单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30011 篇文献，本页显示第 6141 - 6160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6141 | 2025-04-25 |
An accelerated human in-vitro aging model mimicsin-vivo aging and facilitates dynamic testing of anti-aging compounds
2025-Mar-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6173768/v1
PMID:40195985
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research paper | 该研究开发了一种加速的人类体外衰老模型，模拟体内衰老并便于动态测试抗衰老化合物 | 通过长期的有丝分裂后培养人类成纤维细胞，真实再现并加速了体内衰老特征，并利用单细胞转录组学揭示了衰老异质性的时间依赖性增加 | 研究主要基于成纤维细胞，可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程 | 开发一种加速的人类体外衰老模型，以研究衰老机制并测试抗衰老化合物的疗效 | 人类成纤维细胞和神经元 | 生物医学 | 衰老相关疾病 | 转录组学、表观遗传学分析、单细胞转录组学 | 体外衰老模型 | 转录组数据、表观遗传数据 | NA |
| 6142 | 2025-04-25 |
Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility
2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.27.25324777
PMID:40196262
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研究论文 | 通过全基因组关联研究荟萃分析，发现了126个与憩室病相关的新基因位点，并揭示了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动之间的联系 | 发现了126个新的憩室病相关基因位点，并通过多种下游分析策略验证了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动的关联 | 研究主要基于遗传关联分析，功能验证和机制研究仍需进一步深入 | 探索憩室病的遗传基础和生物学机制 | 憩室病患者及其遗传数据 | 遗传学 | 憩室病 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、蛋白质定量性状位点分析 | NA | 遗传数据、RNA测序数据、手术标本数据 | 大规模的憩室病患者样本 |
| 6143 | 2025-04-25 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
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research paper | 通过单细胞层次泊松因子化（scHPF）分析人类小胶质细胞的异质性，揭示了与阿尔茨海默病相关的转录特征调控因子 | 提出了一个23因子模型来捕捉小胶质细胞的连续基因表达特征，并识别了与阿尔茨海默病相关的转录调控网络 | 研究依赖于死后或神经外科手术中获取的样本，可能无法完全反映活体状态下的情况 | 探索人类小胶质细胞的分子异质性及其在神经退行性疾病中的作用 | 441,088个活体小胶质细胞，来自161名捐赠者的不同脑区 | digital pathology | Alzheimer's disease | single-cell hierarchical Poisson factorization (scHPF), MERFISH | scHPF | single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data | 441,088个小胶质细胞，来自161名捐赠者 |
| 6144 | 2025-04-25 |
Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644836
PMID:40196654
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研究论文 | 本研究通过海星作为非脊索动物代表，探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化 | 揭示了海星卵巢中存在与哺乳动物相似的细胞类型及神经内分泌信号系统，支持卵巢细胞类型的脊索前起源假说 | 研究仅基于海星这一单一物种，结论在其他物种中的普适性有待验证 | 探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源 | 海星卵巢细胞类型及其空间组织 | 进化生物学 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序）与高分辨率3D成像 | NA | 单细胞转录组数据与3D成像数据 | 海星卵巢组织样本 |
| 6145 | 2025-04-25 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.03.631250
PMID:39803530
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨了细胞间信号如何影响癌症细胞的表型动态，特别是在上皮-间质转化过程中 | 揭示了细胞间信号在小细胞肺癌中强化单细胞表型转变并维持群体水平肿瘤内异质性的机制 | 研究主要基于计算模型和scRNA-seq数据，缺乏实验验证 | 探索细胞间通讯在癌症细胞表型可塑性中的作用 | 小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞 | computational biology | lung cancer | scRNA-seq, 数学建模 | dynamical systems model | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 6146 | 2025-04-25 |
Developmental molecular signatures define de novo cortico-brainstem circuit for skilled forelimb movement
2025-Mar-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6150344/v1
PMID:40196004
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research paper | 该研究识别了一种先前未被认识的直接皮质-脑干回路，该回路在发育早期出现并持续到成年期，对成年运动控制至关重要 | 发现了一种新的皮质-脑干神经元（CBN），这些神经元在发育过程中通过表达神经肽Y（Npy）可被前瞻性识别，并揭示了它们在成年运动控制中的关键作用 | NA | 研究皮质-脑干回路在精细运动控制中的作用及其发育分子特征 | 皮质-脑干神经元（CBN）及其在脑干的投射 | 神经科学 | NA | FACS纯化和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6147 | 2025-04-25 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
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研究论文 | 本文提出了一种名为scMEDAL的框架，用于分析单细胞转录组数据，通过深度混合效应自编码器可视化批次效应 | scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，如预测细胞在不同批次中的表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混杂问题 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | scRNA-seq | 深度混合效应自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 6148 | 2025-04-25 |
Lineage Tracing Reveals Clone-Specific Responses to Doxorubicin in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643980
PMID:40166195
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research paper | 使用克隆追踪系统ClonMapper结合单细胞RNA测序技术，研究三阴性乳腺癌对阿霉素的克隆特异性反应 | 揭示了在阿霉素治疗过程中，三阴性乳腺癌中存在两种转录组学上不同的克隆亚群，且克隆对治疗的反应与克隆身份无关 | 研究仅基于模型系统，未涉及临床患者数据 | 阐明三阴性乳腺癌对阿霉素治疗的克隆特异性反应 | 三阴性乳腺癌模型 | digital pathology | breast cancer | scRNA-seq | NA | RNA sequencing data | NA |
| 6149 | 2025-04-25 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
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研究论文 | 通过空间和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫和基质微环境 | 首次全面绘制了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间分布图，并发现了与癌症相关的特定免疫浸润模式 | 研究样本可能有限，未明确说明样本数量，且结果需要进一步验证 | 探索成人皮肌炎中免疫和基质微环境与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确说明 |
| 6150 | 2025-04-25 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Mar-19, ArXiv
PMID:40166748
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research paper | 本文介绍了一种名为混沌学习的新颖多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中进行准确预测 | 首次提出混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入到交互式混沌动力系统中，实现对混沌系统的定量预测 | NA | 改变对混沌的传统认知，建立拓扑、混沌和学习之间的桥梁 | 混沌系统及其预测能力 | machine learning | NA | 多尺度拓扑拉普拉斯算子 | NA | 脑电波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集（10个脑电波数据集、4个基准蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集和1个图像数据集）以及Lorenz和Rossler吸引子两个混沌动力系统 |
| 6151 | 2025-04-25 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VISTA的新方法，用于预测空间转录组数据中未观测基因的表达水平 | VISTA通过变分推理和几何深度学习联合建模scRNA-seq数据和SST数据，并引入不确定性量化 | NA | 解决空间转录组技术中基因表达信息缺失的问题 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, SST | 几何深度学习 | 基因表达数据 | 四个SST数据集 |
| 6152 | 2025-04-25 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
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research paper | 该研究探讨了高同型半胱氨酸血症（HHcy）饮食模型中，星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型的性别特异性调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 研究HHcy诱导的小脑血管疾病中星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的影响 | C57BL/6J小鼠的星形胶质细胞和微胶质细胞 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNAseq） | 小鼠饮食模型 | 基因表达数据、免疫组织化学图像 | 7-8周龄的雄性和雌性C57BL/6J小鼠 |
| 6153 | 2025-04-25 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.15.643144
PMID:40166175
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研究论文 | 本研究通过分析全基因组DNA甲基化数据，识别了晚发性阿尔茨海默病的两种表观基因组亚型，并探讨了它们的细胞类型特异性和功能影响 | 首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出两种具有不同DNA甲基化模式的表观基因组亚型，并揭示了它们与特定小胶质细胞状态的关联 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映疾病发展过程中的动态变化 | 探索晚发性阿尔茨海默病的分子异质性，为精准医疗提供基础 | 晚发性阿尔茨海默病患者脑组织 | 表观遗传学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析、RNA测序（包括单细胞RNA测序） | 无监督聚类方法 | 表观遗传数据、转录组数据 | 三个独立队列共831例死后脑组织样本 |
| 6154 | 2025-04-25 |
High-throughput single cell -omics using semi-permeable capsules
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642805
PMID:40166174
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research paper | 介绍了一种基于半透性胶囊（SPCs）的高通量单细胞组学技术，用于多种核酸分析 | SPCs技术支持单细胞长期培养和克隆扩增，克服了液滴微流控系统的基本限制，提供了更高的转录本捕获效率 | NA | 开发一种高效、可扩展的单细胞组学技术，用于研究复杂和异质的生物系统 | 白细胞（特别是造血系统疾病患者的白细胞） | 单细胞组学 | 急性髓系白血病（AML） | 数字PCR、基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、基于FACS的分离 | NA | 核酸序列数据 | 造血系统疾病患者的白细胞样本 |
| 6155 | 2025-04-25 |
Intrinsic OASL expression licenses interferon induction during influenza A virus infection
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643375
PMID:40166309
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research paper | 该研究揭示了在甲型流感病毒(IAV)感染期间，固有OASL表达对干扰素诱导的关键作用 | 发现了ISGs（尤其是OASL）的固有表达在促进干扰素诱导中的新作用，并提供了关于先天免疫激活中细胞间异质性调控机制的新见解 | 研究主要关注IAV感染，其他病毒感染情况未涉及 | 识别决定细胞在病毒感染时产生干扰素能力差异的宿主因素 | 甲型流感病毒(IAV)感染的细胞 | 免疫学 | 流感 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6156 | 2025-04-25 |
Investigating pulmonary neutrophil responses to inflammation in mice via flow cytometry
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae189
PMID:39212489
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研究论文 | 本文描述了一种通过流式细胞术评估小鼠肺部中性粒细胞表型的详细实验方案 | 提供了一种详细的实验方案，用于评估由真菌细胞壁颗粒zymosan诱导的无菌炎症小鼠模型中的肺部中性粒细胞表型 | 实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型 | 探索中性粒细胞在肺部生理和病理条件下的复杂功能 | 小鼠肺部中性粒细胞 | NA | 肺部炎症 | 流式细胞术 | NA | 细胞表型数据 | 小鼠模型 |
| 6157 | 2025-04-25 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 介绍了一种名为scooby的框架，用于在单细胞分辨率下从DNA序列建模多模态基因组图谱 | 首个在单细胞分辨率下建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入图谱的框架，利用预训练的多组学预测模型Borzoi作为基础模型，并配备了细胞特异性解码器 | 未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞多模态技术的复杂性和数据稀疏性 | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，构建统一的基因调控模型 | 单细胞多模态基因组数据，包括scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析 | Borzoi, 细胞特异性解码器 | 基因组序列, 单细胞多模态数据 | 未明确提及具体样本数量，但应用于造血数据集 |
| 6158 | 2025-04-25 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示了一种潜在的激活嗅觉干细胞状态 | 结合基因表达和可及染色质图谱，识别了激活干细胞在细胞命运指定阶段的转录异质性，并发现了一组在受伤前就准备好激活的静息细胞 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | NA |
| 6159 | 2025-04-25 |
CSsingle: A Unified Tool for Robust Decomposition of Bulk and Spatial Transcriptomic Data Across Diverse Single-Cell References
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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研究论文 | 介绍了一种名为CSsingle的新方法，用于增强对大量和空间转录组数据的分解，解决细胞异质性的关键挑战 | CSsingle通过应用细胞大小校正（使用ERCC spike-in对照）来考虑细胞类型间RNA含量的变化，从而实现准确的大量数据反卷积，并支持空间转录组数据的精细分析 | NA | 提高对复杂生物系统和疾病过程的理解，特别是在肿瘤上皮可塑性方面 | 大量和空间转录组数据，以及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 食管腺癌（EAC）和Barrett食管 | ERCC spike-in对照，scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过700个正常和病变的胃食管组织样本 |
| 6160 | 2025-04-25 |
Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology
2025-Mar-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1
PMID:40162205
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research paper | 介绍了一个名为Thor的综合计算平台，用于空间转录组学和组织学图像的多模态分析 | Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效整合细胞形态与空间转录组学 | NA | 解决现有计算平台在基因组和图像分析无缝整合方面的不足 | 空间转录组学和组织学图像 | digital pathology | heart failure, breast cancer, bladder cancer | spatial transcriptomics, immunofluorescence staining, Visium HD | anti-shrinking Markov diffusion method | image, genomic data | in-house heart failure patient samples, mouse olfactory bulb, breast cancer samples, in-house bladder cancer sample |