单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6061 - 6080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6061 | 2024-11-22 |
Characterization of the single cell landscape in normal and osteoarthritic equine joints
2024-Oct-20, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-24-40
PMID:39507442
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了正常和骨关节炎马关节滑液中的细胞组成，揭示了骨关节炎免疫病理发生中的关键细胞类型和相互作用 | 首次在马关节滑液和滑膜中进行了单细胞RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其在骨关节炎中的变化，为未来研究提供了马特异性细胞类型基因签名 | 样本量较小，仅包括三只正常马和三只骨关节炎马的关节滑液，以及一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜 | 通过分析骨关节炎关节中的转录组反应，加深对骨关节炎免疫病理发生的理解，促进靶向疗法的开发 | 正常和骨关节炎马的关节滑液和滑膜中的免疫细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 28,639个细胞来自正常和骨关节炎马的关节滑液，17,690个细胞来自一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜 |
| 6062 | 2024-11-22 |
Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws
2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.19.590370
PMID:38895328
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研究论文 | 研究了单细胞水平上核糖体含量与生长规律的关系 | 首次在单细胞水平上研究了核糖体含量与生长规律的关系，发现单细胞核糖体水平并不精确匹配群体生长速率或营养可用性 | 研究仅限于两种微生物，结果可能不适用于所有物种 | 探讨单细胞核糖体含量与生长规律的关系 | 单细胞酵母和细菌的核糖体含量 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯过程模型 | 转录组数据 | 数千个单细胞样本，来自多种条件、重复和物种 |
| 6063 | 2024-11-22 |
SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD)
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae604
PMID:39559832
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD | SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因 | NA | 开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具 | 单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据 |
| 6064 | 2024-11-22 |
Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses
2024-06-20, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00638-0
PMID:38902839
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研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架，用于单细胞RNA测序分析，以提高识别差异表达基因的能力 | 提出了贝叶斯-频率主义混合框架，相比其他单细胞差异表达方法，在考虑FDR和功效时表现更优 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯-频率主义混合框架 | 基因表达数据 | NA |
| 6065 | 2024-11-22 |
TDP2 is a regulator of estrogen-responsive oncogene expression
2024-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcae016
PMID:38596431
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研究论文 | 研究了TDP2在雌激素诱导的转录组中的作用，特别是其对TOP2依赖的转录调控的影响 | 揭示了TDP2在雌激素诱导的转录调控中的新作用，特别是在修复TOP2引起的断裂中的作用 | 研究主要集中在TDP2缺陷细胞和老鼠模型上，可能需要进一步验证在其他模型中的适用性 | 探讨TDP2在雌激素受体诱导的转录调控中的作用 | TDP2在雌激素诱导的转录调控中的作用及其对特定致癌基因表达的调控 | NA | NA | RNA-seq | NA | RNA | TDP2缺陷细胞和老鼠模型 |
| 6066 | 2024-11-22 |
Decoding physiological and pathological roles of innate immune cells in eye diseases: the perspectives from single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1490719
PMID:39544948
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示眼病中先天免疫细胞生理和病理作用方面的关键作用 | 本文通过scRNA-seq技术揭示了先天免疫细胞在眼病中的细胞异质性和基因表达变化，为靶向治疗提供了候选目标 | NA | 探讨scRNA-seq在眼病中先天免疫细胞功能研究中的应用 | 先天免疫细胞在眼病中的作用 | 数字病理学 | 眼病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 6067 | 2024-11-22 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the role of TXNDC5 in keloid formation
2024, CytoJournal
IF:2.5Q2
DOI:10.25259/Cytojournal_58_2024
PMID:39563670
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研究论文 | 研究TXNDC5在瘢痕疙瘩形成中的作用 | 首次揭示了TXNDC5与瘢痕疙瘩中纤维化的关系，并提供了新的治疗策略 | 仅基于公共数据库的数据和细胞实验，缺乏临床验证 | 探讨TXNDC5在瘢痕疙瘩中的作用机制 | 瘢痕疙瘩和正常瘢痕样本的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 瘢痕疙瘩和正常瘢痕样本的单细胞RNA测序数据 |
| 6068 | 2024-11-22 |
The emerging role of disease-associated microglia in Parkinson's disease
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1476461
PMID:39564189
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研究论文 | 探讨疾病相关小胶质细胞（DAM）在帕金森病中的新兴作用 | 提出DAM在不同神经退行性疾病中可能存在异质性，并建议使用多组学模型来研究DAM的激活和功能 | 目前对DAM的研究主要集中在阿尔茨海默病，对帕金森病中的DAM研究较少 | 研究DAM在帕金森病中的作用及其与阿尔茨海默病中DAM的异同 | 疾病相关小胶质细胞（DAM）及其在帕金森病中的作用 | NA | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | 多组学模型 | RNA | NA |
| 6069 | 2024-11-22 |
Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development
2023-Dec-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012
PMID:37972593
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研究论文 | 研究转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用 | 首次揭示了NFYa在调节胎儿心脏生长中的关键作用，并发现了一种新的心脏代谢转录调控机制 | NA | 探讨NFYa在心肌细胞代谢和增殖中的作用及其对心脏发育的影响 | 小鼠胎儿心脏中的心肌细胞 | NA | NA | 空间和单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6070 | 2024-11-22 |
Single-cell transcriptomics stratifies organoid models of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2023-Dec-11, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023113898
PMID:37962490
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析，评估了三种不同条件下的人类肝脏类器官模型在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的表现 | 首次系统评估了人类肝脏类器官模型在MASLD中的转化潜力，并提供了单细胞参考数据以基准未来的类器官损伤模型 | NA | 评估人类肝脏类器官模型在代谢功能障碍相关脂肪性肝病中的表现，并提供单细胞参考数据 | 人类肝脏类器官模型在不同条件下的MASLD表现 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 三种不同条件下的肝脏类器官模型 |
| 6071 | 2024-11-22 |
Single-Cell Analysis Reveals Distinct Immune and Smooth Muscle Cell Populations that Contribute to Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202203-0441OC
PMID:36803741
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中不同的免疫和肌细胞群体及其功能障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术，全面分析了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的多种细胞类型及其功能，并识别出潜在的治疗靶点PAR1 | 研究样本量较小，仅涉及五名患者，可能影响结果的普适性 | 识别构成慢性血栓栓塞性肺动脉高压血栓的多种细胞类型，并研究其功能障碍 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的免疫细胞和肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五名患者 |
| 6072 | 2024-11-22 |
Enteroendocrine Cells Protect the Stem Cell Niche by Regulating Crypt Metabolism in Response to Nutrients
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.016
PMID:36608902
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研究论文 | 研究探讨了肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 首次揭示了肠内分泌细胞在传递营养信息至干细胞微环境中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类肠道类器官，可能无法完全代表所有物种的肠道生理 | 探讨肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 肠内分泌细胞、肠道干细胞、隐窝代谢 | NA | NA | 间接量热法、1H-核磁共振代谢组学、线粒体活体成像、Seahorse生物分析仪、10x Genomics单细胞测序 | NA | 代谢数据、单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类肠道类器官 |
| 6073 | 2024-11-22 |
A structural equation model for imaging genetics using spatial transcriptomics
2018-Nov-02, Brain informatics
DOI:10.1186/s40708-018-0091-0
PMID:30390165
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研究论文 | 本文提出了一种结合遗传标记和影像特征的结构方程模型，利用空间转录组学数据来解释疾病背景下脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 本文的创新点在于将空间转录组学数据引入结构方程模型，以减少噪声并提高模型的解释性 | NA | 研究遗传变异与影像变量之间的关系，特别是在疾病背景下的脑体积变化 | 脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 结构方程模型 | 结构方程模型 | 影像数据 | NA |
| 6074 | 2024-11-21 |
Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response
2024-Nov-20, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c08490
PMID:39563529
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研究论文 | 评估mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的佐剂效应及其对免疫细胞的影响 | 揭示了两种不同类型的炎症基因表达程序，并发现肌肉注射空LNPs（eLNPs）能诱导中性粒细胞浸润和多种髓系细胞的激活 | NA | 研究mRNA/LNP技术在疫苗和基因治疗中的免疫原性 | mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）及其在肌肉组织中的免疫反应 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9种化学性质不同的LNPs |
| 6075 | 2024-11-21 |
sc2GWAS: a comprehensive platform linking single cell and GWAS traits of human
2024-Nov-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1008
PMID:39565208
|
研究论文 | 开发了一个名为sc2GWAS的平台，用于整合单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据，以识别与疾病风险变异相关的细胞群 | 首次开发了一个综合平台，将单细胞RNA测序数据与全基因组关联研究数据相结合，提供大规模的特征-细胞调控对及其注释和富集分析 | NA | 揭示驱动疾病发展和进展的细胞特异性机制 | 与疾病风险变异相关的细胞群 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因组数据 | 超过630万个单细胞，共15,078,310个候选特征-细胞对 |
| 6076 | 2024-11-21 |
WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis
2024-Nov-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886
PMID:39515332
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研究论文 | 本文提出了一种名为WEST的集成方法，用于空间转录组数据分析 | WEST方法利用集成技术提高了空间转录组数据分析的性能和鲁棒性 | NA | 提高空间转录组数据分析的准确性和灵活性 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 集成方法 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实世界数据集 |
| 6077 | 2024-11-21 |
Integrated single-cell analysis reveals distinct epigenetic-regulated cancer cell states and a heterogeneity-guided core signature in tamoxifen-resistant breast cancer
2024-Nov-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01407-3
PMID:39558215
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，揭示了在乳腺癌内分泌抵抗中不同表观遗传调控的癌细胞状态和异质性引导的核心特征 | 首次展示了整合单细胞分析在乳腺癌内分泌抵抗中的转录组和染色质可及性的特征 | NA | 探索乳腺癌内分泌抵抗中的肿瘤异质性 | 乳腺癌组织中的细胞状态和核心特征 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) | NA | 单细胞数据 | 超过80,000个乳腺组织细胞 |
| 6078 | 2024-11-21 |
Uncovering disease-related multicellular pathway modules on large-scale single-cell transcriptomes with scPAFA
2024-Nov-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07238-7
PMID:39550507
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPAFA的Python库，用于在大规模单细胞转录组数据中快速计算细胞水平通路活性评分（PAS），并揭示与疾病相关的多细胞通路模块 | scPAFA能够在大规模单细胞数据中实现PAS计算的40倍加速，并识别出可靠且可解释的多细胞通路模块，捕捉疾病异质性和转录异常 | NA | 开发一种高效的工具，用于在大规模单细胞转录组数据中识别与疾病相关的多细胞通路模块 | 大肠癌和狼疮患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 大肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过120万个细胞 |
| 6079 | 2024-11-21 |
MVCLST: A spatial transcriptome data analysis pipeline for cell type classification based on multi-view comparative learning
2024-Nov-13, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.001
PMID:39542071
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研究论文 | 提出了一种基于多视角对比学习的空间转录组数据分析管道MVCLST，用于细胞类型分类 | MVCLST通过构建基于基因表达谱、细胞坐标和图像特征的两个视角，显著增强了特征提取的有效性，并避免了图像或基因表达数据中错误信息的影响 | NA | 开发一种有效的计算方法，用于整合空间转录组数据中的基因表达数据、空间位置信息和组织图像，以进行细胞分类 | 空间转录组数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 多视角对比学习 | 基因表达数据、图像 | 人类背外侧前额叶皮质数据和老鼠脑组织数据 |
| 6080 | 2024-11-21 |
Enhanced purification of uterine smooth muscle cells from adenomyosis using a novel dual-enzyme digestion method
2024-Nov-07, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.11.001
PMID:39521046
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研究论文 | 研究了一种新的双酶消化方法，用于从子宫腺肌症中高效纯化子宫平滑肌细胞 | 提出了双酶消化方法DM4，相比传统组织粘附方法，能更有效地生成高纯度的成熟平滑肌细胞 | 未提及 | 开发一种高效的方法来收集高纯度的子宫平滑肌细胞，以研究子宫腺肌症的病因和机制 | 子宫平滑肌细胞 | NA | 子宫腺肌症 | 双酶消化 | NA | 单细胞RNA测序 | 未提及 |