单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 6141 - 6160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6141 | 2024-11-27 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.11.566719
PMID:38014231
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征偏离正常状态的细胞状态轨迹 | Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动力学 | NA | 开发一种有效的计算工具，用于整合跨条件的单细胞基因组数据并表征从正常到异常细胞状态的转变 | 正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA |
| 6142 | 2024-11-27 |
A signal-diffusion-based unsupervised contrastive representation learning for spatial transcriptomics analysis
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae663
PMID:39546378
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研究论文 | 提出了一种基于信号扩散的无监督对比表示学习方法（SDUCL），用于空间转录组学分析 | 设计了一种信号扩散微环境发现算法，通过模拟生物信号扩散过程，有效捕捉和整合细胞微环境中的交互信息 | 未提及具体局限性 | 学习细胞/位点的低维潜在嵌入，以解析组织异质性和分析生物功能 | 空间转录组学数据，包括正常和肿瘤组织 | 生物信息学 | 肿瘤 | 信号扩散 | 无监督对比学习 | 基因表达数据、空间信息、图像数据 | 涉及多个物种的空间转录组学数据集 |
| 6143 | 2024-11-27 |
Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris
2024-Nov, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012699
PMID:39536069
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研究论文 | 研究揭示了新兴真菌病原体白色念珠菌在皮肤组织中的细胞特异性抗真菌免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃避策略 | 首次通过单细胞转录组学揭示了白色念珠菌在皮肤感染中的细胞特异性免疫反应和免疫逃避机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨白色念珠菌在皮肤组织中的免疫反应和免疫逃避机制 | 白色念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞和非免疫细胞 | 数字病理学 | 真菌感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 感染白色念珠菌的小鼠皮肤组织中的多个免疫和非免疫细胞 |
| 6144 | 2024-11-27 |
Identification and analysis of a cell communication prognostic signature for oral squamous cell carcinoma at bulk and single-cell levels
2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70166
PMID:39580787
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研究论文 | 本文通过单细胞和批量测序数据分析，构建了一个新的免疫相关基因预后模型，用于预测口腔鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次整合单细胞和批量测序数据，构建了一个免疫相关基因预后模型，并验证了FCRL4对口腔鳞状细胞癌细胞的影响 | 需要进一步的临床试验来验证模型的实际应用效果 | 开发一个能够有效预测口腔鳞状细胞癌患者预后和免疫治疗反应的预后模型 | 口腔鳞状细胞癌的免疫微环境分析和预后模型构建 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序、批量测序、WGCNA分析、XGBoost | XGBoost | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 6145 | 2024-11-27 |
GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish
2024-Oct-30, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqae151
PMID:39499852
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研究论文 | 通过单细胞转录组学研究斑马鱼垂体细胞中GnRH与促性腺激素细胞的相互作用 | 揭示了GnRH3基因在斑马鱼垂体中的直接作用及其对促性腺激素细胞的影响 | GnRH3与LH促性腺激素细胞通过Gnrhr2相互作用的最终结果仍未知 | 阐明GnRH3和其他机制在调节斑马鱼垂体促性腺激素细胞中的作用 | 野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼的垂体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼 |
| 6146 | 2024-11-27 |
Regulation of Diseases-Associated Microglia in the Optic Nerve by Lipoxin B4 and Ocular Hypertension
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.585452
PMID:38562864
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研究论文 | 研究了脂氧素B4和眼压升高对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用 | 首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压升高诱导的神经退行性变中的神经保护机制 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨脂氧素B4在眼压升高诱导的视神经退行性变中的作用及其对小胶质细胞的调控机制 | 视网膜和视神经中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 小鼠眼内注射硅油诱导持续稳定的眼压升高 |
| 6147 | 2024-11-27 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.06.527318
PMID:36798206
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度 | ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成 | 单细胞RNA-seq数据和批量组织数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6148 | 2024-11-27 |
Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data
2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-024-00169-7
PMID:39583311
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研究论文 | 研究探讨了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对微环境异质性的影响 | 首次综合多组学数据和分子生物学实验，揭示了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的表达与患者病理分级、预后及化疗敏感性的关系 | 研究主要基于多组学数据和体外实验，缺乏临床试验验证 | 探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对患者预后和化疗敏感性的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 多组学数据分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 6149 | 2024-11-27 |
A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia
2024-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.03.03.23286485
PMID:37961528
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研究论文 | 本文对儿童急性髓系白血病（AML）的肿瘤免疫微环境进行了多维分析，揭示了不同的免疫表型和免疫聚集物的组成 | 首次在儿童AML中发现近三分之一的病例存在免疫浸润的骨髓，并揭示了T细胞网络和B细胞的共定位情况 | 研究主要集中在骨髓样本上，未涉及其他组织或器官 | 了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境细胞的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息 | 儿童急性髓系白血病（AML）的骨髓免疫微环境 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 儿童AML病例和非白血病对照组 |
| 6150 | 2024-11-27 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.23.586420
PMID:38585920
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | APR算法在计算效率和内存使用方面优于现有的GLM-PCA算法，并且适用于多核处理器的并行实现 | NA | 研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA (主成分分析) | RNA-seq数据 | 两个已发表的单细胞RNA-seq数据集 |
| 6151 | 2024-11-27 |
CD4+ T cells display a spectrum of recall dynamics during re-infection with malaria parasites
2024-Jun-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49879-6
PMID:38944658
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研究论文 | 研究了在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应动态 | 首次详细描述了在再次感染疟原虫时，不同CD4 T细胞亚群的回忆反应多样性，并提供了用于研究基因表达动态和克隆关系的图形用户界面 | 研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不完全适用于人类 | 探讨在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应及其多样性 | CD4+ T细胞及其在再次感染疟原虫时的反应 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 老鼠模型中的CD4+ T细胞 |
| 6152 | 2024-11-27 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601229
PMID:38979200
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研究论文 | 开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长和免疫细胞暴露后的转录适应性 | 首次使用BaSSSh-seq方法捕捉生物膜转录异质性和对免疫压力的不同反应 | NA | 研究生物膜内细菌亚群的转录异质性和对免疫压力的适应性 | 细菌生物膜及其对免疫细胞暴露的转录反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6153 | 2024-11-27 |
To be or not to be - Decoding the Trabecular Meshwork Cell Identity
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591346
PMID:38746421
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序比较人小梁网细胞培养与组织，探讨细胞身份和可翻译性 | 首次报道了通过单细胞RNA测序比较人小梁网细胞培养与组织的研究方法 | 研究结果从细胞培养到组织研究的翻译仍存在挑战 | 探讨小梁网细胞的身份及其在组织中的可翻译性 | 人小梁网细胞培养与组织 | NA | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 共14个初级人小梁网样本，包括4个青光眼患者样本 |
| 6154 | 2024-11-27 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2024-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3997426/v1
PMID:38496447
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研究论文 | 研究了APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达及其在鳞状上皮和鳞状细胞癌中的调控机制 | 首次揭示了GRHL3在调节APOBEC3A表达中的作用，并展示了APOBEC3A在鳞状细胞癌中的表达和活性扩展机制 | NA | 探讨APOBEC3A和APOBEC3B在癌症中的表达及其对肿瘤发展和药物抗性的影响 | 健康和恶性黏膜上皮细胞中的APOBEC3A和APOBEC3B表达 | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | RNA | NA |
| 6155 | 2024-11-27 |
scRNA-Seq Analysis Revealed CAFs Regulating HCC Cells via PTN Signaling
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S493675
PMID:39582814
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过PTN信号通路调控肝细胞癌（HCC）细胞 | 首次揭示了CAFs通过PTN/SDC2信号通路促进HCC进展的机制 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据和有限的临床样本，未来需更多实验验证 | 探讨CAFs在肝细胞癌微环境中的作用机制 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肝细胞癌细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个单细胞RNA测序数据集（GSE158723和GSE112271）以及来自HCC患者的临床样本 |
| 6156 | 2024-11-27 |
Single-cell data revealed the function of natural killer cells and macrophage cells in chemotherapy tolerance in acute myeloid leukemia
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18521
PMID:39583114
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了自然杀伤细胞和巨噬细胞在急性髓系白血病化疗耐药中的功能 | 首次通过单细胞RNA测序数据揭示了自然杀伤细胞和巨噬细胞在急性髓系白血病化疗耐药中的潜在作用 | 研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏体内实验验证 | 探讨免疫细胞在急性髓系白血病化疗耐药中的调控机制 | 急性髓系白血病患者的免疫细胞亚群及其标记基因 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 急性髓系白血病患者 |
| 6157 | 2024-11-27 |
MUC1 and CREB3 are Hub Ferroptosis Suppressors for Nucleus Pulposus and Annulus Fibrosus Degeneration by Integrated Bioinformatics and Experimental Verification
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S489052
PMID:39583856
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和实验验证，探讨了MUC1和CREB3作为核心铁死亡抑制因子在椎间盘退变中的作用 | 首次揭示了MUC1和CREB3作为椎间盘退变中的铁死亡抑制因子，并构建了药物和竞争性内源RNA网络 | 实验验证和单细胞RNA测序分析的样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探索铁死亡相关基因及其在椎间盘退变中的作用 | 椎间盘的髓核和纤维环 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 基因表达分析、GO和KEGG分析、LASSO和SVM-RFE算法、GSEA和GSVA分析、CIBERSORT算法、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 髓核和纤维环的基因表达数据来自Gene Expression Omnibus数据库，实验验证和单细胞RNA测序分析的具体样本量未详细说明 |
| 6158 | 2024-11-27 |
Prognostic features of bladder cancer based on five neddylation-related genes
2024, American journal of clinical and experimental urology
IF:1.5Q3
DOI:10.62347/RWCH7802
PMID:39584004
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研究论文 | 研究基于五个neddylation相关基因的膀胱癌预后特征 | 首次探讨neddylation在膀胱癌发病和进展中的潜在影响 | NA | 探索neddylation在膀胱癌中的作用及其对发病和进展的影响 | 膀胱癌的预后特征 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 基因表达数据分析 | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 11,361个差异表达基因和1,500个枢纽基因 |
| 6159 | 2024-11-27 |
A Mendelian randomisation approach to explore genetic factors associated with erectile dysfunction based on pooled genomic data
2024, American journal of clinical and experimental urology
IF:1.5Q3
DOI:10.62347/GENV7771
PMID:39584007
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化方法探索与勃起功能障碍相关的遗传因素 | 首次利用孟德尔随机化分析结合全血表达数量性状位点和GWAS数据，筛选出与勃起功能障碍高度相关的基因MDM4 | 研究样本主要来自芬兰数据库，可能存在地域和人群偏倚 | 探索勃起功能障碍的遗传因素，为个性化治疗提供依据 | 勃起功能障碍相关的遗传基因 | 遗传学 | 男性健康 | 孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据 | 共95178个个体，包括1154个病例和94024个对照 |
| 6160 | 2024-11-27 |
Prognostic characteristics and drug sensitivity analysis of hepatocellular carcinoma based on histone modification-related genes: a multi-omics integrated study revealing potential therapeutic targets and individualized treatment strategies
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1489469
PMID:39584133
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研究论文 | 本研究整合多组学数据，分析了肝细胞癌中与组蛋白修饰相关的基因，并开发了一种基于组蛋白修饰的预后特征，揭示了潜在的治疗靶点和个性化治疗策略 | 首次通过多组学整合分析，定义了110个与组蛋白相关的基因，并开发了一种新的预后特征，为肝细胞癌的个性化治疗提供了新的见解 | 研究主要基于现有数据集，未来需要进一步的临床验证 | 探讨组蛋白修饰在肝细胞癌中的作用，并开发新的预后特征和治疗策略 | 肝细胞癌患者及其组蛋白修饰相关基因 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 机器学习 | 基因组数据、临床信息 | 多个队列的数据，包括单细胞RNA测序和批量RNA测序 |