单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28846 篇文献，本页显示第 6141 - 6160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6141 | 2024-11-15 |
Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments
2024-Nov-08, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10053-2
PMID:39514125
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6142 | 2025-02-06 |
ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm
2024-Nov-07, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10050-5
PMID:39508893
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与腹主动脉瘤（AAA）中CD4+ T细胞浸润相关的生物标志物，特别是NUPR1基因 | 首次将NUPR1基因与AAA中CD4+ T细胞浸润联系起来，并验证了其在血管平滑肌细胞中的表达及其对AAA直径的影响 | 研究主要依赖于GEO数据库的现有数据，且实验验证部分样本量可能有限 | 识别与AAA中CD4+ T细胞浸润相关的分子标志物，以提高AAA的诊断和治疗策略 | 腹主动脉瘤（AAA）患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qPCR，免疫组化，免疫荧光 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 6143 | 2025-02-06 |
Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion
2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03851-x
PMID:39487896
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研究论文 | 本文研究了肿瘤细胞上的Ly6E如何通过影响肿瘤微环境中的M2巨噬细胞来抑制抗肿瘤T细胞反应 | 首次揭示了Ly6E通过促进M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的积累，导致CD8+ T细胞排斥的免疫调节机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探讨Ly6E在肿瘤微环境中的免疫调节机制及其对癌症免疫治疗的影响 | 人类乳腺癌组织和肿瘤细胞系，以及小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类乳腺癌组织样本、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 |
| 6144 | 2025-02-06 |
Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries
2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG
IF:3.7Q2
DOI:10.1038/s41431-024-01564-4
PMID:38565638
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评论 | 本文讨论了在低收入和中等收入国家（LMICs）中采用单细胞RNA测序技术的障碍及其克服方法 | 强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性，并提出了在LMICs中建立、扩展和采用单细胞测序研究的合作努力 | 未具体提及研究的局限性 | 探讨如何在低收入和中等收入国家中克服单细胞RNA测序技术的采用障碍 | 低收入和中等收入国家的研究人员和捐赠者 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6145 | 2025-02-06 |
Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model
2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05952-7
PMID:39294534
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建了一个与线粒体自噬相关基因（MRGs）的诊断模型，旨在提高对疾病发病机制的理解并改善早期诊断和治疗 | 通过单细胞RNA测序数据提取MRGs，并基于细胞间相互作用数据构建网络图，利用机器学习算法构建临床预后模型，并通过大量临床数据进行验证和优化 | NA | 提高对宫颈癌发病机制的理解并改善早期诊断和治疗 | 宫颈癌患者和对照组的基因组数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、差异基因表达分析、通路富集分析 | 机器学习算法 | 基因表达谱、单核苷酸多态性（SNP）数据 | NA |
| 6146 | 2025-02-06 |
Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.03.583179
PMID:38496477
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研究论文 | 本文提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据 | Sunbear框架能够填补单细胞时间序列数据中的缺失，对齐多数据集和多模态数据，并预测缺失模态的单细胞数据 | 由于单细胞测量的破坏性，无法捕捉特定细胞的完整时间轨迹 | 研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞时间序列数据的建模 | 小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | Sunbear | 单细胞时间序列数据 | NA |
| 6147 | 2025-02-06 |
Stem-like T cells in cancer and autoimmunity
2024-08, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13356
PMID:38804499
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综述 | 本文综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其发现背景 | 综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的双重作用，并探讨了微生物群和代谢对干细胞样T细胞池的影响 | NA | 探讨干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其临床治疗策略 | 干细胞样T细胞 | NA | 癌症, 自身免疫 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 谱系追踪技术 | NA | NA | NA |
| 6148 | 2025-02-06 |
BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae432
PMID:39242194
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研究论文 | 本文提出了一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架（BANMF-S），用于单细胞RNA测序数据中的技术零值填补 | BANMF-S通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络，结合外部PPI网络和最小生成树，增强潜在空间中相似基因和细胞对的一致性，并采用分块策略通过分布式随机梯度下降法加速优化 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的技术零值问题，提高下游聚类和伪轨迹推断的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 公开可用的数据集，具体样本数量未明确说明 |
| 6149 | 2025-02-06 |
Preoperative electroacupuncture versus sham electroacupuncture for the treatment of postoperative ileus after laparoscopic surgery for colorectal cancer in China: a study protocol for a multicentre, randomised, sham-controlled trial
2024-07-05, BMJ open
IF:2.4Q1
DOI:10.1136/bmjopen-2023-083460
PMID:38969370
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研究论文 | 本研究旨在评估术前电针与假电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻（POI）的治疗效果 | 采用多中心、随机、假对照试验设计，结合单细胞RNA测序技术探讨电针治疗POI的机制 | 样本量较小（80例患者），且仅在中国进行，可能限制结果的普遍性 | 评估术前电针对POI恢复的促进作用 | 结直肠癌腹腔镜手术后出现POI的患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、RNA测序数据 | 80例患者 |
| 6150 | 2025-02-06 |
Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07563-1
PMID:38898271
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度方法，利用转录组信息和空间上下文在亚细胞水平自动分类细胞类型 | 首次提出直接利用亚细胞分辨率的转录组信息进行细胞类型注释的方法，并通过拓扑管道识别细胞空间关系 | 依赖于转录组数据的质量和空间分辨率，可能受限于样本的异质性 | 开发一种在亚细胞水平自动分类细胞类型的方法，并应用于人类肾脏组织和小鼠免疫细胞 | 人类肾脏组织和小鼠免疫细胞 | 空间转录组学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组技术 | 多尺度拓扑方法 | 转录组数据和空间数据 | 人类肾脏组织和小鼠免疫细胞样本 |
| 6151 | 2025-02-06 |
Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges
2024-Apr-30, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09553-y
PMID:38689046
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学技术的最新进展，包括技术方法、工作流程、数据处理统计方法及其潜在应用和挑战 | 介绍了单细胞转录组学技术的最新进展，包括空间转录组学和多组学的切入点 | 单细胞测序技术的高成本和技术限制最初阻碍了其广泛应用 | 探讨单细胞转录组学技术的应用、机会和挑战 | 单细胞转录组学技术及其应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 6152 | 2025-02-06 |
Maternal factor Trim75 contributes to zygotic genome activation program in mouse early embryos
2024-Apr-20, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09349-0
PMID:38643284
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研究论文 | 本研究探讨了母源因子Trim75在小鼠早期胚胎合子基因组激活（ZGA）中的作用 | 首次将Trim75识别为次要ZGA的潜在驱动因子，并揭示了其通过招募EP300和建立H3K27ac在基因体内促进哺乳动物胚胎植入前发育的机制 | 研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，未直接在人类胚胎中验证Trim75的功能 | 阐明母源因子在哺乳动物合子基因组激活中的作用 | 小鼠早期胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 基于已发表的小鼠胚胎干细胞单细胞RNA测序数据 |
| 6153 | 2025-02-06 |
Immune microniches shape intestinal Treg function
2024-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07251-0
PMID:38570678
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研究论文 | 本文研究了肠道免疫系统中T调节细胞（Treg）功能的空间机制，特别是在耐受和炎症条件下的微环境作用 | 通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肠道固有层中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化 | 研究主要聚焦于Helicobacter hepaticus反应性T细胞，可能不适用于其他微生物或抗原的反应 | 探索肠道免疫系统中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化 | Helicobacter hepaticus反应性T细胞 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA |
| 6154 | 2025-02-06 |
Single-cell analysis reveals the transcriptional alterations in the submandibular glands of aged mice
2024-03, Journal of oral biosciences
IF:2.6Q1
DOI:10.1016/j.job.2023.12.002
PMID:38142941
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了成年和老年小鼠颌下腺中各类细胞基因表达的变化 | 首次在单细胞水平上分析了老年小鼠颌下腺的基因表达变化，揭示了细胞衰老标志物的表达增加与唾液腺老化的关联 | 研究仅局限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨MHC I类分子表达增加的具体机制 | 探讨老年小鼠颌下腺细胞基因表达的变化及其与唾液腺老化的关系 | 成年和老年小鼠的颌下腺细胞 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 成年和老年小鼠的颌下腺细胞样本 |
| 6155 | 2025-02-06 |
COL6A3 enhances the osteogenic differentiation potential of BMSCs by promoting mitophagy in the osteoporotic microenvironment
2024-Jan-25, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-023-08918-z
PMID:38270688
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研究论文 | 本研究探讨了COL6A3基因在骨质疏松微环境中通过促进线粒体自噬增强骨髓间充质干细胞（BMSCs）成骨分化潜力的机制 | 首次揭示了COL6A3基因通过促进线粒体自噬来增强BMSCs在骨质疏松微环境中的成骨分化能力，为骨质疏松的干细胞治疗提供了新的策略 | 研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且未探讨COL6A3在其他疾病模型中的作用 | 探讨COL6A3基因在骨质疏松微环境中对BMSCs成骨分化的影响及其机制 | 骨髓间充质干细胞（BMSCs） | 细胞生物学 | 骨质疏松 | 单细胞测序、Western blotting、免疫荧光、TUNEL检测、JC-1染色 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞图像数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及BMSCs的体外实验 |
| 6156 | 2025-02-06 |
Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia
2024-Jan-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176479
PMID:37971878
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，识别了良性前列腺增生（BPH）中可能的基质驱动因子 | 首次通过激光显微切割和转录组分析，识别了BPH基质中可能介导前列腺腺体上皮诱导的分泌因子，特别是IGF1和CXCL13 | 研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证 | 探索良性前列腺增生的基质驱动因子及其分子机制 | 良性前列腺增生（BPH）的基质和腺体上皮 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 激光显微切割，转录组分析，RNA原位杂交，3D培养 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6157 | 2025-02-06 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics
2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.21.23295864
PMID:37790472
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素 | 首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证 | 研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性 | 揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点 | 前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化（MR）、空间转录组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | 基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统 |
| 6158 | 2025-02-06 |
MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1260
PMID:36631981
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研究论文 | 本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析 | MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白 | NA | 开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个公开数据集中的多种细胞类型 |
| 6159 | 2025-02-06 |
Targeting Epsins to Inhibit Fibroblast Growth Factor Signaling While Potentiating Transforming Growth Factor-β Signaling Constrains Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis
2023-02-21, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了epsin内吞适配蛋白在动脉粥样硬化中促进内皮-间质转化（EndoMT）的分子机制，并评估了一种治疗性肽在动脉粥样硬化临床前模型中的疗效 | 揭示了epsin通过增加转化生长因子-β信号传导促进动脉粥样硬化中的EndoMT，并提出了一种通过减少epsin-成纤维细胞生长因子受体-1相互作用来抑制EndoMT的新型治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨epsin在动脉粥样硬化中促进EndoMT的分子机制，并评估治疗性肽的疗效 | Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子、细胞和生化分析 | NA | RNA测序数据、分子和细胞数据 | Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型 |
| 6160 | 2025-02-06 |
Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury
2023-Jan-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157837
PMID:36472908
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法，描述了COVID-19肺炎中不同组织损伤区域的细胞、通路和基因，揭示了免疫细胞信号回路与组织损伤的关系 | 首次使用空间转录组学方法在COVID-19肺炎中识别出与组织损伤相关的免疫细胞信号回路，并验证了这些发现在其他患者队列中的普遍性 | 样本量较小，仅包括3名患者的肺组织样本，可能存在一定的异质性 | 研究COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞之间的复杂相互作用，揭示组织损伤的免疫机制 | COVID-19患者的肺组织样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 3名患者的46个感兴趣区域，覆盖超过62,000个细胞 |