单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 40084 篇文献,本页显示第 6041 - 6060 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
6041 2026-03-09
scSCCNIA: similarity matrix based contrastive clustering with neighbor information aggregation for single-cell RNA sequencing data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了一种名为scSCCNIA的新型对比聚类框架,用于从单细胞RNA测序数据中准确识别细胞簇 采用拉普拉斯滤波器进行邻居信息聚合,使用具有特殊非共享参数的孪生编码器构建不同图视图以进行数据增强,并通过基于相似性矩阵的对比学习学习潜在的低维嵌入表示 NA 提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类和细胞类型识别的准确性 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 对比学习框架,包含孪生编码器 单细胞RNA测序数据 多个来自不同平台且细胞数量各异的单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
6042 2026-03-09
Castl: robust identification of spatially variable genes in spatial transcriptomics via an ensemble-based framework
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文介绍了一个名为Castl的集成框架,用于在空间转录组学中稳健识别空间可变基因,通过整合多种检测方法并设计统计聚合模块来减少方法特异性偏差 Castl是一个基于集成的框架,通过统计设计的聚合模块整合多种检测方法,无需预定义核函数或空间邻域图等算法假设,从而在异质数据集中提高敏感性并控制假发现率 NA 开发一个稳健的框架来识别空间转录组学中的空间可变基因,以阐明组织结构和空间表达模式 空间转录组学数据中的空间可变基因 空间转录组学 NA 空间转录组学 集成框架 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
6043 2026-03-09
PscOA: a plant scRNA-seq marker gene database for enhanced cellular transcriptome understanding
2026-Feb-27, Plant & cell physiology
研究论文 本研究开发了一个名为PscOA的植物单细胞RNA测序标记基因数据库,旨在通过整合分析工具和可视化功能,增强对植物细胞转录组的理解 PscOA是首个专门针对植物单细胞RNA测序的标记基因数据库,集成了BLAST和SCSA工具,支持基于同源性的标记基因挖掘和细胞类型注释,并通过案例研究展示了其在跨物种标记基因预测和应激响应分析中的应用潜力 数据库目前主要基于拟南芥和银白杨的数据,可能在其他植物物种中的通用性有限,且标记基因的预测准确性依赖于现有数据的质量和覆盖范围 开发一个植物单细胞RNA测序标记基因数据库,以解决植物科学中标记基因有限的问题,促进细胞异质性研究和转录组分析 植物单细胞RNA测序数据,特别是拟南芥、银白杨和烟草等物种的标记基因 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
6044 2026-03-09
Sleep deprivation impairs follicular development attributable to granulosa cell pyroptosis mediated by S100A8/A9-driven macrophage M1 polarization
2026-Feb-27, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究揭示了睡眠剥夺通过S100A8/A9驱动的巨噬细胞M1极化介导颗粒细胞焦亡,从而损害卵泡发育的免疫调控机制 首次阐明了睡眠剥夺通过S100A8/A9-TLR4/Myd88/NF-κB信号轴诱导巨噬细胞M1极化,进而导致颗粒细胞焦亡并破坏卵泡发育的具体分子通路 研究主要基于小鼠模型,其在人类中的直接适用性尚需进一步验证;抗炎药物对生育保护的长期效果和安全性未评估 探究睡眠剥夺对卵巢功能的损害机制及对卵泡发育的影响 雌性小鼠的卵巢组织、颗粒细胞、巨噬细胞 生殖医学与免疫学 生殖功能障碍 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 小鼠卵巢组织样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
6045 2026-03-09
Activated CD38+ mast cells promote gastric cancer progression by suppressing CD8+ T cell cytotoxic activity through adenosine metabolism
2026-Feb-24, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了幽门螺杆菌感染下胃癌进展过程中胃黏膜微环境的动态变化,并验证了活化的肥大细胞通过腺苷代谢抑制CD8+ T细胞毒性从而促进胃癌进展的机制 首次在幽门螺杆菌相关胃癌进展的四个典型阶段进行单细胞RNA测序分析,系统描绘了细胞图谱并发现了活化的CD38+肥大细胞通过腺苷代谢抑制CD8+ T细胞毒性的新机制 样本量相对较小(仅21个胃黏膜样本),且研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证 探究幽门螺杆菌感染下胃癌进展过程中胃黏膜微环境的动态变化及免疫调控机制 幽门螺杆菌感染患者的胃黏膜组织 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 21个胃黏膜样本,覆盖胃癌进展的四个典型阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
6046 2026-03-09
Integrated Transcriptomic Analysis Identifies Novel Candidate Genes Associated with Calcific Aortic Valve Disease
2026-Feb-20, Genes IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合多个转录组数据集,识别了与钙化性主动脉瓣疾病相关的新候选基因,并验证了BAMBI、HAND2和MYOC作为潜在生物标志物和治疗靶点 首次结合多数据集转录组分析和单细胞RNA测序的伪时间轨迹分析,系统性揭示了CAVD中与骨化相关的关键基因及其在瓣膜间质细胞成骨分化中的动态表达变化 研究主要基于转录组数据,缺乏体内功能验证实验,且样本来源和数量可能限制结果的普适性 探索钙化性主动脉瓣疾病的潜在生物标志物和治疗靶点 人类钙化主动脉瓣组织 生物信息学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 定量PCR, Western blot 机器学习方法 转录组数据 多个独立数据集中的钙化主动脉瓣组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
6047 2026-03-09
IFNγ/JAK/STAT1/CD38 pathway in SH2D1Bhigh NK cells: Implications for inflammation in type 1 diabetes
2026-Feb-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本研究通过生物信息学分析揭示了SH2D1B高表达自然杀伤细胞中IFNγ/JAK/STAT1/CD38通路的激活,及其在1型糖尿病炎症中的潜在作用 首次将SH2D1B高表达NK细胞与IFNγ/JAK/STAT1/CD38通路联系起来,并探讨其在1型糖尿病自身免疫中的调节机制 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内实验验证和临床样本的直接功能研究 探索1型糖尿病中自然杀伤细胞相关基因SH2D1B的调控网络及其在疾病发展中的作用 1型糖尿病患者的血液样本及相关的基因表达数据 生物信息学 1型糖尿病 单细胞RNA测序, Western blotting, 基因集富集分析, 免疫浸润分析 LASSO机器学习 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
6048 2026-03-09
Administering Bifidobacterium pseudolongum With Arsenic Trioxide Attenuates Acute Promyelocytic Leukemia in Mice by Restoring Immune Microenvironment and Intestinal Homeostasis
2026-Feb-05, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 本研究探讨了补充假长双歧杆菌(BP)是否能减轻三氧化二砷(ATO)治疗急性早幼粒细胞白血病(APL)引起的肠道菌群失调并增强疗效 首次提出并验证了假长双歧杆菌(BP)作为三氧化二砷(ATO)的辅助治疗,通过恢复肠道稳态和免疫微环境来协同增强抗白血病效果 研究主要基于小鼠模型,人体数据有限(仅22名患者,其中20名数据可用),且未详细探讨BP的具体作用分子机制 评估假长双歧杆菌(BP)辅助三氧化二砷(ATO)治疗急性早幼粒细胞白血病(APL)时,对肠道菌群、免疫微环境及治疗效果的调节作用 急性早幼粒细胞白血病(APL)患者(22名)及小鼠APL模型 数字病理 白血病 16S rRNA基因测序,粪便宏基因组测序,单细胞RNA测序(sc-RNA-seq),流式细胞术免疫分析,免疫荧光 NA 基因测序数据,单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据,免疫荧光图像数据 22名APL患者(其中20名数据用于分析)及小鼠APL模型 NA 单细胞RNA测序(sc-RNA-seq),宏基因组测序,16S rRNA基因测序 NA NA
6049 2026-03-09
Single-Cell Transcriptomic Profile Associated with Sub-Subtype A6 and CRF63-02A6 HIV-1 Strain Infection
2026-Feb-04, Viruses
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了由俄罗斯及前苏联国家流行的HIV-1亚型A6和CRF63_02A6引起的急性感染期间外周血单个核细胞的免疫反应特征 首次提供了针对HIV-1亚型A6和CRF63_02A6急性感染的单细胞转录图谱,揭示了关键免疫细胞群的转录程序重组和信号通路失调 样本量较小(仅3名患者和3名健康供者),且仅关注急性感染阶段,未涵盖疾病进展的其他时期 表征HIV-1亚型A6和CRF63_02A6急性感染期间的早期免疫反应 HIV-1感染患者的外周血单个核细胞(PBMC) 数字病理学 HIV感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3名未接受治疗的HIV-1急性感染患者和3名健康供者 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA-seq 10x Chromium, Illumina NextSeq 550 10x Genomics单细胞RNA测序在Illumina NextSeq 550平台上进行
6050 2026-03-09
Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis
2026-Feb, Molecular biotechnology IF:2.4Q3
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA-seq数据、孟德尔随机化等方法,揭示了单核细胞在衰老和骨关节炎中的关键作用,并识别了与骨关节炎有因果关系的标志基因 首次通过综合多组学和孟德尔随机化方法,系统探索了衰老与骨关节炎之间的分子机制,识别了单核细胞亚群的异质性及关键因果标志基因 研究依赖于现有数据集,可能需要进一步实验验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性 探索骨关节炎与衰老之间的潜在联系和分子机制 骨关节炎、衰老及对照组的单细胞和批量RNA-seq数据 生物信息学 骨关节炎 单细胞RNA测序, 批量RNA-seq, 孟德尔随机化, 共定位分析, 细胞功能分析 NA RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
6051 2026-03-09
Advancements in single-cell sequencing for cervical cancer research
2026-Feb, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3
综述 本文综述了单细胞测序技术在宫颈癌研究中的进展,揭示了肿瘤异质性、微环境动态及治疗抵抗机制 系统总结了单细胞测序揭示的宫颈癌分子亚型、上皮状态、HPV驱动机制及代谢重编程空间组织,并提出了新的治疗靶点和联合策略 临床转化面临耐药机制复杂、关键靶点抑制剂缺乏等挑战,且需进一步的功能验证和空间多组学研究 综述单细胞测序在宫颈癌研究中的应用与进展,推动精准免疫治疗 宫颈癌(CC)及其肿瘤微环境(TME) 数字病理学 宫颈癌 单细胞测序 NA 单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间多组学 NA NA
6052 2026-03-09
Myeloid AEG-1/MTDH drives inflammation and hepatocellular dysfunction in diet-induced steatohepatitis
2026-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究探讨了髓系细胞中AEG-1/MTDH在调节高脂/高糖饮食诱导的代谢功能障碍相关脂肪性肝炎中的作用 首次在髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠模型中,结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统揭示了AEG-1通过调控库普弗细胞等非实质细胞影响肝脏炎症和代谢的机制 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证;且实验周期较长(20周),可能无法完全模拟人类疾病进程 探究髓系细胞中AEG-1在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎发生发展中的具体作用机制 髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠和对照小鼠,以及其肝脏组织、肠系膜脂肪等 数字病理学 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠和对照小鼠,性别包括雄性和雌性,饮食干预20周 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
6053 2026-03-09
An Unbiased Molecular Characterization of Peripartum Cardiomyopathy Hearts Identifies Mast Cell Chymase as a New Diagnostic Candidate
2026-Feb, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过无偏分子表征方法,揭示了围产期心肌病心脏组织中肥大细胞糜蛋白酶和羧肽酶A3的特异性上调,并发现血清糜蛋白酶可作为围产期女性心肌病的潜在诊断生物标志物 首次在围产期心肌病心脏组织中系统鉴定出肥大细胞糜蛋白酶和羧肽酶A3的特异性上调,并通过多组学数据验证其作为诊断生物标志物的潜力 研究样本来源于终末期疾病患者,可能无法反映疾病早期阶段的分子变化;样本量相对有限 阐明围产期心肌病与其它病因扩张型心肌病的分子重塑差异,并发现可用于诊断的生物标志物 围产期心肌病女性患者的心脏组织及血清样本 数字病理学 心血管疾病 深度蛋白质组学、单核转录组学、空间转录组学 NA 蛋白质组数据、转录组数据、空间转录组数据 终末期围产期心肌病患者的心脏组织样本,以及更大队列的血清样本 NA 单核转录组学, 空间转录组学, 蛋白质组学 NA NA
6054 2026-03-09
Heat shock response-driven signature and DNAJB11 in HCC: A multifaceted role in prognosis, immune microenvironment, ferroptosis and therapeutic sensitivity
2026-Feb, Journal of thermal biology IF:2.9Q1
研究论文 本研究首次基于热休克反应(HSR)相关基因构建了肝细胞癌(HCC)的预后风险模型,并揭示了其在免疫微环境、铁死亡和治疗敏感性中的多面作用 首次利用HSR相关基因对HCC患者进行分子亚型分类并构建预后模型,首次发现核心HRG(如DNAJB11)与铁死亡及治疗敏感性的关联 研究基于回顾性数据分析,需进一步的前瞻性临床研究验证模型的预测效能 开发基于热休克反应的肝细胞癌预后预测工具并指导个体化治疗策略 肝细胞癌(HCC)患者及细胞 生物信息学与计算生物学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化(IHC)、机器学习算法 风险评分模型(基于机器学习算法) 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据、图像数据 未明确说明具体样本数量,涉及HCC患者队列及细胞实验 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
6055 2026-03-09
A spatiotemporal atlas of cerebrovascular development in zebrafish
2026-Jan-31, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究结合原位测序、单细胞转录组学和3D血管重建技术,构建了斑马鱼大脑内皮发育的时空图谱 首次将原位测序、单细胞转录组学和3D血管重建技术整合,实现了分子、细胞和结构尺度的多维度映射,并发现了三个未表征的CapEC富集基因对血管模式和血脑屏障完整性的调控作用 研究仅聚焦于斑马鱼3-11天发育阶段,未覆盖全生命周期;功能验证仅限于三个基因,可能存在其他重要调控因子未被发现 解析脊椎动物脑血管发育的分子和细胞动力学机制 斑马鱼大脑内皮细胞 空间转录组学 NA 原位测序, 单细胞转录组学, 3D血管重建 NA 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 3D成像数据 斑马鱼3-11天发育阶段样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
6056 2026-03-09
ACACA modulates R-loop homeostasis to enhance lipid metabolism and microenvironmental interactions in ccRCC
2026-Jan-31, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 本研究通过整合转录组和临床数据,发现ACACA通过调节R-loop稳态来增强脂质代谢和微环境相互作用,从而驱动透明细胞肾细胞癌的进展 首次揭示ACACA作为R-loop相关代谢驱动因子,连接基因组应激与脂质重编程及肿瘤微环境重塑在ccRCC中的作用机制 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏大规模临床样本验证和更深入的机制探索 探究R-loop在透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中的作用及其与代谢重编程的关联 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤微环境、R-loop结构和ACACA基因 生物信息学与计算生物学 肾细胞癌 转录组测序、单细胞转录组学、空间转录组学、ssGSEA分析 线性机器学习算法 转录组数据、临床数据、单细胞数据、空间转录组数据 公共ccRCC转录组和临床数据集(未明确具体样本数) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
6057 2026-03-09
Deficiency of SMARCB1 drives an immunosuppressive microenvironment in meningioma
2026-Jan-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1
研究论文 本研究揭示了SMARCB1缺陷通过调控IL-17/CSF1轴驱动脑膜瘤免疫抑制微环境中CD163+巨噬细胞浸润的机制 首次将SMARCB1突变与脑膜瘤免疫抑制微环境联系起来,并发现IL-17/CSF1轴是介导CD163+巨噬细胞浸润的关键通路 样本量相对有限(共148例患者),机制研究主要基于公共数据库分析和体外实验验证,缺乏体内功能验证 探究脑膜瘤免疫抑制微环境的形成机制及其与SMARCB1突变的关系 脑膜瘤患者(包括不同WHO分级和疾病状态)的肿瘤组织和血清样本 肿瘤免疫学 脑膜瘤 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、全外显子测序、免疫组化染色、多重免疫荧光染色 NA 基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据、空间分布数据 148例脑膜瘤患者(113例预后队列,35例验证队列) NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, whole exon sequencing NA NA
6058 2026-03-09
Single-nucleus multiple-organ chromatin accessibility landscape in the adult rat
2026-Jan-21, GigaScience IF:11.8Q1
研究论文 本研究通过单核ATAC测序技术构建了成年大鼠多器官染色质可及性图谱,识别了77种细胞类型,并分析了细胞类型和器官特异性转录因子、内皮与基质细胞的共享与特异性特征、跨器官巨噬细胞调控状态以及跨物种基因调控程序的保守性与特异性 首次系统性地生成了大鼠多器官单核染色质可及性图谱,填补了该重要生物医学模型生物在此领域的空白,并进行了跨器官和跨物种的细胞类型注释与功能推断 NA 构建大鼠多器官染色质可及性图谱,以解析组织特异性调控机制并支持大鼠模型在系统生物学和生物医学研究中的更广泛应用 成年大鼠(Rattus norvegicus)的9个器官 基因组学 NA 单核ATAC测序(snATAC-seq) NA 染色质可及性数据 超过110,000个细胞,来自9个器官的25个文库 NA 单核ATAC-seq NA NA
6059 2026-03-09
Single-cell profiling of peripheral and local immune compartments reveal unique genotype-independent prognostic immune signatures across isocitrate dehydrogenase-stratified glioma
2026-Jan-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析IDH突变型和野生型胶质瘤的局部与外周免疫环境,揭示了独特的基因型无关预后免疫特征 首次在IDH分层胶质瘤中系统比较局部与外周免疫细胞图谱,并鉴定出GZMH+ CD8+ T细胞等新型免疫细胞亚群及基因型无关的预后标志 样本量较小(仅18例),且未验证免疫特征在独立队列中的预后价值 揭示胶质瘤中局部与外周免疫环境的差异及其与IDH基因型的关联 IDH突变型和野生型胶质瘤患者的肿瘤组织与外周血单个核细胞 数字病理学 胶质瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 18例胶质瘤患者(6例IDH突变型,12例IDH野生型) NA 单细胞RNA-seq NA NA
6060 2026-03-09
YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas
2026-Jan-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质母细胞瘤免疫逃逸中的作用,并证明靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断疗法的疗效 首次将CHK2、YBX1和YBX3定义为胶质瘤内在免疫抑制程序的核心调控枢纽,并提出通过靶向该枢纽来增强免疫检查点阻断疗法反应的新策略 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证;机制研究虽深入,但具体下游信号通路细节仍需进一步阐明 探究胶质母细胞瘤抵抗CD8⁺ T细胞杀伤的肿瘤内在机制,并寻找增强免疫检查点阻断疗法疗效的新靶点 人源和小鼠胶质瘤细胞系、临床前胶质瘤模型、人类胶质母细胞瘤肿瘤样本 肿瘤免疫学、分子生物学 胶质母细胞瘤 免疫沉淀-质谱联用、磷酸化蛋白质组学、批量RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 蛋白质相互作用数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞基因表达数据、空间基因表达数据 未明确说明具体样本数量,但涉及人类和小鼠胶质瘤细胞以及人类GBM肿瘤样本 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 NA NA
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