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当前共找到 37711 篇文献，本页显示第 6081 - 6100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6081 | 2025-12-11 |
Acetylcholine in the gingival epithelium drives the pathogenesis of periodontitis
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1701252
PMID:41358003
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研究论文 | 本研究揭示了乙酰胆碱在牙周炎发病机制中的复杂作用，并提出了一个新的“神经-上皮-免疫轴”概念 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了牙龈上皮在牙周炎状态下神经信号通路的功能重编程，并明确了乙酰胆碱在牙周炎中兼具保护上皮屏障和驱动炎症破坏的双重作用 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型，其在人体内的直接作用和临床转化效果仍需进一步验证 | 探究神经递质乙酰胆碱在牙周炎发病机制中的作用 | 人类牙龈样本、人类口腔角质形成细胞（HOKs）、小鼠牙周炎模型 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 205,334个细胞（来自40个人类牙龈样本），46,230个25 μm²空间转录组点 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 6082 | 2025-12-11 |
Multi-omics integration analysis based on plasma circulating proteins reveals potential therapeutic targets for ulcerative colitis
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1686282
PMID:41358199
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，识别了溃疡性结肠炎的潜在诊断和治疗生物标志物 | 结合孟德尔随机化、差异表达分析和多种机器学习算法，系统筛选核心枢纽基因，并构建了诊断模型和调控网络 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证核心基因的生物学功能 | 识别溃疡性结肠炎的诊断和治疗生物标志物 | 溃疡性结肠炎患者数据和小鼠模型 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 孟德尔随机化、差异表达分析、机器学习算法、单细胞RNA测序、RT-qPCR | 机器学习算法（未指定具体类型）、列线图模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据 | 未明确指定样本数量，涉及公共数据库数据和DSS诱导的UC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6083 | 2025-12-11 |
Prognostic model for lung adenocarcinoma based on experimental drug-resistant cell lines and clinical patients
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1654426
PMID:41358202
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研究论文 | 本研究通过整合体外耐药细胞系数据和临床患者信息，构建了一个基于免疫微环境特征和体外耐药机制的肺腺癌预后模型 | 首次将体外实验建立的EGFR-TKIs耐药细胞系（厄洛替尼、吉非替尼、奥希替尼耐药）的RNA测序数据与TCGA-LUAD临床数据相结合，构建了一个3基因（PPP1R3G, CREG2, LYPD3）风险评分模型，并利用单细胞RNA-seq数据解析了EGFR突变型与野生型肿瘤的表达模式 | 模型仅在公开数据集（TCGA）和体外细胞系中进行验证，缺乏大规模前瞻性临床队列的独立验证 | 开发一个整合免疫微环境特征和体外耐药机制的预后模型，以预测肺腺癌患者对EGFR-TKIs的治疗反应和生存结局，并指导个体化治疗策略 | 肺腺癌（LUAD）患者、HCC827肺腺癌细胞系及其EGFR-TKIs（厄洛替尼、吉非替尼、奥希替尼）耐药衍生株 | 生物信息学与计算生物学 | 肺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、LASSO-COX回归分析、基因集变异分析（GSVA） | LASSO-COX比例风险模型、列线图（Nomogram） | 基因表达数据、临床数据 | TCGA-LUAD数据集中的肺腺癌患者样本、HCC827细胞系及其耐药衍生株（厄洛替尼耐药、吉非替尼耐药、奥希替尼耐药）、单细胞RNA-seq数据集GSE241934 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6084 | 2025-12-11 |
A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624552
PMID:39605470
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于估计单细胞RNA测序数据中的零膨胀率和预测文库大小，以解决测量丢失问题 | ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕获丢失事件，并采用尺度不变损失项使权重稀疏，从而提高模型的生物可解释性 | 处理时间与细胞数量成正比，可能在大规模数据集上存在计算效率限制 | 开发一种深度神经网络来去噪单细胞RNA测序数据，改善数据分析和细胞类型发现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度人工神经网络，深度自编码器 | 基因表达数据 | 三个数据集（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6085 | 2025-12-11 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
|
研究论文 | 本研究通过纵向多组学免疫分析，揭示了健康成年人中与年龄相关的免疫细胞动态变化 | 结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和流式细胞术，对300多名健康成年人进行长期跟踪，构建了包含超过1600万个PBMCs的免疫健康图谱，首次系统揭示了T细胞在衰老过程中独特的转录变化积累 | 研究主要关注外周免疫细胞，未涉及组织特异性免疫变化；样本量虽大但可能无法完全代表所有人群；纵向跟踪时间仅为两年，可能不足以捕捉更长期的衰老效应 | 探究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，为年龄相关感染和疾病易感性的干预措施开发提供依据 | 300多名健康成年人，包括96名年轻和老年参与者进行为期两年的年度疫苗接种跟踪 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 | 超过300名健康成年人，其中96名进行纵向跟踪，产生超过1600万个外周血单个核细胞（PBMCs）数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6086 | 2025-12-11 |
MLKL deficiency alleviates neuroinflammation and motor deficits in the α-synuclein transgenic mouse model of Parkinson's disease
2023-12-01, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-023-00686-5
PMID:38041169
|
研究论文 | 本研究探讨了MLKL蛋白在帕金森病中的神经保护作用，通过基因敲除小鼠模型和单细胞RNA-seq分析，发现MLKL缺乏能减轻神经炎症和运动缺陷 | 首次在α-synuclein转基因小鼠模型中揭示MLKL缺乏对帕金森病神经炎症和运动症状的改善作用，并结合单细胞RNA-seq技术提供了细胞类型特异的转录组证据 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类患者中进行验证，且长期效应和具体分子机制需进一步探索 | 探究MLKL蛋白在帕金森病中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠模型（Tg-Mlkl）、原代神经元细胞、人iPSC来源的中脑类器官 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA-seq | 转基因小鼠模型、基因敲除模型 | 基因表达数据、行为数据 | 未明确指定样本数量，但涉及转基因小鼠、原代细胞和类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6087 | 2025-12-11 |
TALKIEN: crossTALK IntEraction Network. A web-based tool for deciphering molecular communication through ligand-receptor interactions
2023-10-30, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d3mo00049d
PMID:37403821
|
研究论文 | 介绍了一个名为TALKIEN的在线R/Shiny应用，用于通过构建和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络可视化分子对话信息 | 开发了一个简单直观的在线工具，整合了配体-受体相互作用网络构建、系统生物学分析和下游通路展示，支持药物靶点信息 | NA | 旨在帮助研究人员解释分子通信，特别是通过配体-受体相互作用来预测细胞间通信 | 基因或蛋白质列表，代表细胞谱系 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | 基因或蛋白质列表 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 6088 | 2025-12-11 |
A novel mutation in intron 1 of Wnt1 causes developmental loss of dopaminergic neurons in midbrain and ASD-like behaviors in rats
2023-09, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-023-02223-8
PMID:37658228
|
研究论文 | 本研究通过大规模筛选自闭症谱系障碍（ASD）风险/致病基因，发现Wnt1内含子1中的一种新型突变，该突变导致WNT1表达降低，并在人源化大鼠模型中引发ASD样行为和中脑多巴胺能神经元发育性缺失 | 首次报道中脑多巴胺能神经元的发育性缺失是ASD的发病机制，并揭示异常祖细胞模式是这种发育性多巴胺能神经元缺失的细胞基础 | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 探索ASD的潜在致病机制，特别是遗传突变对神经发育的影响 | 人源化大鼠模型，重点关注中脑多巴胺能神经元 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列数据，行为数据 | 未明确指定样本数量，但涉及大规模基因筛查和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6089 | 2025-12-10 |
Integrated multi-omics analyses identified the H3K18la-based spatiotemporal characteristics and risk-stratified treatment strategy in lung adenocarcinoma
2026-Jan-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.218158
PMID:41274397
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，探索了肺腺癌的代谢异质性，特别是糖酵解和组蛋白H3K18乳酸化（H3K18la），并开发了一个基于机器学习的预后模型来预测患者生存和免疫治疗反应 | 首次整合空间转录组学、单细胞RNA测序、H3K18la ChIP-seq、CRISPR数据和批量转录组学，揭示了H3K18la相关基因活动作为肺腺癌进展的标志物，并开发了在线应用工具和风险分层治疗策略 | NA | 探索肺腺癌的代谢异质性和免疫逃逸机制，开发预后模型和治疗策略 | 肺腺癌（LUAD） | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, H3K18la ChIP-seq, CRISPR, 批量转录组学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 6090 | 2025-12-10 |
Seeding density-dependent fate divergence of muscle stem cells revealed by single-cell RNA sequencing for cultured pork production
2026-Jan-15, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.117879
PMID:41360565
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了不同接种密度下肌肉干细胞在培养过程中的命运分化，以优化培养肉生产 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了接种密度对肌肉干细胞命运分化的影响，并识别了驱动非肌源性转化的基因和通路 | 研究仅关注了第5代细胞，未探讨长期培养或其他代次的影响，且机制研究尚需进一步实验验证 | 优化培养肉生产中肌肉干细胞的培养效率，探究细胞命运分化的机制 | 通过FACS分离的CD56/CD29阳性肌肉干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个接种密度组（低密度1.9×10^4细胞/cm²和高密度1.5×10^5细胞/cm²）的第5代肌肉干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6091 | 2025-12-10 |
Multi-omics reveals that genes linked to succinylation regulate the onset of epilepsy through metabolic reprogramming
2025-Dec-08, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10180-6
PMID:41361022
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研究论文 | 本研究结合孟德尔随机化和单细胞转录组技术，揭示了琥珀酰化相关基因CTBP1通过代谢重编程和神经元异质性调控促进癫痫发生的新机制 | 首次整合多组学证据，将琥珀酰化修饰基因CTBP1、血浆代谢物失调与癫痫风险联系起来，并利用单细胞转录组学在细胞类型特异性层面解析了其调控网络 | 研究主要基于观察性数据和遗传工具变量分析，因果关系的确立仍需后续实验验证；单细胞数据仅来源于颞叶，可能无法完全代表其他脑区 | 探究琥珀酰化修饰相关基因、血浆代谢物与癫痫之间的因果关系及潜在代谢介导通路 | 癫痫患者（具体样本数未明确提及）的遗传数据、血浆代谢物数据及颞叶单细胞转录组数据 | 生物信息学，多组学整合分析 | 癫痫 | 孟德尔随机化分析，单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据（eQTL），血浆代谢物数据，单细胞转录组数据 | NA（使用了公开数据库eQTLGen和血浆代谢物数据库，以及癫痫患者颞叶单细胞数据，但具体样本数未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6092 | 2025-12-10 |
CXCL12 deficiency promotes colorectal cancer progression and reduces anti-PD-L1 immunotherapy efficacy through MDSC regulation
2025-Dec-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07309-1
PMID:41351014
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研究论文 | 本研究探讨了CXCL12缺乏如何通过调控髓源性抑制细胞（MDSC）促进结直肠癌进展并降低抗PD-L1免疫疗法的疗效 | 首次将CXCL12缺乏与MDSC调控及抗PD-L1耐药性联系起来，并识别了CPEB3、DDX39B和SIDT2作为结直肠癌的新型生物标志物 | 研究机制仍需进一步深入探索，且临床转化策略有待优化 | 阐明CXCL12缺乏在结直肠癌进展及抗PD-L1免疫疗法耐药性中的作用机制 | 结直肠癌细胞、动物模型以及单细胞转录组数据 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序、体外细胞实验、体内动物实验 | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6093 | 2025-12-10 |
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf155
PMID:41323105
|
研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点 | 该方法首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析，使用完整的经验分布作为响应对象，而非简单的汇总统计量如均值，从而能更精细地解析转录调控异质性 | NA | 研究遗传变异如何影响基因表达，特别是通过识别分布定量性状位点来揭示细胞类型特异性调控 | 来自982名供者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6094 | 2025-12-10 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692
PMID:41325434
|
研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto，一种用于长读长测序数据的转录本定量方法，旨在解决转录异构体准确量化的问题 | 开发了lr-kallisto，将kallisto方法适配于长读长技术，并证明外显子捕获能提高定量准确性 | 未明确提及具体样本量或实验验证范围，可能受限于长读长数据特性和遗传变异复杂性 | 实现长读长测序数据中转录异构体的快速准确定量 | RNA转录本，特别是全长转录异构体 | 自然语言处理 | NA | ONT长读长测序，外显子捕获 | kallisto适配模型 | 长读长RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | Oxford Nanopore长读长测序技术，结合外显子捕获 |
| 6095 | 2025-11-16 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics of Mycosis Fungoides Biopsies from Skin of Color Patients Reveal Biomarkers and Potential Treatment Targets
2025-Nov-17, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6096 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA（circRNA）的靶向GPC3的肝癌疫苗，并通过结合TLR4激动剂佐剂，在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗，克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题，并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型，其疗效和安全性在人体中尚未验证；机制研究虽深入，但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗，用于治疗肝细胞癌（HCC） | 肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境（TME） | 免疫治疗，癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计，TLR4激动剂佐剂，多重免疫荧光，单细胞测序，空间转录组学，质谱流式细胞术 | NA | 测序数据，成像数据，流式细胞数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 6097 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体（TCR）与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性（如力依赖性结合）与记忆T细胞亚群（TCM与TEM）的分化联系起来，并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位（NP），其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群（中央记忆TCM与效应记忆TEM）的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型，这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒（IAV）免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病（流感病毒感染） | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量（力依赖性相互作用）、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6098 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE，用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数，有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构，同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性，以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法，以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6099 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
|
研究论文 | 本文介绍了Atacformer，一种基于Transformer的基础模型，用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索，且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务（如聚类、细胞类型注释和参考映射）的挑战 | scATAC-seq实验数据，包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据（原始片段文件、BED文件） | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6100 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架，能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中，并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发，在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系，实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |