单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6121	2024-11-29	Causal links of human serum metabolites on the risk of prostate cancer: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA sequencing, and metabolic pathway analysis 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1443330 PMID:39600951	研究论文	本文通过孟德尔随机化研究探讨了人类血清代谢物与前列腺癌风险之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化方法结合单细胞RNA测序和代谢途径分析，揭示了三种血清代谢物与前列腺癌风险的因果关系	研究结果需要进一步的机制研究来阐明这些血清代谢物和代谢途径如何影响前列腺癌的发生和发展	探讨血清代谢物与前列腺癌风险之间的因果关系	血清代谢物与前列腺癌风险	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、代谢途径分析	NA	基因组数据、代谢组数据	7824名欧洲人
6122	2024-11-29	Transcriptional diversity and bioenergetic shift in human breast cancer metastasis revealed by single-cell RNA sequencing 2020-03, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-0477-0 PMID:32144411	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，揭示了乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	本文建立了识别转移细胞播种过程中全局转录组变化的稳健方法，并发现微转移灶具有一种跨患者来源异种移植模型保守的转录组程序，这与患者的不良生存高度相关	NA	揭示乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	乳腺癌转移细胞的转录组变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	患者来源的异种移植模型
6123	2024-11-28	Tumor expression of CD83 reduces glioma progression and is associated with reduced immunosuppression 2024-Nov-27, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	研究探讨了CD83在胶质瘤细胞中的表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次揭示了CD83在胶质瘤细胞中的表达能够抑制肿瘤生长，并增强细胞毒性T细胞和CD8+ T细胞的活性	研究主要基于小鼠模型和人类样本的生物信息学分析，未来需进一步验证CD83表达在临床免疫治疗中的应用	探究CD83在胶质瘤中的表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	胶质瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的胶质瘤样本
6124	2024-11-27	Droplet-Based Single-Cell 3' mRNA Sequencing of Marburg Virus-Infected Samples 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4256-6_27 PMID:39585636	研究论文	描述了一种基于液滴的单细胞3' mRNA测序方法，用于研究马尔堡病毒感染的样本	使用10× Chromium Next GEM单细胞基因组学技术，首次在体内研究马尔堡病毒感染的非人灵长类血液样本	研究在BSL-4实验室进行，操作复杂且需要严格的生物安全措施	揭示病毒与宿主相互作用的转录组复杂性	马尔堡病毒感染的单细胞样本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	mRNA	非人灵长类血液样本
6125	2024-11-27	FOS+ B cells: Key mediators of immunotherapy resistance in diverse cancer types 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200895 PMID:39583007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析免疫治疗患者，探讨了FOS B细胞在多种癌症类型中作为免疫治疗抵抗关键介质的作用	发现了FOS B细胞与免疫治疗抵抗的关联，并揭示了其潜在机制，为预测治疗反应提供了新的生物标志物	NA	探讨FOS B细胞在免疫治疗抵抗中的作用及其潜在机制	FOS B细胞在多种癌症类型中的作用	NA	多种癌症类型	单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫荧光分析	NA	RNA测序数据	25名免疫治疗患者和1,253例多癌症免疫治疗转录组分析
6126	2024-11-27	Analysis of population heterogeneity in CHO cells by genome-wide DNA methylation analysis and by multi-modal single-cell sequencing 2024-Dec-10, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2024.10.012 PMID:39488254	研究论文	通过全基因组DNA甲基化分析和多模态单细胞测序分析CHO细胞的群体异质性	首次通过全基因组亚硫酸氢盐测序建立了CHO细胞的单碱基甲基化图谱，并揭示了DNA甲基化模式在CHO进化中的集群现象	研究仅限于CHO细胞系，未涉及其他细胞类型	探讨CHO细胞的非遗传机制，特别是DNA甲基化在细胞异质性中的作用	CHO细胞的DNA甲基化和单细胞测序数据	数字病理学	NA	全基因组亚硫酸氢盐测序和多模态单细胞测序	NA	DNA甲基化数据和单细胞测序数据	8个独立的CHO细胞系和3个独立培养的9833个细胞核
6127	2024-11-27	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-Dec, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	研究论文	研究探讨了组织激素DBI/ACBP对自噬的抑制作用及其在癌症免疫监视中的影响	首次发现DBI/ACBP的中和可以增强抗癌免疫监视，并改善化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠实验和临床观察，需要进一步的临床试验验证	探讨DBI/ACBP在癌症发展中的作用及其对免疫疗法的影响	DBI/ACBP、癌症患者、小鼠模型	癌症研究	NA	单细胞RNA测序	NA	基因数据	包括癌症患者和小鼠模型
6128	2024-11-27	Single-cell transcriptome analysis identifies subclusters and signature with N-glycosylation in endometrial cancer 2024-Nov-26, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03802-z PMID:39589706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，识别了子宫内膜癌中的亚群及其与N-糖基化相关的特征	本研究首次揭示了N-糖基化相关基因在子宫内膜癌中的预后和免疫治疗反应预测中的作用	本研究仅基于五个患者的单细胞RNA测序数据，样本量较小	阐明N-糖基化相关基因在子宫内膜癌细胞异质性、预后和免疫治疗反应中的作用	子宫内膜癌的细胞亚群及其与N-糖基化相关的特征	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	转录组数据	五个子宫内膜癌患者的单细胞RNA测序数据
6129	2024-11-27	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序揭示人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的不同表型和激活状态	首次通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞组成和激活状态，发现两者存在显著差异	研究仅限于颈动脉样本，未涵盖其他部位的动脉粥样硬化	探讨人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的差异及其对疾病进展的影响	人类颈动脉和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	43名接受颈动脉内膜切除术的患者和7组小鼠单细胞RNA测序数据集
6130	2024-11-27	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	研究探讨了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接，维持血管平滑肌细胞的收缩状态，抑制其可塑性	首次揭示了Lkb1在调控血管平滑肌细胞可塑性和命运中的关键作用，并发现PKM2激活剂TEPP-46可以挽救Lkb1缺失引起的血管平滑肌细胞转化和动脉扩张	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证Lkb1和PKM剪接在血管疾病中的作用	探讨血管平滑肌细胞可塑性的关键调控因子及其在血管疾病发展中的作用	血管平滑肌细胞、Lkb1、Ptbp1、PKM剪接	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、基于成像的谱系追踪	NA	RNA	使用tamoxifen诱导的Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2小鼠模型，以及人类动脉瘤组织样本
6131	2024-11-27	Predicting survival in bladder cancer with a novel apoptotic gene-related prognostic model 2024-Nov-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01575-z PMID:39580765	研究论文	本文建立了一种基于凋亡基因的新型膀胱癌预后模型，并通过多种分析方法验证了其预测生存率和免疫治疗反应的能力	首次基于凋亡基因建立了膀胱癌的预后模型，并验证了其在预测生存率和免疫治疗反应中的有效性	NA	建立并验证一种基于凋亡基因的膀胱癌预后模型，评估其在预测患者生存率和免疫治疗反应中的作用	膀胱癌患者的生存率和免疫治疗反应	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	Cox回归分析	mRNA表达数据	TCGA和GEO数据库中的数据
6132	2024-11-27	Exploring new mechanisms in cancer molecular pathways and pathogenic cell transformation: PIP4K2A as a prognostic marker and therapeutic target in cutaneous malignant melanoma 2024-Nov-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01555-3 PMID:39579298	研究论文	研究探讨了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	利用单细胞测序和机器学习技术，研究了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	NA	探讨PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	来自皮肤黑色素瘤患者的样本
6133	2024-11-27	Integration of the bulk transcriptome and single-cell transcriptome reveals efferocytosis features in lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy by combining deep learning 2024-Nov-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03571-3 PMID:39580462	研究论文	本研究整合了大量转录组和单细胞转录组数据，通过深度学习揭示了肺腺癌预后和免疫治疗中的吞噬作用特征	开发了一种新的与吞噬作用相关的基因预后特征，能够准确预测肺腺癌患者的生存预后和治疗效果	NA	研究吞噬作用在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者及其相关基因和免疫微环境	数字病理学	肺癌	深度学习	NA	转录组数据	涉及TCGA、GEO和CTRP数据库中的多个样本
6134	2024-11-27	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment niche transitions during the invasive and metastatic processes of ground-glass nodules and part-solid nodules in lung adenocarcinoma 2024-Nov-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02177-7 PMID:39580469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌中磨玻璃结节和部分实性结节在侵袭和转移过程中的免疫微环境转变	首次揭示了CXCL9+和TREM2+肿瘤相关巨噬细胞在不同阶段的显著富集变化，并发现GGN-LUAD在侵袭阶段表现出更强的免疫反应	样本量较小，仅包括8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌不同放射学表型的异质性及其影响肿瘤演变的关联因素	肺腺癌中的磨玻璃结节和部分实性结节	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，以及4例邻近正常组织
6135	2024-11-27	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-Nov-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学研究了朊病毒感染小鼠模型中神经元的分子特征，揭示了与阿尔茨海默病重叠的神经元脆弱性	首次通过单细胞转录组学技术识别和表征了朊病毒易感神经元亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的脆弱性相关转录本	研究仅限于朊病毒感染的小鼠模型，未涉及其他神经退行性疾病模型	通过单细胞转录组学技术识别和表征朊病毒易感神经元亚群，揭示神经元脆弱性的分子机制	朊病毒感染的小鼠模型中的活神经元	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	朊病毒感染的雌性小鼠的活神经元
6136	2024-11-27	Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension 2024-Nov-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-024-00775-z PMID:39568070	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压诱导的神经退行性病变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步验证在人类中的适用性	探讨脂氧素B4在眼压诱导的神经退行性病变中对小胶质细胞的调控作用	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼模型
6137	2024-11-27	TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410331121 PMID:39541349	研究论文	本文介绍了一种名为TARGET-seq的新方法，用于将人类多巴胺能神经元的单细胞转录组与其目标特异性联系起来	开发了TARGET-seq技术，通过AAV介导的逆行富集转录组来标记投射，从而将多巴胺能神经元的转录组与其在大脑前部的特定目标结构联系起来	NA	探讨不同多巴胺能神经元的分子表达谱与其特定功能或经典分类（如mesolimbic和nigrostriatal）之间的关系	人类多巴胺能神经元的单细胞转录组及其目标特异性	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6138	2024-11-27	Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412120121 PMID:39541355	研究论文	研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Th1细胞在肿瘤中的存在及其在肿瘤免疫治疗中的潜在作用	首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Th1细胞在肿瘤中的存在及其在肿瘤免疫治疗中的潜在作用，并探讨了IFN-γ通过IRF7上调I型干扰素反应网络和ECM1表达的机制	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨Th1细胞在肿瘤免疫治疗中的作用及其机制	Th1细胞及其在肿瘤免疫治疗中的作用	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6139	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905 PMID:39561717	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，能够推断单细胞数据集中每个细胞在批量组织中的存在可能性，并应用于神经退行性微胶质炎症途径在儿童室管膜瘤间充质转化中的作用研究	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA测序数据和批量组织数据	生物信息学	儿童室管膜瘤	单细胞RNA测序	ConDecon方法	RNA测序数据	NA
6140	2024-11-27	Non-coding RNAs in oral cancer: Emerging biomarkers and therapeutic frontier 2024-Nov-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40096 PMID:39583806	研究论文	本文探讨了非编码RNA在口腔癌中的潜在诊断和治疗作用	结合空间转录组学和空间代谢组学与单细胞RNA测序，深入研究肿瘤微环境，提高诊断和治疗的精准度	NA	探讨非编码RNA作为口腔癌诊断和治疗工具的潜力	口腔癌及其相关非编码RNA	数字病理学	口腔癌	空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA