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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6161 | 2025-10-06 |
Ligustrazine nano-drug delivery system ameliorates doxorubicin-mediated myocardial injury via piezo-type mechanosensitive ion channel component 1-prohibitin 2-mediated mitochondrial quality surveillance
2025-May-27, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03420-z
PMID:40426179
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研究论文 | 本研究开发了川芎嗪纳米递送系统,通过PIEZO1-TMBIM6调控PHB2磷酸化轴改善阿霉素诱导的心肌损伤 | 首次发现川芎嗪纳米递送系统通过PIEZO1-TMBIM6-PHB2Ser91/Ser176磷酸化轴调控线粒体质量监测的新机制 | NA | 探究川芎嗪纳米递送系统改善阿霉素心肌损伤的作用机制 | 基因修饰小鼠模型、阿霉素诱导的心肌病体内外模型 | NA | 心肌病 | 单细胞测序、分子生物学、整合药理学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6162 | 2025-10-06 |
Semaglultide targets Spp1+ microglia/macrophage to attenuate neuroinflammation following perioperative stroke
2025-May-27, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03465-9
PMID:40426210
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现围手术期缺血性脑卒中中存在独特的Spp1阳性巨噬细胞/小胶质细胞亚群,并证明索马鲁肽可通过靶向该细胞亚群减轻神经炎症 | 首次在围手术期缺血性脑卒中模型中鉴定出具有抗炎特性和脂质代谢重编程特征的Spp1阳性巨噬细胞/小胶质细胞亚群,并发现GLP1R激动剂索马鲁肽可上调该保护性细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证;观察时间较短(仅至术后3天) | 探究围手术期缺血性脑卒中中神经免疫反应的机制及索马鲁肽的治疗潜力 | 围手术期缺血性脑卒中模型小鼠的脑组织免疫细胞 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 高参数流式细胞术, RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像 | 围手术期缺血性脑卒中模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6163 | 2025-10-06 |
scE2EGAE: enhancing single-cell RNA-Seq data analysis through an end-to-end cell-graph-learnable graph autoencoder with differentiable edge sampling
2025-May-27, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00616-z
PMID:40426257
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研究论文 | 提出一种端到端可学习图自编码器scE2EGAE,通过可微分边采样增强单细胞RNA测序数据分析 | 在训练过程中学习细胞图结构,而非使用固定的k近邻图,避免信息损失 | 仅验证了在单细胞RNA测序数据去噪任务上的性能,未在其他下游任务广泛测试 | 提升单细胞RNA测序数据的分析性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器, 图神经网络, 深度计数自编码器 | 基因表达数据 | 八个公共单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6164 | 2025-10-06 |
Dual roles of IRE1α inhibition in reversing mitochondrial ROS-induced CD8+ T-cell senescence and exerting direct antitumor effects in multiple myeloma
2025-May-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011044
PMID:40425229
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研究论文 | 本研究揭示了IRE1α抑制剂通过降低线粒体活性氧逆转CD8+ T细胞衰老并直接抑制多发性骨髓瘤细胞的双重作用机制 | 首次发现IRE1α抑制剂通过NPR2-cGMP-PKG通路恢复T细胞功能,并证实其具有直接抗肿瘤效应 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 探索IRE1α抑制在多发性骨髓瘤治疗中对CD8+ T细胞衰老逆转和直接抗肿瘤作用 | 多发性骨髓瘤患者CD8+ T细胞、骨髓瘤细胞、Vk*MYC小鼠模型 | 免疫学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序 | NA | 基因表达数据,流式细胞数据 | 多发性骨髓瘤患者和健康供体的骨髓CD8+ T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6165 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Regional Differences in the Prefrontal and Entorhinal Cortex of Alzheimer's Disease Brain
2025-May-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104841
PMID:40429980
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较阿尔茨海默病患者前额叶皮层和内嗅皮层的细胞和转录变化差异 | 首次通过整合多个单细胞RNA测序数据集系统比较AD不同脑区的细胞差异变化,发现LINC01099相关调控网络与AD进展相关 | 研究基于整合数据集,样本来源可能存在批次效应;主要发现仍需在更大样本中验证 | 比较阿尔茨海默病不同脑区的细胞和转录变化差异 | 阿尔茨海默病患者的前额叶皮层和内嗅皮层样本 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 网络分析 | 单细胞转录组数据 | 124,658个细胞核,31个细胞簇,来自AD患者和年龄匹配健康对照的PFC和EC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6166 | 2025-10-06 |
Human and Mouse Bone Marrow CD45+ Erythroid Cells Have a Constitutive Expression of Antibacterial Immune Response Signature Genes
2025-May-17, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051218
PMID:40427045
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研究论文 | 本研究通过多种分析方法揭示了人和小鼠骨髓CD45+红系细胞具有组成性表达抗菌免疫应答特征基因的能力 | 首次系统证明骨髓CD45+红系细胞具有先天性抗菌免疫潜力,并鉴定出Calprotectin和Cathepsin G等关键免疫因子 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,需要进一步体内实验验证 | 全面探索人类骨髓红系细胞的免疫特征及其在抗菌免疫中的作用 | 人和小鼠骨髓CD45+红系细胞 | 免疫学 | 感染性疾病 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,细胞因子分泌分析,单细胞免疫蛋白质组学分析,流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,细胞因子数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6167 | 2025-10-06 |
GSNCASCR: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Curated Gene Sets with Single-Cell RNA-Seq Data
2025-May-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104771
PMID:40429912
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据的差异共表达分析R包GSNCASCR | 结合CSCORE和GSNCA两种算法优势,能识别差异共表达基因集并评估基因在网络中的重要性 | NA | 开发生物信息学工具分析单细胞RNA测序数据中的差异共表达通路 | 预定义基因集和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据和真实COVID-19数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6168 | 2025-10-06 |
Constructing a Prognostic Model for Non-Small-Cell Lung Cancer Risk Based on Genes Characterising the Differentiation of Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-May-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104679
PMID:40429821
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研究论文 | 基于髓源性抑制细胞分化特征基因构建非小细胞肺癌预后风险模型 | 首次整合单细胞和bulk RNA-seq数据揭示MDSCs分化轨迹,构建基于MDSCs分化状态的预后模型,并筛选靶向小分子化合物 | 未明确说明样本来源和具体样本量,需要外部验证进一步确认模型普适性 | 阐明MDSCs在NSCLC肿瘤微环境中的调控机制并构建预后预测模型 | 非小细胞肺癌患者和髓源性抑制细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 轨迹推断分析 | Elastic Net回归, 多变量Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6169 | 2025-10-06 |
Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomics with Machine Learning Reveals a Heme Metabolism-Based Panel for Lung Adenocarcinoma Chemotherapy Resistance
2025-May-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104685
PMID:40429829
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了基于血红素代谢的肺腺癌化疗耐药性预测模型 | 首次整合批量转录组和单细胞转录组数据,结合机器学习识别血红素代谢相关分子亚型,并建立HMRS风险评分系统 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 探索血红素代谢在肺腺癌化疗耐药中的作用机制并开发预后预测工具 | 肺腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, 多元Cox回归 | 转录组数据 | TCGA-LUAD和GEO数据库中的多个队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
6170 | 2025-10-06 |
Arhgap29 Deficiency Directly Leads to Systemic and Craniofacial Skeletal Abnormalities
2025-May-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104647
PMID:40429791
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研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型揭示Arhgap29缺失导致系统性及颅面骨骼异常的机制 | 首次发现Arhgap29缺失不仅引起腭裂,还导致麦克尔软骨融合延迟、颅缝增宽、骨质量下降等系统性骨骼异常 | 骨骼异常的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究Arhgap29基因在骨骼发育中的作用机制 | Arhgap29基因敲除小鼠模型 | 发育生物学 | 颅面骨骼发育异常 | micro-CT成像, 组织学分析, 转录组学, 免疫组化, 空间转录组学 | 基因敲除动物模型 | 影像数据, 组织切片, 基因表达数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6171 | 2025-10-06 |
NetLnc: A Network-Based Computational Framework to Identify Immune Checkpoint-Related lncRNAs for Immunotherapy Response in Melanoma
2025-May-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104557
PMID:40429702
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研究论文 | 开发基于网络的计算框架NetLnc,用于识别与免疫检查点相关的lncRNAs,以预测黑色素瘤免疫治疗反应 | 利用基于相互作用网络的分析方法识别癌症和免疫背景下与免疫检查点相关的lncRNAs | 仅针对黑色素瘤进行研究,未在其他癌症类型中验证 | 识别与免疫检查点相关的lncRNAs并预测免疫检查点抑制剂治疗反应 | 长链非编码RNA(lncRNAs)和免疫检查点 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | RNA测序 | 机器学习算法 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6172 | 2025-10-06 |
Long Non-Coding RNAs and RNA-Binding Proteins in Pancreatic Cancer Development and Progression
2025-May-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101601
PMID:40427100
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综述 | 本文综述了长链非编码RNA和RNA结合蛋白在胰腺癌发展与进展中的作用机制及潜在治疗策略 | 系统探讨lncRNAs和RBPs作为非基因组生物标志物在胰腺癌中的调控功能,提出针对这些分子的干预策略 | NA | 探讨lncRNAs和RBPs在胰腺癌发病机制中的作用及作为治疗靶点的潜力 | 胰腺导管腺癌(PDAC) | NA | 胰腺癌 | 基因表达分析,单细胞转录组分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6173 | 2025-10-06 |
The Key Role and Mechanism of Oxidative Stress in Hypertrophic Cardiomyopathy: A Systematic Exploration Based on Multi-Omics Analysis and Experimental Validation
2025-May-07, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14050557
PMID:40427439
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证系统探索了氧化应激在肥厚型心肌病中的关键作用机制 | 首次结合多组学分析和实验验证系统识别了四个氧化应激相关特征基因,并通过单细胞RNA测序揭示了其细胞类型特异性表达 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探索氧化应激在肥厚型心肌病发病机制中的关键作用和分子机制 | 肥厚型心肌病患者的转录组数据和心肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 分子对接, 体外实验 | LASSO回归, SVM-RFE, 随机森林, WGCNA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
6174 | 2025-10-06 |
TissueViewer: a web-based multiplexed image viewer
2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246
PMID:40279289
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研究论文 | 开发了一个基于网络的多重图像查看器TissueViewer,用于快速浏览和共享空间生物学数据集 | 开发了首个易于设置和使用的基于网络的多重图像查看器,能够在低带宽要求下高速传输高分辨率图像 | 用户上传数据限制为50GB,可能需要进一步扩展存储容量 | 解决空间生物学大型数据集浏览和共享的技术挑战 | 多重免疫荧光染色和空间转录组学产生的组织切片图像数据 | 数字病理学 | NA | 多重免疫荧光染色,空间转录组学分析 | NA | 多重图像数据 | NA | MIBI, CODEX, Orion, Nanostring, Vizgen | 空间转录组学,多重免疫荧光成像 | MIBI, CODEX, Orion, Nanostring CosMX SMI, Vizgen | 能够同时获取1-1000种不同标记信号的商业平台 |
6175 | 2025-10-06 |
scACCorDiON: a clustering approach for explainable patient level cell-cell communication graph analysis
2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf288
PMID:40327499
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研究论文 | 提出一种基于最优传输的聚类方法scACCorDiON,用于分析患者水平的细胞-细胞通信图 | 使用马尔可夫链上的节点距离作为有向加权图之间的基础度量,能够比使用无向图的方法更好地按疾病状态对样本进行聚类 | NA | 开发能够分析大型患者队列中样本特异性细胞-细胞通信事件的计算方法 | 胰腺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 最优传输算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6176 | 2025-10-06 |
Leveraging Spatial Transcriptomics to Decode Craniofacial Development
2025-May-03, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050557
PMID:40428379
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在解码颅面发育过程中的应用 | 利用空间转录组学技术首次在组织原位分析颅面发育过程中基因表达的空间分布 | 这是一项进行中的工作,尚未形成完整的研究结论 | 揭示颅面组织(如腭部和牙齿)发育过程中的细胞和分子事件 | 腭部和牙齿发育过程中的细胞和组织 | 空间转录组学 | 腭裂和牙齿发育不全 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6177 | 2025-10-06 |
Spatially Aware Domain Adaptation Enables Cell Type Deconvolution from Multi-Modal Spatially Resolved Transcriptomics
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401163
PMID:39623794
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研究论文 | 开发了一种名为SpaDA的空间感知域适应方法,用于从多模态空间分辨转录组数据中准确估计细胞类型的空间分布 | 首次提出同时建模多模态特征的空间感知域适应方法,整合转录组、组织学图像和空间位置数据 | NA | 解决空间分辨转录组数据中细胞类型反卷积的挑战 | 空间分辨转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨转录组技术,单细胞RNA测序 | 自表达变分自编码器,深度空间分布对齐 | 转录组数据,组织学图像,空间位置数据 | NA | NA | 空间分辨转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
6178 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401107
PMID:39760243
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综述 | 本文综述空间转录组学技术的进展、计算工具及其在神经科学中的关键应用 | 系统梳理了从早期图像技术到现代测序方法的空间转录组学技术演变,并重点阐述其在神经科学领域的突破性应用 | 面临测序技术提升和稳健计算工具开发等挑战 | 阐明空间转录组学技术进展、计算工具及其在神经科学中的应用 | 空间转录组学技术、计算分析工具、神经科学研究 | 空间转录组学 | 脑肿瘤、阿尔茨海默病、精神分裂症等神经疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6179 | 2025-10-06 |
Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401451
PMID:39905872
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研究论文 | 提出一种名为PASSAGE的深度学习框架,用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征 | 首个能够利用样本生理/病理状态特征,在多异质空间切片中有效表征表型相关特征的深度学习框架 | NA | 开发计算工具以识别空间转录组学中与表型相关的空间特征 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习,图嵌入 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6180 | 2025-10-06 |
CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401192
PMID:39930931
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了CDK16+管腔祖细胞样肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用导致乳腺癌化疗耐药 | 首次系统性地识别了CDK16+管腔祖细胞样肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的空间互作网络在化疗耐药中的关键作用 | 研究样本量相对有限,需要更大规模的临床验证 | 探索乳腺癌新辅助化疗耐药的细胞机制和潜在治疗靶点 | 乳腺癌患者和小鼠模型的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 175,825个单细胞,来自新辅助化疗前后活检样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |