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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6001 | 2025-10-06 |
Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts
2024-07-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004895
PMID:38294835
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综述 | 本文批判性评估了分子诊断技术在心移植排斥反应诊断中的局限性 | 首次系统分析分子诊断在心移植活检中应用的注意事项和分类方法缺陷 | 基于组织学标签的基因列表存在可重复性问题,分子分类与组织学诊断一致性低(仅40%),治疗意义未探索 | 评估分子诊断技术区分心移植排斥反应类型的准确性和可靠性 | 心脏移植活检样本 | 分子诊断 | 心血管疾病 | 分子分类器分析,生物信息学分析,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6002 | 2025-10-06 |
MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection
2024-05-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004899
PMID:38238904
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研究论文 | 本研究揭示了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥期间促炎性移植物浸润巨噬细胞免疫代谢重编程中的关键作用 | 首次发现MEK1/2-PKM2通路调控移植物浸润巨噬细胞的免疫代谢重编程,并证实MEK1/2抑制剂trametinib可改善慢性心脏移植排斥 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究心脏移植排斥过程中移植物浸润巨噬细胞免疫代谢表型的分子调控机制 | 心脏移植物浸润免疫细胞,特别是巨噬细胞 | 免疫代谢学 | 心脏移植排斥 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,基因敲除 | 小鼠移植模型 | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6003 | 2025-10-06 |
Sequencing of Physically Interacting Cells in Human Kidney Allograft Rejection to Infer Contact-dependent Immune Cell Transcription
2024-02-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004762
PMID:37638864
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术推断人类肾脏移植排斥反应中物理相互作用细胞的转录程序 | 开发了结合CD45阳性富集策略和CITE-seq的测序物理相互作用细胞计算方法,能够从单细胞RNA测序数据中推断细胞间物理接触的转录特征 | 样本量相对较小(11例活检样本),空间信息在单细胞测序过程中丢失 | 研究人类肾脏移植排斥反应中免疫细胞间物理接触依赖的转录调控机制 | 人类肾脏移植活检样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 肾脏移植排斥反应 | 单细胞RNA测序,CITE-seq(转录组和表位细胞索引测序) | 测序物理相互作用细胞计算方法 | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 11例人类肾脏移植活检样本,产生31,203个高质量单细胞文库 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10X Genomics平台 | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
6004 | 2025-10-06 |
Multiomics Data Reveal the Important Role of ANXA2R in T Cell-mediated Rejection After Renal Transplantation
2024-02-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004754
PMID:37677931
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了ANXA2R在肾移植后T细胞介导排斥反应中的关键作用 | 首次发现ANXA2R作为新型TCR相关基因在TCMR中发挥重要作用,并证实ANXA2R+CD8+T细胞在排斥反应中显著增加 | 样本量相对有限(12个多组学数据集,23个病理切片),需要更大规模研究验证 | 阐明肾移植后T细胞介导排斥反应的TCR受体库特征并识别新的治疗靶点 | 肾移植患者的移植肾组织 | 生物信息学 | 肾移植排斥反应 | 多组学分析,单细胞转录组测序,免疫荧光染色,基因集富集分析 | TRUST4算法,多种免疫细胞浸润算法 | 多组学数据,转录组数据,单细胞数据,病理图像 | 12个多组学数据集,23个临床病理切片 | NA | 单细胞转录组测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
6005 | 2025-10-06 |
Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.87201
PMID:38389849
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用 | 发现具有中间表型的巨噬细胞样平滑肌细胞亚型,并鉴定IRF8通过激活NF-κB信号通路促进平滑肌细胞向巨噬细胞转分化的新机制 | NA | 探究晚期动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞表型多样性及其分子机制 | 人颈动脉粥样硬化斑块组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, bulk RNA-seq, 谱系追踪技术 | NA | 单细胞转录组数据, bulk RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6006 | 2025-10-06 |
Mrc1+ macrophage-derived IGF1 mitigates crystal nephropathy by promoting renal tubule cell proliferation via the AKT/Rb signaling pathway
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.89174
PMID:38389846
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Mrc1+巨噬细胞来源的IGF1通过AKT/Rb信号通路促进肾小管细胞增殖,从而缓解晶体肾病的机制 | 首次构建了乙醛酸盐诱导晶体肾病的单细胞图谱,发现Mrc1巨噬细胞亚型通过分泌IGF1促进肾小管修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究晶体肾病中的细胞特征和细胞间通讯,寻找潜在治疗靶点 | 小鼠肾脏细胞,包括肾小管细胞、免疫细胞和间质细胞 | 单细胞生物学 | 晶体肾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat, CellChat | 单细胞转录组数据 | 超过40000个单细胞,来自不同时间点(0,1,4,7天)的乙醛酸盐处理小鼠肾脏 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
6007 | 2025-10-06 |
Opportunities for High-plex Spatial Transcriptomics in Solid Organ Transplantation
2023-12-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004587
PMID:36944604
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综述 | 探讨高plex空间转录组技术在实体器官移植领域的应用潜力 | 首次系统阐述空间转录组技术从神经科学和肿瘤学领域向移植科学拓展的应用前景 | 目前该技术在移植领域尚未实际应用,主要基于理论探讨 | 探索空间转录组技术在移植诊断、监测和研究中的潜在价值 | 移植患者群体及其相关器官组织 | 空间转录组学 | 器官移植相关疾病 | 空间转录组技术,下一代测序 | NA | mRNA转录组空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6008 | 2025-10-06 |
Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma
2022-Sep-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01110-1
PMID:36153593
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研究论文 | 本研究通过多组学技术分析原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤异质性和T细胞耗竭特征 | 首次结合单细胞RNA测序、B细胞受体测序和空间转录组学技术系统揭示PCNSL的瘤内异质性及T细胞耗竭空间分布特征 | 样本量有限且仅来自活检组织、血液和脑脊液,可能无法完全代表肿瘤整体特征 | 深入表征原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤异质性和免疫微环境特征 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤患者活检组织、血液和脑脊液样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,B细胞受体测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,B细胞受体序列数据 | 未明确具体样本数量(包含活检组织、血液和脑脊液样本) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
6009 | 2025-10-06 |
Advances in CRISPR/Cas13a-based biosensors for non-coding RNA detection
2025-Nov-01, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2025.128223
PMID:40300474
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综述 | 全面综述基于CRISPR/Cas13a的生物传感器在非编码RNA检测中的机制发展、信号检测方法集成及便携设备进展 | 系统整合CRISPR/Cas13a技术与多种信号转导系统(荧光/电化学/比色法/SERS),并推动便携式检测设备开发 | 未涉及具体实验验证数据,主要聚焦技术原理与系统综述 | 探讨CRISPR/Cas13a生物传感器在非编码RNA检测中的技术进展与应用前景 | 调控性非编码RNA | 生物传感技术 | NA | CRISPR/Cas13a, 荧光检测, 电化学检测, 比色法, 表面增强拉曼光谱 | NA | RNA分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 纳米孔测序 | NA | NA |
6010 | 2025-10-06 |
Cell Fate Determination of the Potato Shoot Apex and Stolon Tips Revealed by Single-Cell Transcriptome Analysis
2025-Jul, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15459
PMID:40095217
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的细胞命运决定机制 | 首次构建马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的单细胞转录图谱,鉴定23个细胞簇并发现激素相关基因的差异表达模式 | 研究仅限于转录组层面,未进行功能验证实验 | 探究马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的转录差异及其发育机制 | 马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6011 | 2025-10-06 |
The integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals the tumor microenvironment and spatial organization of testicular diffuse large B-cell lymphomas
2025-Jul, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2024.101475
PMID:40453362
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境空间组织结构 | 首次系统揭示睾丸DLBCL的肿瘤微环境空间架构,发现耗竭CD8 T细胞围绕肿瘤B细胞、巨噬细胞环绕耗竭T细胞的空间分布模式 | 仅基于单个患者样本,样本量有限,需要更多病例验证 | 解析睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境组成和空间组织结构 | 睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤患者组织样本 | 空间转录组学 | 睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 19,559个单细胞,来自1例PT-DLBCL患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6012 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone
2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf043
PMID:40143416
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术,揭示了小鼠骨骼中表达Sox9的祖细胞在出生后仍能分化为多种骨骼谱系细胞 | 首次证明出生后骨骼中所有成骨细胞前体细胞均来源于表达Sox9的祖细胞,并鉴定了一种位于软骨膜和生长板软骨细胞柱之间的特殊软骨细胞群 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究小鼠骨骼中成骨细胞谱系的细胞来源和发育路径 | 小鼠骨骼组织中的多种细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠骨骼组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6013 | 2025-10-06 |
Mechanotransduction Mediated by PDLIM5: The Critical Role of Serpin E2/Integrin β3-Cytoskeleton-Nucleoskeleton Axis in Mechanical Osteogenic Programming
2025-Jun-03, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70067
PMID:40457949
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研究论文 | 本研究揭示了PDLIM5通过Serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴调控机械应力诱导的人脂肪干细胞成骨分化的分子机制 | 首次发现PDLIM5在机械应力诱导的成骨分化中的关键作用,并阐明其通过Serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴的信号传导机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步在体实验验证;使用的整合素β3敲除鼠模型可能不完全代表人类生理状况 | 探究机械敏感蛋白PDLIM5在骨组织修复相关机械应力条件下调控人脂肪干细胞成骨分化的作用机制 | 人脂肪来源干细胞(hASCs)、整合素β3敲除小鼠的原代脂肪干细胞 | 细胞生物学 | 骨缺损 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、western blotting、免疫荧光、碱性磷酸酶染色、慢病毒转染、CCK-8检测、transwell迁移实验、伤口愈合实验、蛋白质相互作用分析、H&E染色、免疫组织化学 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6014 | 2025-10-06 |
Cryptorchidism: Novel genetic insights into CCDC149 mutations
2025-Jun-03, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70072
PMID:40459248
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研究论文 | 本研究通过全外显子组测序和基因敲除小鼠模型,揭示了CCDC149基因突变在双侧隐睾症发病机制中的作用 | 首次发现CCDC149基因突变与隐睾症的关联,并通过单细胞RNA测序揭示了其与抗穆勒氏管激素和肌肉发育因子的调控关系 | 研究样本量较小,仅基于一名患者和动物模型,需要更大规模的人群验证 | 探究CCDC149突变在双侧隐睾症发展中的作用及其分子机制 | 8岁双侧隐睾症男孩和Ccdc149基因敲除小鼠 | 遗传学 | 隐睾症 | 全外显子组测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据, 基因表达数据 | 1名患者和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6015 | 2025-10-06 |
AI-Driven Biomarker Discovery and Personalized Allergy Treatment: Utilizing Machine Learning and NGS
2025-Jun-03, Current allergy and asthma reports
IF:5.4Q1
DOI:10.1007/s11882-025-01207-8
PMID:40459653
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综述 | 探讨人工智能和二代测序技术在过敏性疾病诊断与个性化治疗中的变革潜力 | 结合AI算法与单细胞RNA测序技术揭示过敏免疫反应特征,推动精准诊断和个性化治疗 | 存在数据整合和临床实施挑战 | 提升过敏性疾病生物标志物发现、患者分层和个性化管理的精准度 | 过敏性疾病患者 | 机器学习 | 过敏性疾病 | NGS, 单细胞RNA测序 | 机器学习, 深度学习 | 分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6016 | 2025-10-06 |
Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI186146
PMID:40146226
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去甲基化酶JMJD3通过调控平滑肌细胞表观遗传改变影响血压和高血压动脉重塑的机制 | 首次将高血压相关人类DNA变异rs62059712与平滑肌细胞JMJD3表达调控联系起来,并阐明其通过影响内皮素受体平衡调控血压的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,在人类中的直接验证仍需进一步研究 | 探索表观遗传调控在高血压发病机制中的作用,特别是平滑肌细胞可塑性对血压和动脉重塑的影响 | 平滑肌细胞、Jmjd3基因缺陷小鼠模型、人类动脉组织 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究(GWAS)、统计精细定位、单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因组数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6017 | 2025-10-06 |
MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2
2025-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798
PMID:40081619
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研究论文 | 本研究探讨了MBD2蛋白通过调控FZD2促进上皮-间质转化和ARDS相关肺纤维化的作用机制 | 首次揭示MBD2通过调控FZD2促进ARDS相关肺纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,临床验证仍需进一步开展 | 探究MBD2在ARDS相关肺纤维化发病机制中的作用 | 小鼠模型、MLE-12细胞、原代人肺泡上皮细胞、ARDS患者单细胞测序数据 | 分子生物学 | 肺纤维化 | RNA-Seq, ChIP, 单细胞测序, 免疫组化, 免疫荧光, Western blot | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | 野生型和MBD2敲除小鼠模型, 人类肺纤维化样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
6018 | 2025-10-06 |
Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis
2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10117-z
PMID:40107980
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞分析鉴定缺血性卒中中NETs相关基因作为诊断生物标志物 | 首次结合RNA测序和单细胞分析系统研究NETs在缺血性卒中中的作用机制,发现Ceacam3、Tnf、Selp和Fcgr4等关键基因的诊断价值 | 研究主要基于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 阐明NETs在缺血性卒中进展中的作用并识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 小鼠脑组织样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | RNA测序,单细胞RNA测序 | limma包,Seurat包,CellChat分析 | 基因表达数据,单细胞数据 | 未明确样本数量 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
6019 | 2025-10-06 |
Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress
2025-Jun, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70160
PMID:40269556
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术揭示了盐胁迫下不结球白菜根毛特异性响应机制 | 首次构建了不结球白菜正常和盐胁迫条件下根尖的单细胞转录组和染色质可及性图谱 | 研究聚焦于不结球白菜,其他作物中的普适性需要进一步验证 | 探究植物根系对盐胁迫的响应机制,特别是根毛分化的分子基础 | 不结球白菜(NHCC)根尖细胞 | 植物生物学 | 非疾病研究 | 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
6020 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10130-2
PMID:40274661
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研究论文 | 本研究通过结合bulk和单细胞RNA测序分析,开发了基于氧化应激相关基因的乳腺癌预后基因特征 | 首次结合bulk和单细胞RNA测序构建氧化应激相关基因特征,并识别TFAP2B作为基底样乳腺癌的关键调控因子 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 开发基于氧化应激相关基因的预后特征以评估乳腺癌患者预后和免疫状态 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Lasso回归, 多变量Cox回归 | 基因表达数据, 临床信息 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |