单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27703 篇文献，本页显示第 6101 - 6120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6101 | 2024-12-08 |
Comparative analysis of cell-cell communication at single-cell resolution
2024-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01782-z
PMID:37169965
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scriabin的灵活且可扩展的框架，用于在单细胞分辨率下进行细胞间通信的比较分析 | Scriabin能够在不进行细胞聚合或降采样的情况下，准确恢复预期的细胞间通信边并识别被聚合方法掩盖的通信网络 | NA | 揭示健康和疾病中微环境与表型关系的完整结构 | 细胞间通信的比较分析 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用多个已发表的图谱规模数据集、遗传扰动筛选和直接实验验证 |
| 6102 | 2024-12-08 |
A systematic evaluation of state-of-the-art deconvolution methods in spatial transcriptomics: insights from cardiovascular disease and chronic kidney disease
2024, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2024.1352594
PMID:38601476
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研究论文 | 本文系统评估了三种空间转录组学去卷积方法在心血管疾病和慢性肾病中的表现 | 首次在心血管疾病和慢性肾病样本中进行去卷积方法的基准测试 | 所有方法在去卷积过程中都需要较少的参考数据，但Cell2location在计算上更为密集 | 评估不同去卷积方法在特定疾病样本中的表现 | 心血管疾病和慢性肾病患者的组织样本 | 空间转录组学 | 心血管疾病, 慢性肾病 | 去卷积方法 | NA | 转录组数据 | 来自不同病理状态的心血管疾病和慢性肾病患者样本 |
| 6103 | 2024-12-08 |
A generalizable and easy-to-use COVID-19 stratification model for the next pandemic via immune-phenotyping and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372539
PMID:38601145
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研究论文 | 本文开发并验证了一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，利用机器学习算法 | 提出了基于cDCs和LDH水平的机器学习模型，用于预测COVID-19的严重程度 | NA | 开发一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，为未来疫情提供参考 | COVID-19患者的免疫特征和实验室参数 | 机器学习 | COVID-19 | CyTOF、单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 免疫特征数据、实验室参数数据 | 发现队列39例，验证队列840例 |
| 6104 | 2024-12-08 |
Uncovering the dual roles of peripheral immune cells and their connections to brain cells in stroke and post-stroke stages through single-cell sequencing
2024, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2024.1443438
PMID:39633897
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示中风及中风后阶段外周免疫细胞与脑细胞相互作用中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术无偏倚地识别中风期间和之后脑和外周血单核细胞的细胞异质性 | NA | 探索中风期间和之后不同角色细胞的表型景观，并揭示外周免疫细胞的双重作用 | 中风期间和之后的外周免疫细胞及其与脑细胞的相互作用 | NA | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6105 | 2024-12-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals key molecular drivers and immune landscape in uveal melanoma: implications for targeted therapy and prognostic modeling
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1493752
PMID:39635521
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，并开发了一种新的预后模型，为靶向治疗和预后预测提供了新思路 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了葡萄膜黑色素瘤中C5 PCOLCE+肿瘤细胞的关键作用，并开发了一种新的预后模型PTRS，识别出CITED1作为高风险基因 | 本研究主要基于GSE139829数据集，样本量有限，需要进一步的大规模验证 | 揭示葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，开发新的预后模型和治疗靶点 | 葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8例原发性葡萄膜黑色素瘤患者和3例转移性疾病的患者 |
| 6106 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals immune-related SPP1+ macrophages as a potential strategy for predicting the prognosis and treatment of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1455383
PMID:39635536
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序，识别与肝纤维化和肝细胞癌相关的基因、细胞亚群和信号通路，并建立预测模型和潜在治疗药物 | 首次整合单细胞和批量RNA测序，识别出与肝纤维化和肝细胞癌相关的40个致病基因和15个关键细胞亚群，并发现SPP1+巨噬细胞与免疫浸润和预后发展的正相关性 | NA | 研究肝纤维化和肝细胞癌的致病基因、细胞亚群、调控机制、预后基因及潜在小分子药物 | 肝纤维化和肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、批量测序、分子对接技术 | 机器学习 | RNA | NA |
| 6107 | 2024-12-08 |
Exploring the shared pathogenic mechanisms of tuberculosis and COVID-19: emphasizing the role of VNN1 in severe COVID-19
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1453466
PMID:39639868
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研究论文 | 研究探讨了结核病和COVID-19之间的共同发病机制，特别强调了VNN1在严重COVID-19中的作用 | 识别了GMNN、SCD和FUT7作为COVID-19的强诊断标记，并发现VNN1与严重COVID-19的进展密切相关 | NA | 探讨结核病和COVID-19的共同发病机制，并寻找新的诊断和治疗靶点 | COVID-19和结核病的共同发病基因和免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 传染病 | 机器学习、单细胞测序、分子对接 | 随机森林分析 | 基因表达数据 | 从GEO数据库中获取的COVID-19和结核病数据 |
| 6108 | 2024-12-08 |
Identification of key biomarkers related to fibrocartilage chondrocytes for osteoarthritis based on bulk, single-cell transcriptomic data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1482361
PMID:39640258
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序和微阵列数据，探索了纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别了与纤维软骨细胞相关的关键生物标志物 | 本研究首次通过多组学方法识别了六个与纤维软骨细胞相关的骨关节炎生物标志物，并构建了一个探索性的风险模型 | 本研究仅在有限的样本中验证了生物标志物的蛋白质表达水平，未来需要在更大规模的样本中进行验证 | 探索纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别相关的关键生物标志物 | 纤维软骨细胞及其在骨关节炎中的生物标志物 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 风险模型 | 基因表达数据 | 骨关节炎和正常软骨样本 |
| 6109 | 2024-12-08 |
Single-cell RNA-Seq reveals intracellular microbial diversity within immune cells during SARS-CoV-2 infection and recovery
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108357
PMID:38026191
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术揭示了SARS-CoV-2感染和恢复期间免疫细胞内的微生物多样性 | 首次利用单细胞RNA测序技术探索了免疫细胞内微生物的分布及其对宿主细胞的影响 | 需要进一步研究以理解这些微生物在不同生理状态下的细胞特异性丰度的功能意义 | 揭示SARS-CoV-2感染和恢复期间免疫细胞内的微生物多样性及其对宿主细胞的影响 | 健康个体、SARS-CoV-2阳性患者和康复者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及健康个体、SARS-CoV-2阳性患者和康复者的外周血单核细胞样本 |
| 6110 | 2024-12-08 |
Epididymal segment-specific miRNA and mRNA regulatory network at the single cell level
2023-10, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2023.2280170
PMID:37982230
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研究论文 | 研究比较了不同附睾段特异性样本之间的miRNA和mRNA表达，并构建了单细胞水平的miRNA和mRNA调控网络 | 首次在单细胞水平上揭示了人类附睾段特异性的miRNA-mRNA调控网络及其上游转录因子和下游通路 | 研究仅基于小鼠样本，且样本量有限 | 揭示人类附睾段特异性的miRNA-mRNA调控网络及其功能 | 附睾不同段的miRNA和mRNA表达及其调控网络 | 基因表达调控 | NA | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量实时PCR（qRT-PCR） | NA | 基因表达数据 | 6只小鼠的附睾组织 |
| 6111 | 2024-12-08 |
Chrna5 and lynx prototoxins identify acetylcholine super-responder subplate neurons
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.105992
PMID:36798433
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研究论文 | 研究通过复杂转基因小鼠模型探索Chrna5+神经元及其对内源性乙酰胆碱的敏感性，发现Chrna5+神经元中存在乙酰胆碱超反应者亚群，并利用单细胞转录组学揭示了其分子标记 | 首次发现Chrna5+神经元中的乙酰胆碱超反应者亚群，并确定了其独特的GPI锚定lynx原毒素基因表达模式 | NA | 探索Chrna5+神经元及其对内源性乙酰胆碱的敏感性，揭示其在注意力障碍中的潜在作用 | Chrna5+神经元及其对乙酰胆碱的反应 | 神经科学 | 注意力障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 复杂转基因小鼠模型 |
| 6112 | 2024-12-08 |
Differential expression of single-cell RNA-seq data using Tweedie models
2022-08-15, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9430
PMID:35656596
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研究论文 | 本文提出使用Tweedie广义线性模型来建模跨平台单细胞RNA测序数据的技术变异性，并比较了其与现有差异表达方法的性能 | 本文提出了一种新的Tweedie广义线性模型和零膨胀Tweedie模型，用于建模单细胞RNA测序数据中的技术变异性和零膨胀现象 | NA | 研究如何更好地识别单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Tweedie广义线性模型 | 基因表达数据 | 使用了合成数据和已发表的基于板和液滴的单细胞RNA测序数据集 |
| 6113 | 2024-12-08 |
A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike
2022-08-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32232-0
PMID:35927266
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体起源和特性，特别是针对S蛋白S2亚基上的非中和表位的抗体 | 发现了一类针对SARS-CoV-2 S蛋白S2亚基上非中和表位的抗体，这些表位在疫苗使用的S蛋白从原生预融合状态转变时暴露 | NA | 理解SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体的益处和潜在不足 | SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞的特征和起源 | NA | NA | 流式细胞术和单细胞测序 | NA | 细胞 | 未暴露个体的SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞 |
| 6114 | 2024-12-08 |
Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159
PMID:36532041
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化 | 首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化，特别是康复患者的免疫状态 | COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞多组学（全转录组分析和抗体测序） | 贝叶斯网络模型 | 单细胞转录组和表面标记数据 | 33个个体（健康=4，COVID-19阳性=16，COVID-19康复=13），共163,197个细胞（数据质控后124,726个细胞） |
| 6115 | 2024-12-08 |
Gut-licensed IFNγ+ NK cells drive LAMP1+TRAIL+ anti-inflammatory astrocytes
2021-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-03116-4
PMID:33408417
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研究论文 | 研究通过高通量流式细胞术筛选、单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9介导的细胞特异性体内遗传扰动，鉴定出表达LAMP1和TRAIL的星形胶质细胞亚群，并探讨其在中枢神经系统炎症中的作用 | 首次揭示了LAMP1TRAIL星形胶质细胞通过TRAIL-DR5信号诱导T细胞凋亡来限制中枢神经系统炎症，并发现这种星形胶质细胞亚群由肠道微生物群调节的IFNγ NK细胞维持 | 研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的抗炎作用及其调控机制 | 星形胶质细胞、NK细胞、肠道微生物群 | 神经科学 | NA | 高通量流式细胞术、单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9 | NA | RNA | 小鼠 |
| 6116 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection
2020-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0799-2
PMID:32251406
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了HIV-1感染期间的免疫细胞动态变化 | 揭示了先前未被重视的个体和细胞类型特异性干扰素刺激基因上调，以及在批量分析中被掩盖的时间相关基因表达反应 | 研究仅限于四个未治疗的个体，样本量较小 | 探讨HIV-1感染期间免疫细胞的动态变化及其分子驱动因素 | HIV-1感染期间的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个未治疗的个体的外周血单核细胞样本 |
| 6117 | 2024-12-07 |
Neonatal inflammation impairs developmentally-associated microglia and promotes a highly reactive microglial subset
2025-Jan, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.09.019
PMID:39322088
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研究论文 | 研究新生儿炎症对小鼠神经发育障碍模型中脑髓样细胞亚群的影响 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术，识别出表达补体受体C5ar1的特定微胶质细胞亚群，并发现其在炎症途径中高度激活 | NA | 探讨新生儿炎症对神经发育障碍中微胶质细胞发育轨迹的影响 | 小鼠神经发育障碍模型中的脑髓样细胞亚群 | NA | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 6118 | 2024-12-07 |
Elevated Shear Stress Modulates Heterogenous Cellular Subpopulations to Induce Vascular Remodeling
2024-Dec, Tissue engineering. Part A
DOI:10.1089/ten.TEA.2023.0362
PMID:38753711
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研究论文 | 研究探讨了高剪切应力对血管重塑过程中异质细胞亚群的调节作用 | 首次在单细胞分辨率下全面研究高剪切应力诱导血管重塑的分子机制 | 研究仅限于动物模型，尚未在人体中验证 | 探讨高剪切应力对血管重塑的影响及其分子机制 | 血管内皮细胞和巨噬细胞 | 心血管疾病 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用大鼠隐静脉构建动静脉环路模型 |
| 6119 | 2024-12-07 |
A Strategy Involving Microporous Microneedles Integrated with CAR-TREM2-Macrophages for Scar Management by Regulating Fibrotic Microenvironment
2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202406153
PMID:39313983
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研究论文 | 本文介绍了一种利用微孔微针集成CAR-TREM2-巨噬细胞的策略，通过调节纤维化微环境来管理瘢痕 | 开发了CAR-TREM2-巨噬细胞，能够靶向DPP4成纤维细胞并调节瘢痕微环境中的内皮细胞亚型，有效预防瘢痕形成 | NA | 研究通过多因素调节瘢痕微环境来抑制瘢痕形成的有效策略 | DPP4阳性成纤维细胞、内皮细胞、TREM2巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤损伤 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 6120 | 2024-12-07 |
Investigating TCR-pMHC interactions for TCRs without identified epitopes by constructing a computational pipeline
2024-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.136502
PMID:39423970
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研究论文 | 本文提出了一种计算流程，结合结构信息和单细胞测序数据，研究未识别表位的TCR的表位识别机制 | 通过抗原特异性聚类，将已知表位和未知表位的TCR进行表位序列映射，并使用分子动力学模拟揭示表位识别机制 | NA | 研究TCR与pMHC相互作用的分子机制，以激活T细胞免疫反应并合理设计基于TCR的治疗方法 | 未识别表位的TCR的表位识别机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 分子动力学模拟 | 序列数据 | 614个T细胞（TCR-614）和204个T细胞（TCR-204） |