单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6001	2024-08-05	Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT 2024-07, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822 PMID:38852289	研究论文	本研究重新分析了一项来自PDAC的单细胞RNA测序数据集，探讨了肿瘤及正常组织的异质性，重点关注Treg细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用	首次揭示了PDAC中自然Tregs与诱导Tregs的数量差异，以及它们与其他细胞类型之间的关键通信途径	本研究主要依赖于已有的数据集，缺乏来自临床样本的直接验证	研究PDAC中的调节性T细胞与其他细胞在肿瘤微环境中的交互作用	调节性T细胞（Tregs）及其与其他肿瘤微环境细胞的相互作用	数字病理学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	NA
6002	2024-12-08	Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232192 PMID:38597954	研究论文	研究定义了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应	首次详细描述了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中对间质巨噬细胞的感染及其引发的炎症和纤维化反应	研究仅限于健康人肺组织的体外实验，未涉及临床患者样本	揭示COVID-19早期阶段病毒感染和炎症反应的机制	SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的感染和转录组变化	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康人肺组织样本
6003	2024-08-04	Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae329 PMID:38975895	研究论文	本文介绍了一种新方法stCluster，用于提高空间转录组数据的空间域识别准确性	stCluster结合了图对比学习和多任务学习，以优化空间转录组数据的表示	目前还未提及具体的局限性	优化空间转录组数据的解读，以更好地识别复杂空间域	空间转录组数据以及其与基因表达和空间组织的关系	数字病理学	NA	图对比学习	NA	空间转录组数据	覆盖组织、器官和胚胎等多个数据集和平台
6004	2024-08-05	The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients 2024-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805 PMID:38669865	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞在结直肠癌患者临床结果和免疫检查点抑制治疗中的作用	研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性与患者预后及免疫疗法反应之间的关系	研究仅基于60名结直肠癌患者的数据，样本量相对较小	了解肿瘤相关巨噬细胞的异质性如何影响结直肠癌的临床结果和免疫治疗指征	结直肠癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	60名结直肠癌患者
6005	2025-01-28	Gene regulatory patterning codes in early cell fate specification of the C. elegans embryo 2024-Jan-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87099 PMID:38284404	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，确定了C. elegans胚胎1至102细胞阶段的转录组，揭示了119种胚胎细胞状态，并发现基因表达程序根据亚细胞谱系模块化	首次系统地研究了C. elegans胚胎早期和晚期原肠胚形成中间阶段的转录组，揭示了基因表达程序的模块化和同源基因调控模式的深度同源性	研究主要集中于C. elegans胚胎，可能不适用于其他物种	研究C. elegans胚胎早期细胞命运指定中的基因调控模式	C. elegans胚胎1至102细胞阶段的细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1至102细胞阶段的C. elegans胚胎细胞
6006	2024-10-24	Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages alters the epigenetic state to determine strain specific synergistic responses to LPS 2024-Jan-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3759654/v1 PMID:38712032	研究论文	研究探讨了不同遗传背景下IL-4激活的组织驻留巨噬细胞对LPS刺激的协同反应	揭示了遗传变异通过改变IL-4诱导的细胞内在表观遗传重编程，导致对LPS暴露的特定品系协同反应	NA	研究不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞对多重刺激的整合机制	C57BL/6和BALB/c品系的组织驻留巨噬细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	混合骨髓嵌合小鼠
6007	2024-08-07	The role of T cells and shared genes in psoriasis and inflammatory bowel disease based on single-cell RNA and comprehensive analysis 2023-11, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2023.152754 PMID:37806279	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和综合分析，探讨了银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用	本文通过单细胞RNA分析和免疫浸润分析，发现了在疾病中显著升高的CD4 T和γδ T细胞，并确定了具有优异诊断特性的共享基因	NA	研究银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用及其在疾病机制中的重要性	银屑病和炎症性肠病中的T细胞和共享基因	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
6008	2024-08-07	Single-cell transcriptional gene signature analysis identifies IL-17 signaling pathway as the key pathway in sepsis 2023-11, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2023.152763 PMID:38039751	研究论文	本研究通过单细胞转录组基因特征分析，识别出IL-17信号通路在脓毒症中的关键作用	首次通过单细胞转录组分析揭示了IL-17信号通路在脓毒症中的重要作用，并验证了该通路相关基因在脓毒症患者中的上调表达	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	旨在识别与脓毒症临床严重程度和预后相关的关键通路，为脓毒症的诊断和治疗提供潜在的生物标志物和治疗靶点	健康对照人群和脓毒症患者的单细胞转录组数据	数字病理学	脓毒症	单细胞转录组测序	t-SNE和UMAP降维分析	转录组数据	使用了来自脓毒症数据库GSE167363、GSE100159和GSE133822的血液样本数据
6009	2025-01-29	Single-cell atlas of multilineage cardiac organoids derived from human induced pluripotent stem cells 2022-Oct, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnac002 PMID:39871934	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6010	2025-01-28	Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis 2025-Feb-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629 PMID:39603130	研究论文	本文研究了二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）通过诱导巨噬细胞焦亡和释放外泌体，进而驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化，促进肺纤维化的机制	揭示了SiNPs通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体释放，调控TGF-β信号通路，促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	揭示二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）、巨噬细胞、成纤维细胞、外泌体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量miRNA测序、高光谱成像、人工智能病理识别	NA	RNA测序数据、高光谱图像	体外和体内矽肺模型
6011	2025-01-28	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	本文探讨了常驻滑膜巨噬细胞（RSMs）在滑液中的存在及其对免疫调节的影响	创建了一种新型的体外模型来验证人类滑膜中的RSMs，并发现这些细胞在炎症性关节炎中上调了促纤维化和促破骨细胞途径	滑膜屏障破裂后，这些细胞是否持续或引发滑液中的慢性炎症仍未知	识别人类滑液中的RSMs作为滑膜屏障完整性的间接测量	人类滑液和滑膜	免疫学	关节炎	scRNA-seq	体外模型	基因表达数据	NA
6012	2025-01-28	The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress 2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453941 PMID:39868728	研究论文	本研究通过结合与缺氧和内质网应激相关的基因，构建了一个乳腺癌预后模型	结合缺氧和内质网应激相关基因构建预后模型，并分析免疫浸润和药物敏感性	未提及样本量是否足够大，以及模型在其他数据集上的验证情况	预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq	Cox回归和Lasso回归	RNA-seq数据和临床数据	未明确提及具体样本量
6013	2025-01-28	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	本文通过一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19疫苗接种对78名无症状感染者的T细胞和抗体反应的长期影响	研究发现，尽管抗体滴度随每次加强针逐渐增加并稳定，T细胞反应迅速达到平台期并保持稳定，且约30%的参与者显示出对非Spike抗原的CD4+ T细胞反应	研究仅限于无症状感染者，未涵盖有症状感染者的免疫反应	探讨多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名无症状感染者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名无症状感染者
6014	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
6015	2025-01-28	Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics 2024-Dec-18, Brain structure & function IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00429-024-02865-6 PMID:39692769	研究论文	本文通过空间转录组学技术揭示了人类胎儿大脑皮层早期发育中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异	首次在转录组水平上深入研究了人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域的细胞结构特征，并保留了空间信息	研究仅关注了15个孕周后的胎儿大脑发育，未涵盖其他关键发育阶段	探讨人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异及其分子机制	人类胎儿额叶的背侧和眶基底区域	空间转录组学	NA	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)	NA	基因表达数据	15个孕周后的胎儿大脑样本
6016	2025-01-28	Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007 PMID:39395421	研究论文	本文研究了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）中髓系细胞的作用及其受组蛋白突变影响的转录特征	揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤中的肿瘤促进作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗机会	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及其受组蛋白突变影响的机制	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）和弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	肿瘤学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	小鼠模型和人类pHGG样本
6017	2025-01-28	Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004 PMID:39476842	研究论文	本文探讨了mRNA多聚腺苷化和N6-甲基腺苷（m6A）修饰如何维持抗体分泌细胞（ASCs）中IgG1抗体的产生	揭示了m6A修饰和YTHDF1在维持IgG1抗体转录本稳态中的新机制	研究主要基于小鼠模型和系统性红斑狼疮患者，可能不适用于其他疾病或物种	研究RNA转录后修饰对抗体稳态的影响	抗体分泌细胞（ASCs）和IgG1抗体	分子生物学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型
6018	2025-01-28	Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade 2024-Nov-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012 PMID:39423817	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药的机制，并探讨了CTLA4阻断在克服TKI耐药中的潜力	研究发现TKI治疗提高了T细胞中免疫检查点CTLA4的表达，揭示了肿瘤源性HMGB1在TKI响应中的免疫调节作用，并展示了CTLA4阻断与TKI联合治疗在TKI耐药模型中的增强效果	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨肺癌脑转移中TKI耐药的机制，并寻找克服耐药的治疗策略	肺癌脑转移患者和小鼠模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多样遗传背景和TKI治疗历史的肺癌脑转移样本
6019	2025-01-28	Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants 2024-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181561 PMID:39329745	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物科学中的应用，并探讨了其潜力和挑战	首次全面回顾了scRNA-seq在植物科学中的研究进展，并提出了五个数据库以帮助识别不同细胞类型的表达标记基因	scRNA-seq在植物科学中的全部潜力尚未完全阐明，且存在一些潜在问题和挑战	探索scRNA-seq技术在植物研究中的应用，并为未来研究提供理论基础	植物组织，特别是模式植物、作物和木材	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
6020	2025-01-28	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	研究论文	本文介绍了一种新型的非侵入性小鼠模型，用于研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了该模型在发育延迟和运动缺陷方面的表现，以及单核细胞中炎症通路的激活	该模型首次将妊娠晚期的母体免疫激活（MIA）与出生后的缺氧相结合，模拟HIE的发病机制，并揭示了微胶质细胞中炎症基因的上调	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，且HIE在临床上具有异质性，导致人类中的结果多种多样	研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE）的发病机制及其对发育和运动功能的影响	小鼠模型	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA