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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6001 | 2025-10-06 |
Single-Nucleus and Spatial Transcriptomics Revealing Host Response Differences Triggered by Mutated Virus in Severe Dengue
2024-11-15, Viruses
DOI:10.3390/v16111779
PMID:39599894
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研究论文 | 通过单核和空间转录组技术揭示突变登革热病毒引发严重宿主反应差异的分子机制 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组技术分析突变登革热病毒在肝脏组织中的宿主反应差异,并鉴定出NRG/ErbB信号通路的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究突变登革热病毒引发严重宿主反应的分子机制 | 小鼠肝脏组织(未感染组、轻度感染NGC组、严重感染N10组) | 空间转录组学 | 登革热 | 单核RNA测序, 空间RNA测序, 计算机分子建模分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 小鼠肝脏组织样本(未感染、轻度感染、严重感染三组) | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6002 | 2025-10-06 |
GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish
2024-Oct-30, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqae151
PMID:39499852
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研究论文 | 通过斑马鱼垂体单细胞转录组分析揭示GnRH与促性腺激素细胞间的相互作用机制 | 首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序揭示LH和FSH促性腺激素细胞中促性腺激素β亚基的表达比例及GnRH受体的差异表达模式 | Gnrh3与促性腺激素细胞相互作用的具体结果仍不明确 | 阐明下丘脑Gnrh3及其他机制调控垂体促性腺激素细胞的作用 | 野生型和gnrh3基因敲除成年雌性斑马鱼的垂体细胞 | 单细胞转录组学 | 生殖内分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 野生型和gnrh3-/-成年雌性斑马鱼的所有垂体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6003 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes
2024-10-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53215-3
PMID:39414795
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研究论文 | 本研究通过空间转录组技术构建了肝片吸虫的分子图谱,识别了组织特异性基因表达模式 | 首次提供了寄生虫肝片吸虫的空间转录组图谱,揭示了药物靶点和耐药基因的组织特异性表达 | NA | 构建寄生虫肝片吸虫的空间转录组图谱,识别组织特异性基因表达和药物靶点 | 肝片吸虫(Fasciola hepatica)寄生虫 | 空间转录组学 | 寄生虫感染 | 空间转录组学,原位杂交 | NA | 空间转录组数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6004 | 2025-10-06 |
TGF-β-mediated crosstalk between TIGIT+ Tregs and CD226+CD8+ T cells in the progression and remission of type 1 diabetes
2024-10-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53264-8
PMID:39406740
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病进展和缓解过程中TIGIT+ Tregs与CD226+CD8+ T细胞之间的相互作用机制 | 首次发现TIGIT+CCR7+ Tregs和CD226+CCR7+CD8+ T细胞在糖尿病缓解期的动态变化,并证实它们通过TGF-β信号通路相互作用 | 研究样本量有限,动物模型与人类疾病存在差异 | 探索1型糖尿病免疫调节机制并寻找生物标志物 | 1型糖尿病患者和糖尿病小鼠模型的免疫细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序,机器学习,细胞通讯分析,体外功能实验 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | 不同疾病阶段的1型糖尿病患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6005 | 2025-10-06 |
Non-homogenous intratumor ionizing radiation doses synergize with PD1 and CXCR2 blockade
2024-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53015-9
PMID:39397001
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研究论文 | 本研究探索了非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断联合治疗的协同效应 | 首次提出在同一个肿瘤内结合低剂量放疗的免疫刺激特性和高剂量放疗的细胞杀伤特性,并与免疫调节剂联合使用 | 研究仅限于小鼠模型中的结直肠癌和乳腺癌,尚未在人体验证 | 提高放疗疗效同时减少毒性,改善放疗与免疫检查点联合治疗的治疗指数 | 免疫活性雌性小鼠的结直肠癌和乳腺癌模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌, 乳腺癌 | 流式细胞术, 细胞因子分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6006 | 2025-10-06 |
Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head
2024-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52938-7
PMID:39402029
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析,揭示了脊椎动物头部特征的进化起源 | 首次在文昌鱼中鉴定出前索板样和神经嵴样细胞群体,并证明其发育调控机制在脊椎动物中具有保守性 | 研究主要基于模式生物文昌鱼,需要更多物种验证来确认进化保守性 | 探索脊椎动物头部特征的进化起源 | 文昌鱼胚胎发育过程中的细胞类型 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、信号通路扰动、顺式调控分析、跨物种转基因实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 文昌鱼胚胎发育样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
6007 | 2025-10-06 |
Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics
2024-10-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53089-5
PMID:39394227
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研究论文 | 本文系统评估了单细胞表观基因组学数据中差异可及性分析的统计方法并提出了最佳实践方案 | 首次对单细胞ATAC-seq数据中差异可及性分析的统计方法进行系统性评估,并开发了相应的R软件包 | 评估主要基于匹配的bulk ATAC-seq或scRNA-seq数据,可能存在方法评估的局限性 | 确定单细胞表观基因组学数据差异可及性分析的最佳统计方法 | 单细胞ATAC-seq数据的差异可及性分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, bulk ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 表观基因组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, bulk ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6008 | 2025-10-06 |
WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer
2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129
PMID:38946034
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研究论文 | 通过WGCNA识别癌症相关成纤维细胞生物标志物并构建宫颈癌预后预测模型 | 首次基于CAF相关基因构建宫颈癌预后模型,并通过单细胞测序和实验验证关键基因在成纤维细胞中的特异性表达 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发基于癌症相关成纤维细胞基因特征的宫颈癌预后预测模型 | 宫颈癌患者和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,实时荧光定量PCR,免疫组织化学 | LASSO Cox回归模型,WGCNA网络分析 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的宫颈癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
6009 | 2025-10-06 |
Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts
2024-07-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004895
PMID:38294835
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综述 | 本文批判性评估了分子诊断技术在心移植排斥反应诊断中的局限性 | 首次系统分析分子诊断在心移植活检中应用的注意事项和分类方法缺陷 | 基于组织学标签的基因列表存在可重复性问题,分子分类与组织学诊断一致性低(仅40%),治疗意义未探索 | 评估分子诊断技术区分心移植排斥反应类型的准确性和可靠性 | 心脏移植活检样本 | 分子诊断 | 心血管疾病 | 分子分类器分析,生物信息学分析,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6010 | 2025-10-06 |
MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection
2024-05-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004899
PMID:38238904
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研究论文 | 本研究揭示了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥期间促炎性移植物浸润巨噬细胞免疫代谢重编程中的关键作用 | 首次发现MEK1/2-PKM2通路调控移植物浸润巨噬细胞的免疫代谢重编程,并证实MEK1/2抑制剂trametinib可改善慢性心脏移植排斥 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究心脏移植排斥过程中移植物浸润巨噬细胞免疫代谢表型的分子调控机制 | 心脏移植物浸润免疫细胞,特别是巨噬细胞 | 免疫代谢学 | 心脏移植排斥 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,基因敲除 | 小鼠移植模型 | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6011 | 2025-10-06 |
Sequencing of Physically Interacting Cells in Human Kidney Allograft Rejection to Infer Contact-dependent Immune Cell Transcription
2024-02-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004762
PMID:37638864
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术推断人类肾脏移植排斥反应中物理相互作用细胞的转录程序 | 开发了结合CD45阳性富集策略和CITE-seq的测序物理相互作用细胞计算方法,能够从单细胞RNA测序数据中推断细胞间物理接触的转录特征 | 样本量相对较小(11例活检样本),空间信息在单细胞测序过程中丢失 | 研究人类肾脏移植排斥反应中免疫细胞间物理接触依赖的转录调控机制 | 人类肾脏移植活检样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 肾脏移植排斥反应 | 单细胞RNA测序,CITE-seq(转录组和表位细胞索引测序) | 测序物理相互作用细胞计算方法 | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 11例人类肾脏移植活检样本,产生31,203个高质量单细胞文库 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10X Genomics平台 | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
6012 | 2025-10-06 |
Multiomics Data Reveal the Important Role of ANXA2R in T Cell-mediated Rejection After Renal Transplantation
2024-02-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004754
PMID:37677931
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了ANXA2R在肾移植后T细胞介导排斥反应中的关键作用 | 首次发现ANXA2R作为新型TCR相关基因在TCMR中发挥重要作用,并证实ANXA2R+CD8+T细胞在排斥反应中显著增加 | 样本量相对有限(12个多组学数据集,23个病理切片),需要更大规模研究验证 | 阐明肾移植后T细胞介导排斥反应的TCR受体库特征并识别新的治疗靶点 | 肾移植患者的移植肾组织 | 生物信息学 | 肾移植排斥反应 | 多组学分析,单细胞转录组测序,免疫荧光染色,基因集富集分析 | TRUST4算法,多种免疫细胞浸润算法 | 多组学数据,转录组数据,单细胞数据,病理图像 | 12个多组学数据集,23个临床病理切片 | NA | 单细胞转录组测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
6013 | 2025-10-06 |
Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.87201
PMID:38389849
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用 | 发现具有中间表型的巨噬细胞样平滑肌细胞亚型,并鉴定IRF8通过激活NF-κB信号通路促进平滑肌细胞向巨噬细胞转分化的新机制 | NA | 探究晚期动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞表型多样性及其分子机制 | 人颈动脉粥样硬化斑块组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, bulk RNA-seq, 谱系追踪技术 | NA | 单细胞转录组数据, bulk RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6014 | 2025-10-06 |
Mrc1+ macrophage-derived IGF1 mitigates crystal nephropathy by promoting renal tubule cell proliferation via the AKT/Rb signaling pathway
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.89174
PMID:38389846
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Mrc1+巨噬细胞来源的IGF1通过AKT/Rb信号通路促进肾小管细胞增殖,从而缓解晶体肾病的机制 | 首次构建了乙醛酸盐诱导晶体肾病的单细胞图谱,发现Mrc1巨噬细胞亚型通过分泌IGF1促进肾小管修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究晶体肾病中的细胞特征和细胞间通讯,寻找潜在治疗靶点 | 小鼠肾脏细胞,包括肾小管细胞、免疫细胞和间质细胞 | 单细胞生物学 | 晶体肾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat, CellChat | 单细胞转录组数据 | 超过40000个单细胞,来自不同时间点(0,1,4,7天)的乙醛酸盐处理小鼠肾脏 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
6015 | 2025-10-06 |
Opportunities for High-plex Spatial Transcriptomics in Solid Organ Transplantation
2023-12-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004587
PMID:36944604
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综述 | 探讨高plex空间转录组技术在实体器官移植领域的应用潜力 | 首次系统阐述空间转录组技术从神经科学和肿瘤学领域向移植科学拓展的应用前景 | 目前该技术在移植领域尚未实际应用,主要基于理论探讨 | 探索空间转录组技术在移植诊断、监测和研究中的潜在价值 | 移植患者群体及其相关器官组织 | 空间转录组学 | 器官移植相关疾病 | 空间转录组技术,下一代测序 | NA | mRNA转录组空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6016 | 2025-10-06 |
Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma
2022-Sep-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01110-1
PMID:36153593
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研究论文 | 本研究通过多组学技术分析原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤异质性和T细胞耗竭特征 | 首次结合单细胞RNA测序、B细胞受体测序和空间转录组学技术系统揭示PCNSL的瘤内异质性及T细胞耗竭空间分布特征 | 样本量有限且仅来自活检组织、血液和脑脊液,可能无法完全代表肿瘤整体特征 | 深入表征原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤异质性和免疫微环境特征 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤患者活检组织、血液和脑脊液样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,B细胞受体测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,B细胞受体序列数据 | 未明确具体样本数量(包含活检组织、血液和脑脊液样本) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
6017 | 2025-10-06 |
Advances in CRISPR/Cas13a-based biosensors for non-coding RNA detection
2025-Nov-01, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2025.128223
PMID:40300474
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综述 | 全面综述基于CRISPR/Cas13a的生物传感器在非编码RNA检测中的机制发展、信号检测方法集成及便携设备进展 | 系统整合CRISPR/Cas13a技术与多种信号转导系统(荧光/电化学/比色法/SERS),并推动便携式检测设备开发 | 未涉及具体实验验证数据,主要聚焦技术原理与系统综述 | 探讨CRISPR/Cas13a生物传感器在非编码RNA检测中的技术进展与应用前景 | 调控性非编码RNA | 生物传感技术 | NA | CRISPR/Cas13a, 荧光检测, 电化学检测, 比色法, 表面增强拉曼光谱 | NA | RNA分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 纳米孔测序 | NA | NA |
6018 | 2025-10-06 |
Cell Fate Determination of the Potato Shoot Apex and Stolon Tips Revealed by Single-Cell Transcriptome Analysis
2025-Jul, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15459
PMID:40095217
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的细胞命运决定机制 | 首次构建马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的单细胞转录图谱,鉴定23个细胞簇并发现激素相关基因的差异表达模式 | 研究仅限于转录组层面,未进行功能验证实验 | 探究马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的转录差异及其发育机制 | 马铃薯茎尖和匍匐茎尖端的细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6019 | 2025-10-06 |
The integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals the tumor microenvironment and spatial organization of testicular diffuse large B-cell lymphomas
2025-Jul, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2024.101475
PMID:40453362
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境空间组织结构 | 首次系统揭示睾丸DLBCL的肿瘤微环境空间架构,发现耗竭CD8 T细胞围绕肿瘤B细胞、巨噬细胞环绕耗竭T细胞的空间分布模式 | 仅基于单个患者样本,样本量有限,需要更多病例验证 | 解析睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境组成和空间组织结构 | 睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤患者组织样本 | 空间转录组学 | 睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 19,559个单细胞,来自1例PT-DLBCL患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6020 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone
2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf043
PMID:40143416
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术,揭示了小鼠骨骼中表达Sox9的祖细胞在出生后仍能分化为多种骨骼谱系细胞 | 首次证明出生后骨骼中所有成骨细胞前体细胞均来源于表达Sox9的祖细胞,并鉴定了一种位于软骨膜和生长板软骨细胞柱之间的特殊软骨细胞群 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究小鼠骨骼中成骨细胞谱系的细胞来源和发育路径 | 小鼠骨骼组织中的多种细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠骨骼组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |