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当前共找到 38047 篇文献，本页显示第 6041 - 6060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6041 | 2025-12-23 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 + Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了腹主动脉瘤中CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号通路作为免疫组织中心的关键作用 | 首次构建了人类腹主动脉瘤的高分辨率空间转录组图谱，识别了CXCL12+成纤维细胞作为免疫微环境核心组织者的新角色 | 研究为观察性横断面设计，样本量相对较小（11例患者和12例对照），且仅基于福尔马林固定石蜡包埋组织 | 探究腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织 | 腹主动脉瘤患者和对照的主动脉组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 11例腹主动脉瘤患者和12例对照的福尔马林固定石蜡包埋组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 6042 | 2025-12-23 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
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研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录本组装工具，通过区分性建模UMI reads和internal reads，显著提高了单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性 | 首次识别并系统描述了UMI reads和internal reads在链特异性、5'/3'覆盖偏好性和局部分布上的显著差异，并基于此开发了专门针对这两种reads不同偏好的新启发式算法 | 主要针对Smart-seq3协议数据进行了验证，在其他单细胞测序协议上的性能尚未全面评估 | 提高单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性，以支持异构体水平的表达分析 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 区分性建模 | 测序reads | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3协议，结合UMI-linked reads和internal reads |
| 6043 | 2025-12-23 |
ARCADIA Reveals Spatially Dependent Transcriptional Programs through Integration of scRNA-seq and Spatial Proteomics
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.20.689521
PMID:41332705
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研究论文 | 本文提出了一种名为ARCADIA的生成式框架，用于整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，以揭示空间依赖的转录程序 | ARCADIA框架无需细胞条形码配对，也不假设特征间的直接对应关系，通过识别模态特异性原型并跨模态对齐这些原型锚点，构建了一个共享坐标系，实现了模态间的双向转换 | NA | 开发一种无需细胞条形码配对和特征直接对应关系的跨模态整合方法，以阐明空间生态位如何塑造转录程序 | 人类扁桃体组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 6044 | 2025-12-23 |
Single Cell and Spatial Transcriptomics Identify Novel Immune-Stromal Interactions in Cardiac Allograft Vasculopathy
2025-Nov-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7812112/v1
PMID:41333445
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了心脏同种异体移植血管病变（CAV）中独特的免疫-基质细胞相互作用及其分子特征，并发现I型干扰素介导的炎症通路可能是其发病机制的关键 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，系统描绘了CAV的细胞和转录组景观，并识别出I型干扰素信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究样本量有限，且小鼠模型结果需在更大规模临床研究中验证 | 阐明心脏同种异体移植血管病变（CAV）的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 人类冠状动脉样本（CAV、动脉粥样硬化病变及非病变对照）及小鼠CAV模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA测序数据，空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及人类冠状动脉样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 6045 | 2025-12-23 |
A Multimodal Atlas Reveals the Anatomical Distribution of Medium Spiny Neuron Subtypes and a Novel RGS6+ Population in the Primate Striatum
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.16.688724
PMID:41332519
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研究论文 | 本研究结合单核多组学测序和高通量空间转录组学，构建了猕猴纹状体中型多棘神经元（MSN）的综合图谱，揭示了新的神经元亚型和疾病风险关联 | 首次结合单核多组学测序与空间转录组学技术，在灵长类纹状体中识别出两个新的腹侧纹状体MSN亚型（D1-VS-RGS6和D2-VS-RGS6），并揭示了细胞类型特异性与多种神经精神疾病的多基因风险关联 | 研究主要基于猕猴模型，结果向人类直接推广需谨慎；空间转录组学数据虽覆盖广泛，但分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚型的细微差异 | 构建灵长类纹状体中型多棘神经元（MSN）的全面细胞图谱，以解析其细胞多样性、空间分布及与神经精神疾病的关联 | 猕猴纹状体中的中型多棘神经元（MSN） | 单细胞组学 | 帕金森病、物质使用障碍、精神分裂症、双相情感障碍 | 单核多组学测序、高通量空间转录组学、ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、表观基因组数据 | 约540万个空间解析细胞，覆盖纹状体全范围 | NA | 单核多组学测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 6046 | 2025-12-23 |
CBKMR: A Copula-based Bayesian Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Omics Data
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.18.689140
PMID:41332520
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研究论文 | 本文提出了一种基于Copula的贝叶斯核机器回归框架CBKMR，用于从组学数据中检测最优生物标志物 | 提出了CBKMR模型，通过Copula方法处理离散结果变量，解决了传统BKMR在离散结果上的推断偏差问题，并引入了基于最近邻高斯过程的NNCBKMR变体以提高计算效率 | 未在摘要中明确说明 | 开发一个能够从高通量组学数据中识别紧凑、可解释的生物标志物集的统计框架 | 组学数据中的基因表达特征 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 贝叶斯核机器回归，Copula模型，高斯过程 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6047 | 2025-12-23 |
sc4D: spatio-temporal single-cell transcriptomics analysis through embedded optimal transport identifies joint glial response to Alzheimer's disease pathology
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.19.689166
PMID:41332677
|
研究论文 | 本研究提出了一个名为sc4D的生物可解释时空分析框架，用于整合单细胞转录组数据，以研究阿尔茨海默病中的胶质细胞反应 | 开发了首个结合自编码器嵌入与最优传输的时空（4D）分析框架，能够联合建模疾病过程中的复杂动态并推断细胞轨迹 | 当前计算方法在联合建模复杂动态或从扰动实验中推断细胞轨迹方面的能力有限 | 阐明疾病机制并预测能够改善细胞反应的候选干预措施 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的胶质细胞（小胶质细胞和星形胶质细胞） | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学，空间转录组学 | 自编码器，最优传输 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 6048 | 2025-12-23 |
Transcriptomic Profiling of Bronchial Epithelium Reveals Dysregulated Interferon and Inflammatory Responses to Rhinovirus in Exacerbation-Prone Pediatric Asthma
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.19.683298
PMID:41279354
|
研究论文 | 本研究通过转录组学分析揭示了易发作性儿童哮喘患者支气管上皮细胞对鼻病毒感染表现出失调的干扰素和炎症反应 | 首次在易发作性儿童哮喘患者中，结合器官型支气管上皮培养、批量与单细胞转录组学及靶向蛋白分析，系统揭示了低基线干扰素水平是宿主对鼻病毒不良反应易感性的可调节因果决定因素 | 研究样本量有限，且主要基于体外培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究宿主因素对鼻病毒诱导哮喘发作易感性的影响 | 来自哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮培养物 | 数字病理学 | 哮喘 | 批量转录组学, 单细胞转录组学, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮培养物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 6049 | 2025-12-23 |
Induction of menstruation in mice reveals the regulation of menstrual shedding
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681007
PMID:41332577
|
研究论文 | 本研究通过建立转基因小鼠模型，模拟人类月经的关键特征，并利用单细胞空间转录组学揭示了月经前子宫内膜分层和脱落的空间调控新机制 | 首次建立了能够重现人类月经关键特征的转基因小鼠模型，并提出了子宫内膜成纤维细胞空间分化驱动组织分层和脱落的新范式 | 小鼠模型与人类月经生理仍存在差异，研究结果需要进一步在人类样本中验证 | 研究月经过程中子宫内膜选择性脱落的调控机制 | 转基因小鼠的子宫内膜组织 | 单细胞空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞空间转录组学，靶向化学遗传学激活 | 转基因小鼠模型 | 空间转录组数据 | 转基因小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 6050 | 2025-12-23 |
Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice
2025-Jul-05, Lung
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s00408-025-00829-z
PMID:40616692
|
研究论文 | 本研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的作用及其保护机制 | 首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制增强中性粒细胞吞噬功能并减轻肺部炎症，从而在急性肺损伤中发挥保护作用 | 研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，在人体中的直接验证尚不充分，且STING通路的具体调控机制有待进一步阐明 | 探究Cmpk2在急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征中的功能与分子机制 | Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本 | 数字病理学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析、苏木精-伊红染色 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、病理图像、细胞计数数据 | 未明确样本数量，但使用了小鼠模型、斑马鱼胚胎及公共数据库（GEO）中ARDS患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6051 | 2025-12-23 |
Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal a Novel Mechanism of Oligodendrocyte-Neuron Interaction in Cognitive Decline After High-Altitude Cerebral Edema
2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70485
PMID:40546220
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了高原脑水肿后认知衰退中少突胶质细胞与神经元相互作用的新机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，在高原脑水肿模型中系统解析了少突胶质细胞与神经元间的相互作用机制，并发现了PI3K/mTOR动态变化、Rps29-bax轴及Tnfrsf21-App作为新型调控因子 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；仅观察了3天和7天两个时间点，长期效应尚不明确 | 探究高原脑水肿导致认知衰退的细胞与分子机制 | 高原脑水肿小鼠模型中的海马组织细胞 | 数字病理学 | 高原脑水肿 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6052 | 2025-12-23 |
Single-cell RNA-sequencing profiles reveal the developmental landscape of the Manihot esculenta Crantz leaves
2023-12-30, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad500
PMID:37706525
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了木薯叶片的单细胞转录组图谱，揭示了其细胞发育景观和光合特性 | 首次在木薯叶片中应用单细胞RNA测序技术，识别了15个细胞簇和120个候选标记基因，并构建了细胞发育轨迹图，发现了6个与细胞分化命运相关的基因 | NA | 在细胞水平上研究木薯叶片的结构和光合特性，为提升木薯产量和营养提供理论基础 | 木薯（Manihot esculenta Crantz）叶片 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11,177个高质量叶片细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6053 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics drives a new era in plant research
2023-12, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16437
PMID:37651723
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6054 | 2025-12-23 |
Identification and validation of prognostic and tumor microenvironment characteristics of necroptosis index and BIRC3 in clear cell renal cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16643
PMID:38130918
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研究论文 | 本研究通过分析TCGA和GEO数据库，识别了与坏死性凋亡相关的基因簇和预后模型，并验证了枢纽基因BIRC3在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对细胞增殖、迁移和侵袭的调控作用 | 首次构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并深入探讨了BIRC3基因在ccRCC免疫微环境中的关键作用 | 研究主要依赖公共数据库数据，缺乏大规模临床样本验证，且实验部分仅限于细胞系水平 | 探索坏死性凋亡在透明细胞肾细胞癌中的调控机制及其临床意义 | 透明细胞肾细胞癌患者数据、细胞系及单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞测序、定量实时PCR、CCK8实验、transwell实验、伤口愈合实验 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA和GEO数据库中的ccRCC患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6055 | 2025-12-23 |
Proximal tubule cells in blood and urine as potential biomarkers for kidney disease biopsy
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16499
PMID:38077419
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了肾炎患者的肾脏组织、外周血单核细胞和尿液中的细胞异质性，发现近端小管细胞在血液和尿液中的存在可作为肾脏疾病潜在的微创诊断标志物 | 首次通过单细胞RNA测序在肾炎患者的外周血和尿液中鉴定出近端小管细胞，并发现其与肾脏组织中的炎症性近端小管细胞具有高度相似的基因表达谱，提出了替代侵入性肾活检的潜在微创诊断方法 | 研究样本量较小（仅4名患者），且仅针对肾炎患者，结果在其他肾脏疾病中的普适性有待验证 | 探索肾脏疾病的病理机制并开发微创诊断方法 | 肾炎患者的肾脏组织、外周血单核细胞和尿液样本 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4名肾炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6056 | 2025-12-23 |
Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments
2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63128
PMID:34661575
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研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法，用于单细胞多组学实验，以研究动脉粥样硬化中血流扰动对内皮细胞的影响 | 开发了一种内腔消化方法，从动脉壁中富集内皮细胞，解决了内皮细胞在总细胞群中占比较低的问题，从而在单细胞分辨率下更有效地研究血流对转录组和染色质可及性的影响 | 方法可能无法完全排除其他细胞类型的污染，如平滑肌细胞、成纤维细胞和免疫细胞，且在小鼠模型中的结果需进一步验证才能应用于人类动脉样本 | 研究动脉粥样硬化中血流扰动对内皮细胞转录组和表观基因组的影响，开发内皮细胞富集方法以促进单细胞多组学研究 | 小鼠颈动脉内皮细胞，通过部分颈动脉结扎手术诱导血流扰动，使用右颈动脉作为对照 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞RNA和染色质可及性数据 | 小鼠颈动脉样本，具体数量未在摘要中明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Genomics微流控设置，用于单细胞和单核条形码标记，后续进行RNA制备、文库生成和高通量DNA测序 |
| 6057 | 2025-12-22 |
Robust integration and annotation of single-cell and spatial omics data using interpretable gene programs
2025-Dec-19, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101105
PMID:41421360
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研究论文 | 提出一个名为SSpMosaic的计算框架，利用可解释的基因程序作为通用锚点，实现单细胞和空间组学数据的稳健整合与注释 | 建立了元程序作为跨数据集对齐的高阶基因程序表示，实现了跨批次、模态和物种的一致整合，并能进行分辨率无关的空间转录组解卷积 | NA | 开发一个计算框架来整合和注释单细胞与空间组学数据，以解码细胞身份和生物功能 | 单细胞和空间组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学、染色质可及性、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间位置数据 | NA | 10x Genomics, NanoString | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | 10x Visium, CosMx, Visium HD | Visium（点水平）、CosMx/Visium HD（亚细胞水平） |
| 6058 | 2025-12-22 |
Single-cell to pre-clinical evaluation of Trem2, Folr2, and Slc7a7 as macrophage-associated biomarkers for atherosclerosis
2025-Dec-18, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf210
PMID:41206594
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TRAP-seq技术，在小鼠动脉粥样硬化模型中表征了巨噬细胞在主动脉、脂肪组织和肝脏中的功能多样性，并识别了Trem2、Folr2和Slc7a7作为巨噬细胞相关生物标志物，用于疾病诊断和监测 | 首次结合单细胞RNA测序和TRAP-seq技术，系统评估了巨噬细胞在动脉粥样硬化关键组织中的组织特异性基因程序，并识别了跨物种共享的生物标志物，包括Trem2作为循环生物标志物、Folr2和Slc7a7作为PET示踪剂靶点 | 研究基于小鼠模型，人类样本验证有限；PET示踪剂应用尚处探索阶段，需进一步临床验证 | 阐明巨噬细胞在动脉粥样硬化中的驱动机制，识别可用于诊断、监测和治疗的生物标志物 | 小鼠动脉粥样硬化模型中的巨噬细胞，涉及主动脉、脂肪组织和肝脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, TRAP-seq, PET成像 | NA | RNA测序数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6059 | 2025-12-22 |
[Single-cell RNA sequencing of B cells reveals molecular typing in Sjögren syndrome]
2025-Dec-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences
PMID:41399063
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研究论文 | 本研究通过B细胞单细胞RNA测序对干燥综合征患者进行分子分型，揭示了三种具有不同基因特征和临床异质性的亚型 | 首次利用B细胞scRNA-seq数据对干燥综合征患者进行无监督聚类，建立了分子分型框架，并识别了亚型特异性的核心调控基因和潜在治疗靶点 | 研究样本量相对较小（24名患者和4名健康对照），且数据来源于公共数据库，缺乏独立验证队列 | 建立干燥综合征的分子分类框架，以阐明其临床异质性并为靶向治疗提供见解 | 干燥综合征患者和健康对照者的B细胞 | 单细胞组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 24名干燥综合征患者和4名健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6060 | 2025-12-22 |
Pomalidomide enhances CAR-T cell therapeutic efficacy and remodels immune microenvironment in lymphoid malignancies
2025-Dec-18, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04247-1
PMID:41410870
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研究论文 | 本研究探讨了泊马度胺如何增强CAR-T细胞功能并重塑免疫微环境，以克服淋巴恶性肿瘤治疗中的局限性 | 揭示了泊马度胺通过直接增强CAR-T细胞功能（如记忆、细胞因子/趋化因子产生、代谢适应性和减少耗竭）以及重塑抑制性免疫微环境（增加细胞毒性效应细胞、减少MDSC活性）来协同CAR-T治疗的机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本仅来自一名淋巴瘤患者，样本量有限，需要更大规模的临床研究验证 | 阐明泊马度胺增强CAR-T细胞功能和重塑免疫微环境的机制，以优化难治性淋巴恶性肿瘤的治疗组合 | 人类CAR-T细胞、多发性骨髓瘤异种移植模型、淋巴瘤患者外周血单个核细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 淋巴恶性肿瘤 | CCK-8、LDH、qPCR、ELISA、流式细胞术、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 体外人类CAR-T细胞、多发性骨髓瘤异种移植模型、一名淋巴瘤患者的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |