单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 5981 - 6000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5981 | 2025-10-06 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
|
研究论文 | 提出一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器，结合对比学习用于空间转录组学数据分析 | 首次在空间转录组学中引入双重掩码机制，同时掩码节点和边，并结合图自编码器与对比学习模块 | 未明确说明 | 提高空间转录组学数据聚类的准确性和鲁棒性 | 空间转录组学数据中的细胞位置和基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨转录组学 | 图神经网络, 图自编码器, 对比学习 | 空间基因表达数据 | 来自5个不同平台的8个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5982 | 2025-10-06 |
[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity]
2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学数据挖掘和动物实验验证，系统表征拳杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用 | 首次从空间异质性角度揭示拳杜仲胶囊在膝骨关节炎不同软骨区域的靶向作用机制 | 研究主要基于大鼠模型和有限临床样本，需进一步扩大临床验证 | 阐明拳杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制 | SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者软骨组织 | 空间转录组学 | 膝骨关节炎 | 空间转录组学,HE染色,免疫组化,生物信息学分析 | NA | 空间转录组数据,组织图像数据 | SD大鼠模型和临床患者软骨组织数据集GSE254844 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5983 | 2025-10-06 |
Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development
2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633065
PMID:39868227
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研究论文 | 本研究通过整合小鼠肾脏单细胞RNA测序数据和谱系追踪实验，揭示了近端小管细胞在肾脏发育过程中对髓袢降支细段形成的贡献 | 首次发现近端小管细胞可分化形成髓袢降支细段细胞，并证实转录因子Hnf4a在此过程中的关键调控作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证 | 探究肾脏发育过程中髓袢降支细段细胞的起源和形成机制 | 发育中的小鼠肾脏细胞 | 发育生物学 | 肾脏发育疾病 | 单细胞RNA测序，谱系追踪，基因敲除 | NA | 单细胞基因表达数据 | 整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5984 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae229
PMID:39432735
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现急性移植物抗宿主病临床发病前循环中的非典型单核细胞 | 首次在aGVHD临床发病前长达18天的血液样本中发现特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，并鉴定出CD163/SIGLEC1共表达单核细胞作为早期生物标志物 | 样本量较小（3例患者+1例对照），需要更大规模研究验证 | 探索急性移植物抗宿主病的早期诊断生物标志物 | 异基因造血干细胞移植患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 3例aGVHD患者+4例对照患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5985 | 2025-10-06 |
CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf126
PMID:40178283
|
研究论文 | 提出一种名为CoupleVAE的耦合变分自编码器方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据 | 通过两个耦合的VAE和连接器实现潜在空间中更复杂的单细胞状态转换，在三个真实数据集上验证了其优越性能 | NA | 预测单细胞扰动响应，解决计算生物学领域的关键挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE) | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5986 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1
2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids
DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585
PMID:39662603
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现Aspn、Htra1和Efemp1是木犀草素可上调的脂肪生成抑制基因 | 首次通过比较肥胖与瘦小鼠脂肪干祖细胞的单细胞转录组数据，鉴定出三个新的脂肪生成抑制基因，并发现木犀草素能逆转这些基因的表达下调 | 研究主要基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，尚未在人类样本中验证 | 鉴定新的脂肪生成相关基因并探索木犀草素的调控作用 | 小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干祖细胞和3T3-L1前脂肪细胞系 | 单细胞组学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个独立单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5987 | 2025-10-06 |
Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS
2025-01-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86134-4
PMID:39824912
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研究论文 | 通过整合遗传学和多组学分析揭示白癜风发病机制及治疗靶点，重点关注JAK/STAT通路对CTSS的调控作用 | 首次通过整合GWAS荟萃分析、蛋白质数量性状位点(pQTL)和表达数量性状位点(eQTL)关联分析，结合微阵列和单细胞RNA-seq数据，系统揭示JAK/STAT通路调控CTSS在白癜风中的作用机制 | 需要进一步研究验证结果并评估CTSS及相关基因的治疗潜力 | 阐明白癜风发病的遗传和分子机制，识别潜在治疗靶点 | 白癜风患者 | 多组学分析 | 白癜风 | GWAS荟萃分析, SMR分析, 微阵列, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | NA | 遗传数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5988 | 2025-10-06 |
Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.103851
PMID:39744231
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和大数据分析探讨了内皮细胞MerTK在人类升主动脉瘤和夹层中的作用机制 | 首次发现内皮细胞MerTK表达在AAAD中显著抑制，并证实其缺陷通过内皮功能障碍和SMC表型改变促进AAAD发展 | NA | 研究内皮细胞MerTK在升主动脉瘤和夹层发病机制中的作用 | 人类AAAD样本和内皮细胞特异性MerTK缺陷小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 约600,000次交叉分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5989 | 2025-10-06 |
PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.102597
PMID:39744686
|
研究论文 | 本研究揭示了PIM1通过促进内皮-间质转化加重动脉粥样硬化的分子机制 | 首次发现PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在动脉粥样硬化进展中的关键作用，并验证小分子抑制剂Max-40279的治疗潜力 | 机制研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人类临床样本中充分验证 | 探究PIM1在动脉粥样硬化中调控内皮-间质转化的分子机制 | 小鼠动脉粥样硬化模型、人内皮细胞、小鼠内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qPCR, western blotting, 免疫组化, 免疫共沉淀, 组织染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像数据 | 小鼠动脉粥样硬化模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5990 | 2025-10-06 |
Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.104697
PMID:39898252
|
综述 | 通过科学计量学和可视化分析方法，系统回顾了过去15年单细胞RNA测序技术在肌肉骨骼疾病研究领域的发展趋势 | 首次对肌肉骨骼疾病领域单细胞RNA测序研究进行全面科学计量分析，识别关键研究方向和未来展望 | 仅基于Web of Science核心合集数据，可能存在文献收录不全的局限性 | 分析单细胞RNA测序在肌肉骨骼疾病研究中的发展趋势和现状 | 肌肉骨骼疾病相关的单细胞RNA测序研究文献 | 生物信息学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | 2009年1月1日至2024年9月6日期间Web of Science核心合集收录的相关文献 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5991 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis
2024-12-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857
PMID:39312185
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现衰老骨细胞是乳腺癌骨转移中引发骨破坏的关键因素 | 首次揭示乳腺癌骨转移中骨细胞发生早衰并产生促破骨细胞生成的衰老相关分泌表型 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限 | 探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程的机制 | 乳腺癌骨转移小鼠模型和患者样本中的骨细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，多重原位杂交，人工智能辅助分析 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 乳腺癌骨转移小鼠和患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5992 | 2025-10-06 |
Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer
2024-12-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489
PMID:39485038
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化过程 | 结合单细胞RNA测序与空间转录组学分析，开发新方法注释癌细胞基因组改变，首次系统揭示成纤维细胞在胰腺癌中的时空分化轨迹和细胞间互作网络 | NA | 研究胰腺导管腺癌中肿瘤微环境的基质重塑机制 | 正常、炎症和恶性胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5993 | 2025-10-06 |
Single-Nucleus and Spatial Transcriptomics Revealing Host Response Differences Triggered by Mutated Virus in Severe Dengue
2024-11-15, Viruses
DOI:10.3390/v16111779
PMID:39599894
|
研究论文 | 通过单核和空间转录组技术揭示突变登革热病毒引发严重宿主反应差异的分子机制 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组技术分析突变登革热病毒在肝脏组织中的宿主反应差异，并鉴定出NRG/ErbB信号通路的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究突变登革热病毒引发严重宿主反应的分子机制 | 小鼠肝脏组织（未感染组、轻度感染NGC组、严重感染N10组） | 空间转录组学 | 登革热 | 单核RNA测序, 空间RNA测序, 计算机分子建模分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 小鼠肝脏组织样本（未感染、轻度感染、严重感染三组） | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5994 | 2025-10-06 |
GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish
2024-Oct-30, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqae151
PMID:39499852
|
研究论文 | 通过斑马鱼垂体单细胞转录组分析揭示GnRH与促性腺激素细胞间的相互作用机制 | 首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序揭示LH和FSH促性腺激素细胞中促性腺激素β亚基的表达比例及GnRH受体的差异表达模式 | Gnrh3与促性腺激素细胞相互作用的具体结果仍不明确 | 阐明下丘脑Gnrh3及其他机制调控垂体促性腺激素细胞的作用 | 野生型和gnrh3基因敲除成年雌性斑马鱼的垂体细胞 | 单细胞转录组学 | 生殖内分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 野生型和gnrh3-/-成年雌性斑马鱼的所有垂体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5995 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes
2024-10-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53215-3
PMID:39414795
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研究论文 | 本研究通过空间转录组技术构建了肝片吸虫的分子图谱，识别了组织特异性基因表达模式 | 首次提供了寄生虫肝片吸虫的空间转录组图谱，揭示了药物靶点和耐药基因的组织特异性表达 | NA | 构建寄生虫肝片吸虫的空间转录组图谱，识别组织特异性基因表达和药物靶点 | 肝片吸虫（Fasciola hepatica）寄生虫 | 空间转录组学 | 寄生虫感染 | 空间转录组学，原位杂交 | NA | 空间转录组数据，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5996 | 2025-10-06 |
TGF-β-mediated crosstalk between TIGIT+ Tregs and CD226+CD8+ T cells in the progression and remission of type 1 diabetes
2024-10-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53264-8
PMID:39406740
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病进展和缓解过程中TIGIT+ Tregs与CD226+CD8+ T细胞之间的相互作用机制 | 首次发现TIGIT+CCR7+ Tregs和CD226+CCR7+CD8+ T细胞在糖尿病缓解期的动态变化，并证实它们通过TGF-β信号通路相互作用 | 研究样本量有限，动物模型与人类疾病存在差异 | 探索1型糖尿病免疫调节机制并寻找生物标志物 | 1型糖尿病患者和糖尿病小鼠模型的免疫细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序，机器学习，细胞通讯分析，体外功能实验 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | 不同疾病阶段的1型糖尿病患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5997 | 2025-10-06 |
Non-homogenous intratumor ionizing radiation doses synergize with PD1 and CXCR2 blockade
2024-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53015-9
PMID:39397001
|
研究论文 | 本研究探索了非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断联合治疗的协同效应 | 首次提出在同一个肿瘤内结合低剂量放疗的免疫刺激特性和高剂量放疗的细胞杀伤特性，并与免疫调节剂联合使用 | 研究仅限于小鼠模型中的结直肠癌和乳腺癌，尚未在人体验证 | 提高放疗疗效同时减少毒性，改善放疗与免疫检查点联合治疗的治疗指数 | 免疫活性雌性小鼠的结直肠癌和乳腺癌模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌, 乳腺癌 | 流式细胞术, 细胞因子分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5998 | 2025-10-06 |
Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head
2024-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52938-7
PMID:39402029
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析，揭示了脊椎动物头部特征的进化起源 | 首次在文昌鱼中鉴定出前索板样和神经嵴样细胞群体，并证明其发育调控机制在脊椎动物中具有保守性 | 研究主要基于模式生物文昌鱼，需要更多物种验证来确认进化保守性 | 探索脊椎动物头部特征的进化起源 | 文昌鱼胚胎发育过程中的细胞类型 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、信号通路扰动、顺式调控分析、跨物种转基因实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 文昌鱼胚胎发育样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5999 | 2025-10-06 |
Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics
2024-10-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53089-5
PMID:39394227
|
研究论文 | 本文系统评估了单细胞表观基因组学数据中差异可及性分析的统计方法并提出了最佳实践方案 | 首次对单细胞ATAC-seq数据中差异可及性分析的统计方法进行系统性评估，并开发了相应的R软件包 | 评估主要基于匹配的bulk ATAC-seq或scRNA-seq数据，可能存在方法评估的局限性 | 确定单细胞表观基因组学数据差异可及性分析的最佳统计方法 | 单细胞ATAC-seq数据的差异可及性分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, bulk ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 表观基因组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, bulk ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6000 | 2025-10-06 |
WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer
2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129
PMID:38946034
|
研究论文 | 通过WGCNA识别癌症相关成纤维细胞生物标志物并构建宫颈癌预后预测模型 | 首次基于CAF相关基因构建宫颈癌预后模型，并通过单细胞测序和实验验证关键基因在成纤维细胞中的特异性表达 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发基于癌症相关成纤维细胞基因特征的宫颈癌预后预测模型 | 宫颈癌患者和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 转录组测序，单细胞RNA测序，实时荧光定量PCR，免疫组织化学 | LASSO Cox回归模型，WGCNA网络分析 | 基因表达数据，临床数据 | TCGA和GEO数据库中的宫颈癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |