本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6021 | 2025-10-06 |
Mechanotransduction Mediated by PDLIM5: The Critical Role of Serpin E2/Integrin β3-Cytoskeleton-Nucleoskeleton Axis in Mechanical Osteogenic Programming
2025-Jun-03, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70067
PMID:40457949
|
研究论文 | 本研究揭示了PDLIM5通过Serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴调控机械应力诱导的人脂肪干细胞成骨分化的分子机制 | 首次发现PDLIM5在机械应力诱导的成骨分化中的关键作用,并阐明其通过Serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴的信号传导机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步在体实验验证;使用的整合素β3敲除鼠模型可能不完全代表人类生理状况 | 探究机械敏感蛋白PDLIM5在骨组织修复相关机械应力条件下调控人脂肪干细胞成骨分化的作用机制 | 人脂肪来源干细胞(hASCs)、整合素β3敲除小鼠的原代脂肪干细胞 | 细胞生物学 | 骨缺损 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、western blotting、免疫荧光、碱性磷酸酶染色、慢病毒转染、CCK-8检测、transwell迁移实验、伤口愈合实验、蛋白质相互作用分析、H&E染色、免疫组织化学 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6022 | 2025-10-06 |
Cryptorchidism: Novel genetic insights into CCDC149 mutations
2025-Jun-03, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70072
PMID:40459248
|
研究论文 | 本研究通过全外显子组测序和基因敲除小鼠模型,揭示了CCDC149基因突变在双侧隐睾症发病机制中的作用 | 首次发现CCDC149基因突变与隐睾症的关联,并通过单细胞RNA测序揭示了其与抗穆勒氏管激素和肌肉发育因子的调控关系 | 研究样本量较小,仅基于一名患者和动物模型,需要更大规模的人群验证 | 探究CCDC149突变在双侧隐睾症发展中的作用及其分子机制 | 8岁双侧隐睾症男孩和Ccdc149基因敲除小鼠 | 遗传学 | 隐睾症 | 全外显子组测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据, 基因表达数据 | 1名患者和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6023 | 2025-10-06 |
AI-Driven Biomarker Discovery and Personalized Allergy Treatment: Utilizing Machine Learning and NGS
2025-Jun-03, Current allergy and asthma reports
IF:5.4Q1
DOI:10.1007/s11882-025-01207-8
PMID:40459653
|
综述 | 探讨人工智能和二代测序技术在过敏性疾病诊断与个性化治疗中的变革潜力 | 结合AI算法与单细胞RNA测序技术揭示过敏免疫反应特征,推动精准诊断和个性化治疗 | 存在数据整合和临床实施挑战 | 提升过敏性疾病生物标志物发现、患者分层和个性化管理的精准度 | 过敏性疾病患者 | 机器学习 | 过敏性疾病 | NGS, 单细胞RNA测序 | 机器学习, 深度学习 | 分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6024 | 2025-10-06 |
Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI186146
PMID:40146226
|
研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去甲基化酶JMJD3通过调控平滑肌细胞表观遗传改变影响血压和高血压动脉重塑的机制 | 首次将高血压相关人类DNA变异rs62059712与平滑肌细胞JMJD3表达调控联系起来,并阐明其通过影响内皮素受体平衡调控血压的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,在人类中的直接验证仍需进一步研究 | 探索表观遗传调控在高血压发病机制中的作用,特别是平滑肌细胞可塑性对血压和动脉重塑的影响 | 平滑肌细胞、Jmjd3基因缺陷小鼠模型、人类动脉组织 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究(GWAS)、统计精细定位、单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因组数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6025 | 2025-10-06 |
MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2
2025-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798
PMID:40081619
|
研究论文 | 本研究探讨了MBD2蛋白通过调控FZD2促进上皮-间质转化和ARDS相关肺纤维化的作用机制 | 首次揭示MBD2通过调控FZD2促进ARDS相关肺纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,临床验证仍需进一步开展 | 探究MBD2在ARDS相关肺纤维化发病机制中的作用 | 小鼠模型、MLE-12细胞、原代人肺泡上皮细胞、ARDS患者单细胞测序数据 | 分子生物学 | 肺纤维化 | RNA-Seq, ChIP, 单细胞测序, 免疫组化, 免疫荧光, Western blot | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | 野生型和MBD2敲除小鼠模型, 人类肺纤维化样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
6026 | 2025-10-06 |
Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis
2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10117-z
PMID:40107980
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞分析鉴定缺血性卒中中NETs相关基因作为诊断生物标志物 | 首次结合RNA测序和单细胞分析系统研究NETs在缺血性卒中中的作用机制,发现Ceacam3、Tnf、Selp和Fcgr4等关键基因的诊断价值 | 研究主要基于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 阐明NETs在缺血性卒中进展中的作用并识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 小鼠脑组织样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | RNA测序,单细胞RNA测序 | limma包,Seurat包,CellChat分析 | 基因表达数据,单细胞数据 | 未明确样本数量 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
6027 | 2025-10-06 |
Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress
2025-Jun, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70160
PMID:40269556
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术揭示了盐胁迫下不结球白菜根毛特异性响应机制 | 首次构建了不结球白菜正常和盐胁迫条件下根尖的单细胞转录组和染色质可及性图谱 | 研究聚焦于不结球白菜,其他作物中的普适性需要进一步验证 | 探究植物根系对盐胁迫的响应机制,特别是根毛分化的分子基础 | 不结球白菜(NHCC)根尖细胞 | 植物生物学 | 非疾病研究 | 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
6028 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10130-2
PMID:40274661
|
研究论文 | 本研究通过结合bulk和单细胞RNA测序分析,开发了基于氧化应激相关基因的乳腺癌预后基因特征 | 首次结合bulk和单细胞RNA测序构建氧化应激相关基因特征,并识别TFAP2B作为基底样乳腺癌的关键调控因子 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 开发基于氧化应激相关基因的预后特征以评估乳腺癌患者预后和免疫状态 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Lasso回归, 多变量Cox回归 | 基因表达数据, 临床信息 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6029 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669
PMID:40319976
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示绵羊乳腺在哺乳期细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化 | 首次在绵羊乳腺中应用单细胞转录组学技术,系统描绘哺乳期细胞图谱并揭示成纤维细胞-上皮细胞互导驱动的胶原重塑机制 | 仅分析了产后60天和150天两个时间点,未能覆盖整个哺乳周期;物种间比较仅限于细胞类型保守性分析 | 解析绵羊乳腺在哺乳期的细胞结构和分子调控机制 | 绵羊乳腺组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 产后60天和150天两个时间点的绵羊乳腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6030 | 2025-10-06 |
KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095
PMID:40354856
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析鉴定糖尿病足溃疡中内质网应激关键介质KDELR3和YOD1蛋白作为潜在治疗靶点 | 首次系统鉴定糖尿病足溃疡中内质网应激相关差异表达蛋白,并通过多组学分析揭示KDELR3和YOD1的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索糖尿病足溃疡发病机制中的内质网应激关键蛋白及其治疗潜力 | 糖尿病足溃疡患者组织样本和GEO数据库数据集 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习, 分子对接, qRT-PCR, 孟德尔随机化分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | GEO数据库糖尿病足溃疡数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6031 | 2025-10-06 |
The Potential Role of Monocyte-Derived Macrophages in Preventing Malarial Parasitemic Recrudescence in a Mouse Model
2025-Jun, Parasite immunology
IF:1.4Q3
DOI:10.1111/pim.70010
PMID:40459245
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究单核细胞来源巨噬细胞在预防疟疾寄生虫血症复发中的潜在作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析疟疾感染过程中脾脏吞噬细胞的动态变化,揭示MDMs在控制寄生虫血症复发中的新作用机制 | 研究仅限于小鼠模型,CCR2小鼠实验表明单核细胞向MDMs的转化可能不存在于该模型中 | 探究特定吞噬细胞类型在控制疟疾寄生虫复发中的作用机制 | 感染Plasmodium chabaudi chabaudi AS的小鼠脾脏吞噬细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6032 | 2025-10-06 |
TRAF3 as a potential diagnostic biomarker for recurrent pregnancy loss: insights from single-cell transcriptomics and machine learning
2025-May-31, BMC pregnancy and childbirth
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s12884-025-07742-6
PMID:40450232
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析和机器学习技术,探索TRAF3作为复发性流产潜在诊断标志物的价值 | 首次结合单细胞转录组学和机器学习方法鉴定TRAF3作为RPL的诊断标志物,并发现特定dNK细胞亚型在RPL中的作用机制 | 样本量有限,需要更大规模的研究验证诊断模型的临床适用性 | 探索复发性流产的发病机制并寻找潜在诊断标志物和治疗靶点 | 复发性流产患者和正常妊娠女性的蜕膜组织 | 生物信息学 | 复发性流产 | 单细胞转录组测序, RT-PCR, 免疫组织化学, 分子对接分析 | 机器学习, WGCNA | 单细胞转录组数据 | RPL患者和正常妊娠女性的蜕膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6033 | 2025-10-06 |
Temporally resolved single-cell RNA sequencing reveals protective and pathological responses during herpes simplex virus CNS infection
2025-May-31, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03471-x
PMID:40450318
|
研究论文 | 本研究通过时间分辨单细胞RNA测序揭示了单纯疱疹病毒中枢神经系统感染期间的保护性和病理性免疫反应 | 首次在时间维度上解析HSV-1感染中枢神经系统期间的单细胞转录组动态变化,并识别出病毒特异性激活的小胶质细胞亚群 | 研究仅限于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证;空间转录组分析可能受技术分辨率限制 | 阐明HSV-1感染中枢神经系统期间的免疫细胞动态和分子机制 | HSV-1感染的小鼠脑干组织 | 单细胞组学 | 病毒感染性脑炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | HSV-1感染小鼠模型 | NanoString | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组技术 |
6034 | 2025-10-06 |
Human endothelial cells promote a human neural stem cell type B phenotype via Notch signaling
2025-May-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60194-6
PMID:40447618
|
研究论文 | 研究发现人内皮细胞通过Notch信号通路促进人神经干细胞向B型表型分化 | 首次揭示人内皮细胞通过Notch-DLL4信号轴调控人神经干细胞B型表型,并鉴定了S100A6和LeX作为人B型细胞新标志物 | 研究主要关注Notch信号通路,可能还存在其他调控机制未探索 | 探究人内皮细胞与人神经干细胞间的相互作用机制 | 人神经干细胞和人内皮细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫染色 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6035 | 2025-10-06 |
Immunogenicity and cellular response of a herpes zoster virus gEgI fusion protein adjuvanted with CpG-emulsion in mice
2025-May-30, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03423-w
PMID:40448056
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型带状疱疹疫苗,通过gEgI融合蛋白与CpG-乳剂复合佐剂XUA09C的组合,在小鼠模型中评估其免疫原性和细胞免疫反应 | 开发了gE和gI的融合蛋白疫苗,并采用新型复合佐剂XUA09C,相比现有疫苗Shingrix能诱导更强的T细胞反应和早期免疫激活 | 研究目前仅限于小鼠模型,尚未进行人体临床试验 | 开发更安全、更易获取的带状疱疹疫苗替代方案 | 成年小鼠、VZV预免疫小鼠和老年小鼠 | 免疫学 | 带状疱疹 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠群体(成年、VZV预免疫、老年) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6036 | 2025-10-06 |
Multiplex imaging reveals novel patterns of MRTFA/B activation in the breast cancer microenvironment
2025-May-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06559-3
PMID:40448123
|
研究论文 | 通过多重成像技术研究MRTFA/B在乳腺癌微环境中的表达模式和激活状态 | 首次在人类乳腺癌中发现MRTFA/B在肿瘤微环境中的差异表达模式,特别是MRTFA在非裔美国患者转移瘤中高表达及其在血管周围抗原呈递细胞中的特异性表达 | 研究主要基于组织微阵列和生物信息学分析,需要进一步功能验证实验 | 探究MRTFA/B转录因子在乳腺癌进展和转移中的作用机制 | 乳腺癌组织样本、肿瘤微环境细胞(癌细胞、内皮细胞、抗原呈递细胞) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多重免疫荧光、生物信息学分析、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 两个乳腺癌组织微阵列(CHTN_BrCaProg3和UIC-001-TMA),包含原发肿瘤和淋巴结转移样本 | Broad Institute | 单细胞RNA测序 | NA | Broad Institute单细胞RNA测序门户 |
6037 | 2025-10-06 |
INBRX-106: a hexavalent OX40 agonist that drives superior antitumor responses via optimized receptor clustering
2025-May-21, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011524
PMID:40404202
|
研究论文 | 本文介绍了一种新型六价OX40激动剂INBRX-106,通过优化受体聚类增强抗肿瘤免疫反应 | 开发了首个六价OX40激动剂,能够独立于Fc介导的交联实现优化的受体三聚体结合,显著增强下游信号传导 | NA | 评估六价OX40激动剂INBRX-106在增强抗肿瘤T细胞反应中的疗效和机制 | T细胞、小鼠肿瘤模型、离体人类样本、临床试验患者样本 | 免疫治疗 | 癌症 | NF-kß报告基因检测、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 分子信号数据、细胞图像、基因表达数据、临床样本数据 | 小鼠肿瘤模型、离体人类样本、I/II期临床试验患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6038 | 2025-06-04 |
Correction to: "GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish"
2025-May-19, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqaf098
PMID:40457745
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
6039 | 2025-10-06 |
PERK+ Macrophages Drive Immunotherapy Resistance in Lymph Node Metastases of Oral Squamous Cell Carcinoma
2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135
PMID:40036693
|
研究论文 | 本研究系统评估了口腔鳞状细胞癌淋巴结转移灶对新辅助免疫治疗的病理反应差异,并发现PERK+巨噬细胞是导致治疗抵抗的关键因素 | 首次在淋巴结转移灶中发现PERK+巨噬细胞通过内质网应激反应和细胞外基质重塑导致免疫治疗抵抗 | 样本量有限,研究结果需要在更大规模临床试验中验证 | 评估口腔鳞癌淋巴结转移灶对免疫治疗的病理反应并寻找改善治疗效果的潜在靶点 | 口腔鳞状细胞癌患者及其淋巴结转移灶 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞转录组学,空间转录组学,多重免疫组化 | NA | 转录组数据,图像数据 | 参与II期临床试验的口腔鳞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
6040 | 2025-10-06 |
Systematic evaluation of single-cell RNA-seq analyses performance based on long-read sequencing platforms
2025-May, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.05.020
PMID:38782298
|
研究论文 | 系统评估基于长读长测序平台的单细胞RNA-seq分析性能 | 首次系统比较牛津纳米孔和PacBio长读长测序技术在单细胞RNA-seq分析中的性能表现 | 仅评估了两种长读长测序平台,未涵盖其他新兴技术 | 评估长读长测序平台在单细胞转录组分析中的性能表现 | 单细胞cDNA文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | NA | 测序数据 | 不同细胞数量的单细胞cDNA文库 | Oxford Nanopore Technologies, Pacific Biosciences | 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | ONT, PacBio | 第三代测序技术平台 |