单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 5981 - 6000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5981 | 2025-10-06 |
CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf126
PMID:40178283
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研究论文 | 提出一种名为CoupleVAE的耦合变分自编码器方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据 | 通过两个耦合的VAE和连接器实现潜在空间中更复杂的单细胞状态转换，在三个真实数据集上验证了其优越性能 | NA | 预测单细胞扰动响应，解决计算生物学领域的关键挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE) | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5982 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1
2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids
DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585
PMID:39662603
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现Aspn、Htra1和Efemp1是木犀草素可上调的脂肪生成抑制基因 | 首次通过比较肥胖与瘦小鼠脂肪干祖细胞的单细胞转录组数据，鉴定出三个新的脂肪生成抑制基因，并发现木犀草素能逆转这些基因的表达下调 | 研究主要基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，尚未在人类样本中验证 | 鉴定新的脂肪生成相关基因并探索木犀草素的调控作用 | 小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干祖细胞和3T3-L1前脂肪细胞系 | 单细胞组学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个独立单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5983 | 2025-10-06 |
Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS
2025-01-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86134-4
PMID:39824912
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研究论文 | 通过整合遗传学和多组学分析揭示白癜风发病机制及治疗靶点，重点关注JAK/STAT通路对CTSS的调控作用 | 首次通过整合GWAS荟萃分析、蛋白质数量性状位点(pQTL)和表达数量性状位点(eQTL)关联分析，结合微阵列和单细胞RNA-seq数据，系统揭示JAK/STAT通路调控CTSS在白癜风中的作用机制 | 需要进一步研究验证结果并评估CTSS及相关基因的治疗潜力 | 阐明白癜风发病的遗传和分子机制，识别潜在治疗靶点 | 白癜风患者 | 多组学分析 | 白癜风 | GWAS荟萃分析, SMR分析, 微阵列, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | NA | 遗传数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5984 | 2025-10-06 |
Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.103851
PMID:39744231
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和大数据分析探讨了内皮细胞MerTK在人类升主动脉瘤和夹层中的作用机制 | 首次发现内皮细胞MerTK表达在AAAD中显著抑制，并证实其缺陷通过内皮功能障碍和SMC表型改变促进AAAD发展 | NA | 研究内皮细胞MerTK在升主动脉瘤和夹层发病机制中的作用 | 人类AAAD样本和内皮细胞特异性MerTK缺陷小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 约600,000次交叉分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5985 | 2025-10-06 |
PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.102597
PMID:39744686
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研究论文 | 本研究揭示了PIM1通过促进内皮-间质转化加重动脉粥样硬化的分子机制 | 首次发现PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在动脉粥样硬化进展中的关键作用，并验证小分子抑制剂Max-40279的治疗潜力 | 机制研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人类临床样本中充分验证 | 探究PIM1在动脉粥样硬化中调控内皮-间质转化的分子机制 | 小鼠动脉粥样硬化模型、人内皮细胞、小鼠内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qPCR, western blotting, 免疫组化, 免疫共沉淀, 组织染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像数据 | 小鼠动脉粥样硬化模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5986 | 2025-10-06 |
Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.104697
PMID:39898252
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综述 | 通过科学计量学和可视化分析方法，系统回顾了过去15年单细胞RNA测序技术在肌肉骨骼疾病研究领域的发展趋势 | 首次对肌肉骨骼疾病领域单细胞RNA测序研究进行全面科学计量分析，识别关键研究方向和未来展望 | 仅基于Web of Science核心合集数据，可能存在文献收录不全的局限性 | 分析单细胞RNA测序在肌肉骨骼疾病研究中的发展趋势和现状 | 肌肉骨骼疾病相关的单细胞RNA测序研究文献 | 生物信息学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | 2009年1月1日至2024年9月6日期间Web of Science核心合集收录的相关文献 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5987 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis
2024-12-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857
PMID:39312185
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现衰老骨细胞是乳腺癌骨转移中引发骨破坏的关键因素 | 首次揭示乳腺癌骨转移中骨细胞发生早衰并产生促破骨细胞生成的衰老相关分泌表型 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限 | 探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程的机制 | 乳腺癌骨转移小鼠模型和患者样本中的骨细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，多重原位杂交，人工智能辅助分析 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 乳腺癌骨转移小鼠和患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5988 | 2025-10-06 |
Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer
2024-12-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489
PMID:39485038
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化过程 | 结合单细胞RNA测序与空间转录组学分析，开发新方法注释癌细胞基因组改变，首次系统揭示成纤维细胞在胰腺癌中的时空分化轨迹和细胞间互作网络 | NA | 研究胰腺导管腺癌中肿瘤微环境的基质重塑机制 | 正常、炎症和恶性胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5989 | 2025-10-06 |
Single-Nucleus and Spatial Transcriptomics Revealing Host Response Differences Triggered by Mutated Virus in Severe Dengue
2024-11-15, Viruses
DOI:10.3390/v16111779
PMID:39599894
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研究论文 | 通过单核和空间转录组技术揭示突变登革热病毒引发严重宿主反应差异的分子机制 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组技术分析突变登革热病毒在肝脏组织中的宿主反应差异，并鉴定出NRG/ErbB信号通路的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究突变登革热病毒引发严重宿主反应的分子机制 | 小鼠肝脏组织（未感染组、轻度感染NGC组、严重感染N10组） | 空间转录组学 | 登革热 | 单核RNA测序, 空间RNA测序, 计算机分子建模分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 小鼠肝脏组织样本（未感染、轻度感染、严重感染三组） | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5990 | 2025-10-06 |
GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish
2024-Oct-30, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqae151
PMID:39499852
|
研究论文 | 通过斑马鱼垂体单细胞转录组分析揭示GnRH与促性腺激素细胞间的相互作用机制 | 首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序揭示LH和FSH促性腺激素细胞中促性腺激素β亚基的表达比例及GnRH受体的差异表达模式 | Gnrh3与促性腺激素细胞相互作用的具体结果仍不明确 | 阐明下丘脑Gnrh3及其他机制调控垂体促性腺激素细胞的作用 | 野生型和gnrh3基因敲除成年雌性斑马鱼的垂体细胞 | 单细胞转录组学 | 生殖内分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 野生型和gnrh3-/-成年雌性斑马鱼的所有垂体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5991 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes
2024-10-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53215-3
PMID:39414795
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研究论文 | 本研究通过空间转录组技术构建了肝片吸虫的分子图谱，识别了组织特异性基因表达模式 | 首次提供了寄生虫肝片吸虫的空间转录组图谱，揭示了药物靶点和耐药基因的组织特异性表达 | NA | 构建寄生虫肝片吸虫的空间转录组图谱，识别组织特异性基因表达和药物靶点 | 肝片吸虫（Fasciola hepatica）寄生虫 | 空间转录组学 | 寄生虫感染 | 空间转录组学，原位杂交 | NA | 空间转录组数据，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5992 | 2025-10-06 |
TGF-β-mediated crosstalk between TIGIT+ Tregs and CD226+CD8+ T cells in the progression and remission of type 1 diabetes
2024-10-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53264-8
PMID:39406740
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病进展和缓解过程中TIGIT+ Tregs与CD226+CD8+ T细胞之间的相互作用机制 | 首次发现TIGIT+CCR7+ Tregs和CD226+CCR7+CD8+ T细胞在糖尿病缓解期的动态变化，并证实它们通过TGF-β信号通路相互作用 | 研究样本量有限，动物模型与人类疾病存在差异 | 探索1型糖尿病免疫调节机制并寻找生物标志物 | 1型糖尿病患者和糖尿病小鼠模型的免疫细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序，机器学习，细胞通讯分析，体外功能实验 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | 不同疾病阶段的1型糖尿病患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5993 | 2025-10-06 |
Non-homogenous intratumor ionizing radiation doses synergize with PD1 and CXCR2 blockade
2024-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53015-9
PMID:39397001
|
研究论文 | 本研究探索了非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断联合治疗的协同效应 | 首次提出在同一个肿瘤内结合低剂量放疗的免疫刺激特性和高剂量放疗的细胞杀伤特性，并与免疫调节剂联合使用 | 研究仅限于小鼠模型中的结直肠癌和乳腺癌，尚未在人体验证 | 提高放疗疗效同时减少毒性，改善放疗与免疫检查点联合治疗的治疗指数 | 免疫活性雌性小鼠的结直肠癌和乳腺癌模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌, 乳腺癌 | 流式细胞术, 细胞因子分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5994 | 2025-10-06 |
Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head
2024-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52938-7
PMID:39402029
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析，揭示了脊椎动物头部特征的进化起源 | 首次在文昌鱼中鉴定出前索板样和神经嵴样细胞群体，并证明其发育调控机制在脊椎动物中具有保守性 | 研究主要基于模式生物文昌鱼，需要更多物种验证来确认进化保守性 | 探索脊椎动物头部特征的进化起源 | 文昌鱼胚胎发育过程中的细胞类型 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、信号通路扰动、顺式调控分析、跨物种转基因实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 文昌鱼胚胎发育样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5995 | 2025-10-06 |
Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics
2024-10-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53089-5
PMID:39394227
|
研究论文 | 本文系统评估了单细胞表观基因组学数据中差异可及性分析的统计方法并提出了最佳实践方案 | 首次对单细胞ATAC-seq数据中差异可及性分析的统计方法进行系统性评估，并开发了相应的R软件包 | 评估主要基于匹配的bulk ATAC-seq或scRNA-seq数据，可能存在方法评估的局限性 | 确定单细胞表观基因组学数据差异可及性分析的最佳统计方法 | 单细胞ATAC-seq数据的差异可及性分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, bulk ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 表观基因组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, bulk ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5996 | 2025-10-06 |
WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer
2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129
PMID:38946034
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研究论文 | 通过WGCNA识别癌症相关成纤维细胞生物标志物并构建宫颈癌预后预测模型 | 首次基于CAF相关基因构建宫颈癌预后模型，并通过单细胞测序和实验验证关键基因在成纤维细胞中的特异性表达 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发基于癌症相关成纤维细胞基因特征的宫颈癌预后预测模型 | 宫颈癌患者和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 转录组测序，单细胞RNA测序，实时荧光定量PCR，免疫组织化学 | LASSO Cox回归模型，WGCNA网络分析 | 基因表达数据，临床数据 | TCGA和GEO数据库中的宫颈癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5997 | 2025-10-06 |
Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts
2024-07-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004895
PMID:38294835
|
综述 | 本文批判性评估了分子诊断技术在心移植排斥反应诊断中的局限性 | 首次系统分析分子诊断在心移植活检中应用的注意事项和分类方法缺陷 | 基于组织学标签的基因列表存在可重复性问题，分子分类与组织学诊断一致性低（仅40%），治疗意义未探索 | 评估分子诊断技术区分心移植排斥反应类型的准确性和可靠性 | 心脏移植活检样本 | 分子诊断 | 心血管疾病 | 分子分类器分析，生物信息学分析，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5998 | 2025-10-06 |
MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection
2024-05-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004899
PMID:38238904
|
研究论文 | 本研究揭示了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥期间促炎性移植物浸润巨噬细胞免疫代谢重编程中的关键作用 | 首次发现MEK1/2-PKM2通路调控移植物浸润巨噬细胞的免疫代谢重编程，并证实MEK1/2抑制剂trametinib可改善慢性心脏移植排斥 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究心脏移植排斥过程中移植物浸润巨噬细胞免疫代谢表型的分子调控机制 | 心脏移植物浸润免疫细胞，特别是巨噬细胞 | 免疫代谢学 | 心脏移植排斥 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，基因敲除 | 小鼠移植模型 | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5999 | 2025-10-06 |
Sequencing of Physically Interacting Cells in Human Kidney Allograft Rejection to Infer Contact-dependent Immune Cell Transcription
2024-02-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004762
PMID:37638864
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术推断人类肾脏移植排斥反应中物理相互作用细胞的转录程序 | 开发了结合CD45阳性富集策略和CITE-seq的测序物理相互作用细胞计算方法，能够从单细胞RNA测序数据中推断细胞间物理接触的转录特征 | 样本量相对较小（11例活检样本），空间信息在单细胞测序过程中丢失 | 研究人类肾脏移植排斥反应中免疫细胞间物理接触依赖的转录调控机制 | 人类肾脏移植活检样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 肾脏移植排斥反应 | 单细胞RNA测序，CITE-seq（转录组和表位细胞索引测序） | 测序物理相互作用细胞计算方法 | 单细胞转录组数据，表面蛋白表达数据 | 11例人类肾脏移植活检样本，产生31,203个高质量单细胞文库 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10X Genomics平台 | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 6000 | 2025-10-06 |
Multiomics Data Reveal the Important Role of ANXA2R in T Cell-mediated Rejection After Renal Transplantation
2024-02-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004754
PMID:37677931
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了ANXA2R在肾移植后T细胞介导排斥反应中的关键作用 | 首次发现ANXA2R作为新型TCR相关基因在TCMR中发挥重要作用，并证实ANXA2R+CD8+T细胞在排斥反应中显著增加 | 样本量相对有限（12个多组学数据集，23个病理切片），需要更大规模研究验证 | 阐明肾移植后T细胞介导排斥反应的TCR受体库特征并识别新的治疗靶点 | 肾移植患者的移植肾组织 | 生物信息学 | 肾移植排斥反应 | 多组学分析，单细胞转录组测序，免疫荧光染色，基因集富集分析 | TRUST4算法，多种免疫细胞浸润算法 | 多组学数据，转录组数据，单细胞数据，病理图像 | 12个多组学数据集，23个临床病理切片 | NA | 单细胞转录组测序，bulk RNA-seq | NA | NA |