单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6021	2024-11-20	Storm: Incorporating transient stochastic dynamics to infer the RNA velocity with metabolic labeling information 2024-Nov-18, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012606 PMID:39556617	研究论文	本文提出了一种名为Storm的新方法，通过解决基因表达动力学的随机微分方程，结合代谢标记信息来推断RNA速度	Storm方法克服了以往利用确定性动力学和稳态假设的不足，能够处理涉及瞬态过程的数据，并揭示时间依赖和细胞状态特异性的转录调控	NA	开发一种新的方法来推断RNA速度，并揭示基因表达动力学中的瞬态和随机特性	RNA速度、基因表达动力学、转录调控	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程	RNA测序数据	NA
6022	2024-11-20	scCancerExplorer: a comprehensive database for interactively exploring single-cell multi-omics data of human pan-cancer 2024-Nov-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1100 PMID:39558175	研究论文	开发了一个名为scCancerExplorer的综合数据库，用于交互式探索人类泛癌的单细胞多组学数据	填补了缺乏专门用于交互式探索人类泛癌单细胞多组学数据的数据库的空白	NA	开发一个用户友好的数据库，促进对单细胞基因组、表观基因组和转录组数据的探索	人类泛癌的单细胞基因组、表观基因组和转录组数据	数字病理学	泛癌	单细胞多组学	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	50种癌症类型
6023	2024-11-20	Single-cell expression and immune infiltration analysis of polyamine metabolism in breast cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01524-w PMID:39549127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和系统免疫学方法分析了乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系	首次结合单细胞RNA测序和系统免疫学方法，探讨了乳腺癌中多胺代谢与免疫微环境的相互作用	研究样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差	探讨乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系，为个性化治疗提供新思路	乳腺癌样本中的多胺代谢与免疫细胞浸润	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	46个乳腺癌增殖相关共表达模块
6024	2024-11-20	Single-cell data revealed the regulatory mechanism of TNK cell heterogeneity in liver metastasis from gastric cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01528-6 PMID:39549183	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析了胃癌肝转移中TNK细胞异质性的调控机制	首次揭示了TNK细胞亚群在胃癌肝转移中的关键作用及其调控机制	NA	分类与胃癌肝转移相关的细胞亚群，并探讨其与其他免疫细胞亚群的相互作用机制	胃癌肝转移中的TNK细胞亚群及其调控机制	数字病理学	胃癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	GSE163558数据集中的胃癌患者及其转移组样本
6025	2024-11-20	Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages 2024-Nov-16, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04081-7 PMID:39550363	研究论文	本文介绍了从胚胎到出生后阶段的小鼠胃食管发育的单细胞RNA测序数据集的技术质量	提供了全面的单细胞RNA测序数据集，捕捉了食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）在胚胎、新生儿和成年阶段的转录动态	未提及	研究胃食管交界处的发育和稳态失调，以阐明癌症发病机制	小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）	数字病理学	食管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个胚胎、新生儿和成年阶段的小鼠样本
6026	2024-11-20	GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54251-9 PMID:39550386	研究论文	研究揭示了GPRC5A在食管鳞状细胞癌早期肺转移中的作用及其分子机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌早期肺转移细胞的滋养层样'肿瘤植入'表型，并发现GPRC5A通过与WWP1相互作用促进LATS1的泛素化和降解，从而激活YAP1信号通路，促进肿瘤的植入和生长	研究样本量较小，仅涉及148例食管鳞状细胞癌患者，可能影响结果的普适性	探讨食管鳞状细胞癌早期肺转移的机制及潜在治疗靶点	食管鳞状细胞癌的早期肺转移细胞及其分子机制	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	148例食管鳞状细胞癌患者
6027	2024-11-19	Chrysalis: decoding tissue compartments in spatial transcriptomics with archetypal analysis 2024-Nov-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07165-7 PMID:39550461	研究论文	本文介绍了一种名为Chrysalis的计算方法，用于在空间转录组学中通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，无需外部参考数据	Chrysalis方法无需外部参考数据，通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，并提供独特的可视化方法	NA	开发一种无需外部参考数据的空间转录组学组织区室解析方法	空间转录组学中的组织区室	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	NA
6028	2024-11-20	The advance of single cell transcriptome to study kidney immune cells in diabetic kidney disease 2024-Nov-16, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03853-y PMID:39550562	综述	本文综述了单细胞转录组技术在糖尿病肾病中研究肾脏免疫细胞的应用	单细胞测序技术相比传统方法在解析细胞异质性、并行多组学研究和发现新细胞类型方面具有优势	由于肾脏结构和功能的复杂性和异质性，研究每种细胞类型在肾脏病理生理学中的功能仍具有挑战性	探讨单细胞转录组学在糖尿病肾病领域的应用，并强调通过scRNA-seq分析揭示免疫细胞在糖尿病肾病中的重要作用	糖尿病肾病中的肾脏免疫细胞，包括巨噬细胞、T细胞、B细胞等	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及肾脏活检和尿液样本的多种免疫细胞
6029	2024-11-20	Unveiling the role of Pleckstrin-2 in tumor progression and immune modulation: insights from a comprehensive pan-cancer analysis with focus on lung cancer 2024-11-15, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00225-8 PMID:39546161	研究论文	研究探讨了Pleckstrin-2（PLEK2）在肿瘤进展和免疫调节中的作用，特别是在肺癌中的表现	系统分析了PLEK2在多种癌症中的表达模式、预后相关性和功能影响，并发现PLEK2抑制剂Navitoclax的潜在应用	研究主要基于TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，可能存在数据来源的局限性	揭示PLEK2在肿瘤进展和免疫调节中的作用，寻找新的生物标志物和治疗靶点	PLEK2在多种癌症中的表达、预后影响及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	使用了来自TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，具体样本数量未明确提及
6030	2024-11-20	Analysis of single-cell RNA sequencing in human oocytes with diminished ovarian reserve uncovers mitochondrial dysregulation and translation deficiency 2024-Nov-15, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01321-8 PMID:39548561	研究论文	本研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢储备减少（DOR）患者卵母细胞的转录组变化，揭示了线粒体功能失调和翻译缺陷	首次采用单细胞RNA测序技术揭示DOR卵母细胞的转录组变化，并发现PLAG1-IGF2轴的失调可能与DOR卵母细胞质量下降有关	研究仅限于GV阶段的DOR卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	揭示卵巢储备减少患者卵母细胞的特定致病机制	卵巢储备减少患者的卵母细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	DOR卵母细胞和对照卵母细胞
6031	2024-11-20	Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma 2024-Nov-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02168-8 PMID:39548577	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，鉴定出COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞和空间转录组学技术，在未分化多形性肉瘤中鉴定出COL6A3作为预后生物标志物，并验证了其在预测总体生存和无转移生存中的有效性	研究样本量较小，仅包括5个AFX和PDS活检样本以及1个PDS切除样本	鉴定未分化多形性肉瘤中的预后生物标志物	未分化多形性肉瘤（UPS）及相关肿瘤	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	5个AFX和PDS活检样本，1个PDS切除样本，以及46个和38个独立的UPS肿瘤样本
6032	2024-11-20	Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621506 PMID:39554115	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异，探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用	首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达，可能与内脏奖励信号的不对称编码有关	研究仅限于大鼠和小鼠，尚未在人类中验证	探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用	大鼠和小鼠的左右迷走神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本
6033	2024-11-20	Identifying a CD8T cell signature in the tumor microenvironment to forecast gastric cancer outcomes from sequencing data 2024-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-603 PMID:39554559	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因，预测胃癌患者的预后	首次利用CD8T细胞相关基因构建胃癌预后预测模型	研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限	探索肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因在胃癌预后预测中的作用	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8T细胞相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞mRNA测序	Cox回归模型	基因数据	TCGA数据库中的胃癌患者数据
6034	2024-11-20	Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619858 PMID:39554071	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织的单细胞多组学数据，揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在驱动纤维化基因程序中的作用	开发了HALO算法，验证了AP-1、RUNX和EGR转录因子在控制纤维化基因程序中的活性，并建立了转录因子-调控元件-基因网络	NA	探讨转录因子在纤维化肺病中的调控机制	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（snRNA-seq）和单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	神经网络工具ChromBPNet	基因组数据	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织
6035	2024-11-20	Landscape of immune cells in systematic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection: assessed by single-cell sequencing 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead673 PMID:38078808	研究论文	研究分析了系统性红斑狼疮患者在有无EB病毒感染情况下的免疫细胞和B细胞受体（BCR）谱，并通过单细胞RNA测序识别两者之间的差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，揭示了CD8+增殖T细胞比例和IFN-α/β通路在感染组中的变化	样本量较小，仅包括两名健康对照，可能影响结果的普遍性	分析系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，以更好地理解免疫反应机制	系统性红斑狼疮患者及其在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共8名参与者，包括2名SLE-EBV+患者，4名SLE-EBV-患者和2名健康对照，共获得83,478个细胞
6036	2024-11-20	Biallelic RXFP2 variants lead to congenital bilateral cryptorchidism and male infertility, supporting a role of RXFP2 in spermatogenesis 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae195 PMID:39222519	研究论文	研究探讨了RXFP2基因的双等位变异如何导致先天性双侧隐睾和男性不育，并支持RXFP2在精子发生中的作用	首次在人类病例中证实RXFP2在精子发生成熟中的作用，并发现双等位变异导致男性不育	目前仅基于一个家庭的研究，需要更多病例验证	探讨RXFP2基因变异对男性生育能力的影响	RXFP2基因及其在精子发生中的作用	NA	男性不育	长读长测序、单细胞RNA测序、环AMP报告基因检测	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	一个家庭中的两名男性成员
6037	2024-11-20	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for human testicular ageing 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae199 PMID:39241251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸衰老的转录组图谱和潜在靶点	首次提供了年轻和老年人类睾丸的全面单细胞转录组图谱，并揭示了与睾丸衰老相关的分子机制和潜在治疗靶点	由于收集人类睾丸组织的困难，样本量有限，未来需要进一步的功能和机制研究	探讨人类睾丸衰老的分子基础和潜在治疗靶点	年轻和老年人类睾丸组织中的单细胞转录组	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6个年轻个体和6个老年个体的睾丸组织样本，以及10个年轻捐赠者和10个老年捐赠者的更大样本集
6038	2024-11-20	The Inflammatory Characteristics of Symptomatic Glioma Associated With Poor Prognosis and Chemoresistance via Tumor Necrosis Factor Signaling Pathway 2024-Oct, Brain tumor research and treatment DOI:10.14791/btrt.2024.0035 PMID:39542520	研究论文	研究分析了有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异，发现有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	首次揭示了有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	研究为回顾性分析，样本量有限，需要进一步的前瞻性研究验证	探讨有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异及其对预后和化疗耐药的影响	有症状和无症状胶质瘤样本	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序 (RNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA数据	TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本
6039	2024-11-20	Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae586 PMID:39550222	研究论文	本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题	scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性	单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	Transformer	基因表达数据	九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集
6040	2024-11-20	Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data 2024-09-03, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021 PMID:38504523	研究论文	本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法	该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性	NA	研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制	卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序	RNA剪接多元模型	转录组数据	卵巢癌和肺癌来源的细胞系