单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6101	2024-11-21	Single-cell RNA sequencing analysis identifies acute changes in the tumor microenvironment induced by interferon α gene therapy in a murine bladder cancer model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1387229 PMID:39559365	研究论文	研究了在小鼠膀胱癌模型中，干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响，并通过单细胞RNA测序分析了急性变化	首次在小鼠膀胱癌模型中使用单细胞RNA测序分析干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探讨干扰素α基因疗法对膀胱癌肿瘤微环境的影响，并寻找提高患者选择和治疗效果的机制	小鼠膀胱癌模型中的肿瘤细胞和肿瘤微环境	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠膀胱组织中的单个细胞
6102	2024-11-21	Single-cell sequencing unveils mitophagy-related prognostic model for triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1489444 PMID:39559367	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据构建了一个与三阴性乳腺癌相关的线粒体自噬相关基因的预后模型	首次构建了基于线粒体自噬相关基因的三阴性乳腺癌预后模型，并验证了其在多个独立队列中的预测准确性	NA	研究线粒体自噬在三阴性乳腺癌中的预后意义	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	多个独立队列的数据
6103	2024-11-21	Dissecting mammalian reproduction with spatial transcriptomics 2023-11-02, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmad017 PMID:37353907	综述	本文综述了空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的应用，重点介绍了其在配子发生、胚胎发生和生殖病理学方面的生物学新见解	空间转录组学技术通过保留细胞在原生组织环境中的空间背景，揭示了细胞状态如何通过与邻近体细胞的相互作用进行调控	当前的空间转录组学技术在应用于生殖研究时仍面临实验和计算上的挑战	综述空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的最新进展，并讨论其在未来的应用前景	哺乳动物生殖系统中的配子发生、胚胎发生和生殖病理学	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6104	2024-11-20	Research progress and the prospect of using single-cell sequencing technology to explore the characteristics of the tumor microenvironment 2025-Jan, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101239 PMID:39552788	综述	本文综述了单细胞测序技术在肿瘤微环境研究中的进展和应用前景	本文提出了单细胞多组学测序技术的整合，并探讨了其在生物研究和医学调查中的潜力	本文讨论了使用单细胞测序技术探索肿瘤微环境的优缺点	解决肿瘤内异质性问题，为精准癌症治疗提供支持	肿瘤微环境中的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞测序技术	NA	基因组和转录组数据	NA
6105	2024-11-20	Machine learning based analysis of single-cell data reveals evidence of subject-specific single-cell gene expression profiles in acute myeloid leukaemia patients and healthy controls 2024-Dec, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms DOI:10.1016/j.bbagrm.2024.195062 PMID:39366464	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析了急性髓系白血病（AML）患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	发现AML患者和健康对照者的基因表达谱可以在个体水平上以高准确率（>70%）进行分类，表明存在个体特异性的单细胞转录组学特征	NA	探索急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱的个体特异性	急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	机器学习	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	公开可用的单细胞RNA测序数据
6106	2024-11-20	Landscape of multiple tissues' gene expression pattern associated with severe sepsis: Genetic insights from Mendelian randomization and trans-omics analysis 2024-Dec-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123181 PMID:39471899	研究论文	研究了与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并使用孟德尔随机化和跨组学分析方法揭示了ST7L作为泛组织风险因子的作用	首次揭示了ST7L作为泛组织风险因子在严重脓毒症中的作用，并通过跨组学分析验证了其在树突状细胞中的表达和功能	研究主要基于基因表达数据和跨组学分析，缺乏对临床治疗的直接指导	揭示与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并识别潜在的治疗靶点	严重脓毒症患者的基因表达模式和跨组织风险因子	基因组学	脓毒症	孟德尔随机化、全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个队列中的12种组织类型
6107	2024-11-20	Integrated analysis of multi-omics data for the discovery of biomarkers and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis 2024-Dec, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2024.100256 PMID:39554251	研究论文	本研究通过多组学数据的综合分析，发现了青少年特发性关节炎的生物标志物和治疗靶点	首次使用两样本孟德尔随机化分析方法，揭示了血浆蛋白与青少年特发性关节炎之间的因果关系	研究仅限于血浆蛋白的分析，未涉及其他可能的生物标志物	识别和开发青少年特发性关节炎的新药物靶点和生物标志物，以提高治疗效果	青少年特发性关节炎及其相关血浆蛋白	生物信息学	风湿性疾病	两样本孟德尔随机化分析、共定位分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组学、转录组学	未具体说明样本数量
6108	2024-11-20	Storm: Incorporating transient stochastic dynamics to infer the RNA velocity with metabolic labeling information 2024-Nov-18, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012606 PMID:39556617	研究论文	本文提出了一种名为Storm的新方法，通过解决基因表达动力学的随机微分方程，结合代谢标记信息来推断RNA速度	Storm方法克服了以往利用确定性动力学和稳态假设的不足，能够处理涉及瞬态过程的数据，并揭示时间依赖和细胞状态特异性的转录调控	NA	开发一种新的方法来推断RNA速度，并揭示基因表达动力学中的瞬态和随机特性	RNA速度、基因表达动力学、转录调控	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程	RNA测序数据	NA
6109	2024-11-20	scCancerExplorer: a comprehensive database for interactively exploring single-cell multi-omics data of human pan-cancer 2024-Nov-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1100 PMID:39558175	研究论文	开发了一个名为scCancerExplorer的综合数据库，用于交互式探索人类泛癌的单细胞多组学数据	填补了缺乏专门用于交互式探索人类泛癌单细胞多组学数据的数据库的空白	NA	开发一个用户友好的数据库，促进对单细胞基因组、表观基因组和转录组数据的探索	人类泛癌的单细胞基因组、表观基因组和转录组数据	数字病理学	泛癌	单细胞多组学	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	50种癌症类型
6110	2024-11-20	Single-cell expression and immune infiltration analysis of polyamine metabolism in breast cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01524-w PMID:39549127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和系统免疫学方法分析了乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系	首次结合单细胞RNA测序和系统免疫学方法，探讨了乳腺癌中多胺代谢与免疫微环境的相互作用	研究样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差	探讨乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系，为个性化治疗提供新思路	乳腺癌样本中的多胺代谢与免疫细胞浸润	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	46个乳腺癌增殖相关共表达模块
6111	2024-11-20	Single-cell data revealed the regulatory mechanism of TNK cell heterogeneity in liver metastasis from gastric cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01528-6 PMID:39549183	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析了胃癌肝转移中TNK细胞异质性的调控机制	首次揭示了TNK细胞亚群在胃癌肝转移中的关键作用及其调控机制	NA	分类与胃癌肝转移相关的细胞亚群，并探讨其与其他免疫细胞亚群的相互作用机制	胃癌肝转移中的TNK细胞亚群及其调控机制	数字病理学	胃癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	GSE163558数据集中的胃癌患者及其转移组样本
6112	2024-11-20	Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages 2024-Nov-16, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04081-7 PMID:39550363	研究论文	本文介绍了从胚胎到出生后阶段的小鼠胃食管发育的单细胞RNA测序数据集的技术质量	提供了全面的单细胞RNA测序数据集，捕捉了食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）在胚胎、新生儿和成年阶段的转录动态	未提及	研究胃食管交界处的发育和稳态失调，以阐明癌症发病机制	小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）	数字病理学	食管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个胚胎、新生儿和成年阶段的小鼠样本
6113	2024-11-20	GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54251-9 PMID:39550386	研究论文	研究揭示了GPRC5A在食管鳞状细胞癌早期肺转移中的作用及其分子机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌早期肺转移细胞的滋养层样'肿瘤植入'表型，并发现GPRC5A通过与WWP1相互作用促进LATS1的泛素化和降解，从而激活YAP1信号通路，促进肿瘤的植入和生长	研究样本量较小，仅涉及148例食管鳞状细胞癌患者，可能影响结果的普适性	探讨食管鳞状细胞癌早期肺转移的机制及潜在治疗靶点	食管鳞状细胞癌的早期肺转移细胞及其分子机制	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	148例食管鳞状细胞癌患者
6114	2024-11-19	Chrysalis: decoding tissue compartments in spatial transcriptomics with archetypal analysis 2024-Nov-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07165-7 PMID:39550461	研究论文	本文介绍了一种名为Chrysalis的计算方法，用于在空间转录组学中通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，无需外部参考数据	Chrysalis方法无需外部参考数据，通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，并提供独特的可视化方法	NA	开发一种无需外部参考数据的空间转录组学组织区室解析方法	空间转录组学中的组织区室	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	NA
6115	2024-11-20	The advance of single cell transcriptome to study kidney immune cells in diabetic kidney disease 2024-Nov-16, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03853-y PMID:39550562	综述	本文综述了单细胞转录组技术在糖尿病肾病中研究肾脏免疫细胞的应用	单细胞测序技术相比传统方法在解析细胞异质性、并行多组学研究和发现新细胞类型方面具有优势	由于肾脏结构和功能的复杂性和异质性，研究每种细胞类型在肾脏病理生理学中的功能仍具有挑战性	探讨单细胞转录组学在糖尿病肾病领域的应用，并强调通过scRNA-seq分析揭示免疫细胞在糖尿病肾病中的重要作用	糖尿病肾病中的肾脏免疫细胞，包括巨噬细胞、T细胞、B细胞等	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及肾脏活检和尿液样本的多种免疫细胞
6116	2024-11-20	Unveiling the role of Pleckstrin-2 in tumor progression and immune modulation: insights from a comprehensive pan-cancer analysis with focus on lung cancer 2024-11-15, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00225-8 PMID:39546161	研究论文	研究探讨了Pleckstrin-2（PLEK2）在肿瘤进展和免疫调节中的作用，特别是在肺癌中的表现	系统分析了PLEK2在多种癌症中的表达模式、预后相关性和功能影响，并发现PLEK2抑制剂Navitoclax的潜在应用	研究主要基于TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，可能存在数据来源的局限性	揭示PLEK2在肿瘤进展和免疫调节中的作用，寻找新的生物标志物和治疗靶点	PLEK2在多种癌症中的表达、预后影响及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	使用了来自TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，具体样本数量未明确提及
6117	2024-11-20	Analysis of single-cell RNA sequencing in human oocytes with diminished ovarian reserve uncovers mitochondrial dysregulation and translation deficiency 2024-Nov-15, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01321-8 PMID:39548561	研究论文	本研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢储备减少（DOR）患者卵母细胞的转录组变化，揭示了线粒体功能失调和翻译缺陷	首次采用单细胞RNA测序技术揭示DOR卵母细胞的转录组变化，并发现PLAG1-IGF2轴的失调可能与DOR卵母细胞质量下降有关	研究仅限于GV阶段的DOR卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	揭示卵巢储备减少患者卵母细胞的特定致病机制	卵巢储备减少患者的卵母细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	DOR卵母细胞和对照卵母细胞
6118	2024-11-20	Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma 2024-Nov-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02168-8 PMID:39548577	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，鉴定出COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞和空间转录组学技术，在未分化多形性肉瘤中鉴定出COL6A3作为预后生物标志物，并验证了其在预测总体生存和无转移生存中的有效性	研究样本量较小，仅包括5个AFX和PDS活检样本以及1个PDS切除样本	鉴定未分化多形性肉瘤中的预后生物标志物	未分化多形性肉瘤（UPS）及相关肿瘤	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	5个AFX和PDS活检样本，1个PDS切除样本，以及46个和38个独立的UPS肿瘤样本
6119	2024-11-20	Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621506 PMID:39554115	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异，探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用	首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达，可能与内脏奖励信号的不对称编码有关	研究仅限于大鼠和小鼠，尚未在人类中验证	探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用	大鼠和小鼠的左右迷走神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本
6120	2024-11-20	Identifying a CD8T cell signature in the tumor microenvironment to forecast gastric cancer outcomes from sequencing data 2024-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-603 PMID:39554559	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因，预测胃癌患者的预后	首次利用CD8T细胞相关基因构建胃癌预后预测模型	研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限	探索肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因在胃癌预后预测中的作用	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8T细胞相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞mRNA测序	Cox回归模型	基因数据	TCGA数据库中的胃癌患者数据