单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6121	2024-11-22	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	研究通过单细胞转录组分析探讨了在小鼠诺如病毒感染的人类肠细胞系中的复制机制和宿主反应	建立了表达小鼠诺如病毒受体的人类肠细胞系，并首次在单细胞水平上分析了病毒感染过程中的转录组变化	研究仅限于特定的人类肠细胞系和小鼠诺如病毒，可能不适用于其他病毒或细胞类型	探讨小鼠诺如病毒在人类肠细胞系中的复制机制和宿主反应	小鼠诺如病毒感染的人类肠细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个时间点的单细胞样本
6122	2024-11-22	A single-cell transcriptomic census of mammalian olfactory epithelium aging 2024-Nov-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.020 PMID:39173624	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠嗅上皮细胞，识别出与衰老相关的差异表达基因	首次在单细胞分辨率下揭示了嗅上皮衰老的细胞和分子机制	NA	研究嗅上皮衰老的细胞和分子机制	年轻和老年小鼠的嗅上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠的嗅上皮细胞，涉及21种细胞类型
6123	2024-11-22	Integrated single-cell analysis reveals heterogeneity and therapeutic insights in osteosarcoma 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01523-x PMID:39556142	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤的细胞异质性和转录动力学，并提供了个性化治疗策略的基础	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中11种不同的肿瘤细胞亚群及其与疾病进展和转移相关的独特转录特征	NA	深入了解骨肉瘤的分子机制，以改进治疗策略	骨肉瘤肿瘤细胞的异质性和转录动力学	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6124	2024-11-22	Multi-omics analysis reveals the role of the autophagy-related gene AGT in chemotherapy resistance in colorectal cancer and the therapeutic potential of its inhibitors 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01545-5 PMID:39557714	研究论文	通过多组学分析探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	首次通过多组学分析揭示了自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用，并评估了其抑制剂的治疗潜力	研究主要基于数据库分析和模拟实验，缺乏体内实验验证	探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	自噬相关基因AGT在结直肠癌中的表达模式、功能及其与化疗耐药的关系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据	CRC组织和正常组织的基因表达数据来自GTEx和TCGA数据库，单细胞RNA测序数据来自TISCH数据库
6125	2024-11-22	Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model 2024-Nov-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54041-3 PMID:39557833	研究论文	研究了海洋环节动物Platynereis dumerilii在再生过程中干细胞的分子特征、来源和谱系限制	结合单细胞RNA测序和嵌合转基因技术，揭示了再生过程中细胞类型特异性损伤反应、位置身份因子的重新表达以及多个细胞群体中干细胞特征的重新出现	NA	探究不同动物门类中再生能力的共性和差异性原理	海洋环节动物Platynereis dumerilii的再生过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个细胞群体
6126	2024-11-22	Single-cell RNA-seq analysis of cancer-endothelial cell interactions in primary tumor and peritoneal metastasis from a single patient with colorectal cancer 2024-Nov-18, BJC reports DOI:10.1038/s44276-024-00112-3 PMID:39558013	研究论文	研究分析了单个结直肠癌患者原发肿瘤和腹膜转移灶中单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞之间的相互作用	首次在单个结直肠癌患者中分析了原发肿瘤和腹膜转移灶中的单细胞转录组，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与内皮细胞的相互作用变化	研究受限于N-of-1设计，需要进一步验证	探索结直肠癌腹膜转移灶中的肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞的相互作用	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶样本
6127	2024-11-22	Exploring human pancreatic organoid modelling through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Nov-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07193-3 PMID:39558019	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析探索了人类胰腺类器官的建模	首次详细描述了人类胰腺类器官的细胞组成和发育轨迹，并揭示了其复杂的异质性	NA	深入描述人类胰腺类器官的结构和功能，为未来的体外诊断和转化研究提供基础	人类胰腺类器官的细胞组成和发育机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6128	2024-11-22	Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoradiotherapy in local advanced rectal cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05747-x PMID:39558398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了新辅助放化疗后局部晚期直肠癌肿瘤微环境的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了新辅助放化疗后肿瘤微环境的复杂变化，揭示了不同细胞亚群的相互作用及其对治疗的反应	样本量相对较小，仅包括六个样本，可能影响结果的普适性	深入理解新辅助放化疗对局部晚期直肠癌肿瘤微环境的影响，为提高治疗效果提供理论基础	局部晚期直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	32,417个细胞，来自六个样本
6129	2024-11-22	Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408939121 PMID:39514315	研究论文	本文介绍了一种基于层压技术的器官芯片空间转录组学方法，用于小鼠肺和肝脏器官芯片的表征	提出了基于层压技术的器官芯片空间转录组学方法（LOSRT），解决了标准化组织切片方法不适用于器官芯片的问题	NA	开发一种新的空间转录组学技术，用于表征从初级组织衍生的器官芯片	小鼠肺和肝脏衍生的器官芯片	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠肺和肝脏衍生的器官芯片
6130	2024-11-22	DeSide: A unified deep learning approach for cellular deconvolution of tumor microenvironment 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407096121 PMID:39514318	研究论文	提出了一种名为DeSide的统一深度学习方法，用于肿瘤微环境的细胞去卷积分析	DeSide通过整合生物学通路和优先评估非癌细胞类型，有效规避了癌细胞基因表达谱高度变异的问题，并引入了独特的采样和过滤技术生成高质量训练集	NA	开发一种高效且成本效益高的方法，用于分析肿瘤微环境的复杂细胞组成	肿瘤微环境中的细胞组成	数字病理学	NA	RNA测序	深度学习	基因表达谱	利用了来自六种癌症类型和185个癌症细胞系的单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA的22种癌症类型的批量RNA测序数据
6131	2024-11-22	Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024 PMID:39295144	研究论文	本文研究了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法治疗庞贝病，并展示了其在小鼠模型中的潜力	提出了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法作为下一代治疗庞贝病的方法	本文仅在预临床小鼠模型中进行了研究，尚未在人体中验证	旨在克服酶替代疗法的局限性，探索新的庞贝病治疗方法	庞贝病及其相关的肌肉和神经系统表现	基因治疗	庞贝病	慢病毒载体介导的基因疗法	NA	RNA测序数据	小鼠模型
6132	2024-11-22	Single-cell RNA sequencing reveals anti-tumor potency of CD56+ NK cells and CD8+ T cells in humanized mice via PD-1 and TIGIT co-targeting 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.025 PMID:39318093	研究论文	本文介绍了一种改进的人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序揭示了CD56+ NK细胞和CD8+ T细胞在PD-1和TIGIT联合靶向下对肝细胞癌的抗肿瘤潜力	引入了改进的人源化小鼠模型，恢复了NK细胞的重建和浸润，并通过单细胞RNA测序识别潜在的抗肝细胞癌治疗方法	组合疗法后肿瘤转录组的显著变化可能导致进一步的耐药性，需要进一步研究	研究NK细胞和T细胞在肝细胞癌中的抗肿瘤作用，并评估PD-1和TIGIT联合靶向疗法的效果	CD56+ NK细胞、CD8+ T细胞、肝细胞癌	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人源化小鼠模型中的肝细胞癌患者来源的异种移植模型
6133	2024-11-22	Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies 2024-Nov-01, JAMA ophthalmology IF:7.8Q1 DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836 PMID:39325468	研究论文	本文对6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者进行了临床和分子特征分析	发现了UBAP1L基因在非综合征性视网膜营养不良中的致病作用，并提供了功能性证据	样本量较小，仅包括6名患者	提供非综合征性视网膜营养不良患者的临床和分子特征，揭示UBAP1L基因的致病作用	6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者	遗传学	视网膜营养不良	下一代测序（NGS）、外显子组测序、基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	6名患者
6134	2024-11-22	Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864 PMID:39326411	研究论文	本文介绍了一种名为scResolve的方法，用于从空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱	scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的	NA	开发一种方法以从空间转录组学数据中恢复单细胞表达谱	人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	人类乳腺癌和肺部疾病数据
6135	2024-11-22	Generation, expansion, gene delivery, and single-cell profiling in rhesus macaque plasma B cells 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100878 PMID:39406231	研究论文	本文开发了在食蟹猴血浆B细胞中进行细胞生成、扩增、基因递送和单细胞分析的方法	首次在非人灵长类（食蟹猴）B细胞中实现了高效的细胞扩增、分化和基因递送，并发现了与人类细胞不同的免疫检查点分子和主要组织相容性复合物分子的上调	NA	开发用于治疗目的的工程化B细胞在免疫健全的大型动物模型中的评估方法	食蟹猴血浆B细胞	NA	NA	单细胞测序、流式细胞术、腺相关病毒（AAV）递送	NA	转录组数据	NA
6136	2024-11-22	Characterization of the single cell landscape in normal and osteoarthritic equine joints 2024-Oct-20, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-24-40 PMID:39507442	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了正常和骨关节炎马关节滑液中的细胞组成，揭示了骨关节炎免疫病理发生中的关键细胞类型和相互作用	首次在马关节滑液和滑膜中进行了单细胞RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其在骨关节炎中的变化，为未来研究提供了马特异性细胞类型基因签名	样本量较小，仅包括三只正常马和三只骨关节炎马的关节滑液，以及一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜	通过分析骨关节炎关节中的转录组反应，加深对骨关节炎免疫病理发生的理解，促进靶向疗法的开发	正常和骨关节炎马的关节滑液和滑膜中的免疫细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,639个细胞来自正常和骨关节炎马的关节滑液，17,690个细胞来自一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜
6137	2024-11-22	Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws 2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.19.590370 PMID:38895328	研究论文	研究了单细胞水平上核糖体含量与生长规律的关系	首次在单细胞水平上研究了核糖体含量与生长规律的关系，发现单细胞核糖体水平并不精确匹配群体生长速率或营养可用性	研究仅限于两种微生物，结果可能不适用于所有物种	探讨单细胞核糖体含量与生长规律的关系	单细胞酵母和细菌的核糖体含量	NA	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	数千个单细胞样本，来自多种条件、重复和物种
6138	2024-11-22	SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD) 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae604 PMID:39559832	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD	SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因	NA	开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具	单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异	生物信息学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据
6139	2024-11-22	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2024-06-20, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00638-0 PMID:38902839	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架，用于单细胞RNA测序分析，以提高识别差异表达基因的能力	提出了贝叶斯-频率主义混合框架，相比其他单细胞差异表达方法，在考虑FDR和功效时表现更优	NA	提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺纤维化	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	NA
6140	2024-11-22	TDP2 is a regulator of estrogen-responsive oncogene expression 2024-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae016 PMID:38596431	研究论文	研究了TDP2在雌激素诱导的转录组中的作用，特别是其对TOP2依赖的转录调控的影响	揭示了TDP2在雌激素诱导的转录调控中的新作用，特别是在修复TOP2引起的断裂中的作用	研究主要集中在TDP2缺陷细胞和老鼠模型上，可能需要进一步验证在其他模型中的适用性	探讨TDP2在雌激素受体诱导的转录调控中的作用	TDP2在雌激素诱导的转录调控中的作用及其对特定致癌基因表达的调控	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	TDP2缺陷细胞和老鼠模型