本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6141 | 2025-10-06 |
Optimizing single cell RNA sequencing of stem cells. A streamlined workflow for enhanced sensitivity and reproducibility in hematopoietic studies. The use of human umbilical cord blood-derived hematopoietic stem and progenitor cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1590889
PMID:40443736
|
研究论文 | 本文优化了造血干细胞单细胞RNA测序流程,比较了CD34+和CD133+造血干/祖细胞的转录组差异 | 开发了针对有限细胞数量的造血干细胞单细胞RNA测序优化流程,并首次对CD34+和CD133+造血干/祖细胞进行系统转录组比较 | 研究使用的细胞数量有限,仅来源于人类脐带血 | 优化单细胞RNA测序流程并比较不同造血干/祖细胞亚群的转录组特征 | 人类脐带血来源的CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+造血干/祖细胞 | 单细胞测序 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), FACS细胞分选 | UMAP降维分析 | 单细胞转录组数据 | 人类脐带血来源的有限数量造血干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6142 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and transcriptome sequencing data reveal the value of IL1RAP in gastric cancer microenvironment and prognosis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1584619
PMID:40444099
|
研究论文 | 通过整合单细胞和转录组测序数据揭示IL1RAP在胃癌微环境及预后中的关键作用 | 首次系统整合单细胞与转录组数据揭示IL1RAP在胃癌免疫微环境中的调控机制及其免疫治疗预测价值 | 研究基于公共数据库数据,需进一步实验验证机制 | 探究IL1RAP在胃癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 胃癌患者样本数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序,转录组测序,机器学习 | 多种机器学习算法 | 转录组数据,单细胞数据 | 胃癌患者公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6143 | 2025-10-06 |
Multifactoral immune modulation potentiates durable remission in multiple models of aggressive malignancy
2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202302675R
PMID:38738472
|
研究论文 | 本研究开发了一种联合免疫调节和细胞抑制疗法,可在多种侵袭性恶性肿瘤模型中诱导持久缓解 | 发现独特的多因子免疫调节组合疗法,能重塑肿瘤微环境并消除多种难治性肿瘤模型 | 研究仅限于临床前动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索多通路靶向治疗在侵袭性恶性肿瘤中的协同抗肿瘤效应 | 三阴性乳腺癌(4T-1)、头颈鳞癌(MOC-2)和MYCN扩增型神经母细胞瘤的动物模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌,头颈癌,神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 过继性细胞转移 | NA | 基因表达数据, 治疗反应数据 | 多种肿瘤模型的实验动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6144 | 2025-10-06 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
|
研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习方法来比较和对比空间转录组数据集,增强对目标数据集中感兴趣模式的识别 | 通过引入代表正常组织的背景数据集,该方法能够增强对癌前组织中感兴趣模式的识别,同时减少共享的高方差模式的影响 | 方法主要在小鼠肺组织样本上验证,尚未在其他组织类型或人类样本中广泛测试 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 图对比学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6145 | 2025-10-06 |
Caspase-Mediated Regulation and Cellular Heterogeneity of the cGAS/STING Pathway in Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Infection
2022-12-20, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02446-22
PMID:36255240
|
研究论文 | 本研究揭示了卡波西肉瘤相关疱疹病毒通过半胱天冬酶活性抑制cGAS/STING通路以逃逸宿主免疫的新机制 | 首次发现半胱天冬酶在KSHV裂解复制期间抑制DNA感受器cGAS,并通过单细胞RNA测序揭示仅极少数细胞产生IFN-β即可建立有效抗病毒状态 | 对半胱天冬酶如何特异性拮抗KSHV感染期间IFN信号通路的分子机制理解仍不完整 | 阐明病毒利用宿主半胱天冬酶逃逸先天免疫的分子机制 | 卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染的细胞 | 病毒免疫学 | 卡波西肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6146 | 2025-10-06 |
Fifty Shades of Microglia
2019-07, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010
PMID:31005331
|
评论 | 本文通过评述Masuda等人的单细胞RNA测序研究,探讨小胶质细胞在不同脑区、发育阶段和病理状态下的异质性 | 整合跨物种比较分析,首次在多发性硬化症患者中发现表型保守的小胶质细胞亚群 | NA | 解析小胶质细胞在脑发育和疾病过程中的时空异质性 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6147 | 2025-10-06 |
IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Sep, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867
PMID:40381971
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析,鉴定出IGFBP7作为特发性肺纤维化的新型生物标志物,并揭示其与TGF-β1形成正反馈循环的机制 | 首次发现IGFBP7与TGF-β1在IPF中形成正反馈循环,为理解疾病机制提供了新视角 | 研究主要基于公共数据集和体外模型,需要更多临床样本验证 | 探索特发性肺纤维化的诊断生物标志物和治疗靶点 | 特发性肺纤维化患者样本和体外细胞模型 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 双免疫荧光染色, 基因集富集分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 公共数据集中的IPF样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
6148 | 2025-10-06 |
Prediction of Clinically Significant Prostate Cancer by a Specific Collagen-related Transcriptome, Proteome, and Urinome Signature
2025-Jun, European urology oncology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.euo.2024.05.014
PMID:38851995
|
研究论文 | 本研究通过分析胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组特征,开发了预测临床显著性前列腺癌的机器学习模型 | 首次系统整合胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组数据,建立优于PSA和年龄的csPCa预测模型,在mpMRI模糊病变中表现优异 | 研究为回顾性研究设计 | 开发基于胶原相关特征的临床显著性前列腺癌检测方法 | 前列腺癌患者组织样本和尿液样本 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 蛋白质组分析, 尿液组分析 | 机器学习模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 尿液组数据 | 转录组1393例, 蛋白质组104例, 尿液组923例 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 蛋白质组学, 尿液组学 | NA | NA |
6149 | 2025-10-06 |
Construction and validation of a regulatory T cells-based classification of renal cell carcinoma: an integrated bioinformatic analysis and clinical cohort study
2025-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01030-9
PMID:39714755
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析和临床队列研究,构建并验证了基于调节性T细胞的肾细胞癌分类系统 | 首次基于调节性T细胞状态构建肾细胞癌预后分类系统,并在独立临床队列中验证其预后价值 | 回顾性研究设计,需要在前瞻性研究中进一步验证 | 探索调节性T细胞与肾细胞癌异质性的关系,建立预后分类系统 | 肾细胞癌患者 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色, 多组学分析 | Cox比例风险回归模型, 单细胞轨迹分析 | RNA测序数据, 临床数据, 免疫组化数据 | TCGA-KIRC队列537例样本 + 新华队列370例肾肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | NA | NA |
6150 | 2025-10-06 |
ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy
2025-Jun, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001
PMID:40058167
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨ENPP1在膀胱癌中的促癌作用及其对免疫微环境和化疗耐药性的影响 | 首次系统揭示ENPP1在膀胱癌中通过调节免疫细胞浸润和凋亡通路促进肿瘤进展和化疗耐药的新机制 | 样本量有限(36例本地临床队列),需要更大规模研究验证 | 探究ENPP1在膀胱癌进展、免疫调节和化疗耐药中的作用机制 | 膀胱癌患者组织样本、TCGA和GEO数据库数据、UMUC3和J82膀胱癌细胞系 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blotting、免疫组织化学、功能实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、临床数据 | TCGA-BLCA数据集、GEO数据集、36例本地膀胱癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6151 | 2025-10-06 |
Characterizing the Cellular Constituents of Proximal Airway Disease in Granulomatosis With Polyangiitis
2025-Jun, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery
DOI:10.1002/ohn.1197
PMID:40062629
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肉芽肿性多血管炎患者近端气道病变的细胞组成 | 首次在GPA气道瘢痕中发现独特的CD4-/CD8-炎症性T细胞亚群 | 单中心研究,样本量有限 | 表征GPA近端气道病变的细胞组成和疾病发病机制 | GPA患者及疾病对照组的近端气道组织样本 | 单细胞组学 | 肉芽肿性多血管炎 | 单细胞RNA测序 | Monocle 3 | 单细胞转录组数据 | GPA患者9例,特发性声门下狭窄7例,插管后近端狭窄5例,对照10例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6152 | 2025-10-06 |
Bioinformatics identification of shared signaling pathways and core targets linking Benzo[a]pyrene exposure to HCC progression
2025-06, Toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.tox.2025.154129
PMID:40174762
|
研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定苯并[a]芘暴露与肝细胞癌进展相关的共享信号通路和核心靶点 | 首次系统识别了BaP与HCC关联的169个潜在靶点,并通过分子对接验证了核心靶点与BaP的高结合稳定性 | 研究主要基于数据库分析和计算预测,缺乏实验验证 | 探索苯并[a]芘在肝癌进展中的潜在分子机制 | 苯并[a]芘暴露相关的分子靶点和肝细胞癌 | 生物信息学 | 肝癌 | 生物信息学分析、分子对接、单细胞测序分析 | PPI网络分析、分子对接模型 | 基因组数据、蛋白质互作数据、临床数据 | 基于多个公共数据库(ChEMBL、TCGA等)的数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
6153 | 2025-10-06 |
Alterations in genomic features and the tumour immune microenvironment predict immunotherapy outcomes in advanced biliary tract cancer patients
2025-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03011-7
PMID:40211026
|
研究论文 | 本研究构建了一个多维度策略来预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后 | 开发了整合基因组特征和肿瘤免疫微环境的综合模型,发现序列熵和突变特征比传统TMB具有更好的预测性能 | 样本量较小(60例患者),需要更大规模验证 | 预测晚期胆道癌患者对免疫治疗的反应和预后 | 晚期胆道癌患者 | 生物信息学 | 胆道癌 | 520基因panel测序,多重循环细胞因子检测,单细胞转录组分析 | LASSO算法,Cox回归,集成模型 | 基因组测序数据,细胞因子数据,单细胞转录组数据 | 60例接受抗PD-1治疗的晚期胆道癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq,靶向测序 | NA | NA |
6154 | 2025-10-06 |
Alternative splicing in autism spectrum disorder: Recent insights from mechanisms to therapy
2025-Jun, Asian journal of psychiatry
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.ajp.2025.104501
PMID:40273800
|
综述 | 本文综述了自闭症谱系障碍中异常选择性剪接的机制、调控因子及基于RNA剪接的治疗策略 | 系统整合了长读长测序、单细胞测序、空间转录组学和CRISPR-Cas系统等新兴技术对ASD中选择性剪接研究的新见解 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究方法的具体细节 | 探讨异常剪接机制在自闭症谱系障碍发病中的作用及治疗策略开发 | 自闭症谱系障碍相关的选择性剪接事件和剪接调控因子 | 自然语言处理 | 自闭症谱系障碍 | 长读长测序,单细胞测序,空间转录组学,CRISPR-Cas系统 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
6155 | 2025-10-06 |
Identification and regulation of EMT cells in vivo by laser stimulation
2025-Jun, APL bioengineering
IF:6.6Q1
DOI:10.1063/5.0268350
PMID:40438388
|
研究论文 | 本研究通过飞秒激光光刺激方法调控细胞内钙信号,探究PLCG2在上皮-间质转化(EMT)过程中的作用机制 | 首次采用紧密聚焦的飞秒激光扫描技术激活细胞内钙信号并诱导PLCG2上调,实时观察EMT细胞在体内的动态变化 | 研究仅使用前列腺癌PC3细胞构建皮下肿瘤模型,未验证其他肿瘤类型;PLCG2抑制剂对转移细胞无显著影响的具体机制尚不明确 | 探究PLCG2是否作为EMT的直接驱动因子及其在肿瘤发展中的作用 | 前列腺癌PC3细胞及由其构建的皮下肿瘤模型 | 单细胞分析 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,飞秒激光光刺激 | NA | 单细胞转录组数据 | 前列腺癌PC3细胞构建的皮下肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6156 | 2025-06-01 |
Unravelling heart failure cellular signalling heterogeneity with spatial transcriptomics
2025-May-30, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf311
PMID:40444774
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
6157 | 2025-06-01 |
Single-cell sequencing atlas construction for tracheobronchial adenoid cystic carcinoma
2025-May-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06622-z
PMID:40448199
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
6158 | 2025-10-06 |
An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation
2025-May-29, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.03.024
PMID:40220755
|
研究论文 | 本研究通过构建拟南芥单核转录组图谱,揭示了叶片衰老和养分分配的系统性调控机制 | 首次构建了包含20个组织、超过100万个核的拟南芥单核转录组图谱;开发了两种分子指标在单细胞分辨率下量化叶片细胞衰老状态;通过时间分辨采样揭示了主要叶细胞类型间高度协调的衰老进程 | 研究仅限于拟南芥模型植物,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 解析叶片衰老和养分分配的系统性调控机制 | 拟南芥多个发育阶段的20个组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 单核转录组数据 | 超过100万个核,来自20个组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6159 | 2025-10-06 |
Unraveling the mechanisms of irAEs in endometrial cancer immunotherapy: insights from FAERS and scRNA-seq data
2025-May-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02723-3
PMID:40436981
|
研究论文 | 整合FAERS数据库和单细胞转录组数据研究子宫内膜癌免疫治疗中PD-1抑制剂相关不良事件的机制 | 首次将FAERS数据库与单细胞RNA测序数据相结合,揭示PD-1抑制剂通过补偿性激活CXCR4和CXCR6通路导致免疫相关不良事件的新机制 | 需要进一步的临床研究和机制研究来验证这些发现 | 研究子宫内膜癌免疫治疗中PD-1抑制剂相关不良事件的潜在机制 | 子宫内膜癌患者和免疫检查点抑制剂相关不良事件 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序, 数据库分析 | Weibull模型, 贝叶斯置信传播神经网络, 伽马泊松收缩器 | 单细胞转录组数据, 药物不良事件报告数据 | 从FAERS数据库中检索21,838,627份药物相关报告,其中2,202份与免疫检查点抑制剂相关 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6160 | 2025-10-06 |
Deciphering the cellular and molecular landscape of cervical cancer progression through single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-28, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00948-z
PMID:40437003
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术解析宫颈癌进展过程中的细胞和分子景观 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学方法,首次系统揭示SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44信号轴在宫颈癌免疫抑制微环境中的关键作用 | 未明确说明样本数量和研究队列的多样性限制 | 全面表征宫颈癌进展过程中的肿瘤微环境动态变化 | 正常宫颈组织、HPV感染宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变和浸润性宫颈癌组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |