单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6121 - 6140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6121 | 2024-11-20 |
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619858
PMID:39554071
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研究论文 | 研究分析了系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织的单细胞多组学数据，揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在驱动纤维化基因程序中的作用 | 开发了HALO算法，验证了AP-1、RUNX和EGR转录因子在控制纤维化基因程序中的活性，并建立了转录因子-调控元件-基因网络 | NA | 探讨转录因子在纤维化肺病中的调控机制 | 系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织中的成纤维细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（snRNA-seq）和单细胞ATAC测序（snATAC-seq） | 神经网络工具ChromBPNet | 基因组数据 | 系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织 |
| 6122 | 2024-11-20 |
Landscape of immune cells in systematic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection: assessed by single-cell sequencing
2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead673
PMID:38078808
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研究论文 | 研究分析了系统性红斑狼疮患者在有无EB病毒感染情况下的免疫细胞和B细胞受体（BCR）谱，并通过单细胞RNA测序识别两者之间的差异 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，揭示了CD8+增殖T细胞比例和IFN-α/β通路在感染组中的变化 | 样本量较小，仅包括两名健康对照，可能影响结果的普遍性 | 分析系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，以更好地理解免疫反应机制 | 系统性红斑狼疮患者及其在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共8名参与者，包括2名SLE-EBV+患者，4名SLE-EBV-患者和2名健康对照，共获得83,478个细胞 |
| 6123 | 2024-11-20 |
Biallelic RXFP2 variants lead to congenital bilateral cryptorchidism and male infertility, supporting a role of RXFP2 in spermatogenesis
2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deae195
PMID:39222519
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研究论文 | 研究探讨了RXFP2基因的双等位变异如何导致先天性双侧隐睾和男性不育，并支持RXFP2在精子发生中的作用 | 首次在人类病例中证实RXFP2在精子发生成熟中的作用，并发现双等位变异导致男性不育 | 目前仅基于一个家庭的研究，需要更多病例验证 | 探讨RXFP2基因变异对男性生育能力的影响 | RXFP2基因及其在精子发生中的作用 | NA | 男性不育 | 长读长测序、单细胞RNA测序、环AMP报告基因检测 | NA | 基因组数据、单细胞RNA测序数据 | 一个家庭中的两名男性成员 |
| 6124 | 2024-11-20 |
Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for human testicular ageing
2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deae199
PMID:39241251
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸衰老的转录组图谱和潜在靶点 | 首次提供了年轻和老年人类睾丸的全面单细胞转录组图谱，并揭示了与睾丸衰老相关的分子机制和潜在治疗靶点 | 由于收集人类睾丸组织的困难，样本量有限，未来需要进一步的功能和机制研究 | 探讨人类睾丸衰老的分子基础和潜在治疗靶点 | 年轻和老年人类睾丸组织中的单细胞转录组 | 基因组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6个年轻个体和6个老年个体的睾丸组织样本，以及10个年轻捐赠者和10个老年捐赠者的更大样本集 |
| 6125 | 2024-11-20 |
The Inflammatory Characteristics of Symptomatic Glioma Associated With Poor Prognosis and Chemoresistance via Tumor Necrosis Factor Signaling Pathway
2024-Oct, Brain tumor research and treatment
DOI:10.14791/btrt.2024.0035
PMID:39542520
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研究论文 | 研究分析了有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异，发现有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药 | 首次揭示了有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药 | 研究为回顾性分析，样本量有限，需要进一步的前瞻性研究验证 | 探讨有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异及其对预后和化疗耐药的影响 | 有症状和无症状胶质瘤样本 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 (RNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA数据 | TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本 |
| 6126 | 2024-11-20 |
Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae586
PMID:39550222
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题 | scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq | Transformer | 基因表达数据 | 九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集 |
| 6127 | 2024-11-20 |
Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data
2024-09-03, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021
PMID:38504523
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研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法 | 该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性 | NA | 研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | RNA剪接多元模型 | 转录组数据 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系 |
| 6128 | 2024-11-20 |
Disruption of memory B-cell trafficking by belimumab in patients with systemic lupus erythematosus
2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae286
PMID:38775637
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研究论文 | 研究探讨了贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞迁移的影响 | 首次深入分析了贝利木单抗对记忆B细胞的影响，揭示了其在治疗系统性红斑狼疮中的新机制 | 研究样本量较小，且仅限于特定的患者群体 | 探讨贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞的影响 | 系统性红斑狼疮患者的记忆B细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据，转录组数据 | 1245名系统性红斑狼疮患者 |
| 6129 | 2024-11-20 |
Spatiotemporal evolutionary process of osteosarcoma immune microenvironment remodeling and C1QBP-driven drug resistance deciphered through single-cell multi-dimensional analysis
2024-Sep, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.10654
PMID:39553438
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研究论文 | 本研究通过单细胞多维分析揭示了骨肉瘤免疫微环境重塑的时空演化过程及C1QBP驱动的药物抗性机制 | 本研究首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了骨肉瘤微环境的全面图谱，并发现了C1QBP在骨肉瘤中的重要作用及其与药物抗性的关联 | NA | 探索骨肉瘤发生和进展的内在机制 | 骨肉瘤的免疫微环境及C1QBP在其中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集及批量RNA测序数据 |
| 6130 | 2024-11-20 |
Single-cell landscape of peripheral immune response in patients with anti-melanoma differentiation-associated gene 5 dermatomyositis
2024-08-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead597
PMID:37941459
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术分析了抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周免疫反应 | 首次在抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎样本中鉴定出高度表达IFN alpha诱导蛋白27和IFN诱导螺旋酶C域1的独特CD14+单核细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名患者和6名健康对照 | 探讨抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎的免疫景观及其潜在的病毒感染起源 | 抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8名抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者和6名健康对照 |
| 6131 | 2024-11-20 |
Development of a Spectral Flow Cytometry Analysis Pipeline for High-Dimensional Immune Cell Characterization
2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599633
PMID:38948780
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研究论文 | 本文开发了一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析管道 | 引入了一种新的分析管道，改进了光谱流式细胞术数据的分析，并将其应用于识别衰老中的稀有T细胞群体 | NA | 开发和验证一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析方法 | 年轻和老年雌性小鼠的脾细胞中的T细胞群体 | 生物信息学 | NA | 光谱流式细胞术 | NA | 细胞数据 | 11个脾脏中的3,776,804个T细胞 |
| 6132 | 2024-11-20 |
Sex differences and immune correlates of Long COVID development, persistence, and resolution
2024-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.18.599612
PMID:38948732
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研究论文 | 研究探讨了性别差异对长新冠（Long COVID）发展和持续的影响，并分析了相关的免疫机制 | 首次系统地研究了性别特异性免疫失调在长新冠发病机制中的作用，并发现了与长新冠相关的多个免疫途径 | 样本量较小，仅包括45名患者，可能限制了结果的普适性 | 探讨性别差异对长新冠发展和持续的影响及其免疫机制 | 急性SARS-CoV-2感染和感染后3个月及12个月的血液样本 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学和血浆蛋白质组学 | NA | 血液样本 | 45名患者 |
| 6133 | 2024-11-20 |
Endovascular biopsy in neurointerventional surgery: A systematic review
2024-Mar-22, Interventional neuroradiology : journal of peritherapeutic neuroradiology, surgical procedures and related neurosciences
IF:1.5Q3
DOI:10.1177/15910199241240508
PMID:38515364
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综述 | 本文系统综述了神经介入手术中血管内活检的应用 | 介绍了血管内活检在获取内皮细胞生物信息方面的潜力 | 研究样本量有限，难以识别与动脉瘤生长或破裂相关的特征基因 | 总结血管内活检在神经介入手术中的文献 | 内皮细胞及其在脑血管疾病中的分子异常 | NA | 脑血管疾病 | 荧光激活细胞分选（FACS）、单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 9项研究，使用各种血管内设备收集内皮细胞 |
| 6134 | 2024-11-20 |
Interpretable Spatial Gradient Analysis for Spatial Transcriptomics Data
2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585725
PMID:38562886
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LSGI的计算框架，用于从空间转录组数据中系统地识别具有显著可解释空间转录组梯度的空间位置 | LSGI通过非负矩阵分解（NMF）结合线性回归的方法，对滑动窗口进行详细分析，能够识别空间上接近但方向相反的信号通路梯度 | NA | 开发一种能够从空间转录组数据中识别和解释空间转录组梯度的计算框架 | 空间转录组数据中的空间转录组梯度 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 非负矩阵分解（NMF），线性回归 | NA | 空间转录组数据 | 87个肿瘤空间转录组数据集 |
| 6135 | 2024-11-20 |
Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis
2024-Mar-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1
PMID:38558984
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研究论文 | 研究揭示了乳腺癌骨转移中衰老的成骨细胞对骨破坏的贡献 | 首次证明乳腺癌骨转移中的成骨细胞会提前衰老并表现出衰老相关分泌表型，促进骨破坏 | NA | 探讨乳腺癌骨转移中成骨细胞的病理重编程及其对骨破坏的影响 | 乳腺癌骨转移中的成骨细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和乳腺癌患者的成骨细胞样本 |
| 6136 | 2024-11-20 |
Spatially Resolved Transcriptomic Signatures of Hippocampal Subregions and Arc-Expressing Ensembles in Active Place Avoidance Memory
2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573225
PMID:38260257
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研究论文 | 研究通过bulk RNA测序和空间转录组学实验，分析了海马体背侧区域在主动位置回避记忆（APA）回忆后的基因表达变化 | 首次通过空间转录组学技术，揭示了海马体不同亚区域在APA记忆回忆后的基因表达差异，并发现了与突触可塑性和记忆相关的基因富集 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨海马体在主动位置回避记忆回忆过程中的基因表达变化及其机制 | 海马体背侧区域的CA1、CA3和齿状回（DG）亚区域 | 神经科学 | NA | bulk RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 训练和未训练的小鼠样本 |
| 6137 | 2024-11-20 |
Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention
2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.28.560068
PMID:37808782
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研究论文 | 开发了一种基于分组视觉注意力机制的Transformer模型，用于从全切片组织学图像中预测癌症转录组 | 首次将Transformer模型应用于全切片组织学图像，并展示了其在预测空间基因表达模式和开发数字基因表达特征方面的潜力 | 模型在小数据集上训练，可能导致过拟合 | 开发一种新的深度学习模型，用于从组织学图像中预测癌症转录组，以改善癌症管理和个性化治疗 | 癌症转录组和组织学图像 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | Transformer | 图像 | 1,802个正常组织样本和4,331个肿瘤样本，涵盖九种癌症类型 |
| 6138 | 2024-11-20 |
Spatially resolved transcriptomic signatures of hippocampal subregions and Arc-expressing ensembles in active place avoidance memory
2024, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2024.1386239
PMID:39544521
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研究论文 | 研究通过批量RNA测序和空间转录组学实验，分析了海马体背侧在主动位置回避记忆（APA）回忆后的基因表达变化 | 首次通过空间转录组学技术，研究了海马体不同亚区在APA记忆回忆后的基因表达差异，并发现了与突触可塑性和记忆相关的基因富集 | 研究仅限于海马体背侧，未涵盖整个海马体区域；样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨海马体在主动位置回避记忆回忆后的基因表达变化及其与记忆形成的关系 | 海马体背侧的CA1、CA3和齿状回（DG）亚区 | 神经科学 | NA | RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 训练和未训练的小鼠样本 |
| 6139 | 2024-11-20 |
VCAN in the extracellular matrix drives glioma recurrence by enhancing cell proliferation and migration
2024, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2024.1501906
PMID:39554845
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研究论文 | 本文研究了细胞外基质中的VCAN蛋白在胶质瘤复发中的作用，发现VCAN通过增强细胞增殖和迁移促进胶质瘤复发 | 首次揭示了VCAN在胶质瘤复发中的关键作用，并提出了通过抑制PI3K/Akt通路来治疗胶质瘤复发的新策略 | NA | 探讨VCAN在胶质瘤复发中的作用机制，并寻找潜在的治疗策略 | 胶质瘤细胞、VCAN蛋白、PI3K/Akt信号通路 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序、免疫组化染色 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6140 | 2024-11-20 |
NFIL3/Tim3 axis regulates effector Th1 inflammation in COPD mice
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1482213
PMID:39555065
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研究论文 | 研究NFIL3/Tim3轴在COPD小鼠模型中对Th1炎症的调节作用 | 首次揭示NFIL3/Tim3轴在COPD小鼠中通过抑制Th1分化来调节Th1失衡 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨COPD相关Th1细胞的调节因子及其在炎症机制中的作用 | COPD小鼠的Th1细胞及其相关基因NFIL3和Tim3 | 免疫学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞测序、流式细胞术 | NA | 细胞 | COPD小鼠模型 |