胞瘤中代谢酶的过表达与转移风险的关系	肝母细胞瘤患者和非癌肝组织	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	ElasticNet, 逻辑回归	转录组数据	GSE131329转录组数据集中的样本
615	2025-06-27	Single-cell RNA sequencing data analysis utilizing multi-type graph neural networks 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108921 PMID:39059210	研究论文	本文提出了一种利用多类型图神经网络（scDMG）进行单细胞RNA测序数据分析的新模型	scDMG模型结合了去噪自编码器和多类型图神经网络，能够学习细胞间拓扑信息和scRNA-seq数据的潜在表示，有效处理数据降维、去噪和分类问题	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中的降维、去噪和聚类问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	去噪自编码器（DAE）、多类型图神经网络（GNN）、ZINB模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
616	2025-06-27	Identification of miRNA signature in cancer-associated fibroblast to predict recurrent prostate cancer 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108989 PMID:39142223	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，建立了一个与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的microRNAs模型，用于预测前列腺癌的复发	首次建立了一个基于9种CAFs相关miRNAs的预后模型，用于预测前列腺癌的生化复发，并确定了NVP-TAE684作为潜在的治疗药物	研究样本量较小，仅涉及34名前列腺癌患者，且未在其他独立队列中进行验证	开发一个CAFs相关的miRNAs模型，用于预测前列腺癌的预后和指导个体化精准治疗	前列腺癌患者的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	生物信息学	前列腺癌	scRNA-seq, buRNA-seq, qRT-PCR, CCK8, 伤口愈合实验, 克隆形成实验, 细胞迁移实验, 小鼠异种移植模型	Lasso, Random Forest, SVM	RNA测序数据	34名前列腺癌患者的样本
617	2025-06-27	APOE Christchurch enhances a disease-associated microglial response to plaque but suppresses response to tau pathology 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597211 PMID:38895362	研究论文	研究APOE Christchurch变异对淀粉样斑块和tau病理的微胶质细胞反应的影响	揭示了APOE Christchurch变异在不同病理模型中调节微胶质细胞反应的双重作用	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究APOE Christchurch变异如何发挥其对阿尔茨海默病的保护作用	5xFAD淀粉样变性小鼠模型和PS19 tau病变小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	免疫组织化学、生化分析、单细胞空间转录组学和蛋白质组学	小鼠模型	分子和细胞数据	未明确说明，但涉及两种小鼠模型
618	2025-06-27	Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579846 PMID:38370670	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用机制	首次发现FABP4和FABP5在PAH内皮细胞中的异常表达及其通过促进糖酵解和远端动脉编程加剧血管重塑的机制	研究主要基于动物模型和有限的患者样本，临床转化需要进一步验证	阐明肺动脉高压的细胞分子机制并开发新的治疗靶点	肺动脉内皮细胞（PAECs）和肺动脉高压动物模型	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组分析	NA	转录组数据	IPAH患者血浆样本、PH大鼠和基因敲除小鼠模型
619	2025-06-27	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学方法揭示羟基氯喹耐药性的非自噬相关转录机制	研究发现羟基氯喹耐药性主要通过转录可塑性而非自噬途径实现，揭示了多种与耐药性相关的转录途径	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞，可能不适用于其他癌症类型	探究羟基氯喹耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞	癌症研究	卵巢癌,结直肠癌	RNA-seq, exome-seq, scRNA-seq, CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据,转录组数据	两种癌细胞系（OVCAR3和CCL218）
620	2025-06-27	Solute carrier (SLC) expression reveals skeletogenic cell diversity 2023-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2023.08.004 PMID:37611888	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示海胆胚胎发育过程中细胞类型的多样性，特别是通过转运蛋白表达模式识别细胞功能差异	利用转运蛋白表达模式进行细胞聚类，揭示了传统基因调控状态分类方法未能发现的细胞功能多样性	研究仅针对紫色海胆晚期原肠胚阶段，结果可能不适用于其他发育阶段或物种	探索胚胎发育过程中细胞功能多样性的分子基础	紫色海胆（Strongylocentrotus purpuratus）晚期原肠胚阶段的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA