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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6161 | 2025-10-06 |
Natural killer cells adopt an activated and decidual-like phenotype after autologous hematopoietic stem cell transplantation in children with cancer
2025-May-28, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-00911-w
PMID:40437214
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研究论文 | 本研究揭示了儿童癌症患者在自体造血干细胞移植后自然杀伤细胞呈现活化及蜕膜样表型的动态变化 | 首次在儿童自体造血干细胞移植后发现自然杀伤细胞获得短暂性蜕膜样表型,并阐明IL-15和TGF-β联合诱导这一独特表型的机制 | 样本量较小(13名儿童患者),缺乏长期随访数据 | 探究儿童癌症患者自体造血干细胞移植后自然杀伤细胞的动态功能变化 | 13名儿童癌症患者(3-11岁)及8名健康成人供者 | 免疫学 | 癌症 | 多参数流式细胞术,单细胞RNA测序,细胞因子检测 | NA | 流式细胞数据,单细胞转录组数据,血浆细胞因子数据 | 13名儿童患者,8名健康成人供者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6162 | 2025-10-06 |
ITIH4 attenuates acute lung injury by Fe-containing particulate matter in mice via Hippo pathway in type II alveolar epithelial cells
2025-May-28, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03256-z
PMID:40437524
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研究论文 | 本研究探讨了ITIH4通过调节II型肺泡上皮细胞中的Hippo通路减轻含铁颗粒物诱导的小鼠急性肺损伤 | 首次揭示ITIH4通过调节II型肺泡上皮细胞中Hippo通路来减轻含铁颗粒物诱导的急性肺损伤 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究ITIH4对含铁颗粒物诱导的急性肺损伤的保护作用及机制 | C57BL/6JNarl和B6.Sftpc-CreERT2;Ai14(RCL-tdT)-D小鼠 | 呼吸系统疾病研究 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序, ICP-MS, 单细胞ICP-MS | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞计数数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6163 | 2025-10-06 |
AAV-mediated silencing of Sox4 leads to long-term amelioration of liver phenotypes in mouse models of Alagille syndrome
2025-May-28, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.04.033
PMID:40446945
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研究论文 | 本研究通过AAV介导的Sox4基因沉默,在小鼠Alagille综合征模型中实现了肝脏表型的长期改善 | 首次证明AAV介导的Sox4基因沉默可改善Alagille综合征肝脏表型,并发现Sox4/SOX4在患者肝脏中表达增加 | 研究基于小鼠模型,临床转化仍需进一步验证 | 寻找治疗Alagille综合征胆汁管缺乏的新治疗靶点 | Alagille综合征小鼠模型和人类肝脏样本 | 基因治疗 | Alagille综合征 | 单细胞RNA测序, RNAscope, 腺相关病毒介导的基因沉默 | NA | 基因表达数据, 组织学图像, 血清化学数据 | 临床前小鼠模型和人类肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
6164 | 2025-10-06 |
Comparative analysis of the syncytiotrophoblast in placenta tissue and trophoblast organoids using snRNA sequencing
2025-May-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.101170
PMID:40424181
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研究论文 | 通过单核RNA测序比较胎盘组织与滋养层类器官中合体滋养层的异质性 | 首次在合体滋养层中鉴定出三种核亚型,并建立滋养层类器官作为研究模型 | RYBP敲除未影响细胞融合但导致基因表达改变,机制尚未完全阐明 | 解析合体滋养层分化过程及核异质性 | 人类胎盘组织和滋养层类器官 | 单细胞组学 | 胎盘发育 | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 早孕期胎盘、足月胎盘及滋养层类器官样本 | NA | 单核RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
6165 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing reveals the role of local renin-angiotensin system in regulating ovarian physiological cycle and promoting PCOS
2025-May-27, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02531-8
PMID:40425574
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示卵巢局部肾素-血管紧张素系统在调节生理周期和促进多囊卵巢综合征中的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示卵巢局部RAS在发情周期中的动态变化,并发现AngII与IRS1/PI3K/AKT通路串扰导致胰岛素抵抗的潜在机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究卵巢局部肾素-血管紧张素系统在生理周期和PCOS发病机制中的作用 | 小鼠卵巢细胞 | 单细胞组学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序 | PCOS小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠卵巢单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6166 | 2025-10-06 |
Deep exploration of logical models of cell differentiation in human preimplantation embryos
2025-May-27, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00537-7
PMID:40425601
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研究论文 | 开发了SCIBORG计算工具,通过整合单细胞转录组数据和先验知识网络来推断基因调控的布尔网络模型 | 提出SCIBORG方法,使用逻辑编程处理单细胞数据高维搜索空间,无需扰动数据即可构建动态布尔网络模型 | 模型验证仅通过计算机模拟进行,细胞分类准确率为67%-73%,缺乏实验验证 | 模拟人类胚胎植入前滋养外胚层细胞分化过程中的基因调控网络 | 人类胚胎植入前滋养外胚层细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组测序,布尔网络建模,逻辑编程 | 布尔网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6167 | 2025-10-06 |
Novel ribosome biogenesis-related biomarkers and therapeutic targets identified in psoriasis
2025-May-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03833-8
PMID:40425712
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析鉴定出11个与核糖体生物合成相关的银屑病生物标志物,并验证了MPHOSPH6和ISG20的潜在治疗价值 | 首次系统性地将核糖体生物合成过程与银屑病发病机制联系起来,并通过多组学数据分析鉴定出关键生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要进一步的功能性研究确认机制 | 探索核糖体生物合成在银屑病发病机制中的作用,并寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 银屑病患者转录组数据 | 生物信息学 | 银屑病 | 转录组测序,单细胞RNA测序,差异表达分析,加权基因共表达网络分析,蛋白质相互作用分析,分子对接 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
6168 | 2025-10-06 |
A robust multi-scale clustering framework for single-cell RNA-seq data analysis
2025-May-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03603-6
PMID:40425750
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据分析的鲁棒多尺度聚类框架 | 结合多维PCA降维、K-means聚类和加权集成元聚类方法,并通过自注意力驱动的Transformer模型优化聚类性能 | NA | 解决单细胞RNA测序数据高维度、稀疏性和噪声带来的聚类挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, K-means, PCA | 基因表达数据 | 八个单细胞RNA测序数据集(包括PBMC5k数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6169 | 2025-10-06 |
Optimized culturing yields high success rates and preserves molecular heterogeneity, enabling personalized screening for high-grade gliomas
2025-May-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00946-1
PMID:40425813
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研究论文 | 开发了一种优化的高级别胶质瘤细胞培养方案,显著提高培养成功率并保留肿瘤分子异质性 | 结合超声抽吸和3D组织片段培养方法,实现96%的高成功率,并首次证明超声抽吸来源的培养物具有更高转录组异质性 | 研究样本数量有限(114例),且仅针对高级别胶质瘤 | 建立可靠的患者来源胶质瘤细胞培养模型以支持精准医疗 | 高级别胶质瘤患者手术标本 | 数字病理 | 脑癌 | 单细胞测序,拷贝数分析 | 细胞培养模型 | 基因组数据,转录组数据 | 114例高级别胶质瘤标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6170 | 2025-10-06 |
Ligustrazine nano-drug delivery system ameliorates doxorubicin-mediated myocardial injury via piezo-type mechanosensitive ion channel component 1-prohibitin 2-mediated mitochondrial quality surveillance
2025-May-27, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03420-z
PMID:40426179
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研究论文 | 本研究开发了川芎嗪纳米递送系统,通过PIEZO1-TMBIM6调控PHB2磷酸化轴改善阿霉素诱导的心肌损伤 | 首次发现川芎嗪纳米递送系统通过PIEZO1-TMBIM6-PHB2Ser91/Ser176磷酸化轴调控线粒体质量监测的新机制 | NA | 探究川芎嗪纳米递送系统改善阿霉素心肌损伤的作用机制 | 基因修饰小鼠模型、阿霉素诱导的心肌病体内外模型 | NA | 心肌病 | 单细胞测序、分子生物学、整合药理学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6171 | 2025-10-06 |
Semaglultide targets Spp1+ microglia/macrophage to attenuate neuroinflammation following perioperative stroke
2025-May-27, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03465-9
PMID:40426210
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现围手术期缺血性脑卒中中存在独特的Spp1阳性巨噬细胞/小胶质细胞亚群,并证明索马鲁肽可通过靶向该细胞亚群减轻神经炎症 | 首次在围手术期缺血性脑卒中模型中鉴定出具有抗炎特性和脂质代谢重编程特征的Spp1阳性巨噬细胞/小胶质细胞亚群,并发现GLP1R激动剂索马鲁肽可上调该保护性细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证;观察时间较短(仅至术后3天) | 探究围手术期缺血性脑卒中中神经免疫反应的机制及索马鲁肽的治疗潜力 | 围手术期缺血性脑卒中模型小鼠的脑组织免疫细胞 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 高参数流式细胞术, RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像 | 围手术期缺血性脑卒中模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6172 | 2025-10-06 |
scE2EGAE: enhancing single-cell RNA-Seq data analysis through an end-to-end cell-graph-learnable graph autoencoder with differentiable edge sampling
2025-May-27, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00616-z
PMID:40426257
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研究论文 | 提出一种端到端可学习图自编码器scE2EGAE,通过可微分边采样增强单细胞RNA测序数据分析 | 在训练过程中学习细胞图结构,而非使用固定的k近邻图,避免信息损失 | 仅验证了在单细胞RNA测序数据去噪任务上的性能,未在其他下游任务广泛测试 | 提升单细胞RNA测序数据的分析性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器, 图神经网络, 深度计数自编码器 | 基因表达数据 | 八个公共单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6173 | 2025-10-06 |
Dual roles of IRE1α inhibition in reversing mitochondrial ROS-induced CD8+ T-cell senescence and exerting direct antitumor effects in multiple myeloma
2025-May-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011044
PMID:40425229
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研究论文 | 本研究揭示了IRE1α抑制剂通过降低线粒体活性氧逆转CD8+ T细胞衰老并直接抑制多发性骨髓瘤细胞的双重作用机制 | 首次发现IRE1α抑制剂通过NPR2-cGMP-PKG通路恢复T细胞功能,并证实其具有直接抗肿瘤效应 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 探索IRE1α抑制在多发性骨髓瘤治疗中对CD8+ T细胞衰老逆转和直接抗肿瘤作用 | 多发性骨髓瘤患者CD8+ T细胞、骨髓瘤细胞、Vk*MYC小鼠模型 | 免疫学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序 | NA | 基因表达数据,流式细胞数据 | 多发性骨髓瘤患者和健康供体的骨髓CD8+ T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6174 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Regional Differences in the Prefrontal and Entorhinal Cortex of Alzheimer's Disease Brain
2025-May-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104841
PMID:40429980
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较阿尔茨海默病患者前额叶皮层和内嗅皮层的细胞和转录变化差异 | 首次通过整合多个单细胞RNA测序数据集系统比较AD不同脑区的细胞差异变化,发现LINC01099相关调控网络与AD进展相关 | 研究基于整合数据集,样本来源可能存在批次效应;主要发现仍需在更大样本中验证 | 比较阿尔茨海默病不同脑区的细胞和转录变化差异 | 阿尔茨海默病患者的前额叶皮层和内嗅皮层样本 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 网络分析 | 单细胞转录组数据 | 124,658个细胞核,31个细胞簇,来自AD患者和年龄匹配健康对照的PFC和EC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6175 | 2025-10-06 |
Human and Mouse Bone Marrow CD45+ Erythroid Cells Have a Constitutive Expression of Antibacterial Immune Response Signature Genes
2025-May-17, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051218
PMID:40427045
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研究论文 | 本研究通过多种分析方法揭示了人和小鼠骨髓CD45+红系细胞具有组成性表达抗菌免疫应答特征基因的能力 | 首次系统证明骨髓CD45+红系细胞具有先天性抗菌免疫潜力,并鉴定出Calprotectin和Cathepsin G等关键免疫因子 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,需要进一步体内实验验证 | 全面探索人类骨髓红系细胞的免疫特征及其在抗菌免疫中的作用 | 人和小鼠骨髓CD45+红系细胞 | 免疫学 | 感染性疾病 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,细胞因子分泌分析,单细胞免疫蛋白质组学分析,流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,细胞因子数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6176 | 2025-10-06 |
GSNCASCR: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Curated Gene Sets with Single-Cell RNA-Seq Data
2025-May-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104771
PMID:40429912
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据的差异共表达分析R包GSNCASCR | 结合CSCORE和GSNCA两种算法优势,能识别差异共表达基因集并评估基因在网络中的重要性 | NA | 开发生物信息学工具分析单细胞RNA测序数据中的差异共表达通路 | 预定义基因集和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据和真实COVID-19数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6177 | 2025-10-06 |
Constructing a Prognostic Model for Non-Small-Cell Lung Cancer Risk Based on Genes Characterising the Differentiation of Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-May-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104679
PMID:40429821
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研究论文 | 基于髓源性抑制细胞分化特征基因构建非小细胞肺癌预后风险模型 | 首次整合单细胞和bulk RNA-seq数据揭示MDSCs分化轨迹,构建基于MDSCs分化状态的预后模型,并筛选靶向小分子化合物 | 未明确说明样本来源和具体样本量,需要外部验证进一步确认模型普适性 | 阐明MDSCs在NSCLC肿瘤微环境中的调控机制并构建预后预测模型 | 非小细胞肺癌患者和髓源性抑制细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 轨迹推断分析 | Elastic Net回归, 多变量Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6178 | 2025-10-06 |
Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomics with Machine Learning Reveals a Heme Metabolism-Based Panel for Lung Adenocarcinoma Chemotherapy Resistance
2025-May-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104685
PMID:40429829
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了基于血红素代谢的肺腺癌化疗耐药性预测模型 | 首次整合批量转录组和单细胞转录组数据,结合机器学习识别血红素代谢相关分子亚型,并建立HMRS风险评分系统 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 探索血红素代谢在肺腺癌化疗耐药中的作用机制并开发预后预测工具 | 肺腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, 多元Cox回归 | 转录组数据 | TCGA-LUAD和GEO数据库中的多个队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
6179 | 2025-10-06 |
Arhgap29 Deficiency Directly Leads to Systemic and Craniofacial Skeletal Abnormalities
2025-May-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104647
PMID:40429791
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研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型揭示Arhgap29缺失导致系统性及颅面骨骼异常的机制 | 首次发现Arhgap29缺失不仅引起腭裂,还导致麦克尔软骨融合延迟、颅缝增宽、骨质量下降等系统性骨骼异常 | 骨骼异常的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究Arhgap29基因在骨骼发育中的作用机制 | Arhgap29基因敲除小鼠模型 | 发育生物学 | 颅面骨骼发育异常 | micro-CT成像, 组织学分析, 转录组学, 免疫组化, 空间转录组学 | 基因敲除动物模型 | 影像数据, 组织切片, 基因表达数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6180 | 2025-10-06 |
NetLnc: A Network-Based Computational Framework to Identify Immune Checkpoint-Related lncRNAs for Immunotherapy Response in Melanoma
2025-May-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104557
PMID:40429702
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研究论文 | 开发基于网络的计算框架NetLnc,用于识别与免疫检查点相关的lncRNAs,以预测黑色素瘤免疫治疗反应 | 利用基于相互作用网络的分析方法识别癌症和免疫背景下与免疫检查点相关的lncRNAs | 仅针对黑色素瘤进行研究,未在其他癌症类型中验证 | 识别与免疫检查点相关的lncRNAs并预测免疫检查点抑制剂治疗反应 | 长链非编码RNA(lncRNAs)和免疫检查点 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | RNA测序 | 机器学习算法 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |