单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6001	2024-11-21	Stiff Hydrogel Encapsulation Retains Mesenchymal Stem Cell Stemness for Regenerative Medicine 2024-Oct-02, Matter IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.matt.2024.05.041 PMID:39553898	研究论文	研究通过微流控技术制备薄壳海藻酸盐水凝胶微胶囊，探讨其对间充质干细胞（MSC）增殖和干性的影响	首次通过调整海藻酸分子量控制水凝胶壳的机械性能，发现较硬的水凝胶壳能促进MSC的增殖和干性维持	未详细探讨不同机械性能水凝胶对MSC亚群的具体影响机制	探讨水凝胶封装对MSC在再生医学中应用的潜力	间充质干细胞（MSC）和水凝胶封装技术	再生医学	NA	微流控技术、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未具体说明样本数量
6002	2024-11-21	Non-genetic differences underlie variability in proliferation among esophageal epithelial clones 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012360 PMID:39466790	研究论文	研究了食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性，发现非遗传因素在不同克隆的增殖能力中起重要作用	通过成像和细胞条形码技术追踪克隆，结合单细胞RNA测序，揭示了与高增殖克隆相关的细胞状态和基因通路	研究仅限于体外模型，未涉及体内环境的影响	探讨食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性和相关细胞状态	食管上皮细胞（EPC2-hTERT）的克隆增殖行为	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学模型	图像数据和基因表达数据	涉及约10%的指数增长克隆和其余的非增殖克隆
6003	2024-11-21	BFAST: joint dimension reduction and spatial clustering with Bayesian factor analysis for zero-inflated spatial transcriptomics data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae594 PMID:39552067	研究论文	本文提出了一种名为BFAST的新方法，结合贝叶斯因子分析进行零膨胀空间转录组数据的降维和空间聚类	BFAST方法在降维和空间聚类方面展示了卓越的性能，能够提取更多生物学上有意义的低维特征，从而提高聚类的准确性和精确度	NA	开发一种有效的方法来处理高噪声和缺失事件的空间转录组数据聚类问题	零膨胀空间转录组数据	生物信息学	NA	贝叶斯因子分析	NA	转录组数据	NA
6004	2024-11-21	FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays 2024-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5063 PMID:39315321	研究论文	本文介绍了FixNCut协议的优化和实用指南，用于通过可逆固定保存单细胞样本	FixNCut协议通过可逆固定策略，实现了样本采集与下游应用的分离，避免了应激或坏死相关的人工痕迹	NA	提供FixNCut协议的优化指南，以促进该方法的全面应用	单细胞样本的保存和分析	NA	NA	可逆固定	NA	NA	NA
6005	2024-11-21	Revealing novel genomic insights and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis through omics 2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae078 PMID:38317060	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了幼年特发性关节炎（JIA）的新基因组见解和治疗靶点	发现了四个与JIA相关的新基因（CD247、RHOH、COLEC10和IRF8），并揭示了COLEC10与TNFRSF11B之间的新遗传联系，以及RHOH在正向胸腺细胞选择中的作用	NA	揭示幼年特发性关节炎的遗传基础和潜在治疗靶点	幼年特发性关节炎（JIA）的基因组和治疗靶点	基因组学	幼年特发性关节炎	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞测序	NA	基因组数据	4550例JIA病例和18446例对照
6006	2024-11-21	Revealing the molecular landscape of human placenta: a systematic review and meta-analysis of single-cell RNA sequencing studies 2024-07-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmae006 PMID:38478759	综述	本文通过系统综述和荟萃分析单细胞RNA测序研究，揭示了人类胎盘的分子景观	本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集，识别了主要胎盘细胞类型的标记基因，并强调了建立单细胞RNA测序数据注释共识的必要性	不同研究在采样部位、妊娠年龄、胎儿性别和后续测序及分析方法上存在差异，导致标记基因的识别存在不一致性	旨在通过单细胞RNA测序技术，系统综述和比较不同胎盘细胞类型的基因表达，识别共识标记基因，并探讨其在妊娠相关疾病研究中的应用	人类胎盘及其特异性细胞类型，包括细胞滋养层、合体滋养层和绒毛外滋养层	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了35,461个早期妊娠胎盘细胞和23,378个足月胎盘细胞
6007	2024-11-21	RNA splicing analysis deciphers developmental hierarchies and reveals therapeutic targets in adult glioma 2024-Apr-25, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173789 PMID:38662454	研究论文	本文通过计算方法分析了成人胶质瘤中的RNA可变剪接（AS），揭示了与神经发育层次相关的预后AS特征，并探讨了其治疗潜力	本文首次揭示了AS特征与神经发育层次的关联，并验证了PTBP1作为AS特征的关键调控因子，为胶质瘤治疗提供了新的靶点	本文主要依赖于计算分析和体外模型验证，尚未在临床样本中进行全面验证	探讨成人胶质瘤中RNA可变剪接的调控机制及其在治疗中的潜在应用	成人胶质瘤中的RNA可变剪接及其调控因子	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA序列	涉及大量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未明确提及
6008	2024-11-21	Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular landscape of fetal cystic hygroma 2024-04-22, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01859-x PMID:38650036	研究论文	本研究使用单细胞转录组测序技术揭示了胎儿囊性水囊瘤的细胞和分子景观	首次报道了胎儿囊性水囊瘤中单细胞的转录组变化，并揭示了淋巴内皮细胞在其中的富集以及VEGF信号通路的激活	本研究仅限于CH患者的淋巴组织，未涵盖其他可能的相关组织或细胞类型	探讨胎儿囊性水囊瘤的分子机制，特别是细胞亚群的转录组特征和VEGF信号通路的作用	胎儿囊性水囊瘤患者的淋巴组织	数字病理学	胎儿疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	CH患者和对照捐赠者的淋巴组织样本
6009	2024-11-21	Revealing Prdx4 as a potential diagnostic and therapeutic target for acute pancreatitis based on machine learning analysis 2024-04-19, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01854-2 PMID:38641608	研究论文	本研究通过机器学习分析揭示了Prdx4作为急性胰腺炎的潜在诊断和治疗靶点	首次使用LASSO和SVM-RFE机器学习方法筛选出Prdx4作为急性胰腺炎的潜在生物标志物，并通过免疫组织化学和重组Prdx4治疗验证了其治疗潜力	研究样本量较小，且仅限于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探索急性胰腺炎的关键基因，以实现有效的诊断和治疗	急性胰腺炎及其相关基因Prdx4	机器学习	急性胰腺炎	LASSO, SVM-RFE, ssGSEA, 免疫组织化学	NA	基因表达数据, 单细胞转录组数据	1357个差异表达基因, 小鼠胰腺组织样本
6010	2024-08-07	2024-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.534 PMID:38585235	研究论文	本研究通过诱导实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型，探讨了视网膜小胶质细胞在疾病发展中的动态变化及其在调节免疫反应中的作用	首次在EAU模型中识别出一种新的炎症亚型视网膜小胶质细胞，并揭示了CD74和CCL5在调节其炎症表型中的作用	NA	探讨自身免疫性葡萄膜炎发病机制及寻找潜在治疗策略	视网膜免疫细胞及小胶质细胞的动态变化	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	在EAU小鼠模型中，对四个时间点的视网膜免疫细胞进行了单细胞RNA测序
6011	2024-11-21	Roles of bone morphogenetic proteins in endometrial remodeling during the human menstrual cycle and pregnancy 2024-03-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmad031 PMID:38037193	综述	本文综述了骨形态发生蛋白（BMPs）在人类月经周期和妊娠期间子宫内膜重塑中的作用及其分子机制	本文总结了BMPs在调节人类子宫内膜增殖和蜕膜化中的已知病理生理作用及其分子机制，旨在促进诊断、治疗和预防与子宫内膜重塑失调相关的生育障碍和不良妊娠并发症的创新策略的发展	需要进一步的临床试验来验证BMPs作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力	探讨BMPs在人类月经周期和妊娠期间子宫内膜重塑中的作用，并评估其作为诊断和治疗靶点的潜力	BMPs在子宫内膜重塑中的作用及其分子机制	NA	生育障碍	NA	NA	NA	NA
6012	2024-11-21	Protocol of a prospective multicenter study on comorbidity impact on multiple sclerosis and antibody-mediated diseases of the central nervous system (COMMIT) 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1380025 PMID:39021565	研究论文	本研究旨在探讨共病对多发性硬化症（MS）和中樞神經系統抗体介导疾病（如NMOSD和MOGAD）的影响	采用多中心前瞻性研究设计，结合多种先进技术（如无靶向蛋白质组学、超灵敏ELISA、RT-qPCR、质谱流式细胞术和单细胞RNA测序）分析炎症和神经退行性标志物	NA	评估共病对MS、NMOSD和MOGAD的影响，并探索可能的治疗方法以改善这些疾病的结果	多发性硬化症患者、NMOSD患者、MOGAD患者以及健康对照者	NA	多发性硬化症	无靶向蛋白质组学、超灵敏ELISA、RT-qPCR、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	血液和脑脊液中的炎症和神经退行性标志物	NA
6013	2024-11-21	Unraveling the landscape of non-melanoma skin cancer through single-cell RNA sequencing technology 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1500300 PMID:39558960	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示非黑色素瘤皮肤癌的肿瘤内异质性和药物耐药机制的研究进展	利用单细胞RNA测序技术全面分析非黑色素瘤皮肤癌的基因表达异质性，揭示肿瘤内异质性和药物耐药机制	文章主要为综述性质，未提供新的实验数据或模型	探讨非黑色素瘤皮肤癌的肿瘤内异质性和药物耐药机制，并提出未来研究方向	非黑色素瘤皮肤癌，包括基底细胞癌、皮肤鳞状细胞癌和默克尔细胞癌	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6014	2024-11-21	Single-cell RNA sequencing analysis identifies acute changes in the tumor microenvironment induced by interferon α gene therapy in a murine bladder cancer model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1387229 PMID:39559365	研究论文	研究了在小鼠膀胱癌模型中，干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响，并通过单细胞RNA测序分析了急性变化	首次在小鼠膀胱癌模型中使用单细胞RNA测序分析干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探讨干扰素α基因疗法对膀胱癌肿瘤微环境的影响，并寻找提高患者选择和治疗效果的机制	小鼠膀胱癌模型中的肿瘤细胞和肿瘤微环境	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠膀胱组织中的单个细胞
6015	2024-11-21	Single-cell sequencing unveils mitophagy-related prognostic model for triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1489444 PMID:39559367	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据构建了一个与三阴性乳腺癌相关的线粒体自噬相关基因的预后模型	首次构建了基于线粒体自噬相关基因的三阴性乳腺癌预后模型，并验证了其在多个独立队列中的预测准确性	NA	研究线粒体自噬在三阴性乳腺癌中的预后意义	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	多个独立队列的数据
6016	2024-11-21	Dissecting mammalian reproduction with spatial transcriptomics 2023-11-02, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmad017 PMID:37353907	综述	本文综述了空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的应用，重点介绍了其在配子发生、胚胎发生和生殖病理学方面的生物学新见解	空间转录组学技术通过保留细胞在原生组织环境中的空间背景，揭示了细胞状态如何通过与邻近体细胞的相互作用进行调控	当前的空间转录组学技术在应用于生殖研究时仍面临实验和计算上的挑战	综述空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的最新进展，并讨论其在未来的应用前景	哺乳动物生殖系统中的配子发生、胚胎发生和生殖病理学	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6017	2024-11-20	Research progress and the prospect of using single-cell sequencing technology to explore the characteristics of the tumor microenvironment 2025-Jan, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101239 PMID:39552788	综述	本文综述了单细胞测序技术在肿瘤微环境研究中的进展和应用前景	本文提出了单细胞多组学测序技术的整合，并探讨了其在生物研究和医学调查中的潜力	本文讨论了使用单细胞测序技术探索肿瘤微环境的优缺点	解决肿瘤内异质性问题，为精准癌症治疗提供支持	肿瘤微环境中的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞测序技术	NA	基因组和转录组数据	NA
6018	2024-11-20	Machine learning based analysis of single-cell data reveals evidence of subject-specific single-cell gene expression profiles in acute myeloid leukaemia patients and healthy controls 2024-Dec, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms DOI:10.1016/j.bbagrm.2024.195062 PMID:39366464	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析了急性髓系白血病（AML）患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	发现AML患者和健康对照者的基因表达谱可以在个体水平上以高准确率（>70%）进行分类，表明存在个体特异性的单细胞转录组学特征	NA	探索急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱的个体特异性	急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	机器学习	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	公开可用的单细胞RNA测序数据
6019	2024-11-20	Landscape of multiple tissues' gene expression pattern associated with severe sepsis: Genetic insights from Mendelian randomization and trans-omics analysis 2024-Dec-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123181 PMID:39471899	研究论文	研究了与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并使用孟德尔随机化和跨组学分析方法揭示了ST7L作为泛组织风险因子的作用	首次揭示了ST7L作为泛组织风险因子在严重脓毒症中的作用，并通过跨组学分析验证了其在树突状细胞中的表达和功能	研究主要基于基因表达数据和跨组学分析，缺乏对临床治疗的直接指导	揭示与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并识别潜在的治疗靶点	严重脓毒症患者的基因表达模式和跨组织风险因子	基因组学	脓毒症	孟德尔随机化、全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个队列中的12种组织类型
6020	2024-11-20	Integrated analysis of multi-omics data for the discovery of biomarkers and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis 2024-Dec, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2024.100256 PMID:39554251	研究论文	本研究通过多组学数据的综合分析，发现了青少年特发性关节炎的生物标志物和治疗靶点	首次使用两样本孟德尔随机化分析方法，揭示了血浆蛋白与青少年特发性关节炎之间的因果关系	研究仅限于血浆蛋白的分析，未涉及其他可能的生物标志物	识别和开发青少年特发性关节炎的新药物靶点和生物标志物，以提高治疗效果	青少年特发性关节炎及其相关血浆蛋白	生物信息学	风湿性疾病	两样本孟德尔随机化分析、共定位分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组学、转录组学	未具体说明样本数量