单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 6121 - 6140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6121 | 2025-10-06 |
ER stress and lipid imbalance drive diabetic embryonic cardiomyopathy in an organoid model of human heart development
2024-03-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.01.003
PMID:38335962
|
研究论文 | 利用人类心脏类器官模型研究糖尿病胚胎心肌病的发病机制 | 首次使用先进的人类心脏类器官系统模拟胚胎心脏发育过程，揭示内质网应激和脂质代谢失衡在糖尿病胚胎心肌病中的关键作用 | 基于类器官模型的研究结果仍需在真实人类胚胎组织中验证 | 探究糖尿病对胚胎心脏发育的影响机制 | 人类心脏类器官 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序, 脂质组学, 成像技术 | 类器官模型 | 基因表达数据, 脂质组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6122 | 2025-10-06 |
SinCMat: A single-cell-based method for predicting functional maturation transcription factors
2024-02-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.12.006
PMID:38215756
|
研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序的计算方法SinCMat，用于预测功能成熟转录因子 | 首个专门考虑功能细胞成熟过程的计算方法，通过识别身份转录因子和信号依赖转录因子的配对来驱动功能成熟 | NA | 预测驱动细胞功能成熟的转录因子 | 小鼠细胞图谱和Tabula Sapiens数据库中的细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大规模数据集（Mouse Cell Atlas和Tabula Sapiens） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6123 | 2025-10-06 |
Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture
2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.28.550873
PMID:37546772
|
研究论文 | 本研究评估了使用统一方案在不同研究地点生成的人类皮质类器官的表型可重复性 | 首次系统评估了跨研究地点使用统一分化方案生成人类皮质类器官的表型可重复性 | 存在脱靶分化、坏死核心和细胞应激等类器官模型固有局限性 | 评估人类皮质类器官在不同研究地点的表型可重复性 | 人类皮质类器官 | 发育生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,3D荧光成像,相差成像,qPCR,流式细胞术 | 人类皮质类器官模型 | 基因表达数据,图像数据 | 来自一个iPSC细胞系生成的hCOs，三个独立研究组参与 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6124 | 2025-10-06 |
Endogenous Retroelement Activation is Implicated in Interferon-α Production and Anti-Cyclic Citrullinated Peptide Autoantibody Generation in Early Rheumatoid Arthritis
2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43083
PMID:39681508
|
研究论文 | 本研究首次在早期类风湿关节炎中探讨内源性逆转录元件表达与干扰素-α产生及抗环瓜氨酸肽自身抗体生成的关系 | 首次在早期类风湿关节炎中系统研究内源性逆转录元件表达，发现其与干扰素-α产生和抗环瓜氨酸肽自身抗体的潜在因果关系 | 样本量相对有限，疾病早期阶段研究需进一步验证 | 探讨内源性逆转录元件在早期类风湿关节炎发病机制中的作用 | 早期类风湿关节炎患者、早期银屑病关节炎患者、骨关节炎患者的血液和滑膜组织样本 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 逆转录聚合酶链反应, NanoString, 流式细胞术, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | 早期类风湿关节炎滑膜组织样本22例，全血样本56例，另包括早期银屑病关节炎和骨关节炎对照样本 | NanoString | 基因表达分析 | NanoString | NA |
| 6125 | 2025-10-06 |
Association of Synovial Innate Immune Exhaustion With Worse Pain in Knee Osteoarthritis
2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43089
PMID:39690716
|
研究论文 | 本研究探讨膝关节骨关节炎疼痛与滑膜先天免疫细胞耗竭的关联 | 首次发现滑膜先天免疫细胞耗竭与更严重疼痛相关，揭示了免疫调节性巨噬细胞功能失调在OA疼痛中的新机制 | 样本量相对有限（单细胞RNA测序仅8例），需更大规模研究验证 | 识别与膝关节OA更严重疼痛相关的滑膜先天免疫细胞亚群和病理生理机制 | 122例轻度至重度膝关节OA疼痛患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 空间转录组学,空间蛋白质组学,单细胞RNA测序 | NA | 组织切片,基因表达数据,蛋白质数据 | 122例患者（组织学分析），32例（空间组学），8例（单细胞测序） | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6126 | 2025-10-06 |
Co-targeting of epigenetic regulators and BCL-XL improves efficacy of immune checkpoint blockade therapy in multiple solid tumors
2025-May-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02352-4
PMID:40442785
|
研究论文 | 本研究开发了一种联合表观遗传调节剂、BCL-XL抑制剂和免疫检查点阻断的三联疗法，在多种实体瘤模型中显示出显著抗肿瘤效果 | 发现实体瘤对表观遗传药物与BCL-XL抑制剂的联合治疗具有独特依赖性，并首次将这种组合与免疫检查点阻断联合应用 | 研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索表观遗传调节剂与促凋亡药物联合治疗在实体瘤中的疗效机制 | 人类和小鼠实体瘤细胞系，包括肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤和胶质母细胞瘤 | 肿瘤免疫学 | 多种实体瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 大量来自患者和小鼠模型的实体瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6127 | 2025-10-06 |
Mendelian randomization reveals limited causal effects of genetic variants on cervical cancer risk: insights from immune cell populations
2025-May-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02819-2
PMID:40439950
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化方法评估免疫细胞相关遗传变异与宫颈癌风险的因果关系 | 首次系统评估免疫细胞亚群遗传变异对宫颈癌风险的因果效应 | 仅发现弱相关性，遗传效应有限 | 探究免疫细胞遗传变异与宫颈癌风险的因果关系 | 宫颈癌患者和免疫细胞亚群 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序 | 逆方差加权, MR-Egger, 简单中位数, 加权中位数 | 遗传数据, 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6128 | 2025-10-06 |
Identification of novel therapeutic targets in hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy using scRNA-seq and machine learning
2025-May-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03625-0
PMID:40442195
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习识别了乙型肝炎病毒相关膜性肾病中的新型治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法揭示miR-223-3p通过调控CRIM1表达在HBV-MN发病机制中的关键作用 | NA | 阐明miR-223-3p和CRIM1在乙型肝炎病毒相关膜性肾病中的分子机制 | 乙型肝炎病毒相关膜性肾病患者的足细胞 | 机器学习 | 乙型肝炎病毒相关膜性肾病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 双荧光素酶报告基因检测 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6129 | 2025-10-06 |
Disulfide bond-related gene signature development for bladder cancer prognosis prediction and immune microenvironment characterization
2025-May-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03974-w
PMID:40442298
|
研究论文 | 开发基于二硫键相关基因特征的膀胱癌预后预测模型并表征免疫微环境特征 | 首次构建二硫键相关预后特征模型，整合十种机器学习算法，通过单细胞RNA测序揭示细胞亚型特异性表达模式 | NA | 开发膀胱癌预后预测模型并分析免疫微环境特征 | 膀胱癌患者和膀胱癌细胞系 | 机器学习 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR | StepCox[backward]算法 | 基因表达数据 | TCGA和GEO队列数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6130 | 2025-10-06 |
Elucidating the Prognostic and Therapeutic Implications of Insulin Resistance Genes in Breast Cancer: A Machine Learning-Powered Analysis
2025-May-13, Biology
DOI:10.3390/biology14050539
PMID:40427728
|
研究论文 | 本研究利用机器学习算法构建基于胰岛素抵抗相关基因的乳腺癌预后模型 | 首次开发基于七个胰岛素抵抗枢纽基因的预后特征，并在多个独立队列中验证其预测能力 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步前瞻性研究验证 | 阐明胰岛素抵抗基因在乳腺癌中的预后和治疗意义 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，机器学习算法 | 机器学习预后模型 | 基因表达数据 | METABRIC和三个GSE数据集的多队列验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6131 | 2025-10-06 |
Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore
2025-May-11, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15050701
PMID:40427594
|
综述 | 本文系统总结了酵母孢子休眠与复苏的分子机制和生物物理特性 | 整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和活细胞成像等多学科方法，揭示细胞质流动性在休眠调控中的新作用 | 主要基于酵母模型的研究发现，在其他生物系统中的普适性仍需验证 | 阐明细胞休眠状态与增殖状态转换的分子和生物物理机制 | 酵母孢子及其他休眠生物系统 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学分析, 活细胞成像 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6132 | 2025-10-06 |
Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf239
PMID:40439669
|
研究论文 | 评估六种分布外检测方法在单细胞转录组学数据偏移中的表现 | 首次将计算机视觉领域的分布外检测方法应用于单细胞转录组学中的新细胞类型识别和数据偏移检测 | 仅评估了六种OOD方法，未涵盖所有可能的检测方法 | 提高单细胞转录组学中细胞类型自动注释的准确性和可靠性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6133 | 2025-10-06 |
scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf243
PMID:40439670
|
研究论文 | 开发了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现 | 提出了一种新颖的特征提取算法，通过特征子集训练和重要性评估来选择top-K特征，显著降低了计算资源需求 | NA | 开发低计算资源需求的单细胞分析平台 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络(DNN) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | scaLR平台 | 基于Python的单细胞分析平台，支持数据处理、特征提取、训练、评估和下游分析 |
| 6134 | 2025-10-06 |
Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis
2025-Apr-28, Biology
DOI:10.3390/biology14050486
PMID:40427675
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据揭示预测膀胱癌预后的内皮细胞转化特征 | 发现了一种新的内皮细胞转化特征，识别了关键的尖端到毛细血管内皮细胞亚群，并构建了优于现有31个模型的膀胱癌预后预测模型 | NA | 研究内皮细胞在肿瘤进展中的作用，特别是尖端内皮细胞在出芽后的转化过程 | 内皮细胞，特别是尖端到毛细血管内皮细胞亚群 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组分析 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据，批量转录组数据 | TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 6135 | 2025-10-06 |
FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis
2025-Apr-26, Biology
DOI:10.3390/biology14050479
PMID:40427668
|
研究论文 | 开发了一种用于肺纤维化单细胞注释的加权字典驱动模型FPCAM | 基于R Shiny平台构建，利用上调标记基因矩阵和手动整理的肺纤维化特异性基因-细胞关联词典，通过相似性矩阵构建和优化匹配算法实现自动化细胞类型注释 | NA | 解决单细胞RNA测序中细胞类型注释的准确性问题 | 肺纤维化相关的单细胞数据 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 加权字典驱动模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6136 | 2025-10-06 |
Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf052
PMID:40440093
|
研究论文 | 提出一种自动化投影追踪聚类方法，用于缓解高维生物数据中的维度灾难问题 | 通过顺序投影将高维数据降维表示，有效克服传统聚类算法在高维空间性能下降的问题 | NA | 开发适用于多种生物数据模态的无监督聚类方法 | 高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学和单细胞组学数据 | 机器学习 | NA | 无监督聚类，投影追踪 | 自动化投影追踪(APP) | 高维生物数据 | NA | NA | 流式细胞术,质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,多重成像,T细胞受体谱分析 | NA | NA |
| 6137 | 2025-10-06 |
A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141
PMID:40443528
|
研究论文 | 本研究构建了基于谷氨酰胺代谢基因的GLMscore评分系统，用于结直肠癌预后预测和免疫治疗反应评估 | 首次整合多组学数据构建谷氨酰胺代谢相关基因评分系统，并系统评估其在肿瘤微环境、免疫治疗反应和微生物组方面的预测价值 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证GLMscore的临床实用性 | 开发结直肠癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 16S rRNA基因测序, 组织成像分析 | 基因特征评分模型 | 基因表达数据, 微生物组数据, 病理图像数据 | 多个队列的结直肠癌患者样本（包括训练队列和验证队列） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组测序 | NA | NA |
| 6138 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296
PMID:40443657
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示黄韧带肥厚中成纤维细胞和内皮细胞的谱系特异性调控改变 | 首次在黄韧带肥厚中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群，并发现间充质成纤维细胞亚群在肥厚黄韧带中显著增加 | 未明确说明样本数量和研究人群特征，功能验证可能不足 | 建立黄韧带的单细胞图谱，识别腰椎管狭窄症药物治疗的高优先级靶点 | 黄韧带组织中的成纤维细胞和内皮细胞 | 单细胞基因组学 | 腰椎管狭窄症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6139 | 2025-10-06 |
TSPAN4+ fibroblasts coordinate metastatic niche assembly through migrasome-driven metabolic reprogramming and stromal-immune crosstalk in pancreatic adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1594879
PMID:40443671
|
研究论文 | 本研究揭示了TSPAN4+成纤维细胞通过迁移体驱动的代谢重编程和基质-免疫串扰协调胰腺癌转移生态位组装的关键机制 | 首次发现TSPAN4+成纤维细胞作为胰腺癌转移的关键调节因子，通过迁移体介导的代谢重编程和基质-免疫细胞相互作用促进转移生态位形成 | 研究主要基于胰腺癌组织分析，需要进一步验证其他癌症类型中的普适性 | 探索迁移体相关成纤维细胞在胰腺癌转移中的作用机制，为靶向肿瘤微环境的治疗策略提供新思路 | 胰腺癌组织和肿瘤微环境中的细胞成分 | 单细胞生物学, 空间转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, siRNA转染, qRT-PCR | Seurat, Monocle, CellCall, CellChat, RCTD, MISTy | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 功能实验数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胰腺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6140 | 2025-10-06 |
Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085
PMID:40443661
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建犬类自然杀伤细胞图谱，识别循环和组织驻留基因特征的差异 | 首次在犬类中系统比较不同组织自然杀伤细胞的基因表达特征，并与人类进行跨物种比较 | 样本来源仅限于血液、肺、肝、脾和胎盘组织 | 表征犬类和人类自然杀伤细胞的基因表达差异，包括个体发育、异质性、激活模式和组织驻留特征 | 犬类和人类的自然杀伤细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个组织样本（血液、肺、肝、脾、胎盘） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |