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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 6121 - 6140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6121 | 2025-10-06 |
Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore
2025-May-11, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15050701
PMID:40427594
|
综述 | 本文系统总结了酵母孢子休眠与复苏的分子机制和生物物理特性 | 整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和活细胞成像等多学科方法，揭示细胞质流动性在休眠调控中的新作用 | 主要基于酵母模型的研究发现，在其他生物系统中的普适性仍需验证 | 阐明细胞休眠状态与增殖状态转换的分子和生物物理机制 | 酵母孢子及其他休眠生物系统 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学分析, 活细胞成像 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6122 | 2025-10-06 |
Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf239
PMID:40439669
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研究论文 | 评估六种分布外检测方法在单细胞转录组学数据偏移中的表现 | 首次将计算机视觉领域的分布外检测方法应用于单细胞转录组学中的新细胞类型识别和数据偏移检测 | 仅评估了六种OOD方法，未涵盖所有可能的检测方法 | 提高单细胞转录组学中细胞类型自动注释的准确性和可靠性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6123 | 2025-10-06 |
scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf243
PMID:40439670
|
研究论文 | 开发了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现 | 提出了一种新颖的特征提取算法，通过特征子集训练和重要性评估来选择top-K特征，显著降低了计算资源需求 | NA | 开发低计算资源需求的单细胞分析平台 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络(DNN) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | scaLR平台 | 基于Python的单细胞分析平台，支持数据处理、特征提取、训练、评估和下游分析 |
| 6124 | 2025-10-06 |
Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis
2025-Apr-28, Biology
DOI:10.3390/biology14050486
PMID:40427675
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据揭示预测膀胱癌预后的内皮细胞转化特征 | 发现了一种新的内皮细胞转化特征，识别了关键的尖端到毛细血管内皮细胞亚群，并构建了优于现有31个模型的膀胱癌预后预测模型 | NA | 研究内皮细胞在肿瘤进展中的作用，特别是尖端内皮细胞在出芽后的转化过程 | 内皮细胞，特别是尖端到毛细血管内皮细胞亚群 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组分析 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据，批量转录组数据 | TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 6125 | 2025-10-06 |
FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis
2025-Apr-26, Biology
DOI:10.3390/biology14050479
PMID:40427668
|
研究论文 | 开发了一种用于肺纤维化单细胞注释的加权字典驱动模型FPCAM | 基于R Shiny平台构建，利用上调标记基因矩阵和手动整理的肺纤维化特异性基因-细胞关联词典，通过相似性矩阵构建和优化匹配算法实现自动化细胞类型注释 | NA | 解决单细胞RNA测序中细胞类型注释的准确性问题 | 肺纤维化相关的单细胞数据 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 加权字典驱动模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6126 | 2025-10-06 |
Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf052
PMID:40440093
|
研究论文 | 提出一种自动化投影追踪聚类方法，用于缓解高维生物数据中的维度灾难问题 | 通过顺序投影将高维数据降维表示，有效克服传统聚类算法在高维空间性能下降的问题 | NA | 开发适用于多种生物数据模态的无监督聚类方法 | 高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学和单细胞组学数据 | 机器学习 | NA | 无监督聚类，投影追踪 | 自动化投影追踪(APP) | 高维生物数据 | NA | NA | 流式细胞术,质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,多重成像,T细胞受体谱分析 | NA | NA |
| 6127 | 2025-10-06 |
A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141
PMID:40443528
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研究论文 | 本研究构建了基于谷氨酰胺代谢基因的GLMscore评分系统，用于结直肠癌预后预测和免疫治疗反应评估 | 首次整合多组学数据构建谷氨酰胺代谢相关基因评分系统，并系统评估其在肿瘤微环境、免疫治疗反应和微生物组方面的预测价值 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证GLMscore的临床实用性 | 开发结直肠癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 16S rRNA基因测序, 组织成像分析 | 基因特征评分模型 | 基因表达数据, 微生物组数据, 病理图像数据 | 多个队列的结直肠癌患者样本（包括训练队列和验证队列） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组测序 | NA | NA |
| 6128 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296
PMID:40443657
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示黄韧带肥厚中成纤维细胞和内皮细胞的谱系特异性调控改变 | 首次在黄韧带肥厚中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群，并发现间充质成纤维细胞亚群在肥厚黄韧带中显著增加 | 未明确说明样本数量和研究人群特征，功能验证可能不足 | 建立黄韧带的单细胞图谱，识别腰椎管狭窄症药物治疗的高优先级靶点 | 黄韧带组织中的成纤维细胞和内皮细胞 | 单细胞基因组学 | 腰椎管狭窄症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6129 | 2025-10-06 |
TSPAN4+ fibroblasts coordinate metastatic niche assembly through migrasome-driven metabolic reprogramming and stromal-immune crosstalk in pancreatic adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1594879
PMID:40443671
|
研究论文 | 本研究揭示了TSPAN4+成纤维细胞通过迁移体驱动的代谢重编程和基质-免疫串扰协调胰腺癌转移生态位组装的关键机制 | 首次发现TSPAN4+成纤维细胞作为胰腺癌转移的关键调节因子，通过迁移体介导的代谢重编程和基质-免疫细胞相互作用促进转移生态位形成 | 研究主要基于胰腺癌组织分析，需要进一步验证其他癌症类型中的普适性 | 探索迁移体相关成纤维细胞在胰腺癌转移中的作用机制，为靶向肿瘤微环境的治疗策略提供新思路 | 胰腺癌组织和肿瘤微环境中的细胞成分 | 单细胞生物学, 空间转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, siRNA转染, qRT-PCR | Seurat, Monocle, CellCall, CellChat, RCTD, MISTy | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 功能实验数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胰腺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6130 | 2025-10-06 |
Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085
PMID:40443661
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建犬类自然杀伤细胞图谱，识别循环和组织驻留基因特征的差异 | 首次在犬类中系统比较不同组织自然杀伤细胞的基因表达特征，并与人类进行跨物种比较 | 样本来源仅限于血液、肺、肝、脾和胎盘组织 | 表征犬类和人类自然杀伤细胞的基因表达差异，包括个体发育、异质性、激活模式和组织驻留特征 | 犬类和人类的自然杀伤细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个组织样本（血液、肺、肝、脾、胎盘） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6131 | 2025-10-06 |
Optimizing single cell RNA sequencing of stem cells. A streamlined workflow for enhanced sensitivity and reproducibility in hematopoietic studies. The use of human umbilical cord blood-derived hematopoietic stem and progenitor cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1590889
PMID:40443736
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研究论文 | 本文优化了造血干细胞单细胞RNA测序流程，比较了CD34+和CD133+造血干/祖细胞的转录组差异 | 开发了针对有限细胞数量的造血干细胞单细胞RNA测序优化流程，并首次对CD34+和CD133+造血干/祖细胞进行系统转录组比较 | 研究使用的细胞数量有限，仅来源于人类脐带血 | 优化单细胞RNA测序流程并比较不同造血干/祖细胞亚群的转录组特征 | 人类脐带血来源的CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+造血干/祖细胞 | 单细胞测序 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), FACS细胞分选 | UMAP降维分析 | 单细胞转录组数据 | 人类脐带血来源的有限数量造血干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6132 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and transcriptome sequencing data reveal the value of IL1RAP in gastric cancer microenvironment and prognosis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1584619
PMID:40444099
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研究论文 | 通过整合单细胞和转录组测序数据揭示IL1RAP在胃癌微环境及预后中的关键作用 | 首次系统整合单细胞与转录组数据揭示IL1RAP在胃癌免疫微环境中的调控机制及其免疫治疗预测价值 | 研究基于公共数据库数据，需进一步实验验证机制 | 探究IL1RAP在胃癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 胃癌患者样本数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序,转录组测序,机器学习 | 多种机器学习算法 | 转录组数据,单细胞数据 | 胃癌患者公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6133 | 2025-10-06 |
Multifactoral immune modulation potentiates durable remission in multiple models of aggressive malignancy
2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202302675R
PMID:38738472
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研究论文 | 本研究开发了一种联合免疫调节和细胞抑制疗法，可在多种侵袭性恶性肿瘤模型中诱导持久缓解 | 发现独特的多因子免疫调节组合疗法，能重塑肿瘤微环境并消除多种难治性肿瘤模型 | 研究仅限于临床前动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索多通路靶向治疗在侵袭性恶性肿瘤中的协同抗肿瘤效应 | 三阴性乳腺癌(4T-1)、头颈鳞癌(MOC-2)和MYCN扩增型神经母细胞瘤的动物模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌,头颈癌,神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 过继性细胞转移 | NA | 基因表达数据, 治疗反应数据 | 多种肿瘤模型的实验动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6134 | 2025-10-06 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习方法来比较和对比空间转录组数据集，增强对目标数据集中感兴趣模式的识别 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，该方法能够增强对癌前组织中感兴趣模式的识别，同时减少共享的高方差模式的影响 | 方法主要在小鼠肺组织样本上验证，尚未在其他组织类型或人类样本中广泛测试 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 图对比学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6135 | 2025-10-06 |
Caspase-Mediated Regulation and Cellular Heterogeneity of the cGAS/STING Pathway in Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Infection
2022-12-20, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02446-22
PMID:36255240
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研究论文 | 本研究揭示了卡波西肉瘤相关疱疹病毒通过半胱天冬酶活性抑制cGAS/STING通路以逃逸宿主免疫的新机制 | 首次发现半胱天冬酶在KSHV裂解复制期间抑制DNA感受器cGAS，并通过单细胞RNA测序揭示仅极少数细胞产生IFN-β即可建立有效抗病毒状态 | 对半胱天冬酶如何特异性拮抗KSHV感染期间IFN信号通路的分子机制理解仍不完整 | 阐明病毒利用宿主半胱天冬酶逃逸先天免疫的分子机制 | 卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染的细胞 | 病毒免疫学 | 卡波西肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6136 | 2025-10-06 |
Fifty Shades of Microglia
2019-07, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010
PMID:31005331
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评论 | 本文通过评述Masuda等人的单细胞RNA测序研究，探讨小胶质细胞在不同脑区、发育阶段和病理状态下的异质性 | 整合跨物种比较分析，首次在多发性硬化症患者中发现表型保守的小胶质细胞亚群 | NA | 解析小胶质细胞在脑发育和疾病过程中的时空异质性 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6137 | 2025-10-06 |
IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Sep, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867
PMID:40381971
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，鉴定出IGFBP7作为特发性肺纤维化的新型生物标志物，并揭示其与TGF-β1形成正反馈循环的机制 | 首次发现IGFBP7与TGF-β1在IPF中形成正反馈循环，为理解疾病机制提供了新视角 | 研究主要基于公共数据集和体外模型，需要更多临床样本验证 | 探索特发性肺纤维化的诊断生物标志物和治疗靶点 | 特发性肺纤维化患者样本和体外细胞模型 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 双免疫荧光染色, 基因集富集分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 公共数据集中的IPF样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6138 | 2025-10-06 |
Prediction of Clinically Significant Prostate Cancer by a Specific Collagen-related Transcriptome, Proteome, and Urinome Signature
2025-Jun, European urology oncology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.euo.2024.05.014
PMID:38851995
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研究论文 | 本研究通过分析胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组特征，开发了预测临床显著性前列腺癌的机器学习模型 | 首次系统整合胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组数据，建立优于PSA和年龄的csPCa预测模型，在mpMRI模糊病变中表现优异 | 研究为回顾性研究设计 | 开发基于胶原相关特征的临床显著性前列腺癌检测方法 | 前列腺癌患者组织样本和尿液样本 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 蛋白质组分析, 尿液组分析 | 机器学习模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 尿液组数据 | 转录组1393例, 蛋白质组104例, 尿液组923例 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 蛋白质组学, 尿液组学 | NA | NA |
| 6139 | 2025-10-06 |
Construction and validation of a regulatory T cells-based classification of renal cell carcinoma: an integrated bioinformatic analysis and clinical cohort study
2025-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01030-9
PMID:39714755
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析和临床队列研究，构建并验证了基于调节性T细胞的肾细胞癌分类系统 | 首次基于调节性T细胞状态构建肾细胞癌预后分类系统，并在独立临床队列中验证其预后价值 | 回顾性研究设计，需要在前瞻性研究中进一步验证 | 探索调节性T细胞与肾细胞癌异质性的关系，建立预后分类系统 | 肾细胞癌患者 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色, 多组学分析 | Cox比例风险回归模型, 单细胞轨迹分析 | RNA测序数据, 临床数据, 免疫组化数据 | TCGA-KIRC队列537例样本 + 新华队列370例肾肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | NA | NA |
| 6140 | 2025-10-06 |
ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy
2025-Jun, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001
PMID:40058167
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨ENPP1在膀胱癌中的促癌作用及其对免疫微环境和化疗耐药性的影响 | 首次系统揭示ENPP1在膀胱癌中通过调节免疫细胞浸润和凋亡通路促进肿瘤进展和化疗耐药的新机制 | 样本量有限（36例本地临床队列），需要更大规模研究验证 | 探究ENPP1在膀胱癌进展、免疫调节和化疗耐药中的作用机制 | 膀胱癌患者组织样本、TCGA和GEO数据库数据、UMUC3和J82膀胱癌细胞系 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blotting、免疫组织化学、功能实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、临床数据 | TCGA-BLCA数据集、GEO数据集、36例本地膀胱癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |