单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 6121 - 6140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6121 | 2024-11-18 |
The development and application of cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag) technology
2024, Journal of biological methods
DOI:10.14440/jbm.2024.0017
PMID:39544184
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综述 | 本文综述了CUT&Tag技术的发展及其在表观遗传学中的应用 | CUT&Tag技术能够快速检测染色质修饰和转录因子，并已适应于同时检测多种表观遗传修饰 | NA | 提供CUT&Tag及其衍生技术在表观遗传调控中的最新发展和应用概述 | 染色质结构、基因转录调控、表观遗传修饰 | 表观遗传学 | NA | CUT&Tag | NA | 基因组数据 | 不同物种的细胞 |
| 6122 | 2024-11-18 |
Technical Advances and Applications of Spatial Transcriptomics
2023-Oct, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0032
PMID:39544230
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的最新进展及其在生物学研究中的应用 | 本文系统地介绍了空间转录组学技术在揭示RNA分子在亚细胞、细胞和组织水平上的位置模式方面的创新应用 | 本文主要讨论了现有空间转录组学技术的局限性，包括方法上的挑战和应用中的限制 | 旨在为研究人员提供关于空间转录组学技术的全面指南 | 空间转录组学技术及其在生物学研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6123 | 2024-11-17 |
Genetic demultiplexing of pooled single-cell RNA-sequencing samples in cancer facilitates effective experimental design
2021-09-22, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giab062
PMID:34553212
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研究论文 | 本文评估了在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的计算解复用工具的有效性 | 首次在癌症样本中评估了基于遗传变异的计算解复用工具，并提供了开源代码和可重复的工作流程 | 高比例的细胞碎片中的环境RNA降低了工具的性能 | 评估在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的解复用工具的有效性 | 高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌的单细胞RNA测序样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌样本的单细胞RNA测序数据 |
| 6124 | 2024-11-18 |
C1QL3 promotes cell-cell adhesion by mediating complex formation between ADGRB3/BAI3 and neuronal pentraxins
2021-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202000351RR
PMID:33337553
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研究论文 | 研究探讨了C1QL3蛋白通过介导ADGRB3和神经元五聚素形成细胞间粘附复合物的作用 | 发现了C1QL3介导的新型细胞间粘附复合物，涉及ADGRB3和两种神经元五聚素NPTX1及NPTXR | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内功能验证 | 探究C1QL蛋白在神经元突触组织中的作用及其分子机制 | C1QL3蛋白、ADGRB3受体、神经元五聚素NPTX1和NPTXR | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠大脑皮层的单细胞RNA测序数据 |
| 6125 | 2024-11-18 |
SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-12-26, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa151
PMID:33367645
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SoupX的方法，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 提出了一种新的方法SoupX，用于量化污染程度并估计经过背景校正的细胞表达谱，该方法可以无缝集成到现有的下游分析工具中 | NA | 开发一种工具，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序实验中的环境RNA污染 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个数据集，使用多种液滴测序技术 |
| 6126 | 2024-11-18 |
Identification of a differentiation stall in epithelial mesenchymal transition in histone H3-mutant diffuse midline glioma
2020-12-15, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa136
PMID:33319914
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研究论文 | 研究分析了H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用，发现该突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 首次揭示了H3K27M突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 研究依赖于公开的RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用及其对早期脑发育的影响 | H3K27M突变和非K27M的儿童胶质瘤 | NA | 脑瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 多个公开的RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据集 |
| 6127 | 2024-11-18 |
DrivAER: Identification of driving transcriptional programs in single-cell RNA sequencing data
2020-12-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa122
PMID:33301553
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DrivAER的机器学习方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别驱动转录程序 | DrivAER利用自编码器基于相关性评分来识别驱动转录程序，通过迭代评估每个基因集对结果变量的信息内容 | NA | 开发一种专门的方法，用于功能解释单细胞RNA测序数据中的细胞图谱 | 单细胞RNA测序数据中的驱动转录程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | RNA测序数据 | NA |
| 6128 | 2024-11-18 |
D-EE: Distributed software for visualizing intrinsic structure of large-scale single-cell data
2020-11-11, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa126
PMID:33179041
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研究论文 | 本文介绍了一种名为D-EE的分布式优化实现方法，用于大规模单细胞数据的内在结构可视化 | 提出了分布式弹性嵌入（D-EE）算法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中揭示低维度的内在结构，并具有高扩展性和高效性 | NA | 开发一种能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据的可视化工具 | 大规模单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | 分布式计算 | 弹性嵌入（EE）算法 | 单细胞RNA测序数据 | 大规模数据 |
| 6129 | 2024-11-18 |
Prediction of single-cell gene expression for transcription factor analysis
2020-10-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa113
PMID:33124660
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，利用顺式调控基序和表观遗传特征来预测单细胞水平的基因表达，并用于转录因子分析 | 本文提出了一种基于树引导的多任务学习框架，将每个细胞视为一个任务，用于解释单细胞基因表达值 | 该方法目前仅限于使用转录因子结合亲和力或特定基因组区域的转录因子ChIP-seq数据 | 预测单细胞RNA数据中的转录因子调控 | 单细胞基因表达和转录因子 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 树引导的多任务学习框架 | 基因表达数据 | NA |
| 6130 | 2024-11-18 |
A map of tumor-host interactions in glioma at single-cell resolution
2020-10-14, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa109
PMID:33155039
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scTHI的新方法，用于识别单细胞RNA测序数据中跨细胞簇的显著激活的配体-受体相互作用，并应用于胶质瘤中揭示配体-受体相互作用 | 提出了scTHI方法，用于识别单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，并展示了其在胶质瘤中的应用 | NA | 理解免疫细胞与癌细胞之间的信号交流，以识别免疫肿瘤学治疗靶点 | 胶质瘤中的肿瘤-宿主相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达 | 71名患者的57,060个基因表达谱 |
| 6131 | 2024-11-17 |
RB1 Mutations Induce Smoking-Related Bladder Cancer by Modulating the Cytochrome P450 Pathway
2024-Dec, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24409
PMID:39239764
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研究论文 | 研究探讨了RB1基因突变如何通过调节细胞色素P450途径促进吸烟相关的膀胱癌发生 | 首次揭示了RB1突变在吸烟相关膀胱癌中的作用机制，并阐明了其通过抑制细胞色素P450途径和调节肿瘤免疫微环境来驱动肿瘤发生 | 研究主要基于TCGA数据集和细胞实验，缺乏临床样本的验证 | 探讨吸烟引起的RB1突变与膀胱癌发生之间的关系及其分子机制 | RB1基因突变、细胞色素P450途径、膀胱癌细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RT-qPCR | NA | 转录组数据 | 使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据集和细胞实验样本 |
| 6132 | 2024-11-17 |
Spatial proteomics and transcriptomics of the maternal-fetal interface in placenta accreta spectrum
2024-Dec, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.004
PMID:39349165
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研究论文 | 研究探讨了在严重胎盘植入谱（PAS）病例中，母胎界面在胎盘植入（胎盘增厚）情况下的蛋白质组学和转录组学变化 | 通过系统生物学方法，结合免疫组化、空间转录组学和蛋白质组学，揭示了胎盘植入区域中T细胞和转录因子的空间分布变化，以及与细胞凋亡抑制和细胞粘附相关的蛋白质表达变化 | 研究主要集中在胎盘植入区域，未涵盖所有PAS病例，且未探讨这些变化对母婴长期健康的影响 | 探讨胎盘植入谱病例中母胎界面的蛋白质组学和转录组学变化 | 胎盘植入谱病例中的母胎界面 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 免疫组化、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 蛋白质、基因表达 | NA |
| 6133 | 2024-11-17 |
STGAT: Graph attention networks for deconvolving spatial transcriptomics data
2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108431
PMID:39461117
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研究论文 | 本文提出了一种名为STGAT的图注意力网络方法，用于解卷积空间转录组数据 | STGAT通过生成伪空间转录组数据和构建综合图，利用图注意力网络动态分配权重，显著提高了细胞类型组成的预测准确性 | NA | 提高空间转录组数据分析的分辨率和准确性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据的整合与解卷积 | 数字病理学 | NA | 图注意力网络 | 图注意力网络 | 空间转录组数据 | NA |
| 6134 | 2024-11-17 |
Integrating transcriptomic data and digital pathology for NRG-based prediction of prognosis and therapy response in gastric cancer
2024-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2024.2426758
PMID:39527470
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研究论文 | 本文研究了非凋亡性细胞死亡相关基因（NRG）在胃癌（GC）中的预后和治疗反应预测作用，并开发了一种基于深度学习的模型 | 首次将转录组数据与数字病理学结合，构建NRG特征并开发深度学习模型，用于胃癌患者的预后和治疗反应预测 | NA | 研究非凋亡性细胞死亡相关基因在胃癌中的预后和治疗反应预测作用 | 胃癌患者的转录组数据和数字病理学图像 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq | ResNet50 | 图像 | NA |
| 6135 | 2024-11-17 |
PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890
PMID:39186679
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研究论文 | 研究PTEN缺失对高级别浆液性卵巢癌中巨噬细胞动态的影响 | 首次揭示了PTEN缺失导致高级别浆液性卵巢癌中巨噬细胞的特定亚群出现，并提出了针对这些巨噬细胞的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证 | 探讨PTEN缺失对高级别浆液性卵巢癌免疫微环境的影响及其潜在治疗靶点 | 高级别浆液性卵巢癌中的巨噬细胞及其基因表达 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠模型中的Pten-null腹膜肿瘤样本及人类高级别浆液性卵巢癌样本 |
| 6136 | 2024-11-17 |
Galectin-9 Mediates the Functions of Microglia in the Hypoxic Brain Tumor Microenvironment
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3878
PMID:39207402
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研究论文 | 研究探讨了Galectin-9在缺氧脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的影响 | 揭示了Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞的独特功能，并发现Gal-9高表达的小胶质细胞具有炎症激活和较高的细胞死亡率，而Gal-9低表达的小胶质细胞则具有更强的吞噬能力 | 研究主要基于小鼠模型和人类胶质母细胞瘤的bulk RNA测序数据，可能需要进一步的人类临床数据验证 | 阐明Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的调控作用，并探讨其作为治疗靶点的潜力 | Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞和巨噬细胞的功能影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠脑肿瘤模型和人类胶质母细胞瘤样本 |
| 6137 | 2024-11-17 |
SPathDB: a comprehensive database of spatial pathway activity atlas
2024-Nov-15, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1041
PMID:39546631
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研究论文 | 介绍了一个名为SPathDB的综合数据库，用于解析空间通路活动图谱 | 首次构建了一个包含大量空间转录组数据和生物通路的数据库，提供了对空间异质性功能活动的交互分析和可视化 | NA | 揭示驱动空间异质性的功能特征和理解复杂的生物过程 | 人类和小鼠的空间转录组数据及生物通路 | 生物信息学 | 癌症 | 空间转录组测序技术 | NA | 转录组数据 | 1689868个空间点，来自84个空间转录组数据集的695个切片，涉及36种组织和疾病 |
| 6138 | 2024-11-17 |
Contributions of T Cell Signaling for Wound Healing
2024-Nov-14, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association
IF:1.5Q3
DOI:10.1093/jbcr/irae151
PMID:39110034
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研究论文 | 研究探讨了T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制 | 通过scRNA-seq和免疫荧光成像技术，首次识别了伤口愈合炎症阶段中不同T细胞群体的信号传导特征 | 研究主要集中在炎症阶段的T细胞信号传导，未来需要进一步研究T细胞在伤口愈合其他阶段的作用 | 揭示T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制及其对伤口愈合质量的影响 | T细胞在伤口愈合过程中的信号传导 | NA | NA | scRNA-seq, 免疫荧光成像 | NA | RNA, 图像 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 6139 | 2024-11-17 |
Profound cellular defects attribute to muscular pathogenesis in the rhesus monkey model of Duchenne muscular dystrophy
2024-Nov-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.08.041
PMID:39305903
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研究论文 | 研究揭示了在杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中，肌肉病理发生与细胞缺陷之间的关系 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了DMD恒河猴模型中肌肉组织的细胞和分子变化，发现了免疫细胞景观的改变、纤维化纤维脂肪前体细胞（FAPs）的谱系进展方向逆转以及FAPs和肌肉干细胞（MuSCs）对TGF-β的抵抗性 | NA | 阐明在病理条件下肌肉组织中多种细胞类型的细胞和分子变化 | 杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中的肌肉组织 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 6140 | 2024-11-17 |
Chemokine expression profile of an innate granuloma
2024-Nov-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96425
PMID:39541153
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研究论文 | 研究了先天性肉芽肿中趋化因子的表达谱及其在免疫细胞组织中的作用 | 建立了小鼠感染模型，揭示了趋化因子在肉芽肿形成中的动态表达和作用 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型 | 探讨趋化因子在先天性肉芽肿形成中的作用及其对免疫反应的影响 | 趋化因子的空间和时间表达及其在肉芽肿形成中的作用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠感染模型 |