单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6021	2024-12-13	Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06548-w PMID:37968388	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	首次将单细胞RNA测序应用于全胚胎表型分析，提供了前所未有的广度和分辨率	研究仅限于胚胎发育的特定阶段（胚胎第13.5天），且样本量相对较小	建立一种可扩展的平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	22种突变型和4种野生型小鼠胚胎的单细胞RNA测序数据	数字病理学	发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	101个胚胎，包括22种突变型和4种野生型
6022	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
6023	2024-12-13	Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo 2023-08-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873 PMID:37531416	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α	首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者	鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响	HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用	基因组学	HIV感染	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者）
6024	2024-12-13	Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.03.539288 PMID:37205402	研究论文	研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用	通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现	探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础	小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠眼杯样本
6025	2024-12-12	Identification and validation of serum MUC17 as a non-invasive early warning biomarker for screening of gastric intraepithelial neoplasia 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102207 PMID:39580962	研究论文	本文研究了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物的鉴定和验证	首次鉴定并验证了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性生物标志物，具有高胃癌特异性	研究主要基于数据库数据和临床样本的验证，未来需要更大规模的临床试验来进一步验证其有效性	寻找和验证胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物	MUC17在胃上皮内瘤变中的表达及其作为生物标志物的潜力	NA	胃癌	scRNA-seq, IHC, Elisa	NA	mRNA数据, 基因列表	临床患者的血清和组织样本，涵盖不同病理阶段
6026	2024-12-12	Single-cell analysis combined with transcriptome sequencing identifies autophagy hub genes in macrophages after spinal cord injury 2025-Jan, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110412 PMID:39612968	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	首次通过单细胞RNA测序和转录组测序的联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	实验仅限于脊髓损伤后的巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或疾病模型	探索脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化及其分子机制	脊髓损伤后的巨噬细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
6027	2024-12-12	Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111351 PMID:39650727	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39	首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性	研究主要基于Visium空间转录组学数据，可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性	探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定与Gleason评分进展相关的基因	前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA	转录组数据	NA
6028	2024-12-12	Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401392R PMID:39652089	研究论文	本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响，发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖	首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，缺乏人体临床数据	探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制	角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为	NA	NA	RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 细胞行为数据	人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞
6029	2024-12-12	Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902 PMID:39349007	研究论文	本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌（HCC）中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用	首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达，从而增强CD8+ T细胞浸润，抑制HCC进展	NA	探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因，并提出重塑HCC微环境的新治疗策略	肝细胞癌（HCC）中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能	数字病理学	肝细胞癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	使用HCC小鼠模型进行实验
6030	2024-12-12	RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases 2024-Dec-10, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024 PMID:39658200	研究论文	本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序，研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性	本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术，揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性，并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法	本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病，且样本量有限	研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点	人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体	数字病理学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本，共分析了超过165,000个细胞
6031	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling 2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241305914 PMID:39648853	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卒中和创伤性脑损伤中的应用，讨论了当前的成就、挑战以及未来的发展方向	本文介绍了scRNA-seq技术的最新进展，包括空间转录组学的应用，以及如何结合蛋白质组学、代谢组学或染色质可及性数据进行未来研究	本文未详细讨论scRNA-seq技术在实际应用中的具体限制，如组织解离过程中引起的细胞应激反应	探讨scRNA-seq技术在卒中和创伤性脑损伤中的应用及其未来发展	卒中和急性创伤性脑损伤的单细胞RNA测序	数字病理学	脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
6032	2024-12-12	Advances in integrating single-cell sequencing data to unravel the mechanism of ferroptosis in cancer 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae025 PMID:38874174	综述	本文综述了单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的进展	单细胞测序技术提供了比传统批量测序更精细的细胞和分子特征信息，有助于揭示铁死亡相关的机制和途径	NA	探讨单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的应用	铁死亡相关的途径、免疫检查点、生物标志物以及与铁死亡相关的肿瘤细胞簇	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
6033	2024-12-12	A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae023 PMID:38860675	综述	本文系统总结了用于单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的最广泛认可的算法	提供了对该领域现有工具的全面总结，为开发新工具提供了有价值的见解和思路	NA	总结单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的算法	单细胞转录组和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6034	2024-12-12	A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae040 PMID:39426802	综述	本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展	本文探讨了现有方法的优缺点，并为未来工具开发提供了建议和方向	本文未提及具体方法的局限性，而是从整体上讨论了现有方法的局限性	回顾空间域识别研究的现状和进展，探讨现有方法的优缺点，并提供未来工具开发的建议和方向	空间转录组学中的空间域识别方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6035	2024-12-12	Single-cell transcriptome profiling of m6A regulator-mediated methylation modification patterns in elderly acute myeloid leukemia patients 2024-12-06, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00234-7 PMID:39641872	研究论文	本研究探讨了老年急性髓性白血病患者中单细胞转录组中m6A调控因子介导的甲基化修饰模式及其在造血细胞中的具体作用	首次揭示了m6A调控因子在老年急性髓性白血病患者造血细胞中的异常表达及其通过WNT信号通路和氧化磷酸化途径抑制细胞分化的机制，并提供了潜在的治疗靶点	研究主要基于体外实验和细胞系验证，缺乏临床样本的长期随访数据	揭示m6A甲基化修饰在老年急性髓性白血病患者中的病理机制	老年急性髓性白血病患者的造血干细胞、髓系细胞、T细胞和红细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用了THP-1和MV411细胞系进行验证，并进行了外部独立单细胞RNA测序数据集的验证
6036	2024-12-12	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	本文开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微机器人，通过嵌入磁性纳米颗粒链的超软水凝胶微球实现间充质干细胞的递送，并展示了其在动物模型中的治疗效果	创新的磁性软微机器人设计，结合了超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，能够有效递送间充质干细胞并清除活性氧，显著提高干细胞在海绵体组织中的保留率和存活率	NA	开发一种新型微机器人技术，用于改善间充质干细胞在勃起功能障碍治疗中的应用效果	磁性软微机器人、间充质干细胞、勃起功能障碍	NA	男性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	大鼠和比格犬的勃起功能障碍模型
6037	2024-12-12	Rescue of cochlear vascular pathology prevents sensory hair cell loss in Norrie disease 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2322124121 PMID:39585982	研究论文	研究通过条件激活β-catenin在血管内皮细胞中的稳定表达，探讨其在Norrie疾病小鼠模型中对耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失的修复作用	首次证明在耳蜗微血管中，β-catenin是norrin结合内皮细胞表面受体后的主要下游细胞内效应因子，并验证了恢复该信号通路足以防止感觉毛细胞死亡和听力损失	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Norrie疾病中耳蜗病理的修复机制	Norrie疾病小鼠模型的耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类耳蜗样本
6038	2024-12-12	Single-Cell Meta-Analysis Uncovers the Pancreatic Endothelial Cell Transcriptomic Signature and Reveals a Key Role for NKX2-3 in PLVAP Expression 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321781 PMID:39445426	研究论文	本研究通过单细胞元分析揭示了胰腺内皮细胞的转录组特征，并发现NKX2-3在PLVAP表达中的关键作用	首次定义了跨物种和发育阶段的胰腺内皮细胞特异性基因特征，并揭示了NKX2-3作为关键转录因子在胰腺内皮细胞中的作用	研究主要依赖于现有的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏倚	揭示胰腺内皮细胞的转录组特征及其在胰腺血管系统中的作用	胰腺内皮细胞及其特异性基因特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了多个单细胞和单核RNA测序数据集，具体样本数量未明确说明
6039	2024-12-12	Rhythmic IL-17 production by γδ T cells maintains adipose de novo lipogenesis 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08131-3 PMID:39478228	研究论文	本文研究了γδ T细胞产生的IL-17在维持脂肪组织从头脂肪生成中的节律性作用	首次揭示了IL-17产生的γδ T细胞依赖分子钟维持脂肪组织稳态，并展示了其在脂肪库中RORγt和IL-17A的强节律性表达	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证这些发现	探讨免疫系统的昼夜节律在免疫稳态中的作用，特别是IL-17在脂肪组织代谢中的作用	γδ T细胞、不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞以及脂肪组织中的从头脂肪生成	免疫学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
6040	2024-12-12	Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08133-1 PMID:39478225	研究论文	本文使用基于碱基编辑的DNA条形码系统，在肠道肿瘤发生的小鼠模型中全面绘制了单细胞谱系图谱，揭示了结直肠癌前病变的克隆演化过程	首次通过高分辨率单细胞谱系分析，揭示了结直肠息肉的克隆起源和多克隆到单克隆的转变过程，并发现了早期多克隆病变中的细胞间相互作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的批量测序数据，可能无法完全反映人类结直肠癌前病变的复杂性	揭示结直肠癌前病变的起源和演化过程，为早期干预提供理论基础	小鼠肠道肿瘤模型和人类散发性结直肠息肉	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、全基因组测序	NA	单细胞数据	260,922个单细胞，来自正常、炎症和肿瘤性肠道组织