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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6141 | 2026-03-19 |
The heart is a resident tissue for hematopoietic stem and progenitor cells in zebrafish
2024-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51920-7
PMID:39217144
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和高分辨率成像技术,揭示了斑马鱼心内膜是造血干细胞和祖细胞的常驻组织,并证明了心内膜对造血的贡献 | 首次在斑马鱼中证实心内膜能够产生并维持稳定的造血细胞群,特别是造血干细胞/祖细胞和巨核细胞-红系前体细胞,并揭示了其作为造血储备库的功能 | 研究主要基于斑马鱼模型,在哺乳动物中的适用性仍需进一步验证;对维持机制的探索尚未完全阐明所有依赖因素 | 探究心内膜细胞对造血谱系的贡献及其维持机制 | 斑马鱼心内膜细胞及相关的造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学与造血研究 | NA | 单细胞测序,高分辨率显微镜,光转换示踪实验,光片显微镜活体成像 | NA | 单细胞转录组数据,显微成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6142 | 2026-03-19 |
scCAD: Cluster decomposition-based anomaly detection for rare cell identification in single-cell expression data
2024-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51891-9
PMID:39215003
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研究论文 | 本文提出了一种基于聚类分解的异常检测方法scCAD,用于在单细胞表达数据中识别稀有细胞类型 | scCAD通过迭代分解聚类,基于每个聚类中最具差异的信号来有效分离稀有细胞类型,克服了现有方法在聚类阶段可能遗漏稀有细胞的问题 | NA | 开发一种新方法以在单细胞RNA测序数据中准确识别稀有细胞类型 | 单细胞表达数据中的稀有细胞类型 | 数字病理学 | 透明细胞肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 基于聚类分解的异常检测方法 | 单细胞表达数据 | 25个真实世界scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6143 | 2026-03-19 |
STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics
2024-08-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51728-5
PMID:39214995
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研究论文 | 本文提出了一种名为STIE的期望最大化算法,用于在基于原位捕获的空间转录组学中实现单细胞水平的去卷积、卷积和聚类 | STIE算法通过将空间转录组与匹配的组织学图像核形态对齐,从约70%的间隙区域恢复缺失细胞,实现了真实单细胞水平和全玻片尺度的分析 | NA | 解决原位捕获空间转录组学中固定大小和位置的斑点无法精确捕获随机分布单细胞的问题,实现单细胞水平转录组分析 | 空间转录组数据及其匹配的组织学图像 | 空间转录组学 | NA | 原位捕获空间转录组学 | 期望最大化算法 | 空间转录组数据、组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6144 | 2026-03-19 |
Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts
2024-Aug-02, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02062-3
PMID:39095854
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示了肝细胞癌的肿瘤异质性景观,识别了三种肿瘤细胞亚型,并发现S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的相互作用环路 | 首次通过整合52个单细胞RNA测序和5个空间转录组学数据,建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性景观,识别了三种肿瘤细胞亚型,并揭示了S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的正反馈环路 | 未明确提及样本的具体来源或数量限制,且研究主要基于现有数据分析,缺乏实验验证的详细描述 | 理解肝细胞癌的肿瘤异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用 | 肝细胞癌的肿瘤细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 整合分析方法,轨迹分析,富集分析 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 | 52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 6145 | 2026-03-19 |
Apolipoprotein L genes are novel mediators of inflammation in beta cells
2024-01, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-06033-z
PMID:37924378
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研究论文 | 本研究探讨了载脂蛋白L(APOL)基因家族在炎症诱导的胰岛β细胞损伤中的作用 | 首次发现APOL基因在人类胰岛β细胞中表达,并通过JAK-STAT通路上调,揭示了APOL1通过增加内质网应激调控细胞死亡的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型和单细胞转录组数据,体内功能验证和临床转化潜力仍需进一步探索 | 探究炎症导致β细胞功能障碍的分子机制 | 人类胰岛β细胞(包括EndoC-βH1细胞系和原代胰岛) | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量(使用公共数据集GSE218316及实验室生成数据) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6146 | 2026-03-19 |
Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology
2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572084
PMID:38187541
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STIE的算法,通过将空间转录组数据与匹配的组织学图像中的核形态对齐,实现单细胞水平的去卷积、卷积和聚类分析 | STIE算法首次通过核形态相似性和邻域信息,从斑点间高达约70%的间隙区域恢复缺失细胞,实现了真正的单细胞水平分析,超越了现有方法仅关注斑点大小提升的局限 | 算法依赖于匹配的组织学图像和核形态数据,可能受图像质量或配准误差影响,且在处理高度异质或重叠细胞时性能未完全评估 | 旨在解决基于斑点的空间转录组学中无法精确捕获单细胞转录组的问题,实现单细胞水平的分辨率提升 | 真实和模拟的空间转录组学数据,包括低分辨率和高分辨率斑点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | EM算法 | 图像、文本(转录组数据) | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6147 | 2026-03-19 |
Endogenous adenine mediates kidney injury in diabetic models and predicts diabetic kidney disease in patients
2023-10-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170341
PMID:37616058
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研究论文 | 本研究提出内源性腺嘌呤可能是糖尿病肾病(DKD)的致病因子,并探讨了尿腺嘌呤/肌酐比值(UAdCR)作为预测终末期肾病(ESKD)的机制性生物标志物的潜力 | 首次提出内源性腺嘌呤是DKD的致病因子,发现UAdCR可作为无大量白蛋白尿患者ESKD的预测生物标志物,并确定了腺嘌呤通过mTOR通路促进肾损伤的机制 | 研究主要基于观察性队列,因果关系需进一步实验验证;样本来自特定人群,结果外推需谨慎 | 探究内源性腺嘌呤在糖尿病肾病发生发展中的作用,并寻找预测DKD进展的机制性生物标志物 | 糖尿病患者(来自CRIC、SMART2D和美国印第安人研究)、糖尿病小鼠模型、肾小管细胞 | 代谢组学与转录组学 | 糖尿病肾病 | 空间代谢组学、单细胞转录组学 | NA | 尿液代谢物数据、空间代谢组数据、单细胞转录组数据 | 多个队列的糖尿病患者(具体人数未明确说明)、糖尿病小鼠模型 | NA | 空间代谢组学, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 6148 | 2026-03-19 |
Single-cell RNA sequencing identifies hippocampal microglial dysregulation in diet-induced obesity
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106164
PMID:36915697
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了高脂饮食诱导的肥胖对海马区小胶质细胞功能失调的影响及其与认知障碍的关联 | 利用单细胞转录组学分析,揭示了肥胖状态下海马小胶质细胞在细胞间通讯、免疫调节和蛋白质处理方面的动态变化机制 | 研究基于小鼠模型,其机制在人类中的适用性仍需进一步验证 | 探究肥胖诱导的认知障碍中海马小胶质细胞激活的精确分子机制 | 高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型中的海马小胶质细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6149 | 2026-03-19 |
Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma
2023-Jan-26, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00340-x
PMID:36702834
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研究论文 | 本研究通过多中心单细胞RNA测序,分析了快速进展型多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境特征 | 首次通过多中心协作的单细胞RNA测序研究,系统比较了快速进展与非进展多发性骨髓瘤患者的免疫微环境差异,并验证了不同研究中心数据的一致性 | 样本量相对有限(18名患者),且为横断面研究,无法确定观察到的细胞群变化与疾病进展的因果关系 | 探究多发性骨髓瘤快速进展的免疫微环境机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓CD138样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 48份骨髓样本(来自18名患者),共计102,207个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6150 | 2026-03-18 |
PANX1-mediated NLRP3 inflammasome activation promotes an adaptive doxorubicin resistance through IL-1β signaling in breast cancer
2026-May-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218387
PMID:41765358
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研究论文 | 本研究揭示了PANX1通过激活NLRP3炎症小体和IL-1β信号通路,促进乳腺癌对阿霉素产生适应性耐药的新机制 | 首次发现PANX1在乳腺癌化疗耐药中的关键作用,并阐明其通过NLRP3-IL-1β信号轴介导适应性耐药的分子机制 | 研究主要基于临床队列和动物模型,需要在更大规模的前瞻性临床试验中进一步验证PANX1作为生物标志物和治疗靶点的有效性 | 探究PANX1在乳腺癌化疗耐药中的作用机制,并评估其作为预测生物标志物和治疗靶点的潜力 | 乳腺癌患者队列、乳腺癌细胞系和动物模型 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、药理学抑制、基因敲低 | 动物模型、细胞模型 | 转录组数据、临床数据 | 患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6151 | 2026-03-18 |
Integrating histology and spatial transcriptomics via multimodal transformers and contrastive representation learning for accurate gene expression prediction
2026-Apr, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2026.105003
PMID:41763376
|
研究论文 | 本文提出了一种统一的多模态学习框架,通过结合组织学图像和空间转录组学数据,利用多模态Transformer和对比表示学习来准确预测基因表达 | 采用ResNet50卷积主干和MobileViT Transformer编码器提取层次视觉表示,并通过对比学习目标在共享潜在空间中对齐图像和转录组特征,显著提高了预测准确性 | NA | 从组织学图像预测空间基因表达,以理解组织结构和分子表型 | 人类肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | ResNet50, MobileViT Transformer | 图像, 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium数据集 |
| 6152 | 2026-03-18 |
Single-Atom Nanozyme Driven Lactate Reversal Fuels Oxidative Metabolism and Represses Lactylation to Heal Diabetic Wounds
2026-Mar-17, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c20192
PMID:41757688
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研究论文 | 本研究开发了一种磷掺杂单原子铁纳米酶(Fe@CN-P),用于通过乳酸氧化和ROS清除促进糖尿病伤口愈合 | 通过磷掺杂调控铁活性中心的电子密度,实现金属基纳米酶的高效乳酸氧化,并建立“逆转-再利用”代谢通路 | 未明确提及实验样本量或临床验证的局限性 | 设计具有精确电子调控和治疗功能的单原子纳米酶,以调节炎症并促进糖尿病伤口愈合 | 糖尿病伤口愈合过程中的乳酸代谢和线粒体活性 | 单细胞分析 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6153 | 2026-03-18 |
CRLF1 Secreted by Cardiac Fibroblasts Promotes Human Hypertrophic Cardiomyopathy
2026-Mar-17, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过整合分析肥厚型心肌病患者的组织样本,发现心脏成纤维细胞分泌的CRLF1是驱动心肌细胞肥大的关键旁分泌因子,揭示了HCM发病的非遗传性共同机制 | 首次鉴定出CRLF1作为HCM的通用致病因子,跨越遗传异质性患者,提供了一种新的非遗传性旁分泌机制解释 | 研究主要基于手术切除的梗阻性HCM患者样本,可能不适用于所有HCM亚型;动物模型为Myh6 R404Q/+小鼠,与人类疾病存在物种差异 | 探究肥厚型心肌病的统一分子基础,寻找跨越遗传异质性的共同致病通路 | 269名接受手术心肌切除术的梗阻性HCM患者的肥厚室间隔组织,以及Myh6 R404Q/+小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 肥厚型心肌病 | 靶向肌节基因筛查、bulk RNA测序、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、生化检测、功能获得与缺失研究 | NA | 基因序列数据、RNA表达数据、单细胞转录组数据 | 269名HCM患者组织样本及小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6154 | 2026-03-18 |
A malignant subpopulation of H2AFZ+ cells interacts with myeloid cells to promote an anti-inflammatory microenvironment and drive hepatic metastasis, revealing an immunotherapeutic strategy for pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Mar-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3359
PMID:41837750
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了胰腺导管腺癌中与肝转移相关的恶性亚群及其与免疫抑制微环境的相互作用,并提出了针对PDCD1和LAG3的联合免疫治疗策略 | 识别出与肝转移风险相关的恶性亚群H2AFZ+细胞,并发现其在肝转移中促进抗炎微环境,首次提出针对PDCD1和LAG3的联合疗法在转移性PDAC小鼠模型中有效抑制肿瘤生长 | 研究主要基于测序数据和动物模型,临床转化效果需进一步验证,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 阐明胰腺导管腺癌肝转移的细胞和分子机制,并开发新的治疗策略 | 胰腺导管腺癌患者的原发肿瘤和肝转移组织,以及小鼠转移模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 图像数据 | 数百名患者的组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6155 | 2026-03-18 |
Spatial transcriptomic map of the mouse urinary bladder
2026-Mar-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-42931-z
PMID:41840076
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研究论文 | 本研究利用Visium HD技术构建了小鼠膀胱的空间转录组图谱,以近单细胞分辨率揭示了膀胱主要组织区域的基因表达模式 | 首次以8×8微米分辨率绘制小鼠膀胱空间转录组图谱,发现平滑肌存在四个空间簇,与传统单细胞RNA测序的单簇识别形成对比 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类膀胱组织;空间分辨率虽高但未达到完全单细胞水平 | 构建小鼠膀胱的空间转录组图谱以补充传统组织学和单细胞RNA测序的不足 | 小鼠膀胱组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 66,471个空间区域(bins)和9,364个基因 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD技术,使用8×8微米空间区域 |
| 6156 | 2026-03-18 |
Mast cell-derived MIF Polarizes Th17 cells to drive lung adenocarcinoma progression
2026-Mar-14, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04358-3
PMID:41831036
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研究论文 | 本研究揭示了肥大细胞通过分泌MIF极化Th17细胞,从而驱动肺腺癌进展的新机制 | 首次阐明了肥大细胞通过MIF信号轴极化Th17细胞促进肺腺癌进展的具体机制,并确定了MC-MIF-Th17轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于回顾性临床数据和动物模型,需要在更大规模的前瞻性临床队列中进一步验证 | 探究肺腺癌肿瘤微环境中肥大细胞与Th17细胞的相互作用机制及其在疾病进展中的作用 | 肺腺癌患者组织样本、小鼠原位肺癌模型、体外共培养系统 | 数字病理学 | 肺癌 | 多重免疫组化染色、单细胞RNA测序、空间转录组学分析 | NA | 图像、转录组数据、临床数据 | 肺腺癌患者组织样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6157 | 2026-03-18 |
Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration enhances cell type resolution and discovery of clinically relevant states in complex tissues
2026-Mar-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04002-4
PMID:41821037
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研究论文 | 本文系统评估了单细胞多模态数据整合策略,以肾脏为例,提升复杂组织中细胞类型的分辨率和临床相关状态的发现 | 开发了可解释的机器学习工具scOMM,用于细胞身份对齐和整合策略评估,并首次在肾脏图谱中识别出WFDC2表达厚升支和Norn细胞等罕见细胞类型 | 研究主要基于肾脏和心脏组织,可能未覆盖所有复杂组织类型,且样本量相对有限 | 评估单细胞多模态数据整合策略,以增强复杂组织中细胞类型的分辨率和发现临床相关状态 | 肾脏皮质和心脏组织中的单细胞和单核多模态数据 | 单细胞分析 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq | 机器学习 | 单细胞多模态数据 | 119,744个高质量核/细胞,来自19名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 6158 | 2026-03-18 |
Identification of altered immune landscape at single-cell resolution in NSCLC brain metastasis and its association with poor immune checkpoint inhibitor responses
2026-03-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70715-6
PMID:41807427
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了非小细胞肺癌脑转移中免疫景观的改变及其与免疫检查点抑制剂反应不良的关联 | 首次在单细胞分辨率下描绘了NSCLC脑转移的免疫景观,并识别出与免疫治疗反应相关的七基因脑转移免疫特征 | 研究样本量相对有限,且机制验证仍需进一步实验 | 探究NSCLC脑转移中免疫抑制机制及免疫治疗反应降低的原因 | 非小细胞肺癌的原发肿瘤和脑转移灶中的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 101,959个肿瘤浸润免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6159 | 2026-03-18 |
Epilepsy-associated FOXJ3 variants link a transcriptional program of the PTEN-mTOR pathway to neuronal specification and cortical lamination
2026-03-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69241-2
PMID:41803108
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研究论文 | 本文发现FOXJ3基因的致病性变异与常染色体显性局灶性癫痫和局灶性皮质发育不良相关,并揭示了FOXJ3通过调控PTEN-mTOR通路在神经元分化和皮质层化中的作用 | 首次将FOXJ3基因变异与局灶性皮质发育不良和癫痫联系起来,并阐明其通过转录调控PTEN-mTOR通路影响神经元迁移和皮质结构 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本的验证和临床相关性需进一步探索 | 探究局灶性皮质发育不良和癫痫的分子机制,特别是FOXJ3基因变异在其中的作用 | FOXJ3基因变异患者、小鼠大脑皮质、神经祖细胞和神经元 | 神经科学 | 癫痫 | ChIP-seq, scRNA-seq, 子宫内电穿孔 | NA | 基因组数据、单细胞RNA测序数据、染色质免疫沉淀测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6160 | 2026-03-18 |
Ribosomal modifications are associated with mesenchymal fate selection in the neural crest lineage
2026-03-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70375-6
PMID:41803115
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了核糖体RNA修饰和核糖体组装因子在神经嵴细胞间充质命运选择中的关键作用,并探讨了其在神经母细胞瘤中的临床意义 | 首次将特定的rRNA修饰(如U1248位点的m¹acp³ψ)和核糖体组装因子(EMG1、NHP2、TSR3)与神经嵴细胞的间充质命运决定直接关联,并发现这些机制在神经母细胞瘤的肿瘤进展中具有保守功能 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系实验,在人类发育中的直接验证尚不充分;神经母细胞瘤患者数据的分析为相关性研究,因果关系需进一步验证 | 探究核糖体修饰和组装在神经嵴细胞命运决定和肿瘤进展中的作用机制 | 神经嵴细胞、颅面发育、神经母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | 神经母细胞瘤 | Smart-seq2单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、患者临床数据 | 未明确说明具体样本数量,包括小鼠模型、细胞系和神经母细胞瘤患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞转录组测序技术 |